单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2025-08-11	Single-cell sequencing combined with machine learning to identify glioma biomarkers and therapeutic targets 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1629102 PMID:40777122	研究论文	本研究结合单细胞测序和机器学习技术，探索胶质瘤异质性并识别与胶质母细胞瘤复发相关的关键生物标志物	首次结合单细胞测序和机器学习方法构建基于分化相关基因的预后模型，并发现泛素化在胶质母细胞瘤中的重要作用	研究样本量有限，且仅基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索胶质瘤异质性并识别关键生物标志物和治疗靶点	胶质瘤组织和细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，RNA-seq	LASSO，SVM-RFE	转录组数据	来自GEO（GSE159416、GSE159605和GSE186057）和TCGA数据库的数据
1002	2025-08-11	Dual Roles of SIRT7 Inhibition by Oroxylin A Reprogram HSCs Fate: PRMT5 Succinylation-Driven Senescence and Ecto-Calreticulin-Dependent NK Cell Immune Clearance in Liver Fibrosis 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0808 PMID:40777599	research paper	该研究揭示了Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，重编程肝星状细胞命运，从而在肝纤维化中发挥治疗作用	发现Oroxylin A通过抑制SIRT7的双重作用，触发PRMT5的琥珀酰化依赖性降解和ecto-CRT依赖的NK细胞免疫清除机制	研究中使用的酶失活突变体SIRT7 (H187Y) 仍能抑制OA促进的ecto-CRT表达，表明该机制不依赖于其去琥珀酰化活性	探究肝纤维化中肝星状细胞活化的分子机制及潜在治疗策略	肝星状细胞(HSCs)、自然杀伤细胞(NK cells)	分子生物学	肝纤维化	单细胞转录组测序、生物信息学分析、Western blotting、免疫荧光、共免疫沉淀	NA	分子生物学实验数据、单细胞转录组数据	人类样本、动物模型和原代培养细胞
1003	2025-08-11	PCLDA: An interpretable cell annotation tool for single-cell RNA-sequencing data based on simple statistical methods 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.019 PMID:40778314	research paper	提出了一种基于简单统计方法的可解释单细胞RNA测序数据注释工具PCLDA	PCLDA通过三个模块（基于t检验的基因筛选、PCA和LDA）结合简单统计方法，提高了注释的准确性和鲁棒性，并在跨数据集和跨平台条件下表现优异	模型保留了原始假设，可能在某些复杂情况下表现不如更复杂的机器学习方法	开发一种准确、可靠且可解释的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PCA, LDA	基因表达数据	22个公共scRNA-seq数据集和35个不同的评估场景
1004	2025-08-11	Thrombopoietin mimetic reduces mouse lung inflammation and fibrosis after radiation by attenuating activated endothelial phenotypes 2024-Nov-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181330 PMID:39513364	研究论文	研究血小板生成素模拟物（TPOm）在小鼠放射诱导的肺损伤（RILI）中的保护作用及机制	首次发现TPOm通过抑制内皮细胞活化减轻RILI，并改善肺血管结构和功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索TPOm在预防和治疗放射诱导的肺损伤中的效果及机制	小鼠模型和原代肺微血管内皮细胞	放射生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠全胸照射（WTI）模型	基因表达数据和组织学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及多个时间点的分析
1005	2025-08-11	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本研究探讨了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并提出了针对心脏纤维化的新治疗策略	首次揭示了人类心脏疾病中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制，并验证了靶向IL-1β信号通路治疗心脏纤维化的潜力	研究样本量有限（45例），且需要进一步验证治疗策略的长期效果和安全性	探索心脏纤维化的分子机制并开发针对性治疗策略	健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织	心血管疾病	心血管疾病	单细胞多组学基因表达分析、表位定位、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、表位数据、染色质可及性数据	45例人类心脏组织（包括健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭病例）
1006	2025-08-11	[Identification of prognostic genes in prostate cancer by single-cell sequencing combined with Mendelian randomization] 2024-Nov, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology PMID:40783865	研究论文	通过单细胞测序结合孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后相关基因	结合单细胞测序和孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后关键基因	样本量较小（仅4例PCa单细胞测序数据），需进一步验证	鉴定参与前列腺癌发展和预后的关键基因	前列腺癌患者（来自GSE156632、TCGA和GEO数据库）	生物信息学	前列腺癌	单细胞测序、孟德尔随机化、COX回归分析	NA	单细胞测序数据、SNP数据、基因表达数据	4例PCa单细胞数据（GSE156632）+ TCGA/GEO临床数据
1007	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation 2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613729 PMID:39345473	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Sox10 Dom/+突变对肠神经系统神经元谱系分配的影响，特别是Hoxa6在神经元分化中的作用	首次报道了Hox基因在肠神经元谱系多样化中的作用，揭示了Sox10 Dom/+突变通过改变神经元轨迹影响神经元类型的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺陷如何改变肠神经元亚型的比例及其分子机制	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、杂交链式反应(HCR)	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
1008	2025-08-11	Cellular dynamics in pig-to-human kidney xenotransplantation 2024-Aug-09, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.05.003 PMID:38776915	研究论文	通过单细胞RNA测序和纵向RNA测序分析，研究猪到人肾脏异种移植中的细胞动态和免疫反应	首次使用单细胞RNA测序和纵向RNA测序技术，详细描述了猪到人肾脏异种移植过程中的细胞动态变化和免疫反应	研究仅基于两例异种移植案例，样本量较小	优化异种移植的基因编辑和免疫抑制方案，以解决器官捐赠短缺问题	猪肾脏和接受异种移植的人类患者的PBMCs	生物医学工程	器官移植	scRNA-seq, 纵向RNA-seq	NA	RNA测序数据	两例猪到人肾脏异种移植案例
1009	2025-08-11	B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection 2024-08-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000503 PMID:39082968	研究论文	该研究探讨了慢性HCV感染中B细胞表达与病毒中和相关的突变抗原受体，并揭示了这些细胞在患者中表现出类似淋巴瘤的转录组特征	发现慢性HCV感染患者中携带特定突变的B细胞表现出类似淋巴瘤的转录组特征，并揭示了这些细胞在病毒清除后仍持续存在的机制	研究主要基于体外模型和转录组分析，未直接证明这些细胞在体内导致淋巴瘤的发生	探究慢性HCV感染与B细胞异常及淋巴瘤风险增加的机制	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的B细胞	免疫学	HCV感染	BCR测序、单细胞RNA测序	TKO模型	测序数据	慢性HCV感染患者和病毒清除后患者的样本
1010	2025-08-10	Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience 2025-Oct-08, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647 PMID:40651751	研究论文	通过数据驱动的方法对乙酰胆碱酯酶（AChE）在泛癌中的表达特征进行了全面的生物信息学分析	首次从泛癌角度揭示了AChE表达与癌症发展和预后的相关性，并预测了AChE在GBM进展中的潜在作用	研究结果基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究AChE表达与癌症发展和预后的关系	泛癌数据集和GBM患者的单细胞RNA测序数据	癌症神经科学	多种癌症（包括胰腺癌、胶质母细胞瘤等）	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA和GTEx数据库的泛癌数据集以及GBM患者的单细胞RNA测序数据
1011	2025-08-10	The m5C reader Alyref regulates cardiac remodeling post-myocardial infarction by modulating extracellular matrix protein synthesis in cardiac fibroblasts 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120011 PMID:40562236	研究论文	本研究探讨了m5C阅读器Alyref在心肌梗死后心脏重塑中的作用，特别是通过调节心脏成纤维细胞中细胞外基质蛋白的合成	首次揭示了Alyref通过调节Fbln1/Loxl1通路影响心脏成纤维细胞的增殖和转分化，进而调控心脏重塑的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究m5C修饰与心肌梗死后心脏重塑的关系	心肌梗死小鼠模型和缺氧诱导的原代新生心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	生物信息学分析、免疫荧光、组织病理学、Western blot、AAV感染	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量
1012	2025-08-10	Current insight into HIV-1 persistence from single-cell transcriptome profiling in acutely treated cohorts of infection 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000962 PMID:40638066	review	本文综述了利用单细胞转录组学技术研究HIV-1急性感染治疗队列中病毒持久性机制的最新进展	利用scRNA-seq技术揭示HIV-1感染者体内细胞异质性，发现新的限制因子和潜伏因子，并鉴定病毒储存库细胞的标志物	主要基于急性感染治疗队列的研究结果，可能不适用于慢性感染情况	阐明HIV-1病毒储存库的形成和持久性机制	HIV-1感染者的单细胞	基因组学	HIV感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	急性HIV-1感染治疗队列中的数十万个单细胞
1013	2025-08-10	CYBB as a potential therapeutic target through influencing ferroptosis and macrophage in ovarian cancer 2025-Aug-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02891-8 PMID:40782134	研究论文	本研究探讨了CYBB基因在卵巢癌中通过调节铁死亡和巨噬细胞浸润的作用及其机制	首次发现CYBB基因在卵巢癌中通过调节巨噬细胞极化和铁死亡发挥关键作用，并验证其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索CYBB基因在卵巢癌进展中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	卵巢癌相关基因CYBB及其对巨噬细胞和铁死亡的影响	肿瘤免疫学	卵巢癌	生物信息学分析、单细胞测序、体外细胞实验	TAMs共培养模型	基因表达数据、单细胞测序数据	4410个免疫相关卵巢基因和483个铁死亡相关基因
1014	2025-08-10	Single cell approaches define the murine leptomeninges:cortical brain interface as a distinct cellular neighborhood comprised of neural and nonneural cell types 2025-Aug-08, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0046-25.2025 PMID:40780964	研究论文	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，描述了成年小鼠皮层界面屏障的细胞组成及其相互作用	首次定义了皮层界面屏障由三种主要细胞类型组成，并揭示了这些细胞间的生长因子mRNA富集及相互作用机制	研究仅限于成年小鼠模型，人类或其他物种的适用性尚不明确	阐明大脑表面与相邻脑膜之间界面屏障的细胞组成及其调控机制	成年小鼠皮层界面屏障的细胞类型	神经科学	NA	scRNA-seq, 单细胞空间转录组学, 形态学谱系追踪, 免疫染色	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	成年小鼠皮层组织
1015	2025-08-10	Durable B-Cell Impairment While Sparing IgA B Cells After Ocrelizumab Therapy in Multiple Sclerosis 2025-Aug-08, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.70135 PMID:40781066	research paper	该研究评估了多发性硬化症患者在ocrelizumab治疗前、治疗期间及治疗停止15个月后的早期B细胞谱变化	揭示了ocrelizumab治疗期间部分保留记忆IgA B细胞的现象，并发现治疗后重新出现的B细胞主要为具有炎症和迁移表型的幼稚B细胞	样本量较小，特别是治疗停止后仅分析了3名患者的数据	探究ocrelizumab在多发性硬化症中的作用机制及疾病病理生理学	早期未经治疗的多发性硬化症患者和健康志愿者	免疫学	多发性硬化症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据、基因表达数据	18名多发性硬化症患者和10名健康志愿者，其中3名患者在治疗停止后进行了进一步分析
1016	2025-08-10	SWIFT-seq enables comprehensive single-cell transcriptomic profiling of circulating tumor cells in multiple myeloma and its precursors 2025-Aug-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-01006-0 PMID:40781193	研究论文	本文介绍了一种名为SWIFT-seq的单细胞测序工作流程，用于分析多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	开发了SWIFT-seq单细胞测序工作流程，能够对少量肿瘤细胞进行全面的转录组分析，并提出了基于测序的CTC计数策略和CTC分类器	未明确提及具体局限性	推进基于血液的多发性骨髓瘤诊断、监测和预后评估，并揭示肿瘤扩散的生物学机制	多发性骨髓瘤及其前体中的循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，B细胞受体测序	CTC分类器	单细胞转录组数据	101名患者和健康捐赠者的配对骨髓和CTC样本
1017	2025-08-10	LSGI: interpretable spatial gradient analysis for spatial transcriptomics data 2025-Aug-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03716-1 PMID:40781324	research paper	介绍了一种名为LSGI的计算框架，用于从空间转录组数据中系统识别具有显著且可解释的空间转录组梯度的空间位置	提出了一种新的计算框架LSGI，能够系统地识别和解释空间转录组梯度，揭示了肿瘤生物学中的新见解	未提及具体的样本量或数据集的多样性限制	研究空间转录组梯度在肿瘤异质性中的作用	肿瘤空间转录组数据	digital pathology	肿瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
1018	2025-08-10	Combining single-cell and bulk RNA sequencing to identify CAF-related signature for prognostic prediction and treatment response in patients with melanoma 2025-Aug-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14979-w PMID:40781483	研究论文	结合单细胞和批量RNA测序技术，识别与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的特征，用于黑色素瘤患者的预后预测和治疗反应评估	首次通过单细胞RNA测序数据识别黑色素瘤患者中的CAF，并构建了一个28基因的CAF特征模型，该模型在预测生存率和治疗反应方面表现出色	研究依赖于公开数据集和有限的独立验证队列，可能需要更大样本量的进一步验证	探索CAF在黑色素瘤肿瘤微环境中的作用，并开发预后预测模型	黑色素瘤患者和相关的CAF	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、批量RNA测序、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）、定量PCR（qPCR）	LASSO回归	RNA测序数据、临床样本	TCGA数据集和独立验证队列GSE65904，具体样本数量未明确说明
1019	2025-08-10	Targeting immune microenvironment in cervical cancer: current research and advances 2025-Aug-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06896-3 PMID:40781691	综述	本文全面探讨了宫颈癌肿瘤免疫微环境（TIME）的细胞和分子组成，包括免疫细胞浸润模式、免疫检查点分子和细胞因子/趋化因子网络	重点介绍了通过高分辨率空间映射和单细胞测序技术理解TIME异质性的最新进展，以及针对不同疾病阶段和治疗方法的差异	NA	旨在提供针对TIME的转化视角，以改善宫颈癌患者的治疗效果	宫颈癌的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	宫颈癌	高分辨率空间映射、单细胞测序	NA	分子和细胞数据	NA
1020	2025-08-10	Single-cell transcriptome profiling reveals blast cell heterogeneity and identifies novel therapeutic target IKZF2 in t(8;21) acute myeloid leukaemia 2025-Aug-08, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.70077 PMID:40781784	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了t(8;21)急性髓系白血病中的白血病细胞异质性，并鉴定出IKZF2作为潜在治疗靶点	首次在单细胞水平上揭示了t(8;21)AML的白血病细胞异质性，并发现IKZF2是调控HSC样亚群的主调控因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证IKZF2的临床治疗潜力	探索t(8;21)急性髓系白血病的细胞异质性并寻找新的治疗靶点	t(8;21)急性髓系白血病患者样本和小鼠模型	单细胞组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，包括患者原代样本和小鼠模型