单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2025-05-27	Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634326 PMID:39896606	研究论文	本研究揭示了在WNT驱动的肿瘤发生过程中，表达Pdgfra的成纤维细胞如何动态重编程以促进肠道上皮的再生样状态	首次揭示了Pdgfra成纤维细胞在WNT介导的组织转化中的动态重编程作用，并发现TGFB信号在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类组织中的验证尚未进行	探究WNT介导的肠道上皮转化过程中基质细胞的作用机制	表达Pdgfra的成纤维细胞和肠道上皮细胞	肿瘤生物学	肠道肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	NA
1002	2025-05-26	Macrophage Polarization, Inflammatory Monocytes, and Impaired MDSCs are Associated with Murine and Human Immune Aplastic Anemia 2025-May-24, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	research paper	该研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的髓源性抑制细胞（MDSCs）在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	研究发现CSF-1R抑制会加剧BMF并促进M1巨噬细胞极化，而JAK抑制剂则能减轻BMF并促进M2巨噬细胞极化，揭示了髓系细胞在BMF中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的人类研究中验证	探索髓系细胞在免疫性骨髓衰竭中的作用机制	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血样本	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群体数据	CByB6F1小鼠和人类严重AA患者样本
1003	2025-05-26	The immune system in cardiovascular diseases: from basic mechanisms to therapeutic implications 2025-May-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02220-z PMID:40404619	综述	本文综述了免疫系统在心血管疾病中的生理和病理调节作用，从基础机制到治疗应用	深入探讨了免疫系统在心血管疾病中的多层次调控机制，并总结了免疫疗法在临床前和临床研究中的最新进展	NA	探讨免疫系统在心血管疾病中的作用及其治疗潜力	心血管疾病中的免疫系统	NA	心血管疾病	多组学分析（单细胞测序、空间转录组等）、CAR-T细胞疗法	NA	NA	NA
1004	2025-05-26	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何靶向生殖器官、分生组织和种子，以及宿主因素如何影响病毒分布	利用超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学等先进技术，在纳米尺度上解析病毒与宿主的相互作用，揭示了病毒积累的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子机制，以改进作物抗性和设计综合疾病管理策略，同时探索植物病毒在靶向传递和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其与宿主植物的相互作用	植物病理学	植物病毒病	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
1005	2025-05-26	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了2至3岁儿童鼻气道上皮细胞的发育表型，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对气道上皮发育的联合影响	首次在喘息儿童中发现气道上皮细胞的发育重编程现象，包括异常分化、基础细胞发育通路激活、前体细胞分化可塑性增加、成熟延迟以及RSV受体表达多样性增加	研究样本仅限于2-3岁儿童，结果可能无法推广到其他年龄段	阐明哮喘患者气道上皮的发育特征及其与喘息表型和RSV感染的关联	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	单细胞测序	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自四个互斥组的儿童（喘息/非喘息且RSV感染/未感染）
1006	2025-05-26	PTMA controls cardiomyocyte proliferation and cardiac repair by enhancing STAT3 acetylation 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt9446 PMID:40408476	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术发现PTMA是促进心肌细胞增殖的关键因子，并探讨了其在心脏修复中的潜在治疗作用	首次鉴定PTMA作为心肌细胞增殖的关键驱动因子，并阐明其通过调节STAT3乙酰化促进心脏再生的分子机制	研究主要基于小鼠和体外模型，尚未在大型哺乳动物或人体中进行验证	探索促进心肌细胞增殖和心脏再生的关键分子机制	胚胎和成年哺乳动物心肌细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), AAV9基因治疗	小鼠和人类iPSC来源的心肌细胞模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠、大鼠和人类iPSC来源的心肌细胞
1007	2025-05-26	Blockade of CLEVER-1 restrains immune evasion and enhances anti-PD-1 immunotherapy in gastric cancer 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011080 PMID:40404204	research paper	该研究探讨了CLEVER-1在胃癌中的临床意义及其在调节肿瘤免疫景观中的作用，并研究了CLEVER-1阻断在增强免疫治疗中的潜力	首次在胃癌中研究了CLEVER-1+TAM浸润的临床意义，并探索了CLEVER-1阻断与PD-1抑制联合治疗的协同效应	研究仅基于两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据，样本量可能有限	探索CLEVER-1+TAM浸润的临床意义及其在调节肿瘤免疫景观中的作用，并研究CLEVER-1阻断在增强免疫治疗中的潜力	胃癌患者和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胃癌	多重免疫荧光、流式细胞术、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像、流式细胞数据	两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据（GSE183904）
1008	2025-05-26	Single-cell RNA sequencing of baseline PBMCs predicts ICI efficacy and irAE severity in patients with NSCLC 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011636 PMID:40404203	研究论文	通过单细胞RNA测序分析基线PBMCs，预测NSCLC患者ICI疗效和irAE严重程度	首次使用治疗前的PBMCs单细胞RNA测序数据，识别出与ICI预后和irAE严重程度相关的生物标志物和通路	样本量较小（33例患者），需要更大规模的验证研究	预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂的治疗反应和免疫相关不良事件风险	非小细胞肺癌患者治疗前的外周血单个核细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞计数珠阵列（CBA）、T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	33名NSCLC患者的PBMCs样本
1009	2025-05-26	Machine learning using scRNA-seq Combined with bulk-seq to identify lactylation-related hub genes in carotid arteriosclerosis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00834-5 PMID:40404675	研究论文	本研究结合scRNA-seq和bulk-seq技术，识别了与颈动脉粥样硬化中乳酰化相关的关键基因，并构建了诊断模型	首次结合单细胞转录组和大规模转录组数据，识别了乳酰化相关基因在颈动脉粥样硬化中的作用，并构建了诊断模型	研究样本来源于公开数据库GEO，可能缺乏多样性和代表性	研究颈动脉粥样硬化斑块形成中的免疫景观，探索乳酰化相关基因的诊断标志物	颈动脉粥样硬化样本	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk-seq	10种机器学习算法和101种算法的组合	转录组数据	来自GEO数据库的颈动脉粥样硬化样本
1010	2025-05-26	Single-cell sequencing and transcriptomic data reveal that P65 activation significantly promotes microglia-mediated neuroinflammation after ischemic stroke 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00524-2 PMID:40404711	研究论文	该研究通过单细胞测序和转录组数据分析，揭示了P65激活在缺血性中风后小胶质细胞介导的神经炎症中的关键作用	识别了与脑缺血再灌注损伤后炎症反应相关的两个小胶质细胞亚型Cx3cr1+和Cdk1+，并证实P65是其关键调控因子	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类样本验证不足	探究脑缺血再灌注损伤后小胶质细胞介导的神经炎症机制	小胶质细胞亚型及其在脑缺血再灌注损伤中的作用	神经科学	缺血性中风	单细胞测序、转录组分析、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色	MCAO小鼠模型、OGD/R处理的BV2细胞模型	单细胞转录组数据、基因表达数据	五个数据集(GSE227651等)、MCAO小鼠模型、OGD/R处理的BV2细胞
1011	2025-05-26	Elucidating the tumor microenvironment interactions in breast, cervical, and ovarian cancer through single-cell RNA sequencing 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03017-4 PMID:40404741	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌肿瘤微环境中的关键细胞类型及其相互作用	识别了四种癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并揭示了它们与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在肿瘤进展中的关键作用及信号通路	研究依赖于GEO数据库中的样本，可能受到数据来源的限制	解析妇科肿瘤（乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌）微环境中的细胞类型及其相互作用	乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌	单细胞RNA测序	SingleR, CellChat	RNA测序数据	来自GEO数据库的妇科肿瘤样本
1012	2025-05-26	Single cell analysis of diverse immune cell in pneumococcal meningitis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02258-7 PMID:40404806	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺炎球菌性脑膜炎(PM)患者和健康个体的外周血单核细胞，揭示了PM中免疫细胞亚群的组成变化和功能特征	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PM的免疫反应转录组景观，发现了中性粒细胞过度激活和适应性免疫反应相对抑制的新机制	样本量有限，且仅分析了外周血免疫细胞而未涉及中枢神经系统局部免疫反应	阐明肺炎球菌性脑膜炎的免疫病理机制	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单核细胞	单细胞转录组学	脑膜炎/肺炎球菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	PM患者和健康个体的外周血单核细胞(具体数量未明确说明)
1013	2025-05-26	Integrating Mendelian randomization and multi-transcriptomic analyses to unveil the genetic association risk of regulatory T cell-mediated free cholesterol and gastric cancer 2025-May-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02739-1 PMID:40405007	research paper	该研究通过整合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞介导的游离胆固醇与胃癌的遗传关联风险	首次结合孟德尔随机化和多转录组分析方法，探讨游离胆固醇通过调节性T细胞影响胃癌的因果机制	研究结果主要基于遗传数据，需要进一步的实验验证	阐明游离胆固醇与胃癌之间的因果关系及其免疫调节机制	游离胆固醇、调节性T细胞和胃癌	生物医学研究	胃癌	孟德尔随机化(MR)、GWAS、单细胞测序	NA	遗传数据、转录组数据	233种代谢物、731种免疫细胞的GWAS数据，以及TCGA数据库和单细胞测序数据
1014	2025-05-26	Identification of shared mechanisms between Alzheimer's disease and atherosclerosis by integrated bioinformatics analysis 2025-May-22, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02642-z PMID:40405226	研究论文	通过整合生物信息学分析，识别阿尔茨海默病与动脉粥样硬化之间的共同机制	首次通过加权基因共表达网络分析、基于机器学习的Lasso Cox回归分析和随机森林分析，识别出WIPF3作为两种疾病中最受影响的基因，并揭示了炎症在两种疾病共现中的关键作用	研究依赖于公开的测序数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索阿尔茨海默病与动脉粥样硬化的共同发病机制	阿尔茨海默病患者脑组织和动脉粥样硬化斑块的测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 动脉粥样硬化	加权基因共表达网络分析, Lasso Cox回归分析, 随机森林分析, 单细胞RNA测序	机器学习	测序数据	NA
1015	2025-05-26	Identification of m5C RNA modification-related gene signature for predicting prognosis and immune microenvironment-related characteristics of heart failure 2025-May-22, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00454-z PMID:40405297	研究论文	本研究通过识别m5C RNA修饰相关基因特征，预测心力衰竭的预后和免疫微环境相关特征	首次系统地研究了m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系，并开发了基于4个m5C RNA修饰生物标志物的诊断模型	研究主要基于公开数据集GSE141910和GSE183852，样本量相对有限，且实验验证仅在HF大鼠模型中进行	探索m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系	心力衰竭患者样本和心肌梗死后HF大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, WB, WGCNA, PPI网络分析	随机森林(RF), LASSO逻辑回归, SVM-RFE	基因表达数据	训练队列：200例HF患者和166例NFDs；验证队列：HF大鼠模型
1016	2025-05-26	Heterologous prime-boost with an mRNA vaccine and an oncolytic virus enhances tumor regression through overcoming intratumoral immune suppression 2025-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115745 PMID:40411783	research paper	研究探讨了mRNA疫苗与溶瘤病毒异源初免-加强策略在HPV相关癌症治疗中的效果	首次提出并验证了mRNA疫苗与溶瘤病毒联合使用的异源初免-加强策略，显著增强了肿瘤消退效果	研究仅在小鼠同种移植肿瘤模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索克服肿瘤内免疫抑制的新型联合免疫治疗策略	HPV相关癌症	肿瘤免疫治疗	HPV相关癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠同种移植肿瘤模型	基因表达数据、免疫细胞表型数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
1017	2025-05-26	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-May-22, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	本文介绍了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	提出了一种无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的STMiner协议	未提及具体的数据集验证或性能比较	开发一种解析复杂空间转录组数据的协议	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
1018	2025-05-26	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101260 PMID:40215972	research paper	该研究利用单细胞测序技术分析CAR信号传导，揭示影响体内持久性的关键因素	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过分子水平调控T细胞功能，并发现了一种与持久性相关的独特信号特征	发现的信号特征仅适用于液体肿瘤，不适用于实体瘤	解码CAR信号传导设计原则，优化下一代ICD结构	工程化表达嵌合抗原受体(CARs)的T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	临床相关ICD结构库
1019	2025-05-26	Unveiling the hidden dance: SPP1 + macrophages identified in ulcerative colitis reveal crosstalk with CHI3L1 + fibroblasts 2025-May-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06565-5 PMID:40399882	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了溃疡性结肠炎中SPP1+巨噬细胞与CHI3L1+成纤维细胞的相互作用及其在疾病进展中的作用	首次识别出SPP1+巨噬细胞和CHI3L1+成纤维细胞作为溃疡性结肠炎发病机制中的关键参与者，并揭示了它们在炎症部位的富集与疾病严重程度的相关性	研究样本量有限，且主要依赖于公共数据库数据进行验证	探索巨噬细胞和成纤维细胞在溃疡性结肠炎发病机制中的具体作用及其相互作用	溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本中的巨噬细胞和成纤维细胞	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、空间转录组学、流式细胞术、多重免疫组化(mIHC)	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组化数据	UC患者的外周血和结肠活检样本（具体数量未明确说明）
1020	2025-05-26	Long noncoding RNAs in familial hypercholesterolemia: biomarkers, therapeutics, and AI in precision medicine 2025-May-21, Lipids in health and disease IF:3.9Q2 DOI:10.1186/s12944-025-02605-7 PMID:40399983	review	探讨长链非编码RNA（lncRNA）在家族性高胆固醇血症（FH）中的机制作用及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	揭示了lncRNA在胆固醇代谢中的关键作用，并探讨了AI驱动的lncRNA发现和单细胞转录组学在FH诊断和治疗中的创新应用	生物标志物验证、RNA递送效率及监管批准等挑战仍需解决	研究lncRNA在FH发病机制中的作用及其在精准医学中的应用	家族性高胆固醇血症（FH）患者及其相关lncRNA	精准医学	心血管疾病	AI驱动的lncRNA发现、单细胞转录组学、反义寡核苷酸、siRNA、CRISPR基因编辑	NA	转录组数据	NA