单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2025-08-30	Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues 2024-May-03, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66850 PMID:38767376	研究论文	本文提出了一种处理骨组织样本以生成高质量空间转录组数据的方法	开发了针对硬骨组织的特殊处理方法，解决了传统方法在RNA保存和组织形态学维持上的难题，并扩展了该方法至石蜡包埋样本	NA	实现骨组织的空间转录组分析	骨组织样本，包括新鲜样本和石蜡包埋样本	空间转录组学	骨肉瘤	空间转录组学	NA	转录组数据，组织形态学数据	骨肉瘤原发肿瘤和肺转移样本（具体数量未明确说明）
1002	2025-08-30	Integrating single-cell and spatial analysis reveals MUC1-mediated cellular crosstalk in mucinous colorectal adenocarcinoma 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1701 PMID:38778448	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间分析技术，揭示了黏液性结直肠腺癌中MUC1介导的细胞间相互作用机制	首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学系统解析MCA肿瘤微环境，发现MUC1+恶性细胞与ZEB1+内皮细胞的关键互作	研究样本量有限，需进一步扩大队列验证发现	深入理解黏液性结直肠腺癌的细胞水平转录动态，以开发特异性治疗策略	黏液性结直肠腺癌患者的肿瘤微环境中的基质细胞和免疫细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 3D生物打印, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 空间数据	队列数据（具体数量未明确说明）
1003	2025-08-30	Melanocyte stem cells in the skin: Origin, biological characteristics, homeostatic maintenance and therapeutic potential 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1720 PMID:38778457	综述	本文全面概述了皮肤黑色素细胞干细胞（MSCs）的起源、生物学特性、稳态维持及治疗潜力	重点突出了单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9技术和实用模型在MSCs研究中的最新进展与应用价值	NA	探讨MSCs在皮肤色素性疾病和再生医学中的临床应用潜力	哺乳动物毛囊、表皮或汗腺中的黑色素细胞干细胞	再生医学	皮肤色素性疾病（如白发、白癜风、黑色素瘤）	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9	NA	NA	NA
1004	2025-08-30	Landscape of gut mucosal immune cells showed gap of follicular or memory B cells into plasma cells in immunological non-responders 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1699 PMID:38783408	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者肠道黏膜免疫细胞，揭示了免疫无应答者中滤泡或记忆B细胞向浆细胞分化的缺陷	首次在单细胞水平描绘HIV感染者肠道黏膜免疫细胞图谱，并发现免疫无应答者中IGKC+IgA+浆细胞亚群减少及B细胞分化障碍	样本量较小（仅17例参与者），且仅为观察性研究无法确定因果关系	探究HIV感染者抗逆转录病毒治疗后肠道黏膜免疫细胞在免疫恢复中的作用	HIV阴性对照者、免疫应答者及免疫无应答者的肠道黏膜免疫细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序、免疫组化、16S rRNA基因测序、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、微生物组数据、流式细胞数据	5名HIV阴性对照、9名免疫应答者、3名免疫无应答者（共54,475个免疫细胞）
1005	2024-08-07	Integrated single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics analysis reveals the tumour microenvironment in patients with endometrial cancer responding to anti-PD-1 treatment 2024-04, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1668 PMID:38649737	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1006	2025-08-30	Regulatory T cells in skin mediate immune privilege of the hair follicle stem cell niche 2024-01-05, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adh0152 PMID:38181095	研究论文	本研究揭示皮肤中调节性T细胞（Treg）通过高亲和力IL-2受体介导的细胞外机制，保护毛囊干细胞巢免受自身免疫攻击	开发了皮肤特异性Treg基因重组技术，首次证明非淋巴器官中存在局部免疫耐受机制，并发现IL-2信号通路在毛囊干细胞保护中的关键作用	人类脱发症样本仅涉及罕见类型，模型可能无法完全代表所有自身免疫性脱发病理	探究皮肤组织中自身免疫耐受的维持机制及其对毛囊干细胞的保护作用	小鼠皮肤调节性T细胞、毛囊干细胞巢、人类脱发症病理样本	免疫学	自身免疫性疾病	空间转录组学、遗传重组技术	NA	基因表达数据、组织病理数据	小鼠模型及人类罕见脱发症样本（具体数量未明确说明）
1007	2025-08-30	Denoising sparse microbial signals from single-cell sequencing of mammalian host tissues 2023-Sep, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-023-00507-1 PMID:37946872	研究论文	开发SAHMI计算方法，从哺乳动物组织单细胞测序数据中识别真实微生物信号并过滤污染物	提出首个专门用于从标准转录组测序中区分真实微生物核酸与污染物的计算工具SAHMI	NA	解决宿主-微生物组生态系统研究中微生物信号与污染物区分的技术难题	哺乳动物组织中的微生物核酸	生物信息学	NA	单细胞测序、空间基因组测序、转录组测序	NA	基因组测序数据	NA
1008	2025-08-30	Drosophila Voltage-Gated Sodium Channels Are Only Expressed in Active Neurons and Are Localized to Distal Axonal Initial Segment-like Domains 2020-10-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0142-20.2020 PMID:32928889	研究论文	本研究通过基因标记和单细胞转录组分析，揭示了果蝇电压门控钠通道Para仅在活跃神经元中表达，并定位于轴突远端起始段样结构	首次在无脊椎动物神经元中发现远端轴突段（DAS）作为动作电位起始位点，并证明Para钠通道的表达与神经元活性状态相关	研究主要基于果蝇模型，结论在其它无脊椎动物中的普适性需进一步验证	探究无脊椎动物神经元中动作电位的起始位点和钠通道的表达模式	果蝇（Drosophila）胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元	神经科学	NA	intronic-Mediated Integration Cassette基因标记、单细胞RNA测序、全细胞膜片钳电生理记录	NA	基因表达数据、转录组数据、电生理数据	果蝇胚胎期、幼虫期和成年期中枢神经系统神经元（具体数量未明确说明，但包含不同发育阶段）
1009	2025-08-30	A revised airway epithelial hierarchy includes CFTR-expressing ionocytes 2018-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0393-7 PMID:30069044	研究论文	通过单细胞RNA测序和谱系追踪技术，修订了小鼠气管上皮的细胞组成和层级结构，发现并鉴定了一种罕见细胞类型——Foxi1肺离子细胞	识别了新的罕见细胞类型（离子细胞），开发了结合scRNA-seq和谱系追踪的'pulse-seq'方法，并证实离子细胞是囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）的主要转录来源	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探究气道疾病的细胞基础，特别是囊性纤维化和哮喘相关的细胞类型与功能	小鼠气管上皮细胞	单细胞生物学	囊性纤维化	scRNA-seq, in vivo lineage tracing, pulse-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
1010	2025-08-29	Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893 PMID:40605747	研究论文	本研究探讨了人类衰老过程中造血细胞lamin A/C表达下降及其对小鼠动脉粥样硬化的调控作用	首次揭示血液白细胞中lamin A/C表达随年龄下降的现象，并创建首个lamin A功能增益体内模型证明其调控动脉粥样硬化	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅为相关性分析，需进一步验证机制	探究衰老过程中造血细胞lamin A/C表达变化对动脉粥样硬化的影响机制	人类循环白细胞和基因修饰小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	流式细胞术、骨髓移植、活体显微镜、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、显微成像数据、基因表达数据	人类白细胞样本及Ldlr-/-缺陷小鼠模型
1011	2025-08-29	Tricuspid Aortic Valve Regurgitation Associates With Ascending Aortic Aneurysm Through Endothelial Activation and Lipoprotein Infiltration 2025-Sep, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323112 PMID:40740135	研究论文	本研究探讨三尖瓣主动脉瓣反流通过内皮细胞激活和脂蛋白浸润促进升主动脉瘤形成的机制	首次揭示主动脉反流（非狭窄）通过双向血流介导的内皮间充质激活和脂蛋白相关免疫细胞浸润驱动动脉瘤起始的新机制	研究主要基于三尖瓣主动脉瓣患者，结果可能不适用于其他瓣膜类型；样本来源和规模可能存在限制	研究主动脉反流与血管激活及炎症的关系，以阐明升主动脉瘤的起始机制	接受择期开胸手术的三尖瓣主动脉瓣患者及器官捐献者的主动脉组织样本	心血管疾病研究	心血管疾病	空间转录组学、免疫组织化学、超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	人类主动脉标本（来自手术患者和器官捐献者）及Wistar大鼠实验数据
1012	2025-08-29	Integrated multi-omics analysis reveals diagnostic biomarkers and therapeutic targets for systemic lupus erythematosus 2025-Aug-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042290 PMID:40826785	研究论文	通过整合多组学分析识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物和治疗靶点	发现载脂蛋白A2、MANSC结构域包含蛋白1和蛋白酶体亚基β5作为关键基因，并构建高精度诊断列线图模型（AUC=0.968）	NA	探究血浆蛋白与系统性红斑狼疮的因果关系并寻找诊断与治疗靶点	系统性红斑狼疮相关基因组数据及血浆蛋白	生物信息学	系统性红斑狼疮	全基因组关联研究、双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟	列线图诊断模型	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA
1013	2025-08-29	Improving reproducibility of differentially expressed genes in single-cell transcriptomic studies of neurodegenerative diseases through meta-analysis 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62579-z PMID:40796563	研究论文	通过开发一种非参数元分析方法SumRank，提高神经退行性疾病单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性	提出基于跨数据集相对差异表达排名可重复性的SumRank方法，显著提升差异表达基因的预测能力和生物学可解释性	未明确说明样本规模或数据来源的具体限制，可能受原始数据集质量和异质性影响	提高单细胞RNA测序研究中差异表达基因检测的可重复性和可靠性	帕金森病(PD)、亨廷顿病(HD)、阿尔茨海默病(AD)、精神分裂症(SCZ)和COVID-19的单细胞转录组数据	生物信息学	神经退行性疾病	scRNA-seq, 元分析	非参数统计方法(SumRank)	基因表达数据	NA
1014	2025-08-29	Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.016 PMID:40798883	研究论文	研究galectin-9通过抑制MIF-CD74/CD44通路来抑制慢性关节炎的机制	发现MIF亚群并通过sGal-9作为新型抗MIF剂有效抑制RA-FLSs的破坏性表型	NA	探索治疗类风湿关节炎的新靶点和治疗策略	类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)和小鼠关节炎模型	NA	类风湿关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1015	2025-08-29	Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression 2025-08, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14248 PMID:40343788	研究论文	本研究探讨了ICAM1阳性牙髓干细胞在深龋进展中的免疫调节作用及其机制	首次在深龋牙髓组织中鉴定出ICAM1+ DPSCs亚群，并揭示其通过分泌促炎因子增强巨噬细胞炎症活性的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，人类体内验证尚需进一步开展	阐明深龋病变中ICAM1+ DPSCs的免疫调控功能并开发治疗策略	人及小鼠的深龋牙髓组织、牙髓干细胞（DPSCs）和THP-1单核细胞系	干细胞生物学	牙科疾病	单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	人及小鼠的深龋与健康牙髓组织样本（具体数量未明确说明）
1016	2025-08-29	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用及其机制	首次通过单细胞RNA测序揭示表达AEG-1的星形胶质细胞亚群与炎症反应相关，并证实AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫效应	研究主要基于LPS诱导的小鼠模型和体外培养模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究星形胶质细胞AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的功能及作用机制	小鼠模型和体外星形胶质细胞培养模型	神经科学	神经炎症性疾病	单细胞RNA测序，体外细胞培养	NA	基因表达数据	小鼠模型和体外培养细胞（具体数量未明确说明）
1017	2025-08-29	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-08, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法首次系统描绘了脊髓损伤后oncosis（胀亡）相关基因的时空表达动态和细胞定位	首次在脊髓损伤背景下揭示oncosis的时空基因调控图谱，并发现Trp53、Casp3等关键基因的细胞特异性表达模式	研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性仍需进一步验证	探究脊髓损伤后oncosis的分子机制和潜在治疗靶点	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系	生物信息学	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, 透射电镜(TEM)	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 显微镜图像	大鼠脊髓损伤模型（具体数量未明确说明）和PC12细胞系
1018	2025-08-29	Emerging molecular Therapeutic targets in breast Cancer: Pathologic identification and clinical implications 2025-Aug, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2025.105881 PMID:40759284	综述	本文总结乳腺癌当前及新兴分子生物标志物及其在精准肿瘤学中的应用前景	涵盖液体活检、空间转录组学等新技术发现的生物标志物，并强调肿瘤微环境在治疗调控中的作用	标准化、可重复性及临床验证方面仍存在挑战	推进乳腺癌精准诊断、预后评估及治疗决策	乳腺癌分子生物标志物及肿瘤微环境	数字病理	乳腺癌	NGS, 液体活检, 空间转录组学, 多重免疫荧光	NA	基因组数据, 液体活检样本, 肿瘤微环境数据	NA
1019	2025-08-29	MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf569 PMID:40568942	研究论文	开发了一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法MEBOCOST，用于检测代谢物介导的细胞间通讯	首个专门针对代谢物介导细胞通讯（mCCC）的计算工具，填补了蛋白质导向方法在此领域的空白	NA	检测和解析代谢物介导的细胞间通讯机制	人类白色脂肪组织和小鼠棕色脂肪组织的单细胞	生物信息学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），代谢通量平衡分析，CRISPR筛选	算法模型	单细胞RNA测序数据，空间数据，临床患者数据	人类肥胖患者和小鼠的脂肪组织样本
1020	2025-08-29	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-06-15, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病（AD）患者外周血和前额叶皮层组织的转录组数据，探索性别差异对疾病转录特征及药物重定位的影响	首次系统比较AD患者性别相关的转录组差异，结合单细胞RNA测序分析细胞类型分布及通讯，并预测性别特异性治疗药物	样本量较小（总计54例外周血样本），且部分数据依赖公共数据库（GEO），需进一步扩大验证	探究AD中性别相关的转录组差异及潜在性别分层治疗策略	阿尔茨海默病患者（AD）、轻度认知障碍患者（MCI）及健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析, Connectivity Map (CMap)	差异表达基因分析, 细胞通讯分析	RNA测序数据, 单细胞转录组数据	54例外周血样本（AD男性15例/女性10例，MCI男性7例/女性11例，健康男性6例/女性5例），另使用GEO数据库前额叶皮层单细胞数据