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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1001 | 2025-10-05 |
Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis
2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43168
PMID:40176290
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研究论文 | 本研究揭示了类风湿关节炎患者来源的抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制 | 首次证明抗PAD4抗体可直接结合单核细胞并触发炎症级联反应,促进T细胞活化和滑膜成纤维细胞炎症表型 | 研究主要基于胶原诱导性关节炎小鼠模型和体外细胞培养,需要进一步验证在人类患者中的直接病理机制 | 阐明抗PAD4自身抗体在类风湿关节炎发病机制中的具体作用 | 类风湿关节炎患者、胶原诱导性关节炎小鼠模型、人类单核细胞和滑膜成纤维细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序、体外细胞培养、流式细胞术 | 胶原诱导性关节炎小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及患者来源的抗体、小鼠模型和人类细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1002 | 2025-10-05 |
Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research
2025-Sep, Clinical and experimental nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1007/s10157-025-02679-8
PMID:40281349
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综述 | 概述单细胞分析技术,重点关注新兴表观基因组学和多组学方法及其在肾脏研究中的应用 | 整合表观基因组与转录组的单细胞多组学分析,揭示驱动细胞异质性的基因调控机制 | NA | 促进肾脏疾病新型生物标志物和治疗靶点的发现及临床转化 | 健康与疾病状态下的肾脏细胞 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序技术 | NA | 表观基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞表观基因组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
1003 | 2025-10-05 |
Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues
2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190
PMID:40311874
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研究论文 | 评估临床来源人类组织中空间转录组学技术的严谨性和可重复性 | 首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的技术性能,并比较多细胞与单细胞分辨率方法的优劣 | 主要关注肾脏组织,可能不适用于所有组织类型 | 验证空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用可行性 | 临床来源的人类肾脏组织和活检样本 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学,数字空间分析,单分子成像 | NA | 基因表达空间定位数据 | 临床来源的人类肾脏组织和活检样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 数字空间分析平台,单分子成像仪 | 数字空间分析技术,单细胞分辨率空间转录组学平台 |
1004 | 2025-10-05 |
Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer
2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805
PMID:40473111
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研究论文 | 本研究开发了一种结直肠癌肝转移病理组学模型,通过整合单细胞转录组、空间转录组分析和病理组学来预测结直肠癌肝转移风险 | 首次通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析识别出肝转移触发恶性细胞,并开发了基于弱监督学习的深度学习模型预测肝转移风险 | 模型在外部验证集表现存在差异(AUC 0.72-0.89),需要进一步验证和优化 | 提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测能力 | 结直肠癌患者 | 数字病理 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 批量RNA测序 | ResNet18, 一类逻辑回归算法 | 全切片图像, 转录组数据 | 癌症基因组图谱-结直肠癌组织学图像内部测试集及两个外部独立验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
1005 | 2025-10-05 |
High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma
2025-Sep, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16633
PMID:40566935
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研究论文 | 本研究通过高维流式细胞术分析美泊利单抗和度普利尤单抗治疗对重症哮喘患者2型淋巴细胞的影响 | 首次系统揭示美泊利单抗通过改变2型淋巴细胞的组织归巢受体表达和细胞因子产生能力来减轻气道炎症的新机制 | 样本量较小(特别是度普利尤单抗组仅7例),单细胞RNA测序样本量有限(n=3) | 探究2型生物制剂对重症哮喘患者循环淋巴细胞的影响机制 | 40例重症哮喘患者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 高参数流式细胞术, 单细胞RNA测序, 细胞刺激实验 | NA | 流式细胞数据, 单细胞转录组数据 | 40例患者(美泊利单抗33例,度普利尤单抗7例),治疗前及治疗后4、12个月采样 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1006 | 2025-10-05 |
Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis
2025-Sep, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16652
PMID:40689541
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现ELF中cystatin SN可作为预测2型慢性鼻窦炎的非侵入性生物标志物 | 首次发现cystatin SN在2型慢性鼻窦炎上皮细胞中特异性表达,并验证其在ELF中的诊断价值 | 样本来源和规模可能限制结果的普适性,需要更大规模研究验证 | 识别2型慢性鼻窦炎的非侵入性生物标志物以实现个体化治疗 | 慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和上皮衬液样本 | 生物医学研究 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序, Luminex多重分析, 酶联免疫吸附试验, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质浓度数据, 临床评分数据 | 慢性鼻窦炎患者和对照个体(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1007 | 2025-10-05 |
Dopaminergic short axon cells integrate sensory and top-down inputs to enhance discriminative learning in the mouse olfactory bulb
2025-Sep, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003375
PMID:40956809
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研究论文 | 本研究揭示了多巴胺能短轴细胞在小鼠嗅球中整合感觉和自上而下输入以增强辨别学习的神经机制 | 发现SACs通过突触和结构可塑性实现基于气味效价的感觉输入调节,并确定胆碱能输入作为效价依赖信号调节SAC活动 | 研究局限于小鼠嗅球系统,机制在其他感觉系统中的普适性仍需验证 | 探索辨别学习中增强感觉表征的神经机制 | 小鼠嗅球中的多巴胺能短轴细胞(SACs) | 神经科学 | NA | 光学成像、空间转录组学、电子显微镜 | NA | 图像、转录组数据、显微结构数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1008 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing analysis reveals the promotion of ELR CXCL genes on angiogenesis and the influence on malignant progression in glioblastoma
2025-Sep-01, Journal of clinical biochemistry and nutrition
IF:2.0Q3
DOI:10.3164/jcbn.25-26
PMID:40963732
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示ELR CXCL基因在胶质母细胞瘤中促进血管生成并影响恶性进展的作用机制 | 首次在胶质母细胞瘤中鉴定出癌症相关骨髓源性巨噬细胞亚群,并发现其特异性高表达ELR CXCL基因(特别是CXCL3)通过促进血管生成驱动肿瘤恶性进展 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仍需进一步扩展;细胞亚群功能机制研究深度有限 | 探究胶质母细胞瘤微环境中髓系细胞亚群的异质性及其在肿瘤恶性进展中的作用 | 胶质母细胞瘤组织样本和细胞系 | 单细胞生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 血管生成实验, CCK-8, 集落形成实验, Transwell实验, 流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据, 实验数据 | 来自GEO数据库的胶质母细胞瘤单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1009 | 2025-10-05 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
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研究论文 | 本研究通过单细胞外泌体追踪分析发现肺细胞通过外泌体通讯显著增强造血干细胞自我更新和移植能力 | 首次揭示肺细胞通过外泌体通讯调节造血干细胞稳态的新机制,突破了传统认为造血干细胞稳态仅受骨髓微环境调控的认知 | 研究主要基于实验条件,在临床转化应用中仍需进一步验证 | 探究肺细胞通过外泌体通讯对造血干细胞功能的调控机制 | 造血干细胞,特别是长期造血干细胞 | 单细胞生物学 | 镰状细胞病,骨髓衰竭 | 单细胞RNA测序,外泌体microRNA分析,蛋白质组学 | 单细胞外泌体追踪流程 | 单细胞RNA测序数据,miRNA数据,蛋白质数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,外泌体分析 | NA | NA |
1010 | 2025-10-05 |
Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas
2025-Jul-03, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf025
PMID:40489662
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研究论文 | 本研究探讨I型腺苷受体(ADORA1)过表达在子宫肌瘤生长中的作用机制 | 首次发现ADORA1受体在子宫肌瘤中的过表达现象,并阐明其通过调控AKT1信号通路促进肿瘤生长的机制 | 研究样本来源未明确说明具体数量,机制研究主要基于体外实验 | 探究细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制 | 子宫肌瘤组织标本和原代培养细胞 | 分子病理学 | 子宫肌瘤 | RT-qPCR, western blot, 免疫组织化学, 单细胞转录组学, siRNA干扰 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
1011 | 2025-10-05 |
The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation
2025-Apr, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00633-1
PMID:40217124
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研究论文 | 本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫环境,促进心肌炎症 | 首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞间的IL-12b/TNF/IFNγ信号正反馈环路驱动心肌炎症 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究CD40激动剂诱发心肌炎症的潜在机制 | 遗传工程小鼠模型的心脏免疫细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序,细胞清除研究 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1012 | 2025-10-05 |
Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis
2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2418023122
PMID:40106360
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研究论文 | 本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3启动子高甲基化通过促进氧化还原失衡影响破骨细胞生成的新机制 | 首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响破骨细胞生成,而非通过RANK-TRAF6解离途径 | NA | 探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用机制 | 人股骨头组织、Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型 | 表观遗传学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
1013 | 2025-10-05 |
Machine learning predictions from unpredictable chaos
2025-Mar-19, ArXiv
PMID:40166748
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研究论文 | 本文提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式,能够从混沌系统中实现准确预测 | 首次引入混沌学习概念,通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入混沌动力系统,实现从看似随机的混沌动态中进行定量预测 | 仅使用了28个数据集和两种混沌动力系统(Lorenz和Rossler吸引子)作为概念验证 | 开发能够从混沌系统中进行准确预测的新方法 | 脑波数据、蛋白质数据集、单细胞RNA测序数据和图像数据 | 机器学习 | NA | 多尺度拓扑拉普拉斯算子 | 混沌学习 | 脑波、蛋白质、单细胞RNA测序、图像 | 28个数据集(10个脑波、4个蛋白质、13个单细胞RNA测序、1个图像) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1014 | 2025-10-05 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
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研究论文 | 开发了一个用于识别高分辨率空间组学数据中空间可变特征的快速准确工具scBSP | 利用稀疏矩阵运算显著提高计算效率,能够处理数百万细胞的二维和三维数据,是目前处理此类高分辨率稀疏空间组学数据的最快工具 | NA | 解决空间组学数据中识别生物意义分子的计算挑战 | 高分辨率空间组学数据中的空间可变特征 | 空间组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间组学数据 | 181,367个位点,19,950个基因 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | NA |
1015 | 2025-10-05 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肺结节病患者支气管肺泡灌洗细胞中的免疫细胞组成、基因表达模式和细胞间相互作用 | 首次在肺结节病中系统鉴定五种巨噬细胞亚群并揭示其特异性基因表达谱和细胞间通讯变化 | 样本量相对有限(16例患者和14例对照),且仅基于支气管肺泡灌洗细胞分析 | 识别与肺结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化 | 肺结节病患者(包括进展性和非进展性)和健康对照者的支气管肺泡灌洗细胞 | 单细胞组学 | 肺结节病 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析,CellChat细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据 | 16例肺结节病患者(8例进展性,8例非进展性)和14例健康对照 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | CellRanger预处理流程 |
1016 | 2025-10-05 |
HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536
PMID:40404099
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研究论文 | 本研究探讨HBP1在急性胰腺炎和胰腺肿瘤进展中的双重作用 | 首次揭示HBP1在胰腺炎中具有保护作用但在KRAS突变背景下促进肿瘤进展的双重功能 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,需要更多临床验证 | 阐明HBP1在胰腺炎发生和胰腺肿瘤进展中的功能作用 | 人类胰腺炎样本、小鼠模型、人胰腺导管上皮细胞 | 分子病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织图像、蛋白质数据 | 人类胰腺炎样本和多种基因工程小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1017 | 2025-10-05 |
Malignant epithelia cells-derived spermine induces APOE+ macrophages to suppress tumor immunity in adenocarcinoma of the esophagogastric junction
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1636699
PMID:40963562
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研究论文 | 本研究揭示了食管胃结合部腺癌中恶性上皮细胞通过精胺诱导APOE+巨噬细胞抑制肿瘤免疫的机制 | 首次发现AEG特异性恶性亚型通过谷氨酰胺-精氨酸-精胺代谢轴驱动肿瘤免疫抑制,阐明精胺-STAT3-APOE轴在代谢-免疫串扰中的作用 | 样本量相对有限(单细胞RNA测序11例,空间转录组4例),需要更大规模验证 | 探究食管胃结合部腺癌进展机制,特别是代谢重编程与免疫微环境的相互作用 | 食管胃结合部腺癌患者的肿瘤组织和配对癌旁正常组织 | 数字病理学 | 食管胃结合部腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 代谢组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 代谢组数据 | 单细胞RNA测序11例, 空间转录组4例, 代谢组分析26例 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
1018 | 2025-10-05 |
Machine learning-based integration develops an immune-derived signature for diagnosing high-altitude pulmonary hypertension
2025, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2025.1603140
PMID:40963580
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了一种基于免疫特征的诊断模型用于高原性肺动脉高压 | 首次采用单细胞RNA测序、批量RNA测序和蛋白质组学的多组学整合方法,结合机器学习算法筛选出六基因诊断特征 | 样本量相对有限,外部验证队列的AUC值(0.773)低于训练队列(0.995) | 开发高原性肺动脉高压的微创血液诊断方法 | 高原性肺动脉高压患者和对照组的血液样本 | 机器学习 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,蛋白质组学,定量PCR | 随机森林 | 基因表达数据,蛋白质数据 | 单细胞RNA测序10例,批量RNA测序126例,蛋白质组学42例,训练队列55例,验证队列71例 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
1019 | 2025-10-05 |
A machine learning-derived immune-related prognostic model identifies PLXNA3 as a functional risk gene in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1653794
PMID:40963600
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研究论文 | 本研究通过机器学习构建了结直肠癌免疫相关预后模型,并鉴定PLXNA3为关键风险基因 | 整合100多种机器学习算法构建预后模型,首次系统揭示PLXNA3在结直肠癌中的免疫相关功能 | NA | 开发结直肠癌预后生物标志物并探索其生物学功能 | 结直肠癌患者转录组和临床数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | 转录组测序, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 免疫组化 | LASSO, CoxBoost, StepCox | 转录组数据, 临床数据 | TCGA和GEO队列数据 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1020 | 2025-10-05 |
Decoding paraneoplastic neuromyelitis optica: a multi-omics investigation of tumor-driven T and B cell dynamics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1665688
PMID:40963604
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综述 | 本文探讨多组学技术如何革新肿瘤相关性视神经脊髓炎谱系疾病中T细胞和B细胞功能动态的研究 | 首次系统整合多组学技术(基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学)解析肿瘤驱动自身免疫反应的分子机制 | 将研究发现转化为临床应用仍面临重大挑战,需要开发可靠的分子特征来区分肿瘤性和特发性NMOSD | 阐明肿瘤如何通过分子模拟机制触发针对中枢神经系统的自身免疫反应 | 肿瘤相关性视神经脊髓炎谱系疾病患者的T细胞和B细胞 | 生物医学 | 视神经脊髓炎谱系疾病 | 单细胞RNA测序, TCR/BCR测序, 多组学分析 | AI, 机器学习 | 基因组, 表观基因组, 转录组, 蛋白质组, 代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |