单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2025-04-14	Machine learning-based prognostic modeling integrating PANoptosis in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02310-y PMID:40208478	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法，构建了一个基于PANoptosis的头颈部鳞状细胞癌预后模型	首次在单细胞水平分析PANoptosis相关基因，并利用101种机器学习算法组合构建预后模型，发现GSTO1作为关键基因	需要进一步的实验验证，且模型在临床应用前需进行更大规模的验证	开发头颈部鳞状细胞癌的预后预测模型	头颈部鳞状细胞癌患者	机器学习	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，PCR	StepCox[backward] + RSF	转录组数据	TCGA-HNSCC训练集，GSE41613和GSE65858验证集，外加临床样本验证
1002	2025-04-14	Identification of a deubiquitinating gene-related signature in ovarian cancer using integrated transcriptomic analysis and machine learning framework 2025-Apr-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02267-y PMID:40208475	研究论文	通过整合转录组分析和机器学习框架，识别卵巢癌中去泛素化基因相关特征	首次在卵巢癌中系统分析去泛素化(DUB)基因的表达模式，并开发了一个具有预后价值的DUB相关风险特征(DRS)模型	研究主要基于公共数据库的转录组数据，缺乏实验验证	探索DUB基因在卵巢癌中的作用及其预后价值	卵巢癌肿瘤微环境中的不同细胞亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序，批量转录组分析	机器学习框架	转录组数据	来自GEO和TCGA数据库的多组数据集
1003	2025-04-14	Role of METTL16 in PPARγ methylation and osteogenic differentiation 2025-Apr-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07527-x PMID:40210616	研究论文	本研究探讨了METTL16通过调控PPARγ的m6A甲基化对骨髓间充质干细胞（BMSCs）成骨分化的影响及其在骨质疏松症中的作用	首次揭示了METTL16通过促进PPARγ转录的m6A修饰来调控BMSCs的铁死亡和成骨分化	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明METTL16-PPARγ轴在骨质疏松症发病机制中的作用	骨髓间充质干细胞（BMSCs）和小鼠模型	分子生物学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和Bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
1004	2025-04-14	Modeling the dynamics of EMT reveals genes associated with pan-cancer intermediate states and plasticity 2025-Apr-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00512-2 PMID:40210876	研究论文	通过数学建模和单细胞RNA测序数据研究上皮-间质转化（EMT）的动态过程，识别与高转移性中间状态相关的标志基因	整合数学建模和推断方法识别与EMT动态相关的基因，发现SFN和NRG1作为中间状态的关键调控因子	研究依赖于数学模型和scRNA-seq数据，可能未涵盖所有EMT相关基因或机制	识别与EMT中间状态相关的标志基因，为肿瘤转移提供生物标志物和治疗靶点	多种肿瘤类型和刺激下的EMT动态过程	计算生物学	泛癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯参数推断的EMT数学模型	scRNA-seq数据	多种肿瘤类型和刺激下的样本
1005	2025-04-14	SIGMAR1 screened by a GPCR-related classifier regulates endoplasmic reticulum stress in bladder cancer 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06393-7 PMID:40211230	research paper	本研究通过构建GPCR-TME分类器，识别了SIGMAR1作为调控膀胱癌内质网应激的关键因子，并验证了其在肿瘤生长和免疫细胞浸润中的作用	构建了GPCR-TME分类器并发现SIGMAR1在膀胱癌中的新作用机制，特别是其调控内质网应激的功能	研究主要依赖于公共数据库的数据，实验验证仅限于细胞系和小鼠模型，未涉及人类临床试验	探究GPCRs在膀胱癌中的作用，特别是SIGMAR1调控内质网应激的机制	膀胱癌细胞系、组织样本及裸鼠移植瘤模型	digital pathology	bladder cancer	scRNA-seq, western blotting, GSEA, WGCNA, TIP, CIBERSORT	GPCR-TME classifier	RNA-seq数据、临床病理数据、免疫细胞浸润数据	公共数据库中的批量测序和单细胞RNA测序数据，膀胱癌细胞系和组织样本，裸鼠移植瘤模型
1006	2025-04-14	A novel mitochondrial quality regulation gene signature for anticipating prognosis, TME, and therapeutic response in LUAD by multi-omics analysis and experimental verification 2025-Apr-10, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03764-4 PMID:40211263	研究论文	通过多组学分析和实验验证，建立了一个新的线粒体质量调控基因特征，用于预测肺腺癌（LUAD）的预后、肿瘤微环境（TME）和治疗反应	首次利用线粒体质量相关基因（MQRGs）构建了一个简洁的风险模型，用于预测LUAD患者的总体生存率，并揭示了这些基因与α-亚麻酸代谢途径的关联	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制，实验验证的样本范围有限	探索线粒体质量相关基因在肺腺癌中的作用，并开发新的预后预测模型	肺腺癌（LUAD）患者及其相关基因表达数据	数字病理	肺癌	转录组分析、RT-qPCR、免疫组化、单细胞测序	LASSO算法、多元COX回归	转录组数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据
1007	2025-04-14	The glycolytic characteristics of hepatocellular carcinoma and its interaction with the microenvironment: a comprehensive omics study 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06421-6 PMID:40211257	研究论文	本研究通过多组学分析，识别了肝细胞癌（HCC）中与糖酵解相关的预后标志物及其与微环境的相互作用	整合了转录组、代谢组、16S rRNA测序及单细胞测序数据，发现了糖酵解相关基因在HCC不同免疫细胞亚群中的表达差异	样本来源和数量可能限制了结果的普适性，且部分发现需进一步实验验证	识别HCC中与糖酵解相关的预后标志物和免疫异常	肝细胞癌（HCC）患者的癌组织和癌旁组织	数字病理学	肝细胞癌	转录组测序、代谢组分析、16S rRNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组、质谱流式细胞术（CyTOF）	StepCox[both] + 随机生存森林模型	转录组数据、代谢组数据、微生物组数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、质谱流式细胞术数据	来自HCC患者和对照组的癌组织及癌旁组织样本，整合了TCGA、GSE14520、GSE76427和GSE202642数据集
1008	2025-04-14	The CD163 + tissue-infiltrating macrophages regulate ferroptosis in thyroid-associated ophthalmopathy orbital fibroblasts via the TGF-β/Smad2/3 signaling pathway 2025-Apr-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06443-0 PMID:40211281	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了CD163+组织浸润巨噬细胞在甲状腺相关眼病（TAO）进展中调节眼眶成纤维细胞铁死亡的作用，并确定了针对巨噬细胞铁死亡信号的治疗候选药物	首次揭示了CD163+巨噬细胞通过TGF-β/Smad2/3信号通路调节TAO眼眶成纤维细胞铁死亡的新机制，并预测了潜在的治疗药物	样本量相对较小（4例TAO患者和2例健康对照），且体外实验模型可能无法完全模拟体内复杂环境	探究甲状腺相关眼病（TAO）中铁死亡调控的分子机制及潜在治疗靶点	TAO患者的眼眶脂肪组织和成纤维细胞，以及CD163+巨噬细胞	生物医学研究	甲状腺相关眼病	RNA-seq、单细胞测序、RT-qPCR、RWR算法	体外共培养模型、TGF-β1诱导的成纤维细胞模型	基因表达数据、单细胞测序数据	4例TAO患者和2例健康对照的组织样本，6例人类组织样本的单细胞测序数据
1009	2025-04-14	Shared and distinct peripheral blood immune cell landscape in MCTD, SLE, and pSS 2025-Apr-10, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01374-1 PMID:40211396	研究论文	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，首次解析了混合性结缔组织病（MCTD）患者外周血免疫细胞的转录组变化，并与系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）进行了比较	首次对MCTD患者外周血单核细胞进行单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了MCTD、SLE和pSS之间的共享和独特特征	样本量可能有限，且仅关注了外周血免疫细胞，未涉及其他组织或细胞类型	解析MCTD的免疫细胞转录组特征，并比较其与SLE和pSS的异同	混合性结缔组织病（MCTD）、系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）患者的外周血单核细胞（PBMCs）	免疫学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	MCTD患者的PBMCs样本，以及来自GEO数据库的SLE（GSE135779）和pSS（GSE157278）数据集
1010	2025-04-14	An Arabidopsis single-nucleus atlas decodes leaf senescence and nutrient allocation 2025-Apr-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.024 PMID:40220755	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了拟南芥的单核转录组图谱，揭示了叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性协调机制	首次在单细胞分辨率下量化叶片细胞衰老状态，并鉴定出调控叶片衰老的枢纽基因网络	研究结果主要基于模式植物拟南芥，在其他物种中的普适性有待验证	解析植物叶片衰老和养分分配的细胞类型特异性调控机制	拟南芥20个组织的100多万个细胞核	植物分子生物学	NA	单核RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA)	NA	转录组数据	超过100万个细胞核，来自20个不同组织
1011	2025-04-14	Tumor-Derived CD109 Orchestrates Reprogramming of Tumor-Associated Macrophages to Dampen Immune Response 2025-Apr-10, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	本研究探讨了肝内胆管癌(iCCA)中肿瘤来源的可溶性CD109(sCD109)在肿瘤免疫微环境(TIME)重塑中的免疫抑制作用及其机制	首次揭示sCD109作为'分泌型免疫检查点'通过双重机制调控CD73+肿瘤相关巨噬细胞的富集	研究主要在临床前模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	开发抑制肿瘤生长和提高免疫治疗效果的新靶点	肝内胆管癌(iCCA)及其肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、CyTOF、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据	NA
1012	2025-04-14	Prior chemotherapy deteriorates T-cell quality for CAR T-cell therapy in B-cell non-Hodgkin's lymphoma 2025-Apr-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010709 PMID:40210237	研究论文	本研究探讨了化疗对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者T细胞功能的影响，及其对CAR T细胞疗法效果的潜在负面影响	首次系统评估了化疗对T细胞功能的影响，并提出了在化疗前采集T细胞可能提高CAR T细胞疗法效果的新策略	研究样本量有限，且仅针对B细胞非霍奇金淋巴瘤患者	评估化疗对T细胞功能的影响及其对CAR T细胞疗法效果的潜在影响	B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的T细胞	肿瘤免疫治疗	B细胞非霍奇金淋巴瘤	多参数流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全基因组DNA甲基化阵列、体外功能测试	NA	细胞样本、基因表达数据、表观遗传数据	两个B细胞非霍奇金淋巴瘤患者队列(治疗前和治疗后)
1013	2025-04-14	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-Apr-09, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究通过结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间相互作用及ECM重塑机制	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, ECM imaging	NA	3D tissue sections	1例临床肺癌样本
1014	2025-04-14	Hyperglycemia as driver of glioblastoma progression: Insights from Mendelian randomization and single-cell transcriptomics 2025-Apr-08, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149636 PMID:40210146	研究论文	本研究探讨了高血糖与胶质母细胞瘤（GBM）进展之间的因果关系及其潜在机制	结合孟德尔随机化分析和单细胞转录组学，揭示了高血糖通过改变肿瘤微环境和激活GBM相关通路促进GBM进展的新机制	研究主要基于遗传关联和小鼠模型，需要进一步的人类临床研究验证	探究高血糖与GBM进展之间的因果关系及其分子机制	GBM患者和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、基因集富集分析（GSEA）	GBM小鼠模型	基因组数据、转录组数据	UK Biobank和FinnGen数据库的GWAS数据、GBM小鼠模型
1015	2025-04-14	An erythroid-biased FOShi hematopoietic multipotent progenitor subpopulation contributes to adaptation to chronic hypoxia 2025-Apr-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.03.010 PMID:40220764	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了模拟长期高海拔缺氧的高海拔红细胞增多症（HAPC）小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞，发现了一种独特的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP	发现了一种新的红细胞偏向性多能祖细胞亚群FOS MPP，该亚群在缺氧条件下扩增，并具有独特的干扰素信号响应性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究缺氧适应和适应不良的细胞和分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及红细胞	分子生物学	高海拔红细胞增多症（HAPC）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA-seq数据	HAPC小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞及红细胞
1016	2025-04-14	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Apr-02, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外方法，用于监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒功能的影响	首次通过单细胞测序揭示了纳米材料对肥大细胞基因表达谱的影响，而不仅仅是功能检测	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞功能及基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料
1017	2025-04-14	Integrating multiple spatial transcriptomics data using community-enhanced graph contrastive learning 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012948 PMID:40179111	研究论文	提出了一种名为Tacos的社区增强图对比学习方法，用于整合多个空间转录组数据	首次在基于图的方法中考虑了空间结构在切片内和切片间的异质性，并提出了社区增强的图对比学习方法	未明确提及方法的计算复杂度或对大规模数据的适用性	开发一种能够整合不同平台和生物条件下产生的空间转录组数据的方法	来自不同平台和不同生物条件的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组测序	图对比学习	空间转录组数据	多个真实数据集（具体数量未提及）
1018	2025-04-14	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-Mar-03, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	研究论文	通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，研究结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质的蛋白异质性及其与癌症亚型的关系	首次整合定量蛋白质组学和scRNA-seq数据，揭示结直肠癌肿瘤微环境中ECM蛋白的细胞来源异质性，并建立细胞-基质组数据库	样本量较小(仅21例患者)，且仅针对结直肠癌进行研究	解析结直肠癌肿瘤微环境中ECM蛋白的异质性及其与癌症亚型的关系	结直肠癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织的ECM蛋白	肿瘤微环境研究	结直肠癌	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	CMS分子亚型分类	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	21例CRC患者的24份组织样本(包含肿瘤和癌旁正常组织)
1019	2025-04-14	Vascular heterogeneity of tight junction Claudins guides organotropic metastasis 2024-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00813-1 PMID:39289595	research paper	研究揭示了血管异质性在器官特异性转移中的作用，特别是通过紧密连接蛋白Claudins的调控	发现Ang2介导的Claudin 5抑制促进肺转移，而Claudins 2和10的抑制则能诱导肾转移，揭示了血管异质性在器官特异性转移中的独立作用	研究主要关注乳腺癌症的肺和肾转移，可能不适用于其他癌症类型或转移器官	探索器官特异性转移的机制	乳腺癌症的肺和肾转移	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序分析、功能研究	自发性和植入性转移性乳腺癌症模型	NA	NA
1020	2025-04-13	Multi-omics profiling of acute Pseudomonas aeruginosa pneumonia unmasks conventional NK cell depletion and stage-specific therapeutic targets 2025-Dec, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2025.2490206 PMID:40216004	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了急性铜绿假单胞菌肺炎中常规NK细胞的耗竭及其阶段特异性治疗靶点	首次发现铜绿假单胞菌肺炎早期常规NK细胞(cNK)而非组织驻留NK细胞(trNK)的耗竭现象，并解析了NK细胞亚群异质性动态变化	研究局限于小鼠模型，尚未在人体临床样本中验证	阐明吸入性铜绿假单胞菌感染后宿主先天免疫反应特征	铜绿假单胞菌肺炎小鼠模型	免疫学	肺炎	RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠感染模型	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞数据	未明确说明小鼠数量，但包含多时间点(24h/48h)动态分析