单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2025-05-07	Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06154-6 PMID:39905485	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示食管鳞状细胞癌转移中异质性的产生机制	利用单细胞ATAC测序（scATAC-seq）结合多种组学数据，揭示了染色质可及性在食管鳞状细胞癌转移过程中调控细胞异质性的分子机制	样本量较小（仅4名患者），且未涉及更多临床阶段的验证	探究染色质可及性在食管鳞状细胞癌（ESCC）转移过程中如何调控细胞异质性	食管鳞状细胞癌患者的癌组织和癌旁组织	癌症基因组学	食管鳞状细胞癌	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	4名ESCC患者的癌组织和癌旁组织
1002	2025-05-07	Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06150-w PMID:39905493	research paper	通过单细胞RNA测序技术揭示慢性萎缩性胃炎(CAG)中上皮防御系统减弱、免疫反应下降以及不同成纤维细胞亚群的免疫调节作用	首次利用单细胞转录组技术系统解析CAG病变中的细胞变化，发现CXCL11+APOE+成纤维细胞亚群在萎缩性胃炎发病中的免疫调节作用	样本量较小(仅3例CAG活检样本)，未进行功能验证实验	阐明慢性萎缩性胃炎发生的分子机制	慢性萎缩性胃炎患者的胃黏膜组织	digital pathology	chronic atrophic gastritis	scRNA-seq, GO分析, Gene set score分析, 代谢分析, NichNet分析, TF分析	NA	单细胞转录组数据	3例CAG活检样本及配对正常组织
1003	2025-05-07	Single-cell sequencing provides clues about the developmental genetic basis of evolutionary adaptations in syngnathid fishes 2025-Feb-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97764 PMID:39898521	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了海龙科鱼类进化适应的发育遗传基础	首次构建了海湾管鱼胚胎的单细胞RNA测序图谱，揭示了其特殊性状（如雄性怀孕、无齿等）的发育遗传机制	研究仅针对单一物种（海湾管鱼）的胚胎阶段，未来需要跨物种和多发育阶段的比较研究	探究海龙科鱼类特殊性状的发育遗传基础	海湾管鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	海湾管鱼胚胎样本（具体数量未明确说明）
1004	2025-05-07	Single-cell RNA sequencing of neonatal cortical astrocytes reveals versatile cell clusters during astrocyte-neuron conversion 2025-Feb-03, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10309-5 PMID:39899158	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究新生鼠皮质星形胶质细胞在向神经元转化过程中的异质性及其转化潜力	揭示了星形胶质细胞在神经元转化过程中的异质性，并识别出具有更高转化潜力的Astrocyte 3亚群	研究仅基于体外实验，未验证体内环境下的转化效果	探究星形胶质细胞向神经元转化的异质性及其分子机制	新生鼠皮质星形胶质细胞	生物医学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	体外培养的星形胶质细胞在Day 1和Day 9两个时间点的样本
1005	2025-05-07	Deep learning powered single-cell clustering framework with enhanced accuracy and stability 2025-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87672-7 PMID:39900656	研究论文	提出了一种名为scG-cluster的深度结构聚类方法，用于提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	引入了双拓扑邻接图和双拓扑自适应图卷积网络（TAGCN），通过注意力机制和残差连接解决传统方法的局限性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	TAGCN	基因表达数据	六个不同的scRNA-seq数据集
1006	2025-05-07	Single-cell landscape of dynamic changes in CD8+ T cells, CD4+ T cells and exhausted T cells in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88377-7 PMID:39900964	research paper	通过单细胞测序数据研究肝细胞癌中T细胞相关基因在预后中的价值	使用hdWGCNA算法识别与CD4 T细胞、CD8 T细胞和耗竭T细胞相关的基因模块，并揭示耗竭T细胞中信号通路活性的改变	样本量较小，仅包含12例肝细胞癌单细胞测序数据	探究T细胞相关基因在肝细胞癌预后中的作用及对免疫治疗反应的影响	肝细胞癌患者中的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	single-cell sequencing, hdWGCNA, AUCell algorithm, immune cell infiltration analysis, immunohistochemistry, real-time PCR	hdWGCNA	single-cell sequencing data, transcriptome data	12例肝细胞癌单细胞测序数据
1007	2025-05-07	Optimized gene transduction in human lung organoids: A high-efficiency method for advanced research applications 2025-Feb-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07461-w PMID:39900972	研究论文	本文优化了一种提高慢病毒载体在人iPSC来源肺类器官中转导效率的方法	通过物理破坏类器官增加表面积并结合旋转接种法，显著提高了转导效率	方法可能不适用于其他类型的类器官或细胞模型	提高基因转导效率以促进肺研究和疾病模型研究	人iPSC来源的肺类器官	生物医学工程	肺疾病	慢病毒载体转导、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	NA
1008	2025-05-07	Exploring biomarkers and molecular mechanisms of Type 2 diabetes mellitus promotes colorectal cancer progression based on transcriptomics 2025-Feb-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88520-4 PMID:39901036	研究论文	本研究探索了2型糖尿病（T2DM）促进结直肠癌（CRC）进展的潜在生物标志物和分子机制	揭示了T2DM促进CRC进展与O-连接糖基化相关的过程，构建了T2DM-CRC共病的诊断模型，并鉴定出COX11作为潜在的免疫相关分子标志物	研究主要基于转录组学数据，未涉及实验验证	探索T2DM促进CRC进展的分子机制和生物标志物	结直肠癌患者（伴有或不伴有T2DM）的肿瘤组织	生物信息学	结直肠癌	转录组学分析，基因本体分析，基因集富集分析，免疫浸润算法，单细胞转录分析，分子对接	Lasso逻辑回归模型	转录组数据	未明确说明样本数量
1009	2025-05-07	SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer 2025-Feb-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02244-7 PMID:39901166	研究论文	本研究探讨了宫颈癌中SELP表达在内皮细胞亚群中的作用及其与放疗效果的关系	首次揭示了SELP+ TEC与CD8+ T细胞通过ACKR1-CCL5轴的互作机制及其对放疗效果的积极影响	研究样本量有限，机制研究仍需进一步验证	探究SELP在宫颈癌中对抗癌免疫和放疗反应的影响机制	宫颈癌患者肿瘤组织样本和单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA测序	NA	基因表达数据	205例放疗患者组织样本，42,159个细胞(来自8例患者)，187例放疗患者bulk RNA测序数据
1010	2025-05-07	IL-23 Promotes γδT Cell Activity in Dry Eye Disease Progression 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.10 PMID:39903182	研究论文	本研究探讨了IL-23在干眼病（DED）进展中促进γδT细胞活性的作用	揭示了IL-23通过与其受体IL-23R在γδT细胞上的相互作用促进DED炎症反应的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模的临床验证	阐明IL-23在调节γδT细胞生成和促进干眼炎症反应中的作用	小鼠和人类γδT细胞	免疫学	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、转录组测序	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	野生型和γδT细胞缺陷型小鼠模型及视觉显示终端综合征患者的眼表细胞样本
1011	2025-05-07	Expression of Osteopontin in M2 and M4 Intrinsically Photosensitive Retinal Ganglion Cells in the Mouse Retina 2025-Feb-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.2.14 PMID:39908128	research paper	本研究旨在表征小鼠视网膜中骨桥蛋白（osteopontin）在M2和M4型内在光敏视网膜神经节细胞（ipRGCs）中的表达模式	发现骨桥蛋白不仅在M4-ipRGCs中表达，也在M2-ipRGCs中表达，挑战了骨桥蛋白仅作为αRGCs标记物的观点	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	研究骨桥蛋白在不同ipRGC亚型中的表达模式	小鼠视网膜中的M2和M4型内在光敏视网膜神经节细胞（ipRGCs）	神经科学	视神经损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）、神经突追踪	NA	RNA测序数据、图像数据	C57BL/6J小鼠的视网膜切片和扁平标本
1012	2025-04-16	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-Feb-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境的动态变化及预后标志物	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，开发了一个新的预后模型，并鉴定了三种潜在的治疗药物	样本量相对较小（31个样本），且依赖于已发表的数据集	阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	单细胞转录组数据	31个样本（包括8个PDAC I期、9个PDAC II期、6个PDAC III期和8个PDAC IV期）
1013	2025-05-07	Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56623-1 PMID:39893178	research paper	本文介绍了一种名为ReDeconv的计算算法，该算法将转录组大小纳入单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据归一化和批量RNA测序细胞去卷积中	提出了ReDeconv算法，引入基于线性化转录组大小的计数（CLTS）归一化方法，纠正了标准每10K计数归一化中通常误识别的差异表达基因	NA	改进单细胞RNA测序数据归一化和批量RNA测序细胞去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq	ReDeconv, CLTS	RNA测序数据	合成数据集和真实数据集
1014	2025-05-07	Vaccine-induced T cell receptor T cell therapy targeting a glioblastoma stemness antigen 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56547-w PMID:39893177	研究论文	本研究开发了一种针对胶质母细胞瘤干性抗原的疫苗诱导T细胞受体T细胞疗法	首次从接种疫苗的胶质母细胞瘤患者中鉴定出HLA-A*02限制性PTPRZ1反应性TCR，并证明其治疗效果	研究仅限于HLA-A*02阳性患者，且临床前模型结果需要进一步人体试验验证	开发针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法	蛋白酪氨酸磷酸酶受体Z1型(PTPRZ1)抗原和胶质母细胞瘤干细胞(GSCs)	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞测序、TCR-T细胞疗法	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，但包括原代脑肿瘤样本和胶质母细胞瘤细胞系
1015	2025-05-07	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data: unveiling RNA methylation and autophagy-related signatures in chronic obstructive pulmonary disease patients 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87437-2 PMID:39893187	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者中RNA甲基化和自噬相关特征	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了RNA甲基化与自噬在COPD发病机制中的关键作用，并鉴定了FTO和IGF2BP2等关键RNA甲基化调控基因	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探究RNA甲基化调控因子及其与自噬在COPD发病机制中的作用	COPD和非COPD患者的RNA测序数据及COPD小鼠模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	批量RNA测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，RT-qPCR，流式细胞术	WGCNA	RNA测序数据	来自GEO数据库的COPD和非COPD患者样本及COPD小鼠模型
1016	2025-05-07	Spatial integration of multi-omics single-cell data with SIMO 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56523-4 PMID:39893194	research paper	开发了一种名为SIMO的计算方法，用于通过概率对齐实现多组学数据集的空间整合	SIMO不仅能整合空间转录组与单细胞RNA测序数据，还能扩展到整合多种单细胞模态数据，如染色质可及性和DNA甲基化，这些数据之前未在空间尺度上共同分析	NA	解决空间和单细胞组学测序中的技术限制，以在空间尺度上捕获和描述多模态信息	多组学单细胞数据	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序、染色质可及性分析、DNA甲基化测序	概率对齐模型	多组学单细胞数据	NA
1017	2025-05-07	Comprehensive analysis reveals the tumor suppressor role of macrophage signature gene FCER1G in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88071-8 PMID:39893200	研究论文	通过单细胞RNA测序和基因组分析，探索肝细胞癌中巨噬细胞特征基因FCER1G的肿瘤抑制作用及其对患者预后的影响	利用单细胞测序数据构建LASSO回归模型预测HCC患者预后，并发现FCER1G基因在HCC中的肿瘤抑制作用	样本量较小（仅7个HCC样本），且未在MSI和TMB评分中观察到显著差异	探索肝细胞癌中巨噬细胞特征基因及其对患者预后的影响	肝细胞癌（HCC）患者和巨噬细胞特征基因FCER1G	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、基因组分析、LASSO回归模型	LASSO回归	单细胞RNA测序数据、基因组数据	7个HCC样本（来自GEO数据库）和TCGA-LIHC队列验证
1018	2025-05-07	MSC-EVs and UCB-EVs promote skin wound healing and spatial transcriptome analysis 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87592-6 PMID:39893214	研究论文	研究探讨了间充质干细胞来源的细胞外囊泡（MSC-EVs）和脐带血浆来源的细胞外囊泡（UCB-EVs）对皮肤伤口愈合和疤痕减少的影响	首次使用空间转录组学（ST）分析MSC-EVs和UCB-EVs对小鼠皮肤组织中主要细胞类型异质性和伤口愈合途径的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究MSC-EVs和UCB-EVs对皮肤伤口愈合和疤痕形成的促进作用及其机制	小鼠皮肤伤口模型和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）	再生医学	皮肤创伤	超速离心、透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析、Western blot、细胞划痕实验、细胞迁移实验、细胞增殖实验、空间转录组学（ST）	NA	细胞实验数据、小鼠皮肤组织样本	小鼠皮肤组织样本（未明确数量）和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）
1019	2025-05-07	Oocyte transcriptomes and follicular fluid proteomics of ovine atretic follicles reveal the underlying mechanisms of oocyte degeneration 2025-Feb-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11291-9 PMID:39893388	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和串联质谱标签蛋白质组学技术，探究了绵羊闭锁卵泡中卵母细胞和卵泡液的转录调控机制及蛋白质谱	鉴定了175个闭锁特异性基因和8个候选卵母细胞分泌因子，揭示了卵母细胞铁死亡调控的新机制，并发现了与卵泡闭锁相关的两个卵母细胞分泌生物标志物PGK1和ANGPT2	研究结果主要基于绵羊模型，在人类或其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证	阐明卵泡闭锁过程中卵母细胞退化的分子机制	绵羊闭锁卵泡中的卵母细胞和卵泡液	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 串联质谱标签(TMT)蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	NA
1020	2025-05-07	Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70226 PMID:39902678	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中单核-巨噬细胞动态在免疫失调中的关键作用	揭示了外周与肺部免疫景观的显著对比，以及单核-巨噬细胞系在免疫失调中的核心作用	样本量较小，仅涉及五名患者	深入了解严重抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中外周和肺部免疫失调的机制，并探索潜在的治疗靶点	抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液	免疫学	间质性肺病	单细胞RNA测序、Luminex检测、流式细胞术	NA	RNA序列数据	5名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞