单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10161	2024-08-29	CCPE: cell cycle pseudotime estimation for single cell RNA-seq data 2022-01-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1236 PMID:34931240	研究论文	本文开发了一种名为CCPE的新型细胞周期伪时间估计方法，用于从单细胞RNA测序数据中表征细胞周期时间和识别细胞周期阶段	CCPE使用一种判别性螺旋来表征细胞周期的循环过程，并估计每个细胞沿细胞周期的伪时间	NA	开发一种有效的方法来预测细胞周期伪时间并识别细胞周期阶段	单细胞RNA测序数据中的细胞周期	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种模拟和真实的单细胞RNA测序数据集
10162	2024-08-29	Transcriptomic signatures associated with autoimmune thyroiditis in papillary thyroid carcinoma and cancer immunotherapy-induced thyroid dysfunction 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.05.019 PMID:35664236	研究论文	本研究探讨了甲状腺乳头状癌（PTC）与桥本甲状腺炎（HT）共存现象及其转录组基础，以及免疫治疗相关甲状腺功能障碍的分子标志物	首次揭示了PTC患者中HT与复发之间的负相关性，并发现了HT患者中PD-1相关基因的高表达与CD8 T细胞激活的潜在关联	研究主要基于回顾性数据分析，未来需通过前瞻性研究进一步验证	探索PTC与HT共存的转录组基础及免疫治疗相关甲状腺功能障碍的分子机制	甲状腺乳头状癌患者及接受免疫治疗的患者的甲状腺功能障碍	数字病理学	甲状腺癌	转录组分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据，单细胞数据	468名PTC患者，22,155名PTC患者（元分析），17,438个细胞（单细胞转录组分析），39,123名患者（甲状腺不良事件分析）
10163	2024-08-29	Comparative Toxicotranscriptomics of Single Cell RNA-Seq and Conventional RNA-Seq in TCDD-Exposed Testicular Tissue 2022, Frontiers in toxicology IF:3.6Q2 DOI:10.3389/ftox.2022.821116 PMID:35615540	研究论文	本报告比较了两种转录组学方法（常规RNA-seq和单细胞RNA测序）在暴露于TCDD的成年斑马鱼睾丸组织中的结果和局限性	单细胞RNA测序能够揭示异质组织中特定细胞类型的转录组动态	单细胞RNA测序中的细胞解离效应和转录组覆盖度降低可能影响毒理学研究	探讨单细胞RNA测序与常规RNA-seq在转录组学和毒理学上的差异	暴露于TCDD的成年斑马鱼睾丸组织	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	控制组和TCDD暴露组的配对样本
10164	2024-08-29	Cisplatin Neurotoxicity Targets Specific Subpopulations and K+ Channels in Tyrosine-Hydroxylase Positive Dorsal Root Ganglia Neurons 2022, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2022.853035 PMID:35586548	研究论文	研究揭示了顺铂化疗引起的外周神经病变中，顺铂如何影响酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元的特定亚群和K+通道	发现了顺铂通过靶向外向K电流（可能通过K2P18.1通道）影响神经元功能，并暗示维生素E可能具有神经保护作用	NA	探讨顺铂化疗引起的外周神经病变的细胞机制	酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元	数字病理学	NA	单细胞转录组分析和电生理分析	NA	转录组数据和电生理数据	小鼠的酪氨酸羟化酶阳性背根神经节神经元
10165	2024-08-29	Single-cell RNA sequencing of batch Chlamydomonas cultures reveals heterogeneity in their diurnal cycle phase 2021-05-31, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koab025 PMID:33585940	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了Chlamydomonas reinhardtii在不同环境和基因型下的细胞异质性，特别是在昼夜周期中的表现。	首次使用scRNA-seq技术揭示了Chlamydomonas细胞在铁或氮缺乏条件下的异质性，并展示了昼夜节律对细胞响应的影响。	研究仅限于实验室培养的Chlamydomonas reinhardtii，未涉及自然环境中的藻类群体。	探讨Chlamydomonas reinhardtii在不同环境条件下的转录组异质性。	Chlamydomonas reinhardtii的单细胞转录组。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及两种基因型的Chlamydomonas细胞，在三种不同环境条件下进行测序。
10166	2024-08-29	Machine Intelligence in Single-Cell Data Analysis: Advances and New Challenges 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.655536 PMID:34135939	综述	本文综述了机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用	介绍了单细胞RNA测序数据的预处理方法和高级数据分析工具，以及多组学整合和单细胞RNA测序数据的综合分析	NA	探讨机器学习方法在单细胞多组学数据分析中的应用，以促进对复杂生物系统或过程的理解	单细胞多组学数据分析	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	多组学数据	NA
10167	2024-08-29	scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks 2020-09-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa506 PMID:32588900	研究论文	本文提出了一种使用生成对抗网络（GANs）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补的方法，称为scIGANs	scIGANs利用生成的细胞而非观察到的细胞来避免过度平滑和去除细胞间基因表达的自然随机性，并平衡主要和稀有细胞群之间的性能	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据的质量，通过插补技术减少技术噪声，如过多的假零值（dropouts）	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GANs）	基因表达数据	适用于包含超过100,000个细胞的数据集
10168	2024-08-29	CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data 2020-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13779-x PMID:31900397	研究论文	本文介绍了一种名为CaSpER的信号处理方法，用于通过综合分析单细胞或批量RNA测序数据来识别、可视化和分析拷贝数变异（CNV）事件	CaSpER通过整合多尺度表达信号和等位基因偏移信号进行CNV调用，并利用高效的B-allele频率（BAF）信号轮廓生成方法进行CNV调用的校正	NA	开发一种新的方法来识别和可视化RNA测序数据中的拷贝数变异事件	拷贝数变异（CNV）事件	生物信息学	NA	RNA测序	信号处理方法	RNA测序数据	NA
10169	2024-08-28	ST2+ T-regulatory Cells in Renal Inflammation and Fibrosis following Ischemic Kidney Injury 2024-Aug-26, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000471 PMID:39186386	研究论文	本研究探讨了IL-33/ST2信号通路在调节性T细胞（Tregs）中对肾脏损伤修复的作用	首次研究了内源性IL-33/ST2在Tregs中对肾脏损伤修复的贡献	NA	探讨IL-33/ST2信号通路在Tregs中对肾脏损伤修复的作用	肾脏炎症和纤维化	NA	肾脏疾病	RNA测序	NA	RNA	使用了小鼠肾脏缺血-再灌注损伤模型和肾脏类器官
10170	2024-08-28	Lamc1 promotes osteogenic differentiation and inhibits adipogenic differentiation of bone marrow-derived mesenchymal stem cells 2024-08-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-69629-4 PMID:39179716	研究论文	本研究探讨了骨髓间充质干细胞（BMSCs）晚期分化的分子机制，并鉴定了四个关键基因Lamc1、Tln2、Hexb和St3gal5在BMSCs分化中的作用	首次揭示了Lamc1在BMSCs晚期分化中的重要作用，并验证了其在脂肪形成和骨形成中的调控作用	研究主要基于公共数据集和单细胞RNA测序数据，未进行体内实验验证	阐明骨髓间充质干细胞晚期分化的关键生物过程	骨髓间充质干细胞（BMSCs）的晚期分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	分析了约14天的骨髓间充质干细胞在成骨、成脂和软骨分化后的公共转录组数据
10171	2024-08-28	Single-cell profiling reveals altered immune landscape and impaired NK cell function in gastric cancer liver metastasis 2024-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03114-0 PMID:39060439	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨胃癌肝转移的免疫景观，揭示了肿瘤免疫微环境中多种免疫抑制成分的变化，并发现NK细胞功能受损与TGFβ的诱导有关	首次揭示胃癌肝转移中免疫微环境的详细变化，并发现TGFβ在NK细胞功能障碍中的作用，提出联合TGFβ抑制和NK细胞免疫疗法的新策略	NA	探讨胃癌肝转移的免疫景观及其对患者预后的影响	胃癌肝转移中的免疫细胞及其功能	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个胃癌肝转移样本
10172	2024-08-28	CD28-expressing δ T cells are increased in perivascular adipose tissue of hypertensive mice and in subcutaneous adipose tissue of obese humans 2024-Jul-01, Journal of hypertension IF:3.3Q1 DOI:10.1097/HJH.0000000000003725 PMID:38704218	研究论文	本研究探讨了高血压小鼠的肠系膜动脉周围脂肪组织（MV/PVAT）和肥胖人类皮下脂肪组织（SAT）中表达CD28的δ T细胞的增加情况。	首次揭示了在高血压小鼠和肥胖人类中，CD28高表达的δ T效应记忆细胞的增加，并提出了这些细胞可能在肥胖相关高血压中具有致病作用。	研究仅限于小鼠模型和人类样本，可能需要更多种类的样本和更广泛的人群来验证结果。	验证高血压小鼠和肥胖人类中γδ T细胞亚型的相似性，并探讨这些细胞在高血压发展中的作用。	高血压小鼠的肠系膜动脉周围脂肪组织和肥胖人类的皮下脂肪组织中的γδ T细胞。	免疫学	高血压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠实验包括高血压小鼠的MV/PVAT T细胞；人类实验包括三名瘦女性和三名肥胖女性的SAT CD45+细胞。
10173	2024-08-28	Single cell RNA-sequencing reveals the cellular senescence of placental mesenchymal stem/stromal cell in preeclampsia 2024-05, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2024.03.014 PMID:38588616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了子痫前期中胎盘间充质干细胞/基质细胞的细胞衰老机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了子痫前期中胎盘间充质干细胞/基质细胞的细胞衰老特征，并鉴定了与子痫前期相关的特征基因CTSZ	NA	揭示子痫前期中胎盘间充质干细胞/基质细胞的细胞衰老机制	胎盘间充质干细胞/基质细胞在子痫前期中的细胞衰老	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的多个数据集，包括GSE173193、GSE99007和GSE75010
10174	2024-08-28	Single-cell RNA sequencing reveals association of aberrant placental trophoblasts and FN1 reduction in late-onset fetal growth restriction 2024-02, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2023.12.022 PMID:38160601	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了异常胎盘滋养层细胞与FN1减少在晚发型胎儿生长受限中的关联	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了胎盘细胞的异质性，并探讨了滋养层亚型在胎儿生长受限发病机制中的细胞和分子水平作用	研究样本量较小，仅包括四名孕妇的胎盘样本，可能影响结果的普遍性	旨在表征胎盘细胞在单细胞水平的异质性，并研究滋养层亚型在胎儿生长受限发病机制中的作用	胎盘细胞，特别是滋养层细胞及其亚型	数字病理学	胎儿生长受限	单细胞RNA测序	NA	细胞	39,161个细胞，来自两名正常孕妇和两名患有胎儿生长受限的孕妇的胎盘
10175	2024-08-28	MZB1-expressing cells are essential for local immunoglobulin production in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2023.10.008 PMID:37852603	研究论文	研究MZB1阳性B细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中的作用及其对局部免疫球蛋白过度产生的影响	首次揭示了MZB1在CRSwNP中与局部IgE产生的关系，并通过单细胞RNA测序等技术详细分析了MZB1阳性B细胞的特征	研究主要集中在CRSwNP患者，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他疾病或更广泛的人群	探讨MZB1阳性B细胞在CRSwNP中的作用及其对局部免疫球蛋白产生的影响	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者中的MZB1阳性B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组织化学，免疫荧光染色，Western blot，QuantiGene Plex assay，B-cell ImmunoSpot assay，Luminex assay，酶联免疫吸附试验	NA	单细胞RNA测序数据	CRSwNP患者与健康对照组的鼻组织和外周血单个核细胞
10176	2024-08-28	Single-cell RNA sequencing of aging neural progenitors reveals loss of excitatory neuron potential and a population with transcriptional immune response 2024, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2024.1400963 PMID:39184324	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了衰老神经前体细胞的转录变化，发现兴奋性神经元潜能的丧失及具有转录免疫反应的细胞群	首次在单细胞水平上比较了不同神经发生区域的前体细胞转录谱，并揭示了衰老相关炎症对这些细胞的影响	NA	探究衰老过程中神经前体细胞的转录变化及其与衰老相关炎症的关系	成年小鼠大脑中的神经干细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
10177	2024-08-28	Characteristics and impact of infiltration of B-cells from systemic sclerosis patients in a 3D healthy skin model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1373464 PMID:39185406	研究论文	研究了系统性硬化症（SSc）患者B细胞与健康皮肤模型中成纤维细胞的相互作用及其影响	首次展示了激活的B细胞改变了健康和SSc成纤维细胞的转录组特征，向促炎（TNF和IL-17信号传导）和干扰素特征转变	NA	探讨B细胞与成纤维细胞在组织水平上的相互作用及其机制	系统性硬化症患者B细胞与三维重建的健康皮肤模型中的成纤维细胞、角质形成细胞和细胞外基质的共培养	NA	系统性硬化症	细胞成像策略、流式细胞术、批量和单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
10178	2024-08-28	Pandemic influenza A (H1N1) virus causes abortive infection of primary human T cells 2022-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2022.2056523 PMID:35317717	研究论文	研究探讨了甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染及其对免疫反应的影响	通过单细胞转录组分析揭示了不同CD4 T和CD8 T细胞亚群对病毒感染的异质性及生物学反应	NA	探究甲型流感病毒H1N1对人类T细胞的感染机制及其对免疫系统的影响	人类T细胞及其亚群	免疫学	流感	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多种CD4 T和CD8 T细胞亚群
10179	2024-08-28	Modeling zero inflation is not necessary for spatial transcriptomics 2022-05-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02684-0 PMID:35585605	研究论文	本文对20个来自11种不同技术的空间转录组数据集进行了综合分析，以表征表达计数数据的分布特性并理解零值的统计本质	研究表明，在空间转录组学中，大量的零值并非由于零膨胀，支持使用不含零膨胀成分的计数模型	NA	探究空间转录组学数据中零值的来源及其统计特性	20个空间转录组数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	泊松模型和负二项模型	基因表达数据	20个数据集，来自11种不同技术
10180	2024-08-28	Human liver single nucleus and single cell RNA sequencing identify a hepatocellular carcinoma-associated cell-type affecting survival 2022-05-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01055-5 PMID:35581624	研究论文	本文通过整合肝脏单核（snRNA-seq）、单细胞（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，识别出与肝细胞癌（HCC）相关的细胞类型，该细胞类型影响患者的生存率	本文首次通过整合多组学数据，发现了一种与HCC相关的增殖细胞类型（Prol），并揭示了其与TP53和RB1体细胞突变的关联	NA	旨在识别影响肝细胞癌患者生存率的特定细胞类型	肝细胞癌（HCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肝癌	单核RNA测序（snRNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列数据	健康肝脏队列（9个非HCC样本）、HCC队列（1个非HCC，14个HCC肿瘤，14个邻近非肿瘤样本）、另一个HCC队列（3个HCC肿瘤，3个邻近非肿瘤样本）、TCGA多中心队列（361个HCC肿瘤，49个邻近非肿瘤组织）、LCI队列（221个HCC，209个邻近非肿瘤肝脏微阵列样本）