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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10161 | 2025-10-07 |
Xin-Fu-Kang oral liquid mitigates chronic heart failure through NR4A1-Dependent regulation of endoplasmic reticulum-mitochondrial crosstalk in Cardiomyocytes
2025-May, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156467
PMID:40036990
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研究论文 | 本研究探讨了心复康口服液通过NR4A1依赖的机制调节心肌细胞内质网-线粒体相互作用缓解慢性心力衰竭的作用 | 首次揭示心复康口服液通过NR4A1调控内质网-线粒体交互作用改善慢性心力衰竭的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 阐明心复康口服液治疗慢性心力衰竭的分子机制 | 小鼠模型、大鼠血清、H9C2心肌细胞系 | 心血管疾病研究 | 慢性心力衰竭 | 单细胞RNA测序,UPLC-QE质谱分析,分子对接 | 动物疾病模型,细胞模型 | 基因表达数据,代谢组学数据,功能检测数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,质谱分析 | NA | NA |
10162 | 2025-10-07 |
Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis
2025-Apr-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427
PMID:40056513
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研究论文 | 本研究探讨溶菌酶(LYZ)通过调节炎症反应加剧类风湿关节炎严重程度的机制 | 首次系统揭示LYZ在早期RA患者血浆和滑膜巨噬细胞中的高表达特征及其通过TNF信号通路调控炎症的作用机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,需要进一步临床验证 | 探索LYZ在类风湿关节炎发病机制中的作用及潜在治疗靶点价值 | 早期RA患者、CAIA小鼠模型、MH7A细胞系、成纤维样滑膜细胞 | 疾病机制研究 | 类风湿关节炎 | 血浆蛋白质组学、单细胞测序、RNA测序 | CAIA小鼠模型 | 蛋白质组数据、单细胞测序数据、RNA测序数据 | 早期RA患者和CAIA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
10163 | 2025-10-07 |
Constructing a disease-specific ceRNA coregulatory network for keratoconus diagnosis and landscape of the immune environment
2025-Mar-22, International ophthalmology
IF:1.4Q3
DOI:10.1007/s10792-025-03488-4
PMID:40119981
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研究论文 | 本研究构建了圆锥角膜疾病特异性ceRNA共调控网络,开发了诊断模型并揭示了免疫微环境特征 | 首次系统构建圆锥角膜特异性ceRNA网络,结合多种算法开发诊断模型并全面解析免疫微环境 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 确定圆锥角膜的潜在疾病特异性基因标志物并描绘其免疫环境 | 圆锥角膜患者的转录组数据 | 生物信息学 | 圆锥角膜 | 转录组分析,ceRNA网络构建,免疫细胞反卷积分析,单细胞测序分析 | ElasticNet算法 | 转录组数据,mRNA,microRNA,lncRNA | 来自GEO和ArrayExpress数据库的圆锥角膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
10164 | 2025-10-07 |
AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression
2025-Mar-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn8402
PMID:40117357
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研究论文 | 本研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递从而促进肿瘤进展的新机制 | 首次发现Parkin通过AMPK而非PINK1途径调控巨噬细胞MHC I类分子表达,揭示了其在肿瘤免疫微环境中的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 小鼠巨噬细胞和肿瘤免疫微环境 | 肿瘤免疫学 | 实体瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10165 | 2025-10-07 |
Influence of experimental variables on spheroid attributes
2025-Mar-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-92037-1
PMID:40118968
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研究论文 | 通过分析32,000个球体图像系统研究实验参数对三维细胞培养模型可靠性的影响 | 首次大规模系统分析氧浓度、培养基成分和血清水平对球体属性的综合影响,并整合单细胞RNA测序与自动图像分析技术 | 研究主要关注球体模型,可能不适用于其他类型的三维培养系统 | 识别影响三维细胞培养模型可靠性的关键参数,建立标准化培养方案 | 三维细胞培养球体 | 生物医学工程 | 肿瘤生物学 | 单细胞RNA测序, 自动图像分析 | 三维细胞培养模型 | 图像, 基因表达数据 | 32,000个球体图像 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10166 | 2025-10-07 |
Runx2 drives Schwann cells repair phenotype switch through chromatin remodeling and Sox2 activation after nerve injury
2025-Mar-21, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01142-4
PMID:40119274
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研究论文 | 本研究探讨Runx2通过染色质重塑和Sox2激活调控雪旺细胞修复表型转换的机制 | 首次揭示Runx2通过染色质可及性和组蛋白修饰调控Sox2表达,促进雪旺细胞表型转换的表观遗传机制 | 研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验,临床转化价值需进一步验证 | 阐明Runx2在神经损伤后调控雪旺细胞修复表型转换的表观遗传机制 | 雪旺细胞、Sprague-Dawley大鼠坐骨神经损伤模型 | 表观遗传学 | 神经损伤 | qPCR, ATAC-seq, CUT&Tag, 单细胞RNA测序, 双荧光素酶报告基因检测 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 单细胞RNA测序数据 | 健康成年SD大鼠(100-150g),损伤后4天和7天取样 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag | NA | NA |
10167 | 2025-10-07 |
Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis
2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00507-z
PMID:40113778
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研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA测序数据的差异变异性分析统计框架spline-DV | 开发了首个专注于分析单细胞基因表达变异性的统计方法,而不仅仅是平均表达水平 | 方法主要针对两种实验条件间的比较,未涉及更复杂的实验设计 | 开发能够分析单细胞基因表达变异性的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性 | 生物信息学 | 肥胖、纤维化、癌症 | 单细胞RNA测序 | spline-DV统计框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10168 | 2025-10-07 |
RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease
2025-Mar-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-93901-w
PMID:40113900
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研究论文 | 本研究首次通过整合生物信息学方法探讨m7G RNA甲基化调控因子在慢性阻塞性肺疾病中的作用 | 首次系统研究m7G甲基化调控因子在COPD中的联合作用,发现METTL1-CAT轴在疾病中的关键作用 | 仅通过细胞早衰模型进行初步验证,需要更多实验验证 | 探讨m7G RNA甲基化调控因子在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的作用 | 慢性阻塞性肺疾病患者和细胞早衰模型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 机器学习算法,单细胞测序,qRT-PCR,GSEA分析 | 机器学习算法,共识聚类 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10169 | 2025-10-07 |
Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer
2025-Mar-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06369-7
PMID:40114207
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研究论文 | 开发了一种基于瘤内微生物组辅助的融合影像组学模型,用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的病理完全缓解 | 首次将瘤内微生物组特征与多时间点MRI影像组学特征融合构建预测模型 | 样本量相对有限(124例患者),需要更大规模的外部验证 | 预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的治疗反应 | 早期三阴性乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 16S rDNA测序, 单细胞RNA测序, 影像组学分析 | 融合影像组学模型 | 影像, 基因组数据 | 124例患者(训练集88例,验证集36例) | NA | 单细胞RNA测序, 16S rDNA测序 | NA | NA |
10170 | 2025-10-07 |
SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.21.639516
PMID:40093081
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研究论文 | 提出了一种模型无关的可解释AI框架SensX,用于解释深度学习模型的预测机制 | 开发了SensX框架,在准确性和计算效率上显著优于现有最先进的可解释AI方法,并能扩展到具有超过15万个特征的视觉Transformer模型 | 未提及具体的数据集规模限制或模型类型的适用性限制 | 解决深度学习模型的黑箱问题,提供可解释的AI解决方案 | 深度神经网络和视觉Transformer模型 | 机器学习 | NA | 可解释AI,单细胞RNA测序 | 深度神经网络,视觉Transformer | 单细胞RNA-seq数据,面部图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10171 | 2025-10-07 |
Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression
2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.04.641548
PMID:40093183
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研究论文 | 通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据,发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展 | 首次发现PRDM6在头颈癌中通过诱导免疫应答基因表达促进肿瘤细胞增殖的新功能,并揭示HPV病毒癌蛋白与PRDM6表达的关联 | NA | 探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 生物信息学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序 | IRIS3 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10172 | 2025-10-07 |
Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.02.641101
PMID:40093102
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研究论文 | 本研究通过小鼠嗅觉上皮损伤再生模型,揭示了水平基底细胞中组蛋白不对称遗传调控转录再起始和细胞命运决定的机制 | 首次在哺乳动物成体干细胞谱系中发现组蛋白H4、H3和H3.3的不对称遗传现象,并阐明其与细胞命运决定和组织再生的关系 | 未研究H2A-H2B组蛋白的不对称遗传机制,且研究仅限于小鼠嗅觉上皮系统 | 探究哺乳动物中表观遗传继承的机制及其在细胞命运决定中的作用 | 小鼠嗅觉上皮中的水平基底细胞(HBCs) | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 配对子代细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10173 | 2025-10-07 |
MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf110
PMID:40116657
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研究论文 | 介绍MOSim——一个能够模拟bulk和单细胞多层调控网络数据的R包 | 开发了首个同时支持bulk和单细胞多组学数据模拟的工具,能够模拟多种调控组学层与基因表达之间的调控关系 | NA | 开发多组学数据模拟工具,用于方法测试和基准测试 | 多组学数据模拟 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | NA |
10174 | 2025-10-07 |
AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf118
PMID:40116659
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研究论文 | 提出基于图变换器的AttentionGRN模型,用于从单细胞RNA测序数据重建基因调控网络 | 采用软编码增强模型表达能力,设计面向GRN的消息聚合策略,结合定向结构编码和功能基因采样 | NA | 从单细胞RNA测序数据重建细胞类型特异性基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图变换器 | 单细胞RNA测序数据 | 88个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10175 | 2025-10-07 |
Machine Learning-Based Glycolipid Metabolism Gene Signature Predicts Prognosis and Immune Landscape in Oesophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70434
PMID:40119618
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研究论文 | 开发并验证基于糖脂代谢相关基因的食管鳞癌预后模型 | 首次建立基于机器学习的15基因糖脂代谢特征模型,揭示其与免疫浸润模式的关联 | NA | 预测食管鳞癌预后并探索糖脂代谢与肿瘤免疫的关系 | 食管鳞癌患者 | 机器学习 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的食管鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
10176 | 2025-10-07 |
CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.15.638331
PMID:40027773
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研究论文 | 开发了一种名为CITEgeist的新型空间转录组学反卷积工具,利用来自同一组织切片的抗体捕获数据作为参考 | 首次提出使用同一组织切片上的抗体捕获数据作为参考进行空间转录组学反卷积,避免了传统scRNA-seq参考的依赖 | 需要抗体捕获数据作为参考,可能受限于抗体可用性和质量 | 开发无需scRNA-seq参考的空间转录组学反卷积方法 | ER+乳腺癌肿瘤组织样本 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,抗体捕获技术 | 数学优化模型 | 空间转录组数据,蛋白质表达数据 | 临床试验中的治疗前后ER+乳腺癌肿瘤样本 | NA | 空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
10177 | 2025-10-07 |
Cloning and validating systems for high throughput molecular recording
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015
PMID:40121084
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研究论文 | 本文描述了构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证流程 | 利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术在基因组整合的工程DNA盒中产生突变,通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树 | NA | 开发高通量分子记录技术用于细胞历史追踪 | 细胞发育、分化和肿瘤进化过程中的细胞轨迹 | 生物技术 | 肿瘤 | CRISPR-Cas9基因编辑,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10178 | 2025-10-07 |
Twin study identifies early immunological and metabolic dysregulation of CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-09-27, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adj8094
PMID:39331727
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研究论文 | 通过单细胞测序分析多发性硬化症患者CD8+ T细胞的免疫和代谢失调 | 首次在同卵双胞胎研究中揭示CD8+ T细胞在多发性硬化症亚临床阶段的早期免疫代谢异常 | 样本量有限,主要基于双胞胎队列研究 | 探究CD8+ T细胞在多发性硬化症发病机制中的作用 | 同卵双胞胎队列(包括健康、亚临床神经炎症和确诊多发性硬化症个体) | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,单细胞T细胞受体分析 | NA | 单细胞转录组数据,T细胞受体序列数据 | 同卵双胞胎队列及独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
10179 | 2025-10-07 |
Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation
2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.12.544372
PMID:37398026
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和3D球体模型探索淋巴管平滑肌瘤病中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的机制 | 首次使用空间转录组学技术识别LAM中与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇,并发现多激酶抑制剂索拉非尼比雷帕霉素更有效抑制细胞侵袭 | 研究样本量有限,主要基于体外模型,需要进一步临床验证 | 探索LAM疾病发病机制并寻找新的治疗靶点 | 淋巴管平滑肌瘤病肺组织、原发性LAM成纤维细胞、淋巴管内皮细胞和TSC2缺失的AML细胞 | 空间转录组学 | 肺部疾病 | 空间转录组学, 3D球体共培养, 激酶阵列分析 | 3D共培养球体模型 | 空间转录组数据, 细胞侵袭数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10180 | 2025-10-07 |
Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer
2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology
IF:1.9Q3
DOI:10.1093/jjco/hyae033
PMID:38521965
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综述 | 本文概述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其临床意义 | 系统总结了从传统病理学方法到人工智能、单细胞分析等新兴技术在肿瘤浸润淋巴细胞评估中的应用 | 作为综述文章,未涉及原始研究数据和分析 | 探讨乳腺癌肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法和技术进展 | 乳腺癌肿瘤微环境中的肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫组织化学、流式细胞术、多组学分析、单细胞分析、空间转录组学 | 人工智能 | 组织图像、分子数据 | NA | NA | 单细胞分析、空间转录组学、多组学分析 | NA | NA |