单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 10161 - 10180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10161 | 2024-08-05 |
scEM: A New Ensemble Framework for Predicting Cell Type Composition Based on scRNA-Seq Data
2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00601-y
PMID:38368575
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研究论文 | 本研究提出了一种新颖的集成框架scEM，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞类型组成 | 提出了一种新的集成细胞类型识别方法scEM，通过熵权法学习共识相似性矩阵，弥补了当前方法的不足 | 缺乏对不同数据集和性能指标的标准化比较分析 | 研究旨在填补细胞类型组成预测领域的分析空白 | 对20种先进的无监督细胞类型识别方法进行评估 | 计算机视觉 | NA | scRNA-seq | 集成模型 | 真实scRNA-seq数据集 | 24个不同规模的真实scRNA-seq数据集 |
| 10162 | 2024-08-05 |
Inference of Gene Regulatory Networks Based on Multi-view Hierarchical Hypergraphs
2024-Jun, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00604-3
PMID:38342857
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研究论文 | 该文章提出了一种基于多视图层次超图的基因调控网络推断模型 | 引入了多视图层次超图，以整合多个异质生物信息，模型更好地捕捉多对多的复杂调节关系 | 尚未提及具体限制。 | 旨在改善基因调控网络的推断准确性 | 使用大肠杆菌和酿酒酵母的数据集进行实验验证 | 计算生物学 | NA | 超图卷积网络 | 层次超图模型 | 基因表达数据 | 对5个小鼠和2个人类细胞系的scRNA-seq数据集进行了分析 |
| 10163 | 2024-08-04 |
Comprehensive single-cell RNA-seq analysis using deep interpretable generative modeling guided by biological hierarchy knowledge
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae314
PMID:38960404
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研究论文 | 本文提出了一种深度可解释生成模型d-scIGM，用于单细胞数据分析。 | d-scIGM结合锯齿连接技术和残差网络，并引入生物领域的层次先验知识，增强了模型的可解释性。 | 之前基于生成模型的研究大多限于浅层神经网络，可能限制了模型的能力。 | 探讨细胞异质性并提高单细胞转录组数据分析的可解释性。 | 单细胞转录组数据及其生物学解释。 | 计算机视觉 | 黑色素瘤 | RNA-seq | 深度生成模型 | 单细胞数据 | 涉及多个大规模实验和黑色素瘤数据集 |
| 10164 | 2024-08-05 |
Identification of MUC1-C as a Target for Suppressing Progression of Head and Neck Squamous Cell Carcinomas
2024-May-14, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0011
PMID:38619287
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研究论文 | 本研究报告了MUC1-C蛋白在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其作为抑制癌症进展的靶点 | 揭示了MUC1-C在头颈部鳞状细胞癌中的新角色，并且表明其与肿瘤干细胞状态的联系 | 该研究在临床应用方面的具体有效性尚需进一步验证 | 探究MUC1-C在头颈部鳞状细胞癌的发病机制中的作用 | 头颈部鳞状细胞癌细胞系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 10165 | 2024-08-05 |
High-Throughput Host-Microbe Single-Cell RNA Sequencing Reveals Ferroptosis-Associated Heterogeneity during Acinetobacter baumannii Infection
2024-04-24, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202400538
PMID:38419141
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研究论文 | 该文章首次报告了一种高通量交叉物种双单细胞RNA测序技术，以同时捕获真核和细菌RNA | 创新点在于开发了一种高通量的scRandom-seq技术，能够高效捕获宿主与微生物之间的复杂相互作用 | 限制未具体说明，但涉及高通量技术可能存在样本处理和解析上的挑战 | 研究宿主与微生物之间的相互作用及其在感染中的复杂性 | 研究对象为Acinetobacter baumannii感染模型中的宿主细胞及其与微生物的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | THP-1来源的巨噬细胞和细菌细胞 |
| 10166 | 2024-08-05 |
Dystrophin deficiency impairs cell junction formation during embryonic myogenesis
2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.05.569919
PMID:38106055
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研究论文 | 本研究探讨了肌营养不良症中缺少肌营养蛋白对骨骼肌发育的早期影响 | 首次揭示了肌营养蛋白缺失与细胞连接蛋白家族的显著失调有关 | 未提及特定的实验条件或样本的多样性 | 探讨肌营养蛋白缺失对骨骼肌发育的早期后果 | 人类多能干细胞的肌源性轨迹 | 数字病理学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞转录组谱分析 | NA | NA | NA |
| 10167 | 2024-08-05 |
Uncovering the Cellular Microenvironment in Chronic Rhinosinusitis via Single-Cell RNA Sequencing: Application and Future Directions
2024-Apr, Clinical reviews in allergy & immunology
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s12016-024-08992-6
PMID:38687404
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review | 这篇文章回顾了慢性鼻窦炎中单细胞RNA测序的最新进展 | 该文章提供了对慢性鼻窦炎的新见解，探讨了分子生物标志物、信号通路和免疫微环境的关系 | 关于慢性鼻窦炎的异质性及其治疗的具体应用缺乏深入的实验数据 | 探讨慢性鼻窦炎的细胞微环境以及改进诊断和治疗的可能途径 | 慢性鼻窦炎患者的细胞组成、功能与相互作用 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 10168 | 2024-08-05 |
EML4-ALK fusions drive lung adeno-to-squamous transition through JAK-STAT activation
2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232028
PMID:38284990
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研究论文 | 本文揭示了EML4-ALK融合如何通过JAK-STAT激活驱动肺腺癌向鳞状细胞转变 | 研究发现ALK重排在LUAS中的存在以及EML4-ALK驱动的表型转变机理 | 未提及具体样本特征和研究范围的限制 | 探讨ALK重排肿瘤的表型转变及其药物耐药性机制 | 人类肺腺鳞癌（LUAS）和转基因小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq | NA | 细胞和组织样本 | 5.1-7.5%的LUAS样本和小鼠模型 |
| 10169 | 2024-08-04 |
Short-chain fatty acids regulate erastin-induced cardiomyocyte ferroptosis and ferroptosis-related genes
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1409321
PMID:39070785
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研究论文 | 这项研究探讨了短链脂肪酸对心肌细胞铁死亡的影响以及ATF3的表达。 | 本研究首次揭示了短链脂肪酸在缺血刺激心肌细胞中对铁死亡途径的调节作用。 | 本研究未在临床环境中验证短链脂肪酸的效果。 | 探讨短链脂肪酸对心肌细胞铁死亡及其相关基因的影响。 | 主要研究对象为缺血刺激下的心肌细胞。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序, RT-PCR, Western blot | 模仿缺血再灌注的细胞模型 | 单细胞RNA数据 | 从公共人类心肌梗死单细胞RNA-seq数据集中提取并重新聚类的心肌细胞数据 |
| 10170 | 2024-08-04 |
A systematic overview of single-cell transcriptomics databases, their use cases, and limitations
2024, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2024.1417428
PMID:39040140
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综述 | 本文系统性地审查了大规模单细胞RNA测序数据库，分类并讨论了其用途及局限性 | 提出了单细胞RNA测序数据库的分类，并指出理解其局限性对有效利用数据的重要性 | 未具体提及具体案例或数据分析的细节 | 探讨单细胞转录组数据库的使用案例及面临的技术挑战 | 大规模的单细胞RNA-seq数据库 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 10171 | 2024-08-04 |
Targeting tumor cell-to-macrophage communication by blocking Vtn-C1qbp interaction inhibits tumor progression via enhancing macrophage phagocytosis
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.94537
PMID:38773982
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研究论文 | 该研究探讨了通过阻断Vtn-C1qbp相互作用来增强巨噬细胞吞噬作用从而抑制肿瘤进展 | 发现Vtn-C1qbp轴是肿瘤中的一种新的抗吞噬信号，并提出以Vtn和C1qbp相互作用作为抗肿瘤免疫治疗的新分子靶点 | 研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类肿瘤的直接验证 | 探究调控巨噬细胞吞噬作用的关键分子及其相互作用，为肿瘤治疗提供新策略 | 研究Vtn和C1qbp在巨噬细胞吞噬作用中的功能 | 数字病理 | 乳腺癌 | CRISPR筛选、RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、免疫荧光 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用单细胞测序数据并分析来自癌症基因组图谱数据库的数据 |
| 10172 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of human PBMCs in healthy and type 2 diabetes populations: dysregulated immune networks in type 2 diabetes unveiled through single-cell profiling
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1397661
PMID:39072276
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研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示了2型糖尿病患者中免疫网络的失调 | 首次通过单细胞RNA测序特征化了2型糖尿病患者免疫细胞的性质和网络 | 缺乏对其他类型糖尿病和健康人群的比较分析 | 探讨与2型糖尿病相关的免疫细胞的特征 | 健康人和2型糖尿病患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 来自非糖尿病和2型糖尿病患者的外周血单核细胞样本 |
| 10173 | 2024-08-05 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on Clinical Manifestation, Immune Response, and Viral Dynamics in SARS-CoV-2 Coinfection
2023-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.15.567132
PMID:38014096
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研究论文 | 该研究探讨了慢性HIV感染引起的免疫缺陷对COVID-19的临床表现、免疫反应和病毒动态的影响 | 首次在受控环境中直接研究了慢性HIV感染在COVID-19和病毒持续性感染中的影响 | 样本数量较少，只使用了两只猕猴进行实验，结果的普适性有限 | 研究SIV诱导的免疫缺陷如何影响SARS-CoV-2的临床表现和病毒动态 | 两只慢性SIV感染的豚尾猕猴与之前未感染SIV的猕猴进行比较 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 2只SIV感染的猕猴 |
| 10174 | 2024-08-04 |
Spatiotemporal mapping of immune and stem cell dysregulation after volumetric muscle loss
2023-04-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.162835
PMID:36821376
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研究论文 | 本研究探讨了体积肌肉损失后免疫细胞和干细胞失调的时空分布 | 创新点在于使用空间转录组学揭示了在VML反应中纤维化与炎性巨噬细胞与间充质来源细胞之间的细胞间相互作用 | 未提及具体的限制 | 研究体积肌肉损失后细胞间的通讯及其对肌肉修复的影响 | 以小鼠模型为对象，研究VML后的细胞行为 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 小鼠模型 | NA | NA |
| 10175 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals unique monocyte-derived interstitial macrophage subsets during lipopolysaccharide-induced acute lung inflammation
2023-04-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00223.2022
PMID:36852927
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研究论文 | 本研究揭示了在脂多糖诱导的急性肺炎症期间独特的单核细胞源间质巨噬细胞亚群 | 研究深入探讨了间质巨噬细胞的起源、亚群及转录组特征，并提出了其特定功能的可能性 | 缺乏对IMs在不同类型炎症中的作用的全面理解 | 特征化间质巨噬细胞在稳态和急性肺炎症中的起源及亚群 | 研究对象为小鼠肺中的间质巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了小鼠模型及其肺组织样本 |
| 10176 | 2024-08-05 |
Unsupervised cell functional annotation for single-cell RNA-seq
2022-Sep-27, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276609.122
PMID:35764397
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研究论文 | 本文章介绍了一种新的神经网络方法UNIFAN，用于对单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据进行细胞功能注释和聚类 | UNIFAN将细胞聚类和注释结合在一起，利用已知基因集来改善细胞类型分配，具有创新性 | 缺乏对不同细胞类型间复杂相互作用的深入分析 | 开发一种新的无监督方法来提高单细胞RNA-seq数据的细胞类型分配准确性 | 人类和小鼠的单细胞RNA-seq数据集，来源于多个不同的器官 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 基因表达数据 | 多个不同器官的不同样本 |
| 10177 | 2024-08-05 |
Identifying cell state-associated alternative splicing events and their coregulation
2022-Jul-27, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276109.121
PMID:35858747
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研究论文 | 本研究提出了一种新的方法Psix，以识别单细胞中的替代剪接事件及其共调控 | Psix方法利用稳健的概率模型，能够在数据限制下自信地识别替代剪接，从而揭示细胞类型依赖的剪接模式和调控网络 | 该方法依赖于单细胞RNA测序的质量和数据，可能受到样本质量的限制 | 揭示替代剪接如何影响单细胞转录组和细胞身份 | 使用小鼠大脑发育过程中的数据来研究替代剪接模式 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 概率模型 | RNA序列数据 | NA |
| 10178 | 2024-08-05 |
Zebrafish transposable elements show extensive diversification in age, genomic distribution, and developmental expression
2022-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.275655.121
PMID:34987056
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研究论文 | 本文研究了斑马鱼转座元件（TEs）的群体学特征和基因组分布及其在胚胎发育中的表达 | 揭示了斑马鱼中近2000个不同TE家族的多样性，并显示出TE在发育过程中的动态表达模式 | 目前对斑马鱼TE的研究仍然不足，表征还不够详细 | 探讨转座元件对脊椎动物发育的影响 | 斑马鱼转座元件及其在胚胎发育中的表达 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了大量和单细胞RNA测序数据 |
| 10179 | 2024-08-05 |
TNFR2 pathways are fully active in cancer regulatory T cells
2022-Feb-24, Bioscience, biotechnology, and biochemistry
DOI:10.1093/bbb/zbab226
PMID:35015831
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研究论文 | 本研究阐明了肿瘤坏死因子受体2 (TNFR2) 在癌症调节性T细胞中的信号传导机制 | 研究首次揭示了TNFR2在癌症Treg中的多个通路的全面激活 | 信号机制尚未完全阐明，可能影响结果的全面性 | 旨在明确TNFR2在人体调节性T细胞中的信号传导 | 研究对象为接受TNFR2激动剂抗体处理的人类调节性T细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 扩增子测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10180 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases
2021-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03794-2020
PMID:33602861
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |