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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10161 | 2025-10-07 | Reference-informed evaluation of batch correction for single-cell omics data with overcorrection awareness 
          2025-Mar-30, Communications biology
          
          IF:5.2Q1
          
         
          DOI:10.1038/s42003-025-07947-7
          PMID:40158033
         | 研究论文 | 提出一种参考信息指导的统计框架RBET,用于评估单细胞组学数据批次效应校正性能并识别过校正问题 | 首次提出能够敏感检测数据过校正的批次效应校正评估方法,解决了传统方法无法识别真实生物变异被误删的问题 | 方法在极端批次效应情况下的性能需要进一步验证,且仅针对单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据进行了测试 | 开发一个能够公平评估单细胞组学数据批次效应校正性能的统计框架 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 统计框架 | 单细胞组学数据 | 六个真实数据集,包含不同批次数量、批次效应大小和细胞类型数量的样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA | 
| 10162 | 2025-10-07 | Single-cell sequencing uncovers a high ESM1-expression endothelial cell subpopulation associated with bladder cancer progression and the immunosuppressive microenvironment 
          2025-Mar-30, Scientific reports
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41598-025-95731-2
          PMID:40159545
         | 研究论文 | 通过单细胞测序发现膀胱癌中高表达ESM1的内皮细胞亚群与疾病进展和免疫抑制微环境相关 | 首次在膀胱癌中鉴定出高表达ESM1的内皮细胞亚群,揭示其与肿瘤进展和免疫抑制微环境的关联 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究膀胱癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 膀胱癌组织中的CD45阴性单细胞 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | 层次聚类分析,pySCENIC算法 | 单细胞转录组数据 | 7,519个CD45阴性单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10163 | 2025-10-07 | SERPINA3 predicts long-term neurological outcomes and mortality in patients with intracerebral hemorrhage 
          2025-Mar-29, Cell death & disease
          
          IF:8.1Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41419-025-07551-x
          PMID:40157917
         | 研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析发现SERPINA3可作为脑出血患者长期神经功能预后和死亡率的预测生物标志物 | 首次在脑出血研究中结合空间转录组学、病理验证和临床队列分析,系统揭示SERPINA3的预后预测价值 | 需要更大规模的前瞻性队列验证,样本量相对有限 | 探索脑出血患者长期神经功能预后的可靠生物标志物 | 脑出血患者和健康对照人群 | 空间转录组学 | 脑出血 | 空间转录组学, 病理学研究, 血浆分析 | NA | 转录组数据, 病理图像, 临床数据 | 500人(250例脑出血患者和250例健康对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 
| 10164 | 2025-04-04 | Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 
          2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco
          
          IF:3.0Q2
          
         
          DOI:10.1093/ntr/ntaf075
          PMID:40177951
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区(VTA)脑区中尼古丁乙酰胆碱受体(nAChRs)的组成和分布 | 首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布,并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合 | 研究仅基于小鼠模型,结果是否适用于人类尚需验证 | 探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成 | C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA | NA | 单细胞测序数据 | 6只小鼠的53,855个VTA细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 10165 | 2025-10-07 | Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD 
          2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2025.03.13.643146
          PMID:40161827
         | 研究论文 | 提出CONCORD自监督对比学习框架,用于单细胞RNA测序数据的稳健降维和整合 | 采用概率性、数据集和邻域感知的采样策略,同时提高细胞状态分辨率和减少批次效应 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观解析的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10166 | 2025-10-07 | Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients 
          2024-12-20, ACS chemical biology
          
          IF:3.5Q2
          
         
          DOI:10.1021/acschembio.4c00635
          PMID:39582226
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术首次系统整合了膀胱癌患者外周血中单细胞转录组、T细胞受体谱和糖基化表位LacNAc的分析 | 首次系统整合单细胞转录组、TCR谱和糖基化表位LacNAc分析,开发了不改变免疫细胞转录状态的单细胞糖组学多组学平台 | 研究仅限于膀胱癌患者,样本来源仅为外周血,未涉及肿瘤组织 | 探索外周血免疫细胞在癌症中的表型变化,发现潜在的生物标志物 | 膀胱癌患者的外周血T细胞 | 单细胞多组学 | 膀胱癌 | 单细胞多组学,化学酶标记,DNA条形码 | NA | 单细胞转录组数据,TCR谱数据,糖基化数据 | 膀胱癌患者外周血样本 | NA | 单细胞多组学 | NA | 化学酶标记与DNA条形码结合的单细胞糖组学多组学平台 | 
| 10167 | 2025-10-07 | Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids 
          2024-Nov-26, Scientific data
          
          IF:5.8Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41597-024-04124-z
          PMID:39592612
         | 研究论文 | 本研究利用正常和RPGR突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官,通过单细胞RNA测序分析了71,096个细胞,探索RPGR相关视网膜色素变性的发病机制 | 首次提供了RPGR相关视网膜色素变性患者来源视网膜类器官的单细胞转录组数据集,涵盖了四个发育阶段 | 研究机制尚未完全阐明,有效治疗方法仍有待开发 | 探索RPGR突变导致光感受器功能障碍的机制,为靶向治疗开发提供支持 | 正常和RPGR突变的人诱导多能干细胞来源的视网膜类器官 | 单细胞转录组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 71,096个细胞(对照组33,839个,RPGR组37,257个),涵盖40、90、150和200天四个发育阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10168 | 2025-10-07 | Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages 
          2024-Nov-22, JCI insight
          
          IF:6.3Q1
          
         
          DOI:10.1172/jci.insight.181686
          PMID:39405117
         | 研究论文 | 本研究揭示了PADI2和PADI4缺失通过抑制NLRP3+巨噬细胞改善脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次发现PADI2和PADI4双敲除通过调节NLRP3/Ym1轴促进抗炎巨噬细胞分化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体作用机制 | 铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型 | 单细胞组学 | 脓毒症诱导急性肺损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 10169 | 2025-10-07 | A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 
          2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2024.11.18.624210
          PMID:39605632
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现PIEZO2机械敏感离子通道在脂肪感觉神经支配中起关键作用 | 首次发现PIEZO2作为脂肪组织感觉神经支配的主要机械受体,揭示了非传统机械活性器官中的机械感觉机制 | 未明确PIEZO2在脂肪组织中的具体机械刺激来源及其下游信号通路 | 探究脂肪组织感觉神经支配的分子机制 | 脂肪组织神经支配的背根神经节神经元 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 器官靶向单细胞RNA测序 | 
| 10170 | 2025-10-07 | Multidimensional profiling of human T cells reveals high CD38 expression, marking recent thymic emigrants and age-related naive T cell remodeling 
          2024-10-08, Immunity
          
          IF:25.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.immuni.2024.08.019
          PMID:39321807
         | 研究论文 | 通过单细胞多组学分析鉴定人类近期胸腺迁出细胞并揭示年龄相关的幼稚T细胞重塑动态 | 首次通过单细胞RNA-seq/ATAC-seq联合分析确定SOX4、IKZF2、TOX和CD38作为人类RTEs的分子标志物,并发现CD38表面表达可普遍识别CD8和CD4 RTEs | 研究队列规模有限(158名个体),需要更大样本验证 | 阐明人类近期胸腺迁出细胞的分子特征及其在免疫衰老过程中的动态变化 | 人类T细胞,特别是幼稚T细胞和近期胸腺迁出细胞 | 免疫学 | 免疫衰老 | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,光谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,单细胞表观基因组数据,流式细胞数据 | 158名个体 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA | 
| 10171 | 2025-10-07 | Enhancing Endogenous Hyaluronic Acid in Osteoarthritic Joints with an Anti-Inflammatory Supramolecular Nanofiber Hydrogel Delivering HAS2 Lentivirus 
          2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
          
         
          DOI:10.1002/smll.202400542
          PMID:38593309
         | 研究论文 | 开发了一种超分子纳米纤维水凝胶用于递送HAS2慢病毒,以增强骨关节炎关节内源性透明质酸产生 | 首次使用地塞米松磷酸钠作为载体构建超分子纳米纤维水凝胶递送HAS2慢病毒,实现内源性HA增强和滑膜炎症抑制的双重功能 | 研究仅在前交叉韧带横断诱导的OA小鼠模型中进行,尚未在更大型动物或临床环境中验证 | 开发新型骨关节炎治疗策略,通过增强内源性透明质酸产生和抑制炎症来延缓疾病进展 | 骨关节炎小鼠模型和滑膜组织细胞 | 生物医学工程 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,慢病毒递送技术 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | 前交叉韧带横断诱导的OA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10172 | 2025-10-07 | Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations 
          2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2024.09.25.614811
          PMID:39386686
         | 研究论文 | 本研究探讨了TREM2缺陷在不同体重状态下对乳腺癌肿瘤生长的影响及其与T细胞克隆群体的关联 | 首次揭示TREM2缺陷在瘦小鼠而非肥胖或减重小鼠中抑制肿瘤生长,并发现肿瘤与周围脂肪组织间存在共享的T细胞克隆型 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究肥胖与乳腺癌预后的关联机制及TREM2在其中的作用 | 绝经后乳腺癌小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, VDJ测序 | 基因敲除模型 | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 不同饮食干预组的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10173 | 2025-10-07 | Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation 
          2024-09, The Journal of pathology
          
          IF:5.6Q1
          
         
          DOI:10.1002/path.6304
          PMID:39049595
         | 研究论文 | 本研究通过对两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行多组学分析,探讨了T抗原表达缺失导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化的机制 | 首次对合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌进行全面的形态学、免疫组化、转录组、遗传和表观遗传特征分析,揭示了T抗原表达缺失与神经母细胞转分化的关联 | 仅分析了两例罕见病例,样本量有限 | 探究默克尔细胞癌中神经母细胞分化的分子机制 | 两例合并神经母细胞分化的默克尔细胞癌病例 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析,免疫组化 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观遗传数据,病理图像 | 2例老年男性患者的肿瘤样本 | NA | 全外显子测序,空间转录组学,DNA甲基化分析 | NA | NA | 
| 10174 | 2025-10-07 | The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation 
          2024-08-15, Cells
          
          IF:5.1Q2
          
         
          DOI:10.3390/cells13161356
          PMID:39195246
         | 研究论文 | 本研究通过分析PPARγ缺陷小鼠的转录组变化,揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的关键抑制作用 | 首次通过单细胞测序证实PPARγ缺失导致肿瘤基质炎症变化,并发现PPAR信号通路是光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中最受抑制的经典通路 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究PPARγ在皮肤炎症和癌变过程中的作用机制 | PPARγ缺陷小鼠、人类和小鼠的光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌样本 | 癌症生物学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 单细胞测序, 转录组分析, 基因集富集分析 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | PPARγ缺陷小鼠模型及公共数据库中的人类和小鼠AKs、SCCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA | 
| 10175 | 2025-10-07 | Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 
          2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2024.01.30.577801
          PMID:38352324
         | 研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用 | 首次发现CCR2+巨噬细胞在糖尿病神经病变早期浸润神经并具有神经保护功能,延迟轴突退化 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究炎症反应在糖尿病周围神经病变发病机制中的作用 | 高脂高果糖饮食诱导的糖尿病小鼠模型 | 神经科学 | 糖尿病神经病变 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 10176 | 2025-10-07 | Toll-Like Receptor 4 Agonist Injection With Concurrent Radiotherapy in Patients With Metastatic Soft Tissue Sarcoma: A Phase 1 Nonrandomized Controlled Trial 
          2023-12-01, JAMA oncology
          
          IF:22.5Q1
          
         
          DOI:10.1001/jamaoncol.2023.4015
          PMID:37824131
         | 研究论文 | 评估TLR4激动剂GLA-SE联合放疗治疗转移性软组织肉瘤的安全性、疗效和免疫调节作用 | 首次在转移性软组织肉瘤患者中研究瘤内注射TLR4激动剂GLA-SE联合放疗的免疫治疗策略 | 单中心非随机对照试验,样本量较小(12例患者) | 评估TLR4激动剂联合放疗在转移性软组织肉瘤中的安全性和免疫调节效果 | 转移性软组织肉瘤患者 | 临床医学 | 软组织肉瘤 | 免疫组织化学,T细胞受体测序,单细胞测序 | NA | 临床数据,测序数据 | 12例患者 | NA | TCR测序,单细胞测序 | NA | NA | 
| 10177 | 2025-10-07 | Single-Cell Transcriptomics of Mtb/HIV Co-Infection 
          2023-09-17, Cells
          
          IF:5.1Q2
          
         
          DOI:10.3390/cells12182295
          PMID:37759517
         | 综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学技术研究结核分枝杆菌/艾滋病共感染的免疫图谱进展 | 系统总结了单细胞RNA测序在揭示结核/艾滋病共感染中宿主-病原体相互作用和免疫异质性的创新应用 | 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要基于已有研究进行总结分析 | 探讨单细胞转录组学在结核/艾滋病共感染研究中的应用价值 | 结核分枝杆菌和艾滋病病毒的共感染机制及免疫反应 | 单细胞组学 | 结核病/艾滋病共感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10178 | 2025-10-07 | Single‑cell RNA‑Seq reveals PBMC profile alterations in a patient following a radiation accident 
          2025-May, Experimental and therapeutic medicine
          
          IF:2.4Q3
          
         
          DOI:10.3892/etm.2025.12846
          PMID:40165803
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示辐射事故患者外周血单核细胞谱的动态变化 | 首次在单细胞水平上系统描述辐射暴露后人类外周血免疫细胞的动态变化轨迹 | 样本量较小(仅1名患者和10名健康对照),缺乏多时间点跟踪 | 研究电离辐射对人体外周血免疫细胞的影响机制 | 辐射事故患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 辐射损伤 | 单细胞RNA测序 | 轨迹分析、基因调控网络推断 | 单细胞转录组数据 | 1名患者在辐射后第113天和631天,10名健康对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 10179 | 2025-10-07 | Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis 
          2025-Apr-02, Molecular biotechnology
          
          IF:2.4Q3
          
         
          DOI:10.1007/s12033-025-01416-6
          PMID:40172742
         | 研究论文 | 通过多组学和孟德尔随机化方法揭示单核细胞在衰老和骨关节炎中的关键作用 | 首次整合单细胞RNA测序、批量RNA-seq数据和孟德尔随机化分析,发现单核细胞亚群在骨关节炎和衰老中的异质性,并鉴定出四个与骨关节炎有因果关系的关键标志基因 | 需要独立验证队列进一步确认研究结果,机制研究仍需深入 | 探索骨关节炎与衰老之间的潜在联系和分子机制 | 骨关节炎患者、衰老个体和对照组的单核细胞亚群 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析, 细胞功能分析 | 孟德尔随机化模型 | 基因表达数据 | 包含骨关节炎、衰老和对照组的多组学数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA | 
| 10180 | 2025-10-07 | Dynamic Alterations in DNA Methylation of CD4+ T Cells and Macrophages in a Murine Model of Tuberculous Pleural Infection Induced by BCG Vaccination 
          2025-Apr, MedComm
          
          IF:10.7Q1
          
         
          DOI:10.1002/mco2.70166
          PMID:40170749
         | 研究论文 | 本研究通过分析BCG诱导的小鼠结核性胸膜炎模型中CD4+ T细胞和巨噬细胞的DNA甲基化动态变化 | 首次揭示了结核性胸膜炎进展过程中免疫细胞DNA甲基化的动态变化特征及其对T细胞分化的调控作用 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究结核性胸膜炎中免疫细胞的表观遗传调控机制 | BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞 | 表观遗传学 | 结核病 | DNA甲基化测序,转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 表观遗传数据,转录组数据 | BCG诱导的小鼠胸膜炎模型在0、1、7、14天时间点的胸膜灌洗液样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |