本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
10141 | 2025-10-07 |
TM4SF1 overexpression in tumor-associated endothelial cells promotes microvascular invasion in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1526177
PMID:40123905
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现肿瘤相关内皮细胞中TM4SF1过表达通过影响上皮-间质转化促进肝细胞癌微血管侵袭 | 首次在单细胞水平揭示TM4SF1在肿瘤相关内皮细胞中的表达与肝细胞癌微血管侵袭的关联机制 | 样本量较小(初始3例MVI和2例非MVI患者),需要更大规模验证 | 探究肿瘤相关内皮细胞在肝细胞癌微血管侵袭中的作用机制 | 肝细胞癌患者的肿瘤相关内皮细胞 | 单细胞生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 生物信息学分析 | Seurat, monocle2 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 病理标本 | 初始5例患者(3例MVI+2例非MVI),另加5个空间转录组数据集和4例术后病理标本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10142 | 2025-10-07 |
Genetic factors associated with erectile dysfunction- mendelian randomisation analysis
2025, American journal of clinical and experimental urology
IF:1.5Q3
DOI:10.62347/BVHS3637
PMID:40124574
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化分析识别与勃起功能障碍相关的遗传保护基因 | 首次利用孟德尔随机化方法系统识别ED相关遗传保护基因,发现TRIP10基因的显著保护作用 | 研究样本主要来自芬兰人群,可能存在人群特异性限制 | 探索勃起功能障碍的遗传保护机制 | 勃起功能障碍患者和对照人群 | 遗传学 | 勃起功能障碍 | GWAS, eQTL分析, 孟德尔随机化, 单细胞测序 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据, 表达量数据 | 1,154例病例和94,024例对照,共95,178人 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10143 | 2025-10-07 |
Distinct Immunological Features Compared to Lichen Planus and Oral Lichen Planus
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S506313
PMID:40125076
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析比较了口腔扁平苔藓和扁平苔藓的免疫特征差异 | 首次鉴定出PTGDS作为OLP诊断标志物及新型CXCR4高-TSC22D3高CD4细胞毒性T细胞亚群 | 样本量有限(16例患者和5例对照),需要进一步验证 | 阐明口腔扁平苔藓与扁平苔藓的免疫病理机制差异 | 口腔扁平苔藓患者和扁平苔藓患者的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞转录组测序,ELISA | NA | 单细胞转录组数据 | 16例OLP患者和5例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10144 | 2025-10-07 |
Elucidating Molecule-Crosstalk of Neutrophil Extracellular Traps Between Cardiovascular Disease and Psoriasis: Insights Into Mendelian Randomization, Single-Cell RNA Analysis, Shared Targets and the Role of Resveratrol
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S493416
PMID:40125083
|
研究论文 | 通过整合多种组学方法揭示中性粒细胞胞外诱捕网在左心室肥厚和银屑病之间的分子互作机制 | 首次整合孟德尔随机化、单细胞RNA分析和分子对接方法系统研究NETs在心血管疾病与银屑病间的分子串扰 | 研究机制尚未完全阐明,需要进一步验证 | 探索左心室肥厚与银屑病之间的分子互作机制,特别关注NETs相关通路 | 左心室肥厚和银屑病患者 | 生物信息学 | 心血管疾病,银屑病 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,孟德尔随机化,分子对接 | 预测模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
10145 | 2025-10-07 |
Causal Correlations Between Plasma Metabolites, Inflammatory Proteins, and Chronic Obstructive Pulmonary Disease: A Mendelian Randomization and Bioinformatics-Based Investigation
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S513526
PMID:40125086
|
研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和生物信息学方法探讨血浆代谢物、炎症蛋白与慢性阻塞性肺疾病之间的因果关系 | 首次系统性地通过MR方法验证代谢物与COPD的因果关系,并识别出三种关键中介蛋白和NRXN3的保护作用机制 | MR方法依赖于遗传工具变量的假设,且样本来源和人群特征可能限制结果的普适性 | 探究代谢、炎症与COPD之间的因果关系及中介机制 | 血浆代谢物、炎症蛋白和慢性阻塞性肺疾病患者 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 孟德尔随机化, 蛋白互作网络分析, GO/KEGG富集分析, 单细胞测序, 转录组分析 | MR, PPI网络, 富集分析 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据, 蛋白质组数据 | 未明确具体样本数量,但涉及多组学数据集和人肺组织验证 | NA | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | NA |
10146 | 2025-10-07 |
Exploring the Association Between Immune Cell Phenotypes and Osteoporosis Mediated by Inflammatory Cytokines: Insights from GWAS and Single-Cell Transcriptomics
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S510102
PMID:40125424
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞转录组学探索免疫细胞表型通过炎症细胞因子介导骨质疏松症的机制 | 首次结合GWAS、孟德尔随机化和单细胞转录组学系统分析免疫细胞与骨质疏松的因果关系,发现IgD⁺CD24⁺ B细胞通过IL-17C介导骨质疏松的新机制 | 研究样本来源和数量未明确说明,部分炎症因子存在重叠可能影响分析准确性 | 阐明免疫细胞表型通过炎症细胞因子介导骨质疏松症的因果机制 | 731种免疫细胞类型、91种炎症因子、5种骨质疏松类型、骨质疏松患者和地塞米松诱导的骨质疏松模型 | 生物信息学 | 骨质疏松症 | 两样本孟德尔随机化、中介分析、共定位分析、单细胞转录组测序、微CT、流式细胞术、ELISA、Western blotting、免疫组化 | 贝叶斯共定位模型、单细胞聚类分析 | 基因组数据、转录组数据、影像数据、蛋白表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10147 | 2025-10-07 |
Development of a prognostic gene signature and exploration of P4HA1 in the modulation of cuproptosis in colorectal cancer
2024-12-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-82625-y
PMID:39738206
|
研究论文 | 本研究开发了一个基于铜死亡相关基因的预后模型,并探索了P4HA1在结直肠癌铜死亡调控中的作用 | 首次构建了结直肠癌铜死亡相关基因的预后模型,并发现P4HA1作为关键基因调控铜死亡过程 | 研究主要基于TCGA数据库的回顾性分析,需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索铜死亡在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型 | 结直肠癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组分析,WGCNA,LASSO回归,随机森林,单细胞测序,体外实验 | 预后预测模型 | 转录组数据,临床数据 | TCGA数据库结直肠癌患者数据及两个独立外部验证数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10148 | 2025-10-07 |
Human Enteric Glia Diversity in Health and Disease: New Avenues for the Treatment of Hirschsprung Disease
2024-Dec-24, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.12.011
PMID:39725172
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了儿童肠道中两种主要肠胶质细胞亚类,并探索了5-HT激动剂对赫希施普龙病的治疗潜力 | 首次在人类肠道中鉴定出施万样肠胶质细胞和经典肠胶质细胞两种主要亚类,发现前者在出生后更为丰富且在赫希施普龙病无神经节段中持续存在 | 样本来源于儿科患者,结果可能不适用于成人群体;斑马鱼模型与人类疾病存在物种差异 | 探索健康与疾病状态下肠胶质细胞的多样性及其在赫希施普龙病治疗中的应用 | 儿科对照组和赫希施普龙病患者的肠道全层切除标本,以及野生型和ret突变斑马鱼 | 单细胞转录组学 | 赫希施普龙病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,荧光原位杂交,荧光激活细胞分选 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 儿科对照组和赫希施普龙病患者肠道样本,野生型和ret突变斑马鱼 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10149 | 2025-10-07 |
Mapping Plasmodium transitions and interactions in the Anopheles female
2024-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.12.623125
PMID:39605504
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究疟原虫在按蚊中肠内的发育转变过程及其与宿主细胞的相互作用 | 首次结合单细胞RNA测序和共聚焦显微镜技术,揭示了疟原虫优先与中肠祖细胞相互作用的机制,并发现转录因子SIP2对子孢子感染人类肝细胞的关键作用 | 研究中涉及的生物过渡阶段此前难以获取,可能存在未被完全揭示的分子事件 | 阐明疟原虫在按蚊体内的发育转变机制和蚊-寄生虫相互作用 | 恶性疟原虫和按蚊中肠细胞 | 单细胞组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序, 共聚焦显微镜 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 四个时间点和两种代谢条件下的寄生虫和蚊子细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10150 | 2025-10-07 |
GSK-3β in Dendritic Cells Exerts Opposite Functions in Regulating Cross-Priming and Memory CD8 T Cell Responses Independent of β-Catenin
2024-Sep-10, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines12091037
PMID:39340067
|
研究论文 | 本研究揭示了树突状细胞中GSK-3β在调控交叉呈递和记忆CD8 T细胞应答中的相反功能,且该功能不依赖于β-连环蛋白 | 首次发现GSK-3β在树突状细胞中独立于β-连环蛋白调控CD8 T细胞免疫应答的双重功能 | 研究主要基于基因敲除小鼠模型,尚未在人类细胞中验证 | 探究GSK-3β在树突状细胞中对CD8 T细胞免疫应答的调控机制 | CD11c-GSK-3β条件性敲除小鼠的树突状细胞和CD8 T细胞 | 免疫学 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序, Western blot, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10151 | 2025-10-07 |
Nociceptor-immune interactomes reveal insult-specific immune signatures of pain
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01857-2
PMID:38806708
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了三种皮肤炎症疼痛模型中与疼痛发展相关的免疫基因特征和神经免疫相互作用 | 首次系统绘制了损伤特异性神经免疫相互作用组,发现免疫细胞上调的血栓反应蛋白-1能抑制伤害感受器敏化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类疾病中得到验证 | 解析疼痛发展的免疫机制和神经免疫相互作用 | 小鼠皮肤炎症疼痛模型(酵母聚糖注射、皮肤切口和紫外线烧伤) | 单细胞转录组学 | 炎症性疼痛 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 三种小鼠皮肤炎症疼痛模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10152 | 2025-10-07 |
Systematic dissection of tumor-normal single-cell ecosystems across a thousand tumors of 30 cancer types
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48310-4
PMID:38744958
|
研究论文 | 通过整合分析490万个单细胞转录组数据,系统解析了30种癌症类型中肿瘤-正常组织的生态系统 | 首次在如此大规模的单细胞水平上系统描绘肿瘤-正常组织生态系统,发现了AKR1C1或WNT5A标记的炎症成纤维细胞特征及干扰素富集的群落状态 | 样本来源和癌症类型可能存在选择偏差,部分发现需要进一步功能验证 | 全面解析肿瘤微环境中肿瘤与正常组织的相互作用和异质性 | 1070个肿瘤样本和493个正常样本,涵盖30种癌症类型 | 单细胞生物学 | 多癌种 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | 去卷积分析, 共现分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据 | 490万单细胞(1070肿瘤+493正常样本), 137个空间转录组, 8887个TCGA样本, 1261个免疫治疗样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
10153 | 2025-10-07 |
β-Catenin in Dendritic Cells Negatively Regulates CD8 T Cell Immune Responses through the Immune Checkpoint Molecule Tim-3
2024-Apr-25, Vaccines
IF:5.2Q1
DOI:10.3390/vaccines12050460
PMID:38793711
|
研究论文 | 本研究揭示了树突状细胞中β-连环蛋白通过上调免疫检查点分子Tim-3抑制CD8 T细胞免疫应答的新机制 | 首次发现β-catenin/Tim-3轴在树突状细胞中负调控CD8 T细胞免疫应答,并证明抗Tim-3抗体与DC疫苗联合治疗的协同抗肿瘤效果 | 机制研究仍需深入,临床前模型需进一步验证 | 探究树突状细胞中β-连环蛋白调控CD8 T细胞免疫应答的分子机制 | 树突状细胞、CD8 T细胞、黑色素瘤模型小鼠 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、免疫组化、动物模型 | NA | 基因表达数据、免疫应答数据 | CD11c-β-catenin基因工程小鼠、B16F10荷瘤小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10154 | 2025-10-07 |
Dissection of Cellular Communication between Human Primary Osteoblasts and Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells in Osteoarthritis at Single-Cell Resolution
2023-Aug-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc22101
PMID:37105556
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术解析了人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞通讯机制 | 首次在单细胞水平系统揭示了成骨细胞与骨髓间充质干细胞之间的细胞通讯网络,并发现了一个新的前成骨细胞亚型 | 研究主要基于转录组数据分析,需要进一步的实验验证细胞通讯机制 | 探究人类原发性成骨细胞与骨髓间充质干细胞在骨关节炎中的细胞通讯 | 人类原发性成骨细胞和骨髓间充质干细胞 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10155 | 2025-10-07 |
A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution
2023-Aug-28, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02514-2
PMID:37635251
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序比较了BCi-NS1.1细胞系与原发性细胞来源的气道上皮培养模型的细胞异质性和基因表达差异 | 首次在单细胞分辨率下系统比较工程化BCi-NS1.1细胞系与原发性细胞来源的气道上皮培养模型的基因表达和先天免疫功能 | 样本量较小(各3个独立分化/供体),未完全表征所有基因表达和功能差异 | 评估BCi-NS1.1细胞系作为气道感染疾病研究工具的适用性 | 人气道上皮培养模型(BCi-NS1.1细胞系和原发性细胞来源) | 单细胞生物学 | 呼吸道感染疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞基因表达数据,图像数据 | 3个独立分化的BCi-NS1.1培养物和3个不同供体的原发性培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10156 | 2025-10-07 |
Potential Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease from Genetic Studies
2023-04-15, Biology
DOI:10.3390/biology12040602
PMID:37106802
|
综述 | 通过单细胞测序和空间基因组学研究阿尔茨海默病的潜在分子机制 | 整合单细胞测序和空间基因组学数据,将AD分子机制差异归纳为四大关键类别并识别新的分子失衡原因 | 采用叙述性综述方法,缺乏系统性meta分析 | 识别阿尔茨海默病分子失衡的共同原因及其潜在机制 | 阿尔茨海默病相关分子机制 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间基因组学 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
10157 | 2025-10-07 |
Epigenetic and transcriptomic characterization reveals progression markers and essential pathways in clear cell renal cell carcinoma
2023-03-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37211-7
PMID:36973268
|
研究论文 | 通过多组学方法揭示透明细胞肾细胞癌的肿瘤特异性标志物、表观遗传调控和空间异质性 | 首次整合单核RNA测序、单核ATAC测序和空间转录组学数据,鉴定出20个肿瘤特异性标志物并发现铜蓝蛋白在肿瘤-间质相互作用中的新功能 | 样本量相对有限(34例snRNA-seq,28例snATAC-seq),需要在更大队列中验证发现 | 阐明透明细胞肾细胞癌的进展标志物和关键通路 | 人类透明细胞肾细胞癌标本 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | 多组学整合分析 | 基因组, 转录组, 表观基因组, 蛋白质组, 空间转录组 | 34例snRNA-seq样本,28例snATAC-seq样本 | NA | 单核RNA测序, 单核ATAC测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
10158 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq identified novel genes involved in primordial follicle formation
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1285667
PMID:38149096
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定参与原始卵泡形成的新基因和配体-受体相互作用 | 首次发现ANXA7和GTF2F1在原始卵泡形成中的功能作用,以及Mdk-Sdc1配体-受体相互作用的关键机制 | 样本量有限,人类胎儿卵巢仅使用25周样本,功能验证主要在小鼠模型中进行 | 探索原始卵泡形成的分子机制及其与早发性卵巢功能不全的关系 | 小鼠和人类卵巢组织,93例POI患者和465例对照 | 单细胞组学 | 早发性卵巢功能不全 | 单细胞RNA测序,全外显子组测序,全基因组测序,免疫荧光,体外卵巢培养 | NA | 单细胞转录组数据,基因组数据 | 93例POI病例和465例对照,25周人类胎儿卵巢 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序,全基因组测序 | NA | NA |
10159 | 2024-08-08 |
Using advanced spatial and single-cell transcriptomics to characterize the human endometrium
2021-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00982-0
PMID:34857955
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
10160 | 2025-10-07 |
Integrated bioinformatics analysis identifies neutrophils and villous cytotrophoblasts infiltration characterized by BLC6 upregulation as associated with the co-occurrence of gestational diabetes mellitus and pre-eclampsia
2025-Dec, Hypertension in pregnancy
IF:1.5Q4
DOI:10.1080/10641955.2025.2475814
PMID:40122115
|
研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定与妊娠期糖尿病和子痫前期共病相关的中性粒细胞和绒毛细胞滋养细胞浸润特征 | 首次发现BCL6在GDM和PE共病患者的中性粒细胞和绒毛细胞滋养细胞中高表达,并鉴定出三个共同枢纽基因 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 鉴定与妊娠期糖尿病和子痫前期共病相关的枢纽基因和通路 | 妊娠期糖尿病和子痫前期患者 | 生物信息学 | 妊娠期糖尿病和子痫前期 | 生物信息学分析,单细胞测序 | 回归模型,ROC分析 | 基因表达矩阵数据 | 来自GEO数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |