单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 10141 - 10160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10141 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality
2024-Jul-31, Journal of neural engineering
IF:3.7Q2
DOI:10.1088/1741-2552/ad5936
PMID:38885679
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研究论文 | 研究了大脑电极植入后的外来物反应及其与记录质量的关系 | 采用空间转录组学的方法识别电极植入引发的基因表达变化，并将其与传统的神经胶质反应和电生理记录质量进行比较 | 研究主要集中在大鼠的运动皮层，结果可能无法直接推广到其他脑区或物种 | 探讨电极植入对脑组织的影响，并寻找与记录信号质量相关的生物标志物 | 使用功能性微电极阵列的慢性植入大鼠 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 在电极周围的300μm范围内对不同时间点的脑组织进行分析，共涉及553个显著不同表达的基因 |
| 10142 | 2024-08-05 |
Oncostatin M-driven macrophage-fibroblast circuits as a drug target in autoimmune arthritis
2024-Jul-31, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-024-00347-0
PMID:39080781
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研究论文 | 本研究揭示了在自身免疫性关节炎中由OSM驱动的巨噬细胞-成纤维细胞相互作用作为潜在药物靶点 | 确定了OSM信号通路作为JAK抑制剂在体内的主要靶向通路，并证明了巨噬细胞-成纤维细胞电路在自身免疫性关节炎中的关键作用 | 本研究主要基于小鼠模型，可能无法完全应用于人类自身免疫性关节炎 | 确定JAK抑制剂在自身免疫性关节炎中的治疗靶点 | 以胶原诱导性关节炎小鼠为研究对象，探讨巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用 | 数字病理学 | 自身免疫性关节炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 胶原诱导性关节炎小鼠的实验样本 |
| 10143 | 2024-08-04 |
Whole brain alignment of spatial transcriptomics between humans and mice with BrainAlign
2024-Jul-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50608-2
PMID:39080277
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研究论文 | 本研究开发了一种名为BrainAlign的自监督学习方法，用于人类与小鼠之间空间转录组学的全脑对齐 | BrainAlign同時在两个分离的共享嵌入空间中编码斑点和基因，使用异构图神经网络进行全脑对齐 | NA | 研究人类与小鼠之间空间转录组学的对齐 | 人类和小鼠的大脑区域 | 计算机视觉 | NA | 自监督学习 | 异构图神经网络 | 空间转录组学数据 | NA |
| 10144 | 2024-08-05 |
Metabolic reprogramming and heterogeneity during the decidualization process of endometrial stromal cells
2024-Jul-30, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-024-01763-y
PMID:39080628
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研究论文 | 本文研究了人类子宫内膜细胞在妊娠过程中的代谢特征 | 首次综合分析了单细胞RNA测序数据，揭示了子宫内膜基质细胞转变为决孕细胞过程中的代谢重塑和异质性 | 研究主要集中于单细胞层面，尚未探讨大范围的组织或动物模型的代谢特征 | 旨在深入了解人类子宫内膜决孕化过程中细胞的代谢动态 | 研究对象为人类子宫内膜基质细胞及其向决孕细胞的分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10145 | 2024-08-04 |
Mapping the molecular landscape of Lotus japonicus nodule organogenesis through spatiotemporal transcriptomics
2024-Jul-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50737-8
PMID:39080318
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研究论文 | 这篇文章通过空间转录组学研究了鹤虞豆的根瘤发生发展 | 本研究首次揭示了根瘤中感染区和外围组织的发育轨迹，并确定了相关的基因集 | 研究可能未能涵盖所有影响根瘤发生的基因和分子机制 | 旨在深入了解根瘤发生的分子事件，为开发共生固氮作物提供数据支持 | 研究对象为模式豆类植物鹤虞豆的根瘤发育 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10146 | 2024-08-04 |
Enhancer-driven gene regulatory networks inference from single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae369
PMID:39082647
|
研究论文 | 本研究介绍了一种名为STREAM的新方法，用于推断来自单细胞转录组和染色质可及性数据的增强子驱动基因调控网络 | STREAM结合了Steiner森林问题模型、混合二聚簇管道和次模优化，提供了一种创新的推断方法 | NA | 研究基因调控程序在复杂生物系统中的作用 | 单细胞转录组和染色质可及性数据，以推断增强子驱动的基因调控网络 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤 | RNA-seq，ATAC-seq | 混合二聚簇，次模优化 | 文本 | 涉及阿尔茨海默病和弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤的数据集 |
| 10147 | 2024-08-05 |
Identification of a pro-protein synthesis osteosarcoma subtype for predicting prognosis and treatment
2024-07-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-67547-z
PMID:39014082
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研究论文 | 本研究识别了一种与前蛋白合成相关的骨肉瘤亚型，用于预测预后和治疗 | 提出了一种基于前蛋白合成骨肉瘤相关基因的预后模型，并通过单细胞RNA测序数据识别了七种骨肉瘤亚克隆类型 | 研究可能受限于公共数据库中的单细胞RNA测序数据，缺乏大规模临床验证 | 探讨骨肉瘤发展的机制及其治疗策略 | 主要关注与前蛋白合成相关的骨肉瘤相关基因及其在预后中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 预后模型 | 基因组数据 | NA |
| 10148 | 2024-08-04 |
Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas
2024-07-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-66484-1
PMID:38977800
|
研究论文 | 本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响 | 首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性 | 依赖公共数据库和临床样本，缺乏进一步的机制研究 | 明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响 | 胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据 | 数字病理学 | 胶质瘤 | Cox回归分析，功能富集分析，CCK8，克隆形成，迁移和侵袭实验 | 正交胶质瘤异种移植模型 | 生物信息学数据，临床样本 | 使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估 |
| 10149 | 2024-08-04 |
Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb
2024-Jul-08, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01950-w
PMID:38978014
|
研究论文 | 本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法，用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯 | MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据，填补了现有工具的空白 | 研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用，可能存在数据不全面的情况 | 本研究旨在开发一个数据库，以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具 | 本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序，bulk RNA-seq/microarray | NA | 数据集 | 收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用 |
| 10150 | 2024-08-04 |
Multiomics profiling of buffy coat and plasma unveils etiology-specific signatures in hepatocellular carcinoma
2024-Jul, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0042
PMID:38486508
|
研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了肝细胞癌中致病因素特异性的血液生物标志物。 | 研究提出了根据病毒感染综合分析得出的致病因素特异性基因表达模式，发现了与肝细胞癌相关的新的血液生物标志物。 | 结果需进一步验证，特别是在不同人群和多种致病因素下的普适性和准确性。 | 探索肝细胞癌中特定病因的血液生物标志物，以提高早期检测能力。 | 肝细胞癌患者的buff coat和血浆样本。 | 数字病理学 | 肝癌 | 全转录组测序（WTS）和靶向蛋白组学分析 | NA | 基因表达数据 | 来源于HCC患者的样本及多个独立数据集的DEGs验证 |
| 10151 | 2024-08-04 |
HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02712-9
PMID:38762674
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研究论文 | 本研究识别了与食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法相关的生物标志物 | 发现HLA-A+三级淋巴结构及其主要细胞成分与食管鳞状细胞癌的免疫疗法反应呈正相关 | 该研究样本量相对较小，仅涵盖60名食管鳞状细胞癌患者 | 识别食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法的生物标志物并探讨其临床相关性 | 对42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织进行基因表达及肿瘤微环境的评估 | 数字病理学 | 食管癌 | NanoString GeoMx数字空间分析、单细胞RNA测序和多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织和60名食管鳞状细胞癌患者 |
| 10152 | 2024-08-05 |
Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177
PMID:38924839
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研究论文 | 本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型，以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。 | 提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型（EDRGS），能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型，并预测不同肿瘤的治疗反应。 | 本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同，可能影响结果的推广性。 | 旨在识别肿瘤亚型分类的特征，从而实现精准的临床治疗。 | 研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。 | 数字病理学 | 食管癌 | 多组学数据分析 | 机器学习模型 | 多组学数据 | 310个食管鳞状细胞癌样本，60个单细胞RNA序列样本，其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本 |
| 10153 | 2024-08-04 |
Pharmacological Improvement of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Function Rescues Airway Epithelial Homeostasis and Host Defense in Children with Cystic Fibrosis
2024-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202310-1836OC
PMID:38259174
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研究论文 | 该研究探讨了药理改善囊性纤维化转膜导管调节因子（CFTR）功能对儿童囊性纤维化患者上呼吸道上皮稳态和宿主防御的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮和免疫细胞转录组的影响 | 仅在小样本的儿童群体中进行观察，结果可能无法推广到更广泛的人群 | 研究ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮细胞和免疫细胞的机制 | 儿童囊性纤维化患者的鼻拭子样本 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13名囊性纤维化儿童和12名健康儿童 |
| 10154 | 2024-08-05 |
N-MYC impairs innate immune signaling in high-grade serous ovarian carcinoma
2024-May-17, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj5428
PMID:38748789
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研究论文 | 该文章研究了N-MYC在高等级浆液性卵巢癌中的作用，特别是其对先天免疫信号的抑制 | 揭示了N-MYC通过抑制STING信号和RIG-I样受体信号来减弱肿瘤细胞的先天免疫反应，这是该领域的创新发现 | 研究主要集中在HGSC细胞系上，临床样本的多样性可能影响结果的普适性 | 探讨N-MYC如何影响高等级浆液性卵巢癌中的免疫信号传导 | 高等级浆液性卵巢癌细胞系与临床样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 涉及多个人类临床HGSC样本 |
| 10155 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals subtype-specific clonal evolution and microenvironmental changes in liver metastasis of pancreatic adenocarcinoma and their clinical implications
2024-May-03, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02003-0
PMID:38702773
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胰腺腺癌肝转移的亚型特异性克隆演化和微环境变化及其临床意义 | 揭示了基底样亚型细胞在化疗反应和患者结局中的关键作用以及PDAC的克隆演变与癌症相关基因的剂量变化之间的关系 | 研究仍需进一步探讨不同细胞亚型与TME的具体相互作用 | 了解胰腺导管腺癌的肿瘤演变和其临床关联 | 治疗前的原发性胰腺导管腺癌样本及其配对肝转移样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA数据 | 治疗前的原发性PDAC样本和配对的肝转移样本 |
| 10156 | 2024-08-04 |
The mucosal concept in chronic rhinosinusitis: Focus on the epithelial barrier
2024-May, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.01.015
PMID:38295881
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综述 | 该文献主要探讨了慢性鼻窦炎中上皮屏障的关键作用 | 文章强调了新技术（如单细胞转录组学）揭示的上皮屏障的新功能，如炎症记忆和神经内分泌功能 | 未提供具体的实验数据或样本数量，以支持提出的观点 | 旨在深入理解慢性鼻窦炎中的上皮细胞在粘膜框架中的作用 | 针对慢性鼻窦炎中上皮细胞的相关研究 | NA | 慢性鼻窦炎 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 10157 | 2024-08-05 |
STAT3 protects hematopoietic stem cells by preventing activation of a deleterious autocrine type-I interferon response
2024-May, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02218-6
PMID:38467768
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研究论文 | 本研究探讨了STAT3在造血干细胞中的保护作用，防止有害自分泌式I型干扰素反应的激活 | 揭示了STAT3如何通过抑制有害的自分泌型I型干扰素反应来维持造血干细胞功能的全新机制 | 由于在骨髓嵌合小鼠中进行的研究，可能存在系统性炎症未完全消除的潜在影响 | 研究STAT3在造血干细胞功能中的作用及其潜在的治疗应用 | STAT3缺失的造血干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 20%的造血腔室中的混合骨髓嵌合小鼠 |
| 10158 | 2024-08-04 |
Bento: a toolkit for subcellular analysis of spatial transcriptomics data
2024-04-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03217-7
PMID:38566187
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研究论文 | Bento是一个用于亚细胞空间转录组数据分析的Python工具包 | Bento利用单分子信息实现亚细胞尺度的空间分析，填补了现有方法在多细胞尺度的局限 | 目前尚未提到Bento在极端实验条件或特定细胞类型下的表现 | 开发一个用于亚细胞尺度空间分析的工具包 | 分子坐标和分割边界的数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 空间转录组数据 | 演示了MERFISH、seqFISH+、分子地图绘制和Xenium数据集 |
| 10159 | 2024-08-05 |
scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae204
PMID:38701412
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研究论文 | 提出了一种用于轨迹推断的新型降维模型scCRT，以提高单细胞RNA测序的分析性能 | scCRT模型结合了细胞级和聚类级对比模块，以利用先前信息学习准确的细胞表示 | 模型依赖于先前的细胞状态信息，可能对数据的依赖性较强 | 旨在提高单细胞RNA测序中轨迹推断的准确性和效率 | 研究对象为单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习模型 | 数据集 | 共有135个数据集，包括54个真实数据集和81个合成数据集 |
| 10160 | 2024-08-04 |
Sirtuin 6 ameliorates bleomycin-induced pulmonary fibrosis via activation of lipid catabolism
2024-Mar, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31027
PMID:37099691
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研究论文 | 本文探讨了SIRT6在减轻博来霉素诱导的肺纤维化中的作用 | 首次揭示了SIRT6通过激活脂质分解代谢来改善肺纤维化 | 对SIRT6在肺纤维化机制中的具体作用尚需进一步研究 | 研究SIRT6在肺纤维化中的保护机制 | 人类肺组织中的SIRT6及其对小鼠的影响 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 高通量测序 | NA | 数据 | 小鼠模型及单细胞测序数据库 |