单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10101	2024-08-04	Elevated SLC3A2 associated with poor prognosis and enhanced malignancy in gliomas 2024-07-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-66484-1 PMID:38977800	研究论文	本研究探讨了SLC3A2在胶质瘤中的预后价值及其影响	首次阐明了SLC3A2在胶质瘤中与不良预后和恶性肿瘤特征的相关性	依赖公共数据库和临床样本，缺乏进一步的机制研究	明确SLC3A2在胶质瘤中的预后意义及其对肿瘤微环境的影响	胶质瘤样本及其相关的生物信息学数据	数字病理学	胶质瘤	Cox回归分析，功能富集分析，CCK8，克隆形成，迁移和侵袭实验	正交胶质瘤异种移植模型	生物信息学数据，临床样本	使用多个公共数据库和临床胶质瘤样本进行评估
10102	2024-08-04	Predicting intercellular communication based on metabolite-related ligand-receptor interactions with MRCLinkdb 2024-Jul-08, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01950-w PMID:38978014	研究论文	本文介绍了MRCLinkdb数据库和算法，用于预测基于代谢物相关配体-受体相互作用的细胞间通讯	MRCLinkdb整合并组织了与非蛋白质配体-受体相互作用相关的数据，填补了现有工具的空白	研究主要集中在文献和已知数据库中的相互作用，可能存在数据不全面的情况	本研究旨在开发一个数据库，以提供基于代谢物的细胞间通信预测工具	本文研究了人类和小鼠的代谢物-配体-受体相互作用	生物信息学	NA	单细胞转录组测序，bulk RNA-seq/microarray	NA	数据集	收集了790个人类和670个小鼠的代谢物-配体-受体相互作用
10103	2024-08-04	Multiomics profiling of buffy coat and plasma unveils etiology-specific signatures in hepatocellular carcinoma 2024-Jul, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0042 PMID:38486508	研究论文	本文通过多组学分析揭示了肝细胞癌中致病因素特异性的血液生物标志物。	研究提出了根据病毒感染综合分析得出的致病因素特异性基因表达模式，发现了与肝细胞癌相关的新的血液生物标志物。	结果需进一步验证，特别是在不同人群和多种致病因素下的普适性和准确性。	探索肝细胞癌中特定病因的血液生物标志物，以提高早期检测能力。	肝细胞癌患者的buff coat和血浆样本。	数字病理学	肝癌	全转录组测序（WTS）和靶向蛋白组学分析	NA	基因表达数据	来源于HCC患者的样本及多个独立数据集的DEGs验证
10104	2024-08-04	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究识别了与食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法相关的生物标志物	发现HLA-A+三级淋巴结构及其主要细胞成分与食管鳞状细胞癌的免疫疗法反应呈正相关	该研究样本量相对较小，仅涵盖60名食管鳞状细胞癌患者	识别食管鳞状细胞癌免疫检查点抑制疗法的生物标志物并探讨其临床相关性	对42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织进行基因表达及肿瘤微环境的评估	数字病理学	食管癌	NanoString GeoMx数字空间分析、单细胞RNA测序和多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织样本	42例未经治疗的食管鳞状细胞癌肿瘤组织和60名食管鳞状细胞癌患者
10105	2024-08-05	Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177 PMID:38924839	研究论文	本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型，以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。	提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型（EDRGS），能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型，并预测不同肿瘤的治疗反应。	本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同，可能影响结果的推广性。	旨在识别肿瘤亚型分类的特征，从而实现精准的临床治疗。	研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。	数字病理学	食管癌	多组学数据分析	机器学习模型	多组学数据	310个食管鳞状细胞癌样本，60个单细胞RNA序列样本，其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本
10106	2024-08-04	Pharmacological Improvement of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Function Rescues Airway Epithelial Homeostasis and Host Defense in Children with Cystic Fibrosis 2024-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202310-1836OC PMID:38259174	研究论文	该研究探讨了药理改善囊性纤维化转膜导管调节因子（CFTR）功能对儿童囊性纤维化患者上呼吸道上皮稳态和宿主防御的影响	首次在单细胞水平上揭示了ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮和免疫细胞转录组的影响	仅在小样本的儿童群体中进行观察，结果可能无法推广到更广泛的人群	研究ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮细胞和免疫细胞的机制	儿童囊性纤维化患者的鼻拭子样本	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13名囊性纤维化儿童和12名健康儿童
10107	2024-08-05	N-MYC impairs innate immune signaling in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-May-17, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj5428 PMID:38748789	研究论文	该文章研究了N-MYC在高等级浆液性卵巢癌中的作用，特别是其对先天免疫信号的抑制	揭示了N-MYC通过抑制STING信号和RIG-I样受体信号来减弱肿瘤细胞的先天免疫反应，这是该领域的创新发现	研究主要集中在HGSC细胞系上，临床样本的多样性可能影响结果的普适性	探讨N-MYC如何影响高等级浆液性卵巢癌中的免疫信号传导	高等级浆液性卵巢癌细胞系与临床样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	涉及多个人类临床HGSC样本
10108	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis reveals subtype-specific clonal evolution and microenvironmental changes in liver metastasis of pancreatic adenocarcinoma and their clinical implications 2024-May-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02003-0 PMID:38702773	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了胰腺腺癌肝转移的亚型特异性克隆演化和微环境变化及其临床意义	揭示了基底样亚型细胞在化疗反应和患者结局中的关键作用以及PDAC的克隆演变与癌症相关基因的剂量变化之间的关系	研究仍需进一步探讨不同细胞亚型与TME的具体相互作用	了解胰腺导管腺癌的肿瘤演变和其临床关联	治疗前的原发性胰腺导管腺癌样本及其配对肝转移样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA数据	治疗前的原发性PDAC样本和配对的肝转移样本
10109	2024-08-04	The mucosal concept in chronic rhinosinusitis: Focus on the epithelial barrier 2024-May, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.01.015 PMID:38295881	综述	该文献主要探讨了慢性鼻窦炎中上皮屏障的关键作用	文章强调了新技术（如单细胞转录组学）揭示的上皮屏障的新功能，如炎症记忆和神经内分泌功能	未提供具体的实验数据或样本数量，以支持提出的观点	旨在深入理解慢性鼻窦炎中的上皮细胞在粘膜框架中的作用	针对慢性鼻窦炎中上皮细胞的相关研究	NA	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学	NA	NA	NA
10110	2024-08-05	STAT3 protects hematopoietic stem cells by preventing activation of a deleterious autocrine type-I interferon response 2024-May, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02218-6 PMID:38467768	研究论文	本研究探讨了STAT3在造血干细胞中的保护作用，防止有害自分泌式I型干扰素反应的激活	揭示了STAT3如何通过抑制有害的自分泌型I型干扰素反应来维持造血干细胞功能的全新机制	由于在骨髓嵌合小鼠中进行的研究，可能存在系统性炎症未完全消除的潜在影响	研究STAT3在造血干细胞功能中的作用及其潜在的治疗应用	STAT3缺失的造血干细胞和祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	20%的造血腔室中的混合骨髓嵌合小鼠
10111	2024-08-04	Bento: a toolkit for subcellular analysis of spatial transcriptomics data 2024-04-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03217-7 PMID:38566187	研究论文	Bento是一个用于亚细胞空间转录组数据分析的Python工具包	Bento利用单分子信息实现亚细胞尺度的空间分析，填补了现有方法在多细胞尺度的局限	目前尚未提到Bento在极端实验条件或特定细胞类型下的表现	开发一个用于亚细胞尺度空间分析的工具包	分子坐标和分割边界的数据	数字病理学	NA	NA	NA	空间转录组数据	演示了MERFISH、seqFISH+、分子地图绘制和Xenium数据集
10112	2024-08-05	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	提出了一种用于轨迹推断的新型降维模型scCRT，以提高单细胞RNA测序的分析性能	scCRT模型结合了细胞级和聚类级对比模块，以利用先前信息学习准确的细胞表示	模型依赖于先前的细胞状态信息，可能对数据的依赖性较强	旨在提高单细胞RNA测序中轨迹推断的准确性和效率	研究对象为单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	对比学习模型	数据集	共有135个数据集，包括54个真实数据集和81个合成数据集
10113	2024-08-04	Sirtuin 6 ameliorates bleomycin-induced pulmonary fibrosis via activation of lipid catabolism 2024-Mar, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31027 PMID:37099691	研究论文	本文探讨了SIRT6在减轻博来霉素诱导的肺纤维化中的作用	首次揭示了SIRT6通过激活脂质分解代谢来改善肺纤维化	对SIRT6在肺纤维化机制中的具体作用尚需进一步研究	研究SIRT6在肺纤维化中的保护机制	人类肺组织中的SIRT6及其对小鼠的影响	数字病理学	肺纤维化	高通量测序	NA	数据	小鼠模型及单细胞测序数据库
10114	2024-08-04	Cell-type deconvolution of bulk-blood RNA-seq reveals biological insights into neuropsychiatric disorders 2024-02-01, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.018 PMID:38306997	研究论文	本研究通过对大规模血液RNA测序数据进行细胞类型解卷积，提供了精神疾病的生物学见解	本研究使用计算推断细胞类型比重和基因表达，发现了多个未通过常规分析得出的与精神疾病相关的基因	该研究的细胞类型特定信号可能仍会受到某些因素的影响，且未使用单细胞测序	探讨基因变异与精神疾病风险之间的因果机制	来自1730例患有双相情感障碍和精神分裂症个体的全血样本	数字病理学	精神疾病	RNA测序	NA	血液样本	1730个全血样本
10115	2024-08-04	Single-cell transcriptome analysis reveals distinct cell populations in dorsal root ganglia and their potential roles in diabetic peripheral neuropathy 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306424 PMID:39083491	研究论文	单细胞转录组分析揭示了背根神经节中不同细胞群体及其在糖尿病周围神经病中的潜在作用	首次系统性地分析了背根神经节的细胞组成及其在糖尿病周围神经病中的作用	缺乏对背根神经节在糖尿病周围神经病发病机制的深入探索	深入了解背根神经节的细胞类型组成及其在糖尿病周围神经病中的角色	健康对照组及糖尿病周围神经病大鼠的背根神经节组织	数字病理学	糖尿病周围神经病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	来自健康对照组和糖尿病周围神经病大鼠的背根神经节组织
10116	2024-08-05	Systems biology-based analysis exploring shared biomarkers and pathogenesis of myocardial infarction combined with osteoarthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1398990 PMID:39086489	研究论文	本研究通过系统生物学探讨了心肌梗死和骨关节炎共享的生物标志物和发病机制	首次揭示了DUSP1、FOS和THBS1作为心肌梗死和骨关节炎的三个新共享生物标志物及其相关信号通路	未提及研究的具体局限性	探讨心肌梗死与骨关节炎的共享生物标志物和发病机制	心肌梗死（MI）和骨关节炎（OA）患者的基因表达数据	数字病理学	心肌梗死与骨关节炎	基因表达分析，单细胞RNA测序，RT-qPCR	无特定模型类型	基因表达数据	涉及心肌细胞和软骨细胞的样本，具体样本数量未说明
10117	2024-08-05	HIF2A mediates lineage transition to aggressive phenotype of cancer-associated fibroblasts in lung cancer brain metastasis 2024, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2024.2356942 PMID:38778816	研究论文	这篇文章探讨了HIF2A在肺癌脑转移中促进癌症相关成纤维细胞的谱系转变及其侵袭性表型的机制	本研究揭示了肺癌脑转移中HIF-2α诱导的CAF谱系转变及其功能改变的新机制	本研究的局限性在于数据主要来源于单细胞RNA测序，可能无法全面反映所有CAF的复杂性	本研究的目的是探讨肺癌脑转移中的肿瘤微环境变化及CAF的作用	研究对象为不同转移阶段的肺癌患者的CAF及其在脑转移中的表现	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序, 大规模RNA测序, 多重免疫组化	NA	RNA数据	包括四对脑转移和原发肺癌样本的配对样本
10118	2024-08-05	Integrative single-cell analysis of longitudinal t(8;21) AML reveals heterogeneous immune cell infiltration and prognostic signatures 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1424933 PMID:39086485	研究论文	本研究对t(8;21)急性髓性白血病患者的免疫微环境进行了综合单细胞分析	本研究通过scRNA-seq发现了与疾病进展和药物耐受性相关的独特T细胞特征	论文未提及具体的样本数量及其来源，限制了结果的普遍性	探究急性髓性白血病患者的免疫细胞浸润状况与预后的关系	t(8;21)急性髓性白血病患者的免疫细胞特征	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞浸润数据	包括原发和纵向t(8;21)急性髓性白血病样本以及外部队列
10119	2024-08-04	Molecular and immune signatures, and pathological trajectories of fatal COVID-19 lungs defined by in situ spatial single-cell transcriptome analysis 2023-08, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29009 PMID:37563850	研究论文	本研究通过原位测序分析了COVID-19死亡患者肺部的单细胞分子和细胞特征	首次建立了COVID-19肺部细胞和分子特征的空间单细胞图谱	仅针对死后肺组织进行研究，可能无法全面代表所有COVID-19患者的肺部病理	旨在定义COVID-19肺部的分子和免疫特征及病理轨迹	研究对象为COVID-19死亡患者的肺部组织样本	数字病理学	肺炎COVID-19	原位测序（ISS）	稀疏非负矩阵分解（SNMF）	转录组数据	研究中涉及221个基因，分析了1719459个细胞
10120	2024-08-04	The progenitor basis of cortical projection neuron diversity 2023-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2023.102726 PMID:37148649	研究论文	本研究探讨了不同类型的神经祖细胞如何产生皮层投射神经元的多样性。	创新点在于通过细胞类型解析的追踪方法来理解神经祖细胞在投射神经元多样性中的作用。	目前关于中间祖细胞在投射神经元多样性中的角色仍然研究不足。	研究神经祖细胞如何产生皮层投射神经元的多样性和层级组织。	主要研究对象为辐射胶质细胞和中间祖细胞。	神经科学	NA	细胞类型解析遗传命运追踪，轴突追踪，空间转录组学	NA	NA	NA