单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28751 篇文献，本页显示第 10081 - 10100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10081 | 2024-09-15 |
Data enhancement in the age of spatial biology
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.008
PMID:39271267
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综述 | 本文探讨了空间转录组学与其他数据类型（如单细胞转录组学和组织染色图像）的整合方法，以克服当前技术的局限性 | 本文介绍了通过整合空间转录组学与其他数据类型来克服现有技术局限性的计算方法 | 当前空间转录组学技术在分辨率和同时分析的基因数量上存在局限性 | 旨在通过整合不同数据类型，提高对癌症生物学的理解 | 空间转录组学数据与其他数据类型的整合 | 生物信息学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10082 | 2024-09-15 |
BK Channels Function in Nematocyst Discharge from Vibration-Sensitive Cnidocyte Supporting Cell Complexes of the Sea Anemone Diadumene lineata
2023-10, The Biological bulletin
DOI:10.1086/730702
PMID:38976849
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研究论文 | 研究了海葵Diadumene lineata中BK通道在振动敏感型刺细胞支持细胞复合体中的功能 | 首次在非两侧对称动物中证明了BK通道的功能 | NA | 验证BK通道在海葵刺细胞释放中的作用 | 海葵Diadumene lineata的刺细胞支持细胞复合体 | 生物学 | NA | RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 10083 | 2024-09-15 |
Single-cell RNA sequencing reveals maturation trajectory in human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes in engineered tissues
2023-Apr-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106302
PMID:36950112
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研究论文 | 研究了人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织配置中的成熟轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序比较了不同工程化心脏组织中心肌细胞的基因表达和功能特征，揭示了心肌细胞成熟与组织复杂性之间的关系 | 研究仅限于特定的工程化心脏组织配置，未涵盖所有可能的组织类型 | 探讨人类多能干细胞衍生的心肌细胞在不同工程化心脏组织中的成熟过程 | 人类多能干细胞衍生的心肌细胞及其在不同工程化心脏组织中的成熟情况 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三种工程化心脏组织配置和一种对照组 |
| 10084 | 2024-09-15 |
Increased RTN3 phenocopies nonalcoholic fatty liver disease by inhibiting the AMPK-IDH2 pathway
2023-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.226
PMID:36925557
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研究论文 | 研究探讨了RTN3在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中的作用及其机制 | 首次描述了RTN3在肝脏组织中的作用，并揭示了其通过抑制AMPK-IDH2途径影响NAFLD的机制 | 研究主要基于公共数据集、患者样本和动物模型，缺乏大规模临床试验验证 | 探索RTN3在非酒精性脂肪肝病中的作用及其分子机制 | RTN3在NAFLD患者、高脂饮食小鼠和氧化低密度脂蛋白处理的L02细胞中的表达及作用 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括NAFLD患者、高脂饮食小鼠和L02细胞 |
| 10085 | 2024-09-15 |
A comprehensive benchmarking with practical guidelines for cellular deconvolution of spatial transcriptomics
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37168-7
PMID:36941264
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研究论文 | 本文对18种现有的细胞反卷积方法进行了全面的基准测试，并提供了实用的选择指南 | 本文通过评估准确性、鲁棒性和可用性，对18种方法进行了全面的比较，并提供了决策树风格的指南和推荐 | NA | 评估和比较现有的细胞反卷积方法，并提供选择指南 | 18种细胞反卷积方法和50个真实世界及模拟数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | 50个真实世界和模拟数据集 |
| 10086 | 2024-09-15 |
Benchmarking integration of single-cell differential expression
2023-03-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37126-3
PMID:36944632
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研究论文 | 本文对46种单细胞差异表达分析工作流程进行了基准测试，评估了批次效应、测序深度和数据稀疏性对其性能的影响 | 首次系统性地评估了多种单细胞差异表达分析方法在不同条件下的表现，并提出了在特定条件下表现优异的方法 | 研究主要集中在模拟数据和真实数据上的表现，未涉及实际临床应用中的验证 | 评估不同单细胞差异表达分析方法在处理批次效应、测序深度和数据稀疏性方面的性能 | 46种单细胞差异表达分析工作流程 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个批次的数据 |
| 10087 | 2024-09-15 |
Key transcription factors influence the epigenetic landscape to regulate retinal cell differentiation
2023-03-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad026
PMID:36715342
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研究论文 | 研究揭示了关键转录因子如何影响表观遗传景观以调控视网膜细胞分化 | 通过scATAC-seq和CUT&Tag技术，系统分析了早期视网膜细胞分化过程中表观遗传景观的变化，并揭示了关键转录因子在调控基因表达中的作用 | NA | 深入理解中枢神经系统发育过程中神经细胞类型的形成机制 | 视网膜细胞分化过程中的表观遗传变化和关键转录因子的调控作用 | NA | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, CUT&Tag | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10088 | 2024-09-15 |
Hierarchical cell-type identifier accurately distinguishes immune-cell subtypes enabling precise profiling of tissue microenvironment with single-cell RNA-sequencing
2023-03-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad006
PMID:36681937
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因集分析的分层细胞类型识别工具HiCAT，用于单细胞RNA测序数据中免疫细胞亚型的精确注释 | HiCAT通过三层分类树结构，逐级识别主要类型、次要类型和子集，显著提高了免疫细胞亚型识别的准确性 | NA | 开发一种能够准确区分免疫细胞亚型并用于组织微环境精确分析的工具 | 免疫细胞亚型及其在组织微环境中的作用 | 单细胞RNA测序 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 10089 | 2024-09-15 |
Resolving the lineage relationship between malignant cells and vascular cells in glioblastomas
2023-03-16, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwac006
PMID:36929001
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞之间的谱系关系 | 首次通过单细胞RNA测序和拷贝数变异分析，揭示了胶质母细胞瘤细胞与血管细胞的谱系差异，排除了胶质母细胞瘤细胞向血管细胞转分化的可能性 | 研究仅限于小鼠模型和人类样本的单细胞分析，未涉及其他动物模型或更广泛的临床样本 | 探讨胶质母细胞瘤中恶性细胞与血管细胞的谱系关系，为靶向治疗提供理论依据 | 胶质母细胞瘤中的恶性细胞和血管细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个遗传性胶质母细胞瘤小鼠模型和人类胶质母细胞瘤样本 |
| 10090 | 2024-09-15 |
SMPD1 expression profile and mutation landscape help decipher genotype-phenotype association and precision diagnosis for acid sphingomyelinase deficiency
2023-Mar-13, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-023-00272-1
PMID:36907956
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研究论文 | 研究探讨了酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）的基因型-表型关联和精准诊断 | 首次阐明了SMPD1基因突变对细胞类型和组织水平的影响，为NPD的基因型-表型关联提供了新的见解 | NA | 探索NPD的基因型-表型关联和病理生理特征 | 酸性鞘磷脂酶缺乏症（ASMD）患者 | 遗传学 | 罕见遗传病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 144例NPD患者 |
| 10091 | 2024-09-15 |
Interpretable and context-free deconvolution of multi-scale whole transcriptomic data with UniCell deconvolve
2023-03-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36961-8
PMID:36906603
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研究论文 | 介绍了一种名为UniCell: Deconvolve Base (UCDBase)的预训练深度学习模型，用于无上下文参考数据的多尺度全转录组数据的去卷积 | 提出了一个预训练的、可解释的深度学习模型UCDBase，能够在没有上下文参考数据的情况下对空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据进行细胞类型分数的去卷积和细胞身份预测 | NA | 开发一种新的深度学习模型，用于多尺度全转录组数据的去卷积和细胞身份预测 | 空间、bulk-RNA-Seq和scRNA-Seq数据中的细胞类型分数和细胞身份 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 训练数据包括来自898项研究的超过2800万个注释的单细胞，涵盖840种独特的细胞类型 |
| 10092 | 2024-09-15 |
Adipose tissue at single-cell resolution
2023-03-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2023.02.002
PMID:36889280
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在脂肪组织中的应用，重点介绍了从单细胞和单核转录组学中获得的生物学见解 | 利用单细胞转录组学技术，深入解析了脂肪组织中细胞类型的多样性和细胞状态的变化 | NA | 探讨单细胞转录组学在脂肪组织研究中的应用及其对组织可塑性的贡献 | 小鼠和人类脂肪组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类脂肪组织样本 |
| 10093 | 2024-09-15 |
Mitochondrial metabolism of the facultative parasite Chilodonella uncinata (Alveolata, Ciliophora)
2023-Mar-07, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-023-05695-3
PMID:36882771
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研究论文 | 研究了Chilodonella uncinata的线粒体形态和代谢特征 | 首次研究了Chilodonella uncinata的线粒体代谢 | 仅基于单细胞转录组数据进行分析，缺乏实验验证 | 描述Chilodonella uncinata线粒体的形态特征和代谢特性 | Chilodonella uncinata的线粒体 | NA | NA | 荧光染色、透射电子显微镜、单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 单个Chilodonella uncinata细胞 |
| 10094 | 2024-09-15 |
DiSiR: fast and robust method to identify ligand-receptor interactions at subunit level from single-cell RNA-sequencing data
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad030
PMID:36968431
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DiSiR的快速且稳健的方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别亚基水平的配体-受体相互作用 | DiSiR不仅能够分析现有的配体-受体相互作用数据库，还能识别未在数据库中列出的相互作用，并且相比其他基于排列的方法（如CellPhoneDB和ICELLNET）表现更优 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，特别是多亚基配体激活受体的信号通路 | 单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 排列方法 | RNA测序数据 | 模拟数据和真实数据（包括COVID肺部和类风湿性关节炎滑膜的单细胞RNA测序数据） |
| 10095 | 2024-09-15 |
A cuproptosis-related signature for predicting the prognosis of gastric cancer
2023-Feb-28, Journal of gastrointestinal oncology
IF:2.0Q3
DOI:10.21037/jgo-23-62
PMID:36915443
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研究论文 | 本文研究了铜死亡相关基因在胃癌中的表达及其对胃癌预后的预测作用 | 首次构建了铜死亡相关基因的特征，用于预测胃癌的预后 | NA | 研究铜死亡相关基因在胃癌中的作用及其对胃癌预后的预测价值 | 胃癌患者及铜死亡相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | NA |
| 10096 | 2024-09-15 |
NF-κB in monocytes and macrophages - an inflammatory master regulator in multitalented immune cells
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1134661
PMID:36911661
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综述 | 本文综述了核因子κB（NF-κB）在单核细胞和巨噬细胞中的作用，这些细胞是多才多艺的免疫细胞，在炎症中起着主调控因子的作用 | 利用单细胞测序和细胞命运图谱等新技术，探讨了NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的新问题 | NA | 总结NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的当前研究成果 | NF-κB在单核细胞和巨噬细胞中的作用 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 10097 | 2024-09-15 |
Altered gene expression in excitatory neurons is associated with Alzheimer's disease and its higher incidence in women
2023 Jan-Mar, Alzheimer's & dementia (New York, N. Y.)
DOI:10.1002/trc2.12373
PMID:36873924
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研究论文 | 重新分析单细胞转录组数据，揭示阿尔茨海默病中兴奋性神经元基因表达的变化与性别差异的关系 | 解决了先前研究中关于阿尔茨海默病中主要受影响的细胞类型和细胞通路的矛盾，并揭示了兴奋性神经元在性别特异性分析中的重要作用 | NA | 重新分析单细胞转录组数据，以解决和扩展以往关于阿尔茨海默病中基因表达变化的研究 | 阿尔茨海默病患者的兴奋性神经元基因表达变化及性别差异 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学 | MAST | 基因表达数据 | 三个单细胞转录组数据集和来自Gene Expression Omnibus的皮质bulk AD数据集 |
| 10098 | 2024-09-15 |
Dissecting insect cell heterogeneity during influenza VLP production using single-cell transcriptomics
2023, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2023.1143255
PMID:36949887
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了在流感病毒样颗粒生产过程中昆虫细胞的异质性 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示了昆虫细胞在感染和生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其相关生物机制 | NA | 揭示昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性及其对治疗性蛋白质生产的影响 | 昆虫细胞在生产流感病毒样颗粒过程中的异质性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个昆虫细胞样本 |
| 10099 | 2024-09-15 |
Deletion of the murine ortholog of human 9p21.3 locus promotes atherosclerosis by increasing macrophage proinflammatory activity
2023, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2023.1113890
PMID:36950286
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研究论文 | 研究探讨了小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化的影响及其机制 | 首次揭示了小鼠9p21.3位点同源基因缺失通过增加巨噬细胞的促炎活性促进动脉粥样硬化的机制 | NA | 研究小鼠9p21.3位点同源基因在动脉粥样硬化中的作用 | 小鼠9p21.3位点同源基因缺失对动脉粥样硬化斑块大小和形态的影响 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 12周高脂饮食后的Ldlr -/- ApoB 100/100小鼠 |
| 10100 | 2024-09-15 |
Revealing within-species diversity in uncultured human gut bacteria with single-cell long-read sequencing
2023, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2023.1133917
PMID:36910196
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研究论文 | 本文开发了一种单细胞扩增基因组长读序列组装（scALA）工作流程，用于从人类肠道微生物样本中获取未培养细菌的完整环状单细胞扩增基因组（cSAGs） | scALA工作流程通过减少序列偏差和连续组装，生成了完整的环状cSAGs，揭示了宿主间共享的菌株特异性结构变异 | NA | 研究未培养细菌的特征，揭示物种内多样性 | 人类肠道微生物中的未培养细菌 | 基因组学 | NA | 单细胞长读序列 | NA | 基因组数据 | 12个人类粪便样本，包括两个共同居住组，生成了16个cSAGs |