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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10081 | 2025-10-07 |
Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer
2025-Mar-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02161-7
PMID:40131644
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞测序分析,开发了基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征模型 | 首次结合转录组和单细胞测序数据,识别M2样TAM相关基因并构建乳腺癌预后特征 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征模型 | 乳腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | WGCNA, Cox回归, LASSO回归, 风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA-BRCA, GSE20685, GSE176078数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
10082 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell transcriptome and comparative genome analysis reveals the origin of intermuscular bones in zebrafish
2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142397
PMID:40127795
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和比较基因组分析揭示斑马鱼肌间骨的起源 | 首次结合比较基因组学和单细胞转录组学技术研究肌间骨的进化发育机制,成功构建了间充质干细胞向成骨细胞的分化轨迹并鉴定出关键调控基因 | 研究仅针对斑马鱼模型,未在其他鱼类中进行验证 | 探究鱼类肌间骨发育的分子调控机制和进化过程 | 斑马鱼肌间骨组织及15种有/无肌间骨的鱼类基因组 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 比较基因组分析, RNA速率分析, 伪时间分析, 基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 15种鱼类(4种有肌间骨,11种无肌间骨)及斑马鱼肌间骨组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10083 | 2025-10-07 |
Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study
2025-Mar-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030208
PMID:40136462
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研究论文 | 本研究通过多模态方法探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系,并识别肝细胞生长因子作为潜在生物标志物 | 首次整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和转录组测序数据,系统揭示炎症细胞因子与肺腺癌的因果机制 | 研究主要基于遗传数据和测序分析,需要进一步实验验证具体的分子机制 | 探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系及潜在分子机制 | 肺腺癌患者及相关炎症细胞因子 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
10084 | 2025-10-07 |
Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer
2025-Mar-18, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo15030207
PMID:40137171
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型,并确定ALDH2作为预后生物标志物 | 首次在胰腺癌中系统表征甘油脂代谢异质性,发现新的分子亚型和预后生物标志物ALDH2 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探究甘油脂代谢在胰腺癌中的作用机制和临床意义 | 胰腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,脂质组学,随机森林算法,PCR,免疫组化 | 随机森林 | 基因组数据,转录组数据,脂质组数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 930例胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,脂质组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
10085 | 2025-10-07 |
K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis
2025-Mar-11, Biology
DOI:10.3390/biology14030283
PMID:40136539
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研究论文 | 提出了一种基于凸体积的新型聚类算法用于单细胞RNA测序数据分析 | 使用簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的聚类标准,通过非线性优化同时优化层次结构和每层簇数量 | NA | 开发适用于高维结构化数据的聚类算法 | 单细胞和多组学数据集 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | K-体积聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10086 | 2025-10-07 |
Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding
2025-Mar-06, Biology
DOI:10.3390/biology14030269
PMID:40136525
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研究论文 | 本研究通过分析烧伤患者血清和单细胞RNA测序,揭示了MMP8在烧伤后糖萼破坏和肺损伤中的新作用机制 | 首次发现MMP8在烧伤后糖萼脱落中的关键作用,并验证其在肺泡上皮细胞中的直接效应 | 样本量较小(28例患者),且主要为观察性研究 | 探究烧伤后糖萼紊乱的分子机制及其与肺损伤的关系 | 烧伤患者血清样本和体外肺组织模型 | 分子生物学 | 烧伤 | 单细胞RNA测序, 微阵列转录组分析 | 体外肺组织模型 | RNA测序数据, 微阵列数据, 血清分析数据 | 28例烧伤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
10087 | 2025-10-07 |
mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114
PMID:40098239
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研究论文 | 开发了一个用于批量RNA-seq数据自动识别组织特异性基因标记的R软件包 | 首个专门为标记的批量RNA-seq数据设计的自动化标记识别方法,明确考虑背景表达并使用信噪比方法最小化背景信号 | 主要针对批量RNA-seq数据,对单细胞数据的适用性需要进一步验证 | 开发自动化基因标记识别工具,用于疾病生物标志物发现 | 转录组数据中的组织特异性基因标记 | 生物信息学 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | edgeR, limma, 基于秩积的置换检验 | 转录组数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10088 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Identified Fibrosis-Activated Valve Interstitial Cells Involved in Functional Tricuspid Regurgitation
2025-Mar, JACC. Asia
DOI:10.1016/j.jacasi.2025.01.013
PMID:40148022
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析功能性三尖瓣反流患者的瓣膜细胞组成和基因表达变化 | 首次构建人类三尖瓣单细胞图谱,识别出纤维化激活的瓣膜间质细胞亚群及其在功能性三尖瓣反流中的作用 | 样本量较小(仅10例患者),需要更大规模研究验证发现 | 研究功能性三尖瓣反流的发病机制和潜在治疗靶点 | 人类三尖瓣组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,多重荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,空间分布图像数据 | 10例患者(5例中度至重度功能性三尖瓣反流患者,5例非疾病对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10089 | 2025-10-07 |
Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway
2025-Feb-25, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030147
PMID:40136401
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研究论文 | 通过转录组分析识别并验证了房水流出通路中关键细胞的生物标志物 | 首次通过微阵列与单细胞RNA测序数据交叉验证,发现了TM细胞标志物CTTNBP2和MGARP,以及SCE细胞新标志物JAM2、PODXL和IFI27 | 研究仅使用体外培养细胞,未进行体内功能验证 | 识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物 | 人源小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞 | 生物信息学 | 青光眼 | 微阵列, 单细胞RNA测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
10090 | 2025-10-07 |
Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2025-Jan-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06149-3
PMID:39871369
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研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示乳头状颅咽管瘤中细胞间的信号通讯 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术系统分析PCP肿瘤微环境中细胞间信号通讯网络 | 样本量有限(5例单细胞测序,11例批量测序),需要更大规模验证 | 阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号通讯机制 | 乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 颅咽管瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | CellChat分析 | RNA测序数据 | 5例单细胞测序样本,11例肿瘤样本和5例正常对照的批量测序样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10091 | 2025-10-07 |
Multiomic characterization, immunological and prognostic potential of SMAD3 in pan-cancer and validation in LIHC
2025-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84553-3
PMID:39753728
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研究论文 | 通过生物信息学分析和体外实验系统研究SMAD3在泛癌中的多组学特征、免疫学功能和预后潜力 | 首次对SMAD3在泛癌中的诊断、预后和免疫预测价值进行全面系统分析,并在肝细胞癌中进行实验验证 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证仅限于肝细胞癌 | 评估SMAD3作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 多种癌症类型和肝细胞癌细胞系 | 生物信息学 | 泛癌和肝细胞癌 | 生物信息学分析,单细胞测序,DNA甲基化分析,体外实验 | NA | 基因组数据,表达数据,甲基化数据,单细胞测序数据 | 来自TCGA、GTEx等多个数据库的多种癌症样本 | NA | 单细胞测序,DNA甲基化分析 | NA | NA |
10092 | 2025-10-07 |
Common biomarkers of idiopathic pulmonary fibrosis and systemic sclerosis based on WGCNA and machine learning
2025-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84820-3
PMID:39753882
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研究论文 | 通过WGCNA和机器学习方法鉴定特发性肺纤维化和系统性硬化的共同生物标志物CCL2 | 首次结合WGCNA和机器学习方法系统分析IPF和SSc的共同特征基因,并通过单细胞RNA测序验证CCL2在不同细胞类型中的表达差异 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索特发性肺纤维化和系统性硬化的共同发病机制和生物标志物 | 特发性肺纤维化和系统性硬化患者 | 生物信息学 | 肺纤维化, 系统性硬化 | WGCNA, 蛋白质相互作用分析, Kaplan-Meier曲线, 单变量Cox分析, 机器学习, 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
10093 | 2025-10-07 |
Integrative multi-omics analysis and machine learning refine global histone modification features in prostate cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1557843
PMID:40144021
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习方法,开发了基于组蛋白修饰模式的CMLHMS评分系统,用于前列腺癌亚型分类和治疗策略制定 | 开发了综合机器学习组蛋白修饰评分(CMLHMS),首次将前列腺癌基于组蛋白修饰模式分为两个具有不同生物学特征的亚型 | NA | 探索组蛋白修饰在前列腺癌异质性中的作用,并开发基于组蛋白修饰模式的疾病分类系统 | 前列腺癌组织和细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, 药物敏感性分析 | 机器学习模型 | 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10094 | 2025-10-07 |
The role of TRAF2 in pan-cancer revealed by integrating informatics and experimental validation
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1563435
PMID:40144665
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证揭示TRAF2在泛癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 首次系统整合多组学数据和实验验证,全面揭示TRAF2在泛癌中的表达特征、表观遗传调控、免疫微环境作用及其在肝细胞癌中的功能 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证主要集中在肝细胞癌,需要更多癌症类型的实验验证 | 阐明TRAF2在癌症发生发展中的作用机制及其临床意义 | 人类正常组织和肿瘤组织,肝细胞癌细胞系HepG2 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析,单细胞测序,免疫荧光染色,siRNA敲低 | Cox回归分析,Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据,表观遗传数据,单细胞测序数据,免疫组化数据 | 多个公共数据库的泛癌数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,免疫荧光,基因敲低 | NA | NA |
10095 | 2025-10-07 |
IKKε-deficient macrophages impede cardiac repair after myocardial infarction by enhancing the macrophage-myofibroblast transition
2024-Sep, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01304-0
PMID:39261656
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和磷酸化蛋白阵列技术,揭示了IKKε缺失通过增强巨噬细胞-肌成纤维细胞转化导致心肌梗死后心脏修复障碍的机制 | 首次发现IKKε-p38轴通过调控巨噬细胞-肌成纤维细胞转化影响心肌梗死后的心脏修复过程 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究IKKε在心肌梗死后炎症反应和心脏修复中的调控作用 | 心肌梗死小鼠模型中的心脏巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白阵列 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | IKKε敲除小鼠和野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10096 | 2025-10-07 |
FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium
2024-Jun-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174888
PMID:38916962
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研究论文 | 本研究揭示了FGF受体通过MAPK p38信号通路介导囊性纤维化气道上皮细胞衰老的机制 | 首次发现FGFR4和FGFR1在CF气道上皮细胞衰老中的关键作用,并证明抑制FGFR可改善黏液纤毛清除功能 | 研究主要基于体外和动物模型,需要进一步临床验证 | 探究囊性纤维化气道上皮细胞衰老的分子机制及潜在治疗策略 | 非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠 | 单细胞测序 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF细胞系、Cftr-/-大鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10097 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling of murine bladder cancer identifies sex-specific transcriptional signatures with prognostic relevance
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107703
PMID:37701814
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠膀胱癌模型,识别具有预后相关性的性别特异性转录特征 | 首次在单细胞水平系统比较雄性和雌性膀胱癌肿瘤微环境的转录差异,并验证了BBN模型在研究人类膀胱癌性别差异中的相关性 | 研究基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探究膀胱癌性别差异的分子机制并识别预后相关标志物 | BBN诱导的小鼠膀胱癌模型 | 单细胞转录组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | BBN诱导的小鼠膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10098 | 2025-10-07 |
Transcriptional Signatures of Hippocampal Tau Pathology in Primary Age-Related Tauopathy and Alzheimer's Disease
2023-Sep-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.09.12.23295440
PMID:37745408
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研究论文 | 本研究使用空间转录组学技术分析海马区tau病理相关的转录特征,比较原发性年龄相关tau病和阿尔茨海默病的分子变化 | 首次在PART和AD中识别出与神经元内tau病理相关的两个新型基因表达特征,并发现两种疾病具有相似的转录变化 | 样本量较小(仅16例),仅关注海马CA1锥体神经元,结果需要在更大样本和更广泛脑区验证 | 探索PART和AD中神经元内tau病理相关的分子变化及其相似性 | 人类海马组织样本,包括6例PART、6例AD和4例对照病例 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 16例人类海马组织样本(6例PART、6例AD、4例对照) | NA | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组学平台 |
10099 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome reveals cell division-regulated hub genes in the unicellular eukaryote Paramecium
2023-Jun, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2023.125978
PMID:37080141
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了草履虫细胞分裂过程中关键调控基因的表达模式 | 首次在单细胞真核生物草履虫中利用单细胞转录组技术系统揭示细胞分裂相关枢纽基因 | 研究仅限于Paramecium cf. multimicronucleatum物种,未验证枢纽基因的具体功能机制 | 探索纤毛虫细胞分裂过程中的分子调控机制 | Paramecium cf. multimicronucleatum(多小核草履虫)细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10100 | 2025-10-07 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538465
PMID:37163054
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研究论文 | 开发了一种基于甘露醇的缓冲液,可提高高盐度海洋细胞单细胞RNA测序的质量 | 首次提出使用添加D-甘露醇的低盐度磷酸盐缓冲液(PBS-M)来解决海洋生物细胞因高盐度环境与scRNA-seq不兼容的问题 | 仅在海鞘血细胞中进行了验证,尚未在其他海洋生物中广泛测试 | 改进海洋生物单细胞RNA测序的技术方法 | 海鞘血细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |