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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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10061 | 2025-10-07 |
Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution
2024-Sep, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024
PMID:39260891
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术全面分析小鼠和人类视网膜神经元中钙结合蛋白亚家族的表达谱 | 首次在单细胞分辨率下系统比较小鼠和人类视网膜神经元中CaBP1-5的表达模式,发现双极细胞共表达多种CaBP而非单一蛋白 | 研究主要基于转录组数据,蛋白质水平验证不足;功能机制研究有待深入 | 阐明CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜神经元中的表达模式和潜在功能 | 小鼠和人类视网膜神经元(包括无长突细胞、神经节细胞、水平细胞和双极细胞) | 单细胞转录组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,单细胞逆转录聚合酶链反应 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类视网膜神经元单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10062 | 2025-10-07 |
iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis
2024-06-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03289-5
PMID:38844966
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研究论文 | 开发了一种整合组织图像和分子谱的多阶段统计方法iIMPACT,用于空间转录组学数据分析 | 首次将AI重建的组织图像与基因表达空间背景相结合定义空间区域,克服了现有方法仅依赖分子信息的局限 | NA | 提高空间转录组学数据聚类分析的准确性和可解释性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | 多阶段统计方法 | 组织图像、基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
10063 | 2025-10-07 |
Clearance of VWF by hepatic macrophages is critical for the protective effect of ADAMTS13 in sickle cell anemia mice
2024-03-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021583
PMID:38142410
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研究论文 | 本研究揭示了肝巨噬细胞通过清除ADAMTS13切割的VWF在镰状细胞贫血中的保护作用机制 | 首次发现Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群以去唾液酸化依赖方式清除VWF,并证明巨噬细胞介导的VWF清除对ADAMTS13保护效应至关重要 | 研究仅在镰状细胞贫血小鼠模型中进行,尚未在人类患者中验证 | 阐明肝巨噬细胞在镰状细胞贫血病理机制中的作用及ADAMTS13的保护机制 | 镰状细胞贫血小鼠模型及其肝巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重错误鲁棒荧光原位杂交 | NA | 单细胞基因表达数据,空间基因表达数据 | 镰状细胞贫血小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
10064 | 2025-10-07 |
An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model
2022-04-19, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152011
PMID:35439171
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序发现雌激素敏感成纤维细胞群驱动腹股沟疝小鼠模型中腹部肌肉纤维化 | 鉴定出两个潜在新型疝相关成纤维细胞群,其中Esr1hi成纤维细胞作为表达ECM修饰酶Mmp3hi细胞群的前体细胞 | 研究基于转基因小鼠模型,人类相关性需要进一步验证 | 探究雌激素驱动肌肉纤维化的细胞基础 | 人芳香酶基因转基因雄性小鼠(Aromhum)和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织 | 单细胞生物学 | 腹股沟疝 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 转基因和野生型小鼠的下腹部肌肉组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10065 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia
2021-05, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-020-00574-8
PMID:33239726
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹及急性髓系白血病诱导的应激特征 | 首次在人类骨髓中发现NK0细胞作为NK1样和NK2样细胞的前体,并揭示AML对NK细胞异质性的深远影响 | 样本来源仅限于人类骨髓和脾脏,未涉及其他组织或更大规模验证 | 探究骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹及急性髓系白血病对其功能的影响 | 人类骨髓和脾脏中的自然杀伤细胞,包括健康个体和急性髓系白血病患者 | 单细胞生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 人类骨髓和脾脏NK细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10066 | 2025-10-07 |
Endothelial PPARδ Ablation Exacerbates Vascular Hyperpermeability via STAT1/CXCL10 Signaling in Acute Lung Injury
2025-Mar-28, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325855
PMID:39996324
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞PPARδ通过STAT1/CXCL10信号通路调控急性肺损伤中血管高通透性的新机制 | 首次发现内皮细胞PPARδ缺失通过激活STAT1/CXCL10信号通路加剧血管高通透性,并阐明CXCL10通过泛素-蛋白酶体系统降解紧密连接蛋白的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究集中在STAT1/CXCL10通路,可能存在其他调控途径 | 探究PPARδ在内皮屏障功能中的作用及其在急性肺损伤中的调控机制 | 内皮细胞特异性PPARδ基因敲除小鼠和同窝对照小鼠 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术,免疫学方法 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,病理学数据 | 使用基因工程小鼠模型进行实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10067 | 2025-10-07 |
Stressed hepatocyte sustains alcohol-associated hepatitis progression by producing leukocyte cell-derived chemotaxin 2
2025-Mar-26, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334318
PMID:40139745
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研究论文 | 本研究揭示了LECT2-PHB2相互作用在酒精性肝炎中促进中性粒细胞活化和肝损伤的新机制 | 首次发现LECT2通过结合PHB2破坏PHB1/PHB2异源二聚体结构,导致ROS积累和中性粒细胞活化,形成肝细胞与中性粒细胞之间的恶性循环 | NA | 研究LECT2在肝细胞-中性粒细胞相互作用中的调控作用及其对酒精性肝炎进展的影响 | 酒精性肝炎患者样本、基因修饰小鼠、体外细胞实验 | 分子生物学 | 酒精性肝炎 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 基因敲除, 过表达 | NA | RNA测序数据, 血清和肝脏样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
10068 | 2025-10-07 |
Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer
2025-Mar-25, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02161-7
PMID:40131644
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和单细胞测序分析,开发了基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征模型 | 首次结合转录组和单细胞测序数据,识别M2样TAM相关基因并构建乳腺癌预后特征 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 开发基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征模型 | 乳腺癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | WGCNA, Cox回归, LASSO回归, 风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA-BRCA, GSE20685, GSE176078数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
10069 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell transcriptome and comparative genome analysis reveals the origin of intermuscular bones in zebrafish
2025-Mar-22, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142397
PMID:40127795
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和比较基因组分析揭示斑马鱼肌间骨的起源 | 首次结合比较基因组学和单细胞转录组学技术研究肌间骨的进化发育机制,成功构建了间充质干细胞向成骨细胞的分化轨迹并鉴定出关键调控基因 | 研究仅针对斑马鱼模型,未在其他鱼类中进行验证 | 探究鱼类肌间骨发育的分子调控机制和进化过程 | 斑马鱼肌间骨组织及15种有/无肌间骨的鱼类基因组 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 比较基因组分析, RNA速率分析, 伪时间分析, 基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 15种鱼类(4种有肌间骨,11种无肌间骨)及斑马鱼肌间骨组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
10070 | 2025-10-07 |
Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study
2025-Mar-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030208
PMID:40136462
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研究论文 | 本研究通过多模态方法探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系,并识别肝细胞生长因子作为潜在生物标志物 | 首次整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和转录组测序数据,系统揭示炎症细胞因子与肺腺癌的因果机制 | 研究主要基于遗传数据和测序分析,需要进一步实验验证具体的分子机制 | 探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系及潜在分子机制 | 肺腺癌患者及相关炎症细胞因子 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
10071 | 2025-10-07 |
Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer
2025-Mar-18, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo15030207
PMID:40137171
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型,并确定ALDH2作为预后生物标志物 | 首次在胰腺癌中系统表征甘油脂代谢异质性,发现新的分子亚型和预后生物标志物ALDH2 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探究甘油脂代谢在胰腺癌中的作用机制和临床意义 | 胰腺癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,脂质组学,随机森林算法,PCR,免疫组化 | 随机森林 | 基因组数据,转录组数据,脂质组数据,单细胞数据,空间转录组数据 | 930例胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,脂质组学,bulk RNA测序 | NA | NA |
10072 | 2025-10-07 |
K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis
2025-Mar-11, Biology
DOI:10.3390/biology14030283
PMID:40136539
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研究论文 | 提出了一种基于凸体积的新型聚类算法用于单细胞RNA测序数据分析 | 使用簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的聚类标准,通过非线性优化同时优化层次结构和每层簇数量 | NA | 开发适用于高维结构化数据的聚类算法 | 单细胞和多组学数据集 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | K-体积聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
10073 | 2025-10-07 |
Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding
2025-Mar-06, Biology
DOI:10.3390/biology14030269
PMID:40136525
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研究论文 | 本研究通过分析烧伤患者血清和单细胞RNA测序,揭示了MMP8在烧伤后糖萼破坏和肺损伤中的新作用机制 | 首次发现MMP8在烧伤后糖萼脱落中的关键作用,并验证其在肺泡上皮细胞中的直接效应 | 样本量较小(28例患者),且主要为观察性研究 | 探究烧伤后糖萼紊乱的分子机制及其与肺损伤的关系 | 烧伤患者血清样本和体外肺组织模型 | 分子生物学 | 烧伤 | 单细胞RNA测序, 微阵列转录组分析 | 体外肺组织模型 | RNA测序数据, 微阵列数据, 血清分析数据 | 28例烧伤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | NA |
10074 | 2025-10-07 |
mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114
PMID:40098239
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研究论文 | 开发了一个用于批量RNA-seq数据自动识别组织特异性基因标记的R软件包 | 首个专门为标记的批量RNA-seq数据设计的自动化标记识别方法,明确考虑背景表达并使用信噪比方法最小化背景信号 | 主要针对批量RNA-seq数据,对单细胞数据的适用性需要进一步验证 | 开发自动化基因标记识别工具,用于疾病生物标志物发现 | 转录组数据中的组织特异性基因标记 | 生物信息学 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | edgeR, limma, 基于秩积的置换检验 | 转录组数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10075 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Identified Fibrosis-Activated Valve Interstitial Cells Involved in Functional Tricuspid Regurgitation
2025-Mar, JACC. Asia
DOI:10.1016/j.jacasi.2025.01.013
PMID:40148022
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析功能性三尖瓣反流患者的瓣膜细胞组成和基因表达变化 | 首次构建人类三尖瓣单细胞图谱,识别出纤维化激活的瓣膜间质细胞亚群及其在功能性三尖瓣反流中的作用 | 样本量较小(仅10例患者),需要更大规模研究验证发现 | 研究功能性三尖瓣反流的发病机制和潜在治疗靶点 | 人类三尖瓣组织 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,多重荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,空间分布图像数据 | 10例患者(5例中度至重度功能性三尖瓣反流患者,5例非疾病对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
10076 | 2025-10-07 |
Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway
2025-Feb-25, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47030147
PMID:40136401
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研究论文 | 通过转录组分析识别并验证了房水流出通路中关键细胞的生物标志物 | 首次通过微阵列与单细胞RNA测序数据交叉验证,发现了TM细胞标志物CTTNBP2和MGARP,以及SCE细胞新标志物JAM2、PODXL和IFI27 | 研究仅使用体外培养细胞,未进行体内功能验证 | 识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物 | 人源小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞 | 生物信息学 | 青光眼 | 微阵列, 单细胞RNA测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
10077 | 2025-10-07 |
Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2025-Jan-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06149-3
PMID:39871369
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研究论文 | 通过整合分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示乳头状颅咽管瘤中细胞间的信号通讯 | 首次结合单细胞和批量RNA测序技术系统分析PCP肿瘤微环境中细胞间信号通讯网络 | 样本量有限(5例单细胞测序,11例批量测序),需要更大规模验证 | 阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号通讯机制 | 乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞 | 单细胞转录组学 | 颅咽管瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | CellChat分析 | RNA测序数据 | 5例单细胞测序样本,11例肿瘤样本和5例正常对照的批量测序样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
10078 | 2025-10-07 |
Multiomic characterization, immunological and prognostic potential of SMAD3 in pan-cancer and validation in LIHC
2025-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84553-3
PMID:39753728
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研究论文 | 通过生物信息学分析和体外实验系统研究SMAD3在泛癌中的多组学特征、免疫学功能和预后潜力 | 首次对SMAD3在泛癌中的诊断、预后和免疫预测价值进行全面系统分析,并在肝细胞癌中进行实验验证 | 研究主要基于公共数据库分析,实验验证仅限于肝细胞癌 | 评估SMAD3作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力 | 多种癌症类型和肝细胞癌细胞系 | 生物信息学 | 泛癌和肝细胞癌 | 生物信息学分析,单细胞测序,DNA甲基化分析,体外实验 | NA | 基因组数据,表达数据,甲基化数据,单细胞测序数据 | 来自TCGA、GTEx等多个数据库的多种癌症样本 | NA | 单细胞测序,DNA甲基化分析 | NA | NA |
10079 | 2025-10-07 |
Common biomarkers of idiopathic pulmonary fibrosis and systemic sclerosis based on WGCNA and machine learning
2025-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-84820-3
PMID:39753882
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研究论文 | 通过WGCNA和机器学习方法鉴定特发性肺纤维化和系统性硬化的共同生物标志物CCL2 | 首次结合WGCNA和机器学习方法系统分析IPF和SSc的共同特征基因,并通过单细胞RNA测序验证CCL2在不同细胞类型中的表达差异 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索特发性肺纤维化和系统性硬化的共同发病机制和生物标志物 | 特发性肺纤维化和系统性硬化患者 | 生物信息学 | 肺纤维化, 系统性硬化 | WGCNA, 蛋白质相互作用分析, Kaplan-Meier曲线, 单变量Cox分析, 机器学习, 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
10080 | 2025-10-07 |
Integrative multi-omics analysis and machine learning refine global histone modification features in prostate cancer
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1557843
PMID:40144021
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习方法,开发了基于组蛋白修饰模式的CMLHMS评分系统,用于前列腺癌亚型分类和治疗策略制定 | 开发了综合机器学习组蛋白修饰评分(CMLHMS),首次将前列腺癌基于组蛋白修饰模式分为两个具有不同生物学特征的亚型 | NA | 探索组蛋白修饰在前列腺癌异质性中的作用,并开发基于组蛋白修饰模式的疾病分类系统 | 前列腺癌组织和细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 多组学分析, 单细胞RNA测序, 药物敏感性分析 | 机器学习模型 | 多组学数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |