单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10061	2024-08-08	Identifying In Vitro Cultured Human Hepatocytes Markers with Machine Learning Methods Based on Single-Cell RNA-Seq Data 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.916309 PMID:35706505	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，识别体外培养的人肝细胞在不同分化时期的标志物	本研究通过先进的计算分析方法，解决了肝细胞分化过程中的异质性问题，并挖掘了不同分化时期的生物标志物	NA	阐明肝细胞发育的过程和机制，为细胞移植相关的肝病治疗策略提供潜在目标	体外培养的人肝细胞及其分化过程中的标志物	机器学习	NA	单细胞RNA测序	随机森林、k-最近邻、决策树	转录组数据	一批压缩和有效的分类特征
10062	2024-08-29	RNA-binding protein AZGP1 inhibits epithelial cell proliferation by regulating the genes of alternative splicing in COPD 2024-Nov-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148736 PMID:38950687	研究论文	研究探讨了RNA结合蛋白AZGP1通过调控选择性剪接基因在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中抑制上皮细胞增殖的作用	首次揭示了AZGP1在COPD中通过调控选择性剪接事件影响上皮细胞增殖和粘附的新机制	研究主要基于单细胞转录组测序和批量RNA测序数据，未进行体内外实验验证	探究RNA结合蛋白在COPD中的作用及其对上皮细胞增殖的调控机制	RNA结合蛋白AZGP1及其在COPD中的表达和功能	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	使用了两组数据集：GSE173896（单细胞RNA测序）和GSE124180（批量RNA测序）
10063	2024-08-29	Analysis of single-cell transcriptome data from a mouse model implicates protein synthesis dysfunction in schizophrenia 2024-Sep, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01545-3 PMID:39083157	研究论文	研究使用单细胞RNA测序数据分析了Setd1a±敲除小鼠模型中基因表达的变化，以揭示精神分裂症的发病机制	首次在单细胞水平上分析了Setd1a±敲除小鼠模型中与精神分裂症相关的基因表达变化，并识别了关键的生物学途径，如蛋白质合成和EIF2信号传导途径	研究仅限于Setd1a±敲除小鼠模型，结果的普遍性和临床相关性需要进一步验证	探讨精神分裂症的发病机制，特别是基因表达变化和相关生物学途径	Setd1a±敲除小鼠的前额叶皮质和纹状体中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	前额叶皮质和纹状体中共识别了273个独特的差异表达基因（DEGs）和675个包含差异转录使用的基因峰（DTU）
10064	2024-08-29	Function of unconventional T cells in oral lichen planus revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Sep, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01912-6 PMID:39073597	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓中非典型T细胞的功能和分子特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了口腔扁平苔藓中单个细胞的特征，并揭示了非典型T细胞在疾病中的独特应激反应状态	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术探索口腔扁平苔藓中非典型T细胞的分子特征	口腔扁平苔藓患者的颊黏膜样本和健康个体的颊黏膜样本	数字病理学	口腔扁平苔藓	单细胞RNA测序	NA	细胞	口腔扁平苔藓患者和健康个体的颊黏膜样本
10065	2024-08-29	Distinct granzyme k expression in immune cells: a single-cell rna-seq meta-analysis 2024-Sep, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01555-1 PMID:39115674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序元分析，探讨了GZMK在不同免疫细胞类型中的表达模式	首次通过单细胞RNA测序元分析揭示了GZMK在不同免疫细胞和组织中的独特表达调控机制	NA	揭示GZMK在不同免疫细胞类型中的表达模式	GZMK在不同免疫细胞类型中的表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及成熟T细胞、NK细胞、B细胞和NKT细胞等多种免疫细胞类型
10066	2024-08-29	Identification of miRNA signature in cancer-associated fibroblast to predict recurrent prostate cancer 2024-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108989 PMID:39142223	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，建立了一个与癌症相关成纤维细胞（CAFs）相关的miRNA模型，用于评估前列腺癌的预后差异、肿瘤微环境和抗癌药物筛选	首次通过单细胞转录组学分析，确定了89个与CAFs相关的mRNAs，并建立了一个基于9个CAFs相关miRNA的预后模型，用于预测前列腺癌的生化复发	研究主要基于数据库中的数据进行分析，未涉及大规模的临床试验验证	建立一个与CAFs相关的miRNA模型，用于个性化和精准治疗前列腺腺癌患者	前列腺癌相关成纤维细胞（CAFs）及其相关的miRNAs	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（buRNA-seq）	支持向量机（SVM）	RNA测序数据	34名前列腺癌患者
10067	2024-08-29	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	本文报道了一种通过吸入方式递送干细胞衍生的外泌体（SCENT）促进心肌梗死后心脏修复的非侵入性和可重复方法	首次提出通过吸入方式递送外泌体进行心脏修复，并使用单细胞RNA测序探索其作用机制	研究主要在动物模型中进行，临床应用的可行性和安全性需要进一步验证	验证SCENT治疗急性心肌梗死损伤的可行性、有效性和安全性，并探索其作用机制	C57BL/6小鼠和猪的心肌梗死模型	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	图像	C57BL/6小鼠和猪的心肌梗死模型
10068	2024-08-29	Single-cell RNA-sequencing Analysis Reveals the Promoting Role of the Hedgehog Pathway in Epithelial Cells during Cervical Cancer Progression 2024-Aug-26, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673333784240819063118 PMID:39192650	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析探讨了Hedgehog通路在宫颈癌进展中对上皮细胞的促进作用	发现了Hedgehog通路在STYK1+和TP73+上皮细胞亚型中的异常激活，并揭示了其在宫颈癌上皮细胞增殖和病毒过程中的作用	NA	全面分析Hedgehog通路在宫颈癌上皮细胞中的激活机制及其对肿瘤进展的影响	宫颈癌上皮细胞中的Hedgehog通路	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	9种主要细胞亚群
10069	2024-08-29	Comprehensive Analysis and Experimental Validation of TLL2 as a Potential New Prognostic Biomarker Associated with Immune Infiltration in Lung Adenocarcinoma 2024-Aug-26, Recent patents on anti-cancer drug discovery IF:2.5Q3 DOI:10.2174/0115748928303392240817131807 PMID:39192647	研究论文	本研究全面分析并实验验证了TLL2作为肺腺癌中与免疫浸润相关的潜在新型预后生物标志物	首次详细探讨了TLL2在肺腺癌中的表达与免疫浸润、肿瘤干细胞指数及药物敏感性的关联	NA	旨在深入分析TLL2在肺腺癌中的功能及其作为预后标志物的潜力	TLL2在肺腺癌中的表达及其与临床症状、预后和免疫浸润的关系	数字病理学	肺腺癌	实时定量PCR	NA	基因表达数据	使用了TCGA数据库中的数据以及GSE87340和细胞系样本
10070	2024-08-29	Endothelial cell heterogeneity in colorectal cancer: tip cells drive angiogenesis 2024-Aug-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05411-z PMID:39172168	研究论文	本研究旨在揭示结直肠癌（CRC）中内皮细胞（ECs）的异质性及其在血管生成中的关键作用，特别是尖端细胞的作用	通过单细胞RNA测序分析ECs，发现CRC中的ECs主要表现为增强的血管生成和减少的抗原呈递，这种表型转变主要由尖端细胞驱动	NA	揭示结直肠癌中内皮细胞的异质性及其在血管生成中的作用	结直肠癌中的内皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
10071	2024-08-29	Dual nature of type I interferon responses and feedback regulations by SOCS1 dictate malaria mortality 2024-Aug-22, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.027 PMID:39181199	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析、流式细胞术和数学建模，探讨了I型干扰素（IFN-I）在对抗疟原虫感染中的双重作用及其调控机制。	首次采用比较方法，利用两种疟原虫模型研究IFN-I反应的潜在机制，并揭示了SOCS1在IFN-α/β动态中的作用。	NA	探讨I型干扰素在疟疾感染中的作用及其调控机制。	I型干扰素（IFN-I）在疟原虫感染中的作用及其调控机制。	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序分析（scRNA-seq）、流式细胞术	数学模型	RNA	涉及P. yoelii 17XL和P. berghei ANKA两种疟原虫模型
10072	2024-08-29	Exploration of bacterial lipopolysaccharide-related genes signature based on T cells for predicting prognosis in colorectal cancer 2024-Aug-06, Aging DOI:10.18632/aging.206041 PMID:39115879	研究论文	本研究通过分析细菌脂多糖（LPS）相关基因与免疫细胞的关系，探索了基于T细胞的LPS相关基因特征，用于预测结直肠癌（CRC）的预后	首次建立了基于T细胞的LPS相关基因风险特征，用于预测CRC的预后和免疫治疗效果	研究受限于技术手段，对微生物在CRC中的影响尚未完全理解	探索新的生物标志物，用于预测结直肠癌的预后	结直肠癌（CRC）的预后和免疫治疗	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因数据	TCGA-COAD队列和GSE39582队列
10073	2024-08-29	NNMT switches the proangiogenic phenotype of cancer-associated fibroblasts via epigenetically regulating ETS2/VEGFA axis 2024-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-03112-2 PMID:39069579	研究论文	本研究探讨了尼古丁酰胺N'-甲基转移酶（NNMT）通过表观遗传调控ETS2/VEGFA轴在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中促进血管生成的机制	首次揭示了NNMT在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中通过表观遗传重编程ETS2-VEGFA信号轴促进血管生成的作用	研究主要基于单细胞RNA测序和临床样本分析，未来需更多体内外实验验证	阐明NNMT在OSCC中促进血管生成的表观遗传分子调控网络	NNMT在癌症相关成纤维细胞中的作用及机制	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个临床样本
10074	2024-08-29	Egr1 regulates regenerative senescence and cardiac repair 2024-Aug, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00493-1 PMID:39196027	研究论文	本研究通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，揭示了成年小鼠心脏中再生性衰老的多组学特征，并探讨了其在新生小鼠心脏再生和成年小鼠心脏修复中的作用	首次报道了Egr1作为再生性衰老的调控因子，并揭示了其在新生和成年小鼠心脏再生中的具体作用机制	NA	探讨再生性衰老在心脏再生中的分子特征和功能益处	成年和新生小鼠心脏	NA	心血管疾病	蛋白质组学, 单细胞RNA测序	NA	蛋白质, RNA	成年和新生小鼠心脏样本
10075	2024-08-29	APOE-NOTCH axis governs elastogenesis during human cardiac valve remodeling 2024-Aug, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00510-3 PMID:39196035	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析人类胎儿心脏瓣膜，揭示了APOE-NOTCH轴在瓣膜重塑过程中弹性蛋白生成的调控作用	首次发现APOE在胎儿心脏瓣膜间质细胞中调控弹性蛋白生成，并通过NOTCH2信号通路介导这一过程	研究主要集中在胎儿瓣膜，未来需进一步探讨在成人瓣膜中的作用	探讨APOE和NOTCH在人类心脏瓣膜重塑中调控弹性蛋白生成的机制	人类胎儿心脏瓣膜间质细胞和内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及人类胎儿心脏瓣膜的单细胞RNA测序数据
10076	2024-08-29	Varied cellular abnormalities in thin vs. normal endometrium in recurrent implantation failure by single-cell transcriptomics 2024-Jul-31, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01263-1 PMID:39085925	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法，比较了薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的细胞异常情况	首次系统地研究了薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的分子特征、细胞相互作用和结构变化	需要进一步的研究来验证这些发现并将其转化为临床应用	阐明薄型和正常厚度子宫内膜在反复植入失败中的差异	反复植入失败患者和生育能力正常个体的子宫内膜	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	TE-RIF组3人，NE-RIF组2人，对照组3人
10077	2024-08-29	Single-cell RNA-Seq analysis reveals cell subsets and gene signatures associated with rheumatoid arthritis disease activity 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178499 PMID:38954480	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析外周血单个核细胞，揭示了与类风湿性关节炎疾病活动相关的细胞亚群和细胞类型特异性基因特征	本研究首次揭示了IFN诱导的跨膜3过表达的IFN激活单核细胞亚群，并观察到疾病活动水平不同的患者中特定细胞亚群的变化	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与类风湿性关节炎疾病活动相关的细胞亚群和基因特征	外周血单个核细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	36名个体（18名类风湿性关节炎患者和18名匹配的对照组）
10078	2024-08-29	Machine learning for the identification of neoantigen-reactive CD8 + T cells in gastrointestinal cancer using single-cell sequencing 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02737-0 PMID:38849478	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，开发了一种基于26个基因的机器学习模型，用于识别胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+ T细胞。	本文创新性地利用机器学习模型快速识别新抗原反应性T细胞及其对应的T细胞受体，加速了新抗原反应性T细胞的治疗应用。	NA	开发一种快速识别胃肠道癌症中新抗原反应性CD8+ T细胞的方法。	胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+ T细胞及其T细胞受体。	机器学习	胃肠道癌症	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	数千个肿瘤浸润淋巴细胞
10079	2024-08-29	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Dysregulated POSTN+WNT5A+ Fibroblast Subclusters in Prurigo Nodularis 2024-Jul, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.021 PMID:38246584	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了28,695个病灶和非病灶性痒疹结节（PN）细胞，揭示了PN中失调的POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群	首次揭示了PN中POSTN+WNT5A+成纤维细胞亚群的失调，并发现其与癌症相关成纤维细胞的关联	NA	探究痒疹结节（PN）的发病机制	痒疹结节（PN）中的成纤维细胞和肌成纤维细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,695个病灶和非病灶性PN细胞
10080	2024-08-29	SLC45A3 Serves as a Potential Therapeutic Biomarker to Attenuate White Matter Injury After Intracerebral Hemorrhage 2024-Jun, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-023-01145-5 PMID:36913120	研究论文	本研究通过基因共表达网络分析和单细胞RNA测序，确定SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力。	首次确定SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中的关键作用，并提出其作为治疗靶点的可能性。	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证。	探讨脑出血后白质损伤的分子机制及潜在治疗靶点。	脑出血后的白质损伤及SLC45A3基因的功能。	数字病理学	脑血管疾病	基因共表达网络分析、单细胞RNA测序、扩散张量成像	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	两个数据集（GSE24265和GSE125512）及单细胞RNA测序数据（GSE167593）