单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10061	2024-08-18	Spatial multiomics reveals a subpopulation of fibroblasts associated with cancer stemness in human hepatocellular carcinoma 2024-Aug-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01367-8 PMID:39138551	研究论文	本研究通过结合多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学和多重成像技术，揭示了肝癌微环境中与癌症干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF的表达异质性、功能多样性、空间分布、共定位和相互作用。	首次鉴定出与肝癌干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF，并阐明了其在肝癌微环境中的作用机制。	研究样本量相对较小，未来需要更大规模的研究来验证这些发现。	揭示肝癌微环境中纤维母细胞亚群与癌症干细胞特性的关联及其对肝癌发展的影响。	肝癌微环境中的纤维母细胞亚群及其与癌症干细胞的相互作用。	数字病理学	肝癌	多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学、多重成像技术	NA	蛋白质组学数据、转录组学数据、成像数据	6名患者的多区域蛋白质组学样本、11名患者的空间转录组学样本、92名患者的多重成像样本
10062	2024-08-18	CXCR6 expression correlates with radiotherapy response and immune context in triple-negative breast cancer-experimental studies 2024-Aug-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001546 PMID:39143706	研究论文	本研究探讨了CXCR6在三阴性乳腺癌中的表达及其与放疗反应和免疫环境的关系	首次揭示了CXCR6在三阴性乳腺癌中的临床意义及其与放疗的关联	NA	阐明CXCR6在三阴性乳腺癌中的预后价值及其在乳腺肿瘤微环境中的作用	CXCR6在三阴性乳腺癌中的mRNA和蛋白质表达及其与生存率的关联	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组测序数据和基于荧光的多重免疫组织化学技术	NA	mRNA、蛋白质	NA
10063	2024-08-18	MD-ALL: an integrative platform for molecular diagnosis of B-acute lymphoblastic leukemia 2024-06-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283706 PMID:37981856	research paper	介绍了一个名为MD-ALL的综合平台，用于基于基因表达谱和RNA测序数据中的关键遗传改变进行B-急性淋巴细胞白血病的敏感和准确分类	MD-ALL平台整合了RNA测序数据中的多种关键遗传改变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，以进行全面的B-ALL分类	NA	开发一个用户友好的B-ALL分类平台，实现集成、准确和全面的B-ALL亚型分类	B-急性淋巴细胞白血病及其亚型分类	machine learning	血液病	RNA-seq	machine learning algorithms	RNA-seq data	2,955个B-ALL RNA-seq样本
10064	2024-08-18	Single-cell analysis of the CD8+ T-cell compartment in multiple myeloma reveals disease specific changes are chiefly restricted to a CD69- subset suggesting potent cytotoxic effectors exist within the tumor bed 2024-04-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283062 PMID:37794800	研究论文	本研究分析了多发性骨髓瘤患者骨髓和外周血中的CD8+ T细胞，发现疾病特异性变化主要限于CD69-子集，表明肿瘤床内存在强大的细胞毒性效应细胞	首次详细分析了多发性骨髓瘤肿瘤微环境中CD8+ T细胞的特定变化，并揭示了CD69表达在区分不同CD8+ T细胞子集中的关键作用	研究仅限于未治疗的多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组，未涉及治疗后的患者	探讨多发性骨髓瘤中CD8+ T细胞的特定变化及其在疾病控制中的作用	多发性骨髓瘤患者的骨髓和外周血中的CD8+ T细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组的骨髓和外周血样本
10065	2024-08-18	Heterogeneity and tumoral origin of medulloblastoma in the single-cell era 2024-03, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-02967-9 PMID:38355808	综述	本文综述了髓母细胞瘤的细胞异质性和肿瘤起源在单细胞技术时代的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示了髓母细胞瘤各亚型的肿瘤内异质性和肿瘤起源，这是传统技术未能揭示的	NA	理解髓母细胞瘤的肿瘤发生和复发的机制	髓母细胞瘤的细胞异质性、细胞起源及肿瘤微环境内的相互作用网络	数字病理学	儿童脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
10066	2024-08-18	Single-Cell Transcriptomics Reveals Pre-existing COVID-19 Vulnerability Factors in Lung Cancer Patients 2024-03-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0692 PMID:38063850	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，分析了COVID-19和肺癌患者的细胞变化，揭示了肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制	首次通过单细胞转录组学揭示了肺癌患者中COVID-19易感性的预存因素，包括上调的TMPRSS2表达、增强的巨噬细胞炎症反应、增加的T细胞反应抑制和升高的纤维化风险	研究仅限于特定的肺癌类型和COVID-19患者，可能需要进一步研究以验证这些发现在更广泛人群中的适用性	探讨肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制	COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据
10067	2024-08-18	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase 2024-03-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572 PMID:38015751	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了患者髓源抑制细胞（MDSC）对Bruton酪氨酸激酶（BTK）抑制剂ibrutinib的反应	首次使用单细胞RNA测序技术研究ibrutinib对不同癌症类型患者MDSC基因表达的影响	研究仅限于体外实验，且样本量较小	探讨BTK抑制剂ibrutinib对患者MDSC基因表达的影响及其在免疫治疗中的潜在作用	不同癌症类型患者的髓源抑制细胞（MDSC）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的MDSC样本，以及体外培养的黑色素瘤患者MDSC样本
10068	2024-08-18	Functional Contribution and Clinical Implication of Cancer-Associated Fibroblasts in Glioblastoma 2024-02-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0493 PMID:38060213	研究论文	本研究旨在揭示癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的分子特征、细胞作用及其在肿瘤发生中的潜在影响	首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，详细描述了CAF在GBM中的转录组特征及其与恶性GBM细胞的相互作用	研究主要基于体外细胞模型和转录组数据，未来研究需进一步验证临床样本中的发现	探索CAF在GBM中的功能贡献及其临床意义	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	涉及三个大型队列，包含批量RNA-seq数据和临床信息
10069	2024-08-18	Immunological characterization and comparison of children with COVID-19 from their adult counterparts at single-cell resolution 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1358725 PMID:39148728	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了15名儿童和18名成人的外周血样本，比较了儿童和成人COVID-19患者的免疫特征	首次在单细胞分辨率下比较了儿童和成人COVID-19患者的免疫特征，揭示了儿童患者中NK细胞的更强细胞毒性	研究样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探究儿童和成人COVID-19患者在单细胞分辨率下的免疫特征差异	儿童和成人COVID-19患者的外周血样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	15名儿童和18名成人
10070	2024-08-18	Integrated bioinformatics analysis of nucleotide metabolism based molecular subtyping and biomarkers in lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1430171 PMID:39148731	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析，探讨了核苷酸代谢在肺腺癌分子分型和生物标志物中的作用	首次通过大规模数据分析和单细胞测序，揭示了核苷酸代谢基因在肺腺癌中的分子分型和预后差异	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，需要进一步的临床验证	探讨核苷酸代谢在肺腺癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌患者的核苷酸代谢基因及其在临床特征和免疫微环境中的作用	数字病理学	肺腺癌	非负矩阵分解（NMF）聚类，加权相关网络分析（WGCNA），机器学习技术	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	使用TCGA数据库中的肺腺癌样本，具体数量未明确
10071	2024-08-18	Single-cell RNA Sequencing Identifies Natural Kill Cell-Related Transcription Factors Associated With Age-Related Macular Degeneration 2024, Evolutionary bioinformatics online DOI:10.1177/11769343241272413 PMID:39149137	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了与年龄相关性黄斑变性（AMD）相关的自然杀伤细胞（NK细胞）的转录因子	本研究首次通过单细胞RNA测序和机器学习模型，揭示了NK细胞在AMD中的调控机制和关键转录因子	NA	揭示NK细胞在年龄相关性黄斑变性中的免疫反应和细胞因子调控作用	自然杀伤细胞（NK细胞）及其在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	随机森林和决策树	转录组数据	NA
10072	2024-08-18	Alterations in the preneoplastic breast microenvironment of BRCA1/2 mutation carriers revealed by spatial transcriptomics 2023-May-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.24.542078 PMID:37292816	研究论文	本文利用空间转录组学技术研究了BRCA1/2基因突变携带者癌前乳腺组织中乳腺上皮细胞分化的缺陷及其微环境的改变	发现了β1-整合素介导的自分泌信号在BRCA1和BRCA2缺陷乳腺上皮细胞中的差异，并揭示了突变携带者乳腺组织中上皮-基质旁分泌信号的增强	NA	深入理解肿瘤发生的生理过程，为高风险患者设计创新的乳腺癌化学预防策略	BRCA1/2基因突变携带者的癌前乳腺组织和非携带者的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
10073	2024-08-18	MD-ALL: an Integrative Platform for Molecular Diagnosis of B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia 2023-Apr-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2798895/v1 PMID:37090504	研究论文	介绍MD-ALL平台，该平台基于基因表达谱和关键遗传改变，提供敏感且准确的B-细胞急性淋巴母细胞白血病分类	MD-ALL平台整合了关键遗传病变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，实现全面的B-ALL分类	NA	开发一个用户友好的平台，用于B-细胞急性淋巴母细胞白血病的综合、准确和全面分类	B-细胞急性淋巴母细胞白血病的分类	数字病理学	白血病	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	2,955个B-ALL RNA测序样本和974个验证样本
10074	2024-08-18	Omnibus and robust deconvolution scheme for bulk RNA sequencing data integrating multiple single-cell reference sets and prior biological knowledge 2022-09-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac563 PMID:35980155	研究论文	本文介绍了一种名为Integrated and Robust Deconvolution (InteRD)的算法，用于从目标批量RNA测序数据中推断细胞类型比例	InteRD算法通过创新的惩罚回归和新的评估标准，能够有效整合来自多个单细胞RNA测序数据集的去卷积结果，并考虑额外的生物信息作为先验，从而校准基于参考的去卷积估计	NA	开发一种新的去卷积方法，以提高从批量RNA测序数据中推断细胞类型比例的准确性和鲁棒性	批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	惩罚回归	RNA测序数据	NA
10075	2024-08-18	Six Shades of Vascular Smooth Muscle Cells Illuminated by KLF4 (Krüppel-Like Factor 4) 2021-11, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.121.316600 PMID:34470477	review	本文综述了血管平滑肌细胞（vSMCs）的六种表型及其在血管疾病中的作用	通过单细胞RNA测序研究，本文首次分类了六种vSMC表型，并探讨了表型转换对血管病理的影响	目前关于vSMC表型的共识尚未形成，研究结果可能受限于当前数据和分类方法	旨在详细描述vSMC的表型并识别表型转换的触发因素，以揭示不同表型在血管疾病中的相关性	血管平滑肌细胞（vSMCs）及其在血管疾病中的表型转换	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
10076	2024-08-18	Comprehensive investigations revealed consistent pathophysiological alterations after vaccination with COVID-19 vaccines 2021-Oct-26, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-021-00329-3 PMID:34697287	研究论文	本研究报告了在接受灭活SARS-CoV-2疫苗接种的健康志愿者中，除了产生中和抗体外，还观察到血红蛋白A1c、血清钠和钾水平、凝血谱和肾功能的一致性改变	通过单细胞mRNA测序揭示了接种疫苗后免疫细胞类型的基因表达变化，以及NF-κB信号通路的增加和I型干扰素反应的减少	研究主要集中在健康志愿者中，对于有预先存在的临床条件的人群的具体影响需要进一步研究	探讨COVID-19疫苗接种后的生理变化，并评估其对特定人群的影响	健康志愿者接种COVID-19疫苗后的生理变化	NA	NA	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
10077	2024-08-18	Large-scale analysis of imprinting in naive human pluripotent stem cells reveals recurrent aberrations and a potential link to FGF signaling 2021-10-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.09.002 PMID:34597600	研究论文	本文研究了人类多能干细胞在转化为原始多能状态时基因组印记的异常表达情况，并探讨了其与FGF信号通路的可能关联	首次在大规模样本中分析了原始人类多能干细胞中的印记丢失（LOI）现象，并揭示了不同转化协议导致的LOI程度差异与FGF信号通路的紧密关联	NA	探讨人类多能干细胞在转化为原始多能状态时基因组印记的异常表达及其与FGF信号通路的关联	原始和激活的人类多能干细胞	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	大量批量和单细胞RNA测序样本
10078	2024-08-18	The Advances of Single-Cell RNA-Seq in Kidney Immunology 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.752679 PMID:34721077	研究论文	本文讨论了利用单细胞RNA测序技术在肾脏免疫学中的应用，特别是针对几种特定的肾脏疾病	应用单细胞RNA测序技术成功定义了常驻和浸润免疫细胞的转录组特征，以及免疫细胞与邻近细胞之间的细胞内通信网络	NA	增加对肾脏免疫学的理解，并为肾脏疾病患者开发新的治疗方法	肾脏疾病的免疫细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	血液、次级淋巴组织、肾活检和尿液样本中的免疫细胞
10079	2024-08-18	Discovering Myeloid Cell Heterogeneity in Mandibular Bone - Cell by Cell Analysis 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.731549 PMID:34658914	研究论文	本研究通过流式细胞术和高通量单细胞RNA测序技术，探讨了下颌骨与长骨（股骨）中髓系前体细胞群体的差异	本研究首次揭示了下颌骨骨髓细胞在髓系分化方面的持续缺陷，并发现了下颌骨髓系细胞在转录组层面的独特特征	NA	探索不同解剖位置骨髓中髓系前体细胞群体的差异	下颌骨与长骨（股骨）中的髓系前体细胞	数字病理学	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
10080	2024-08-17	Non-invasive determination of gene expression in placental tissue using maternal plasma cell-free DNA fragmentation characters 2024-Nov-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148789 PMID:39047956	研究论文	本文介绍了一种通过母体血浆中游离DNA片段特征非侵入性地确定胎盘组织基因表达的方法	开发了一种基于母体血浆游离DNA片段特征的非侵入性方法来预测胎盘基因表达	目前无法实时获取胎盘基因表达	克服无法实时获取胎盘基因表达的限制，并改进对胎盘源性妊娠综合征的非侵入性预测研究	孕妇的外周血和胎盘样本	数字病理学	妊娠综合征	深度测序	深度神经网络	DNA序列	从五名孕妇中获得了超过2000万条深度测序的游离DNA读取数据，以及32,401个单细胞表达谱和156,546个胎盘组织的单细胞表达谱