单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10041	2024-08-30	Bulk and single-cell transcriptome reveal the immuno-prognostic subtypes and tumour microenvironment heterogeneity in HCC 2024-04, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.15828 PMID:38293784	研究论文	本研究通过分析大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性	本研究开发了一种基于相对表达顺序（REO）的免疫相关特征，能够将HCC样本分为两个风险亚组，并验证了其在大量和单细胞转录组数据中的有效性	NA	研究目的是识别肝细胞癌中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	907个HCC样本（包括72个内部样本）和两个单细胞转录组数据集
10042	2024-08-30	Single-cell transcriptome reveals the heterogeneity of malignant ductal cells and the prognostic value of REG4 and SPINK1 in primary pancreatic ductal adenocarcinoma 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17350 PMID:38827297	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌的异质性，并鉴定了REG4和SPINK1作为潜在的预后标志物。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胰腺导管腺癌中恶性导管细胞的异质性，并发现了REG4和SPINK1在胰腺导管腺癌中的重要作用。	研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证REG4和SPINK1作为治疗靶点的有效性。	旨在全面描绘胰腺导管腺癌的异质性并识别预后靶点。	胰腺导管腺癌的恶性导管细胞及其预后标志物。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了16个原发性胰腺导管腺癌和3个邻近病变中的32,480个细胞。
10043	2024-08-30	DNA methylation and gene expression profiling reveal potential association of retinol metabolism related genes with hepatocellular carcinoma development 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17916 PMID:39193514	研究论文	本研究通过全基因组亚硫酸氢盐测序和RNA测序技术，分析了肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达谱，揭示了视黄醇代谢相关基因在肝细胞癌发展中的潜在关联	本研究首次综合分析了DNA甲基化和RNA测序数据，识别出987个甲基化驱动的候选基因，并发现视黄醇代谢途径中的四个基因在肝细胞癌中的表达水平可以对患者进行分层	本研究主要依赖于多组学数据分析，未涉及体外或体内实验验证	旨在全面研究肝细胞癌中由甲基化驱动的基因表达改变	肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达	数字病理学	肝细胞癌	全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS），RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA seq）	NA	DNA甲基化数据，RNA表达数据	肝细胞癌组织与正常邻近组织样本，具体数量未在摘要中明确
10044	2024-08-30	Gut mucosa dissociation protocols influence cell type proportions and single-cell gene expression levels 2022-06-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-13812-y PMID:35701452	研究论文	本文研究了不同肠道黏膜解离协议对细胞类型比例和单细胞基因表达水平的影响	开发了一种一步解离协议，并展示了其在冷冻保存的肠道黏膜活检中的应用	多步骤协议对跨多个组织的细胞类型影响不同，分析稀有细胞类型需要更大的细胞数量	克服单细胞RNA测序中的物流挑战和批次效应	肠道黏膜活检的细胞类型和基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及不同解离协议的多种样本
10045	2024-08-30	Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell RNA-Seq data 2022-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30755-0 PMID:35680885	研究论文	本文系统比较了16种细胞间通信推断资源和7种方法，以及这些方法预测结果的一致性	首次全面评估了不同资源和方法对细胞间通信预测结果的影响，并开发了LIANA框架以整合这些资源和方法	未提及	探讨不同资源和方法对细胞间通信推断的影响	单细胞RNA-Seq数据中的细胞间通信	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
10046	2024-08-30	A single-cell transcriptomic atlas characterizes the silk-producing organ in the silkworm 2022-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-31003-1 PMID:35680954	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了家蚕丝腺的细胞图谱	首次构建了家蚕丝腺的单细胞转录组图谱，揭示了丝腺细胞的异质性和基因表达动态	NA	揭示家蚕丝腺细胞的异质性和基因表达动态	家蚕丝腺及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,972个高质量细胞
10047	2024-08-30	CONET: copy number event tree model of evolutionary tumor history for single-cell data 2022-06-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02693-z PMID:35681161	研究论文	本文提出了一种名为CONET的概率模型，用于联合推断拷贝数事件的进化树和拷贝数调用，适用于单细胞数据	CONET模型采用高效的正则化MCMC过程搜索可能的模型结构和参数空间，并引入了一系列模型先验和惩罚以实现有效正则化	NA	研究肿瘤进化中的拷贝数变化现象	拷贝数事件的进化树和拷贝数调用	数字病理学	乳腺癌	单细胞全基因组测序	概率模型	单细胞数据	两个乳腺癌样本
10048	2024-08-30	Intrinsic entropy model for feature selection of scRNA-seq data 2022-06-08, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjac008 PMID:35102420	研究论文	本文提出了一种基于内在熵模型的特征选择方法，用于提高scRNA-seq数据聚类分析的准确性	通过推导熵分解公式，提出了一种新的特征选择方法——内在熵（IE）模型，用于识别信息丰富的基因	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的特征基因选择	数字病理学	NA	scRNA-seq	内在熵（IE）模型	scRNA-seq数据	模拟数据集和真实单细胞数据集
10049	2024-08-30	Alveolar Basal Cells Differentiate towards Secretory Epithelial- and Aberrant Basaloid-like Cells In Vitro 2022-06-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11111820 PMID:35681516	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术分析体外培养的肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了肺泡基底细胞在不同培养条件下的转录组变化	NA	探究特发性肺纤维化中肺泡基底细胞的分化过程及其转录组特征	肺泡基底细胞及其在不同培养条件下的转录组	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自外周纤维化肺组织的肺泡基底细胞
10050	2024-08-30	Bronchial epithelium epithelial-mesenchymal plasticity forms aberrant basaloid-like cells in vitro 2022-06-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00254.2021 PMID:35438006	研究论文	本研究探讨了上皮-间质转化（EMT）在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了EMT诱导的转录变化。	本研究首次揭示了支气管上皮细胞在体外通过EMT形成异常基底样细胞的转录变化，并提供了单细胞RNA-Seq数据的交互式浏览器。	研究未发现EMT诱导后细胞向成纤维细胞/肌成纤维细胞转化的证据，且仅显示部分EMT基因特征。	阐明EMT在支气管上皮细胞中形成异常基底样细胞的作用。	人支气管上皮细胞在不同培养条件下的转录变化。	数字病理学	肺纤维化	RNA测序	NA	RNA	8,247个蛋白质编码基因和1,621个长非编码RNA基因在不同培养条件下的差异表达，以及6,020个蛋白质编码基因和907个长非编码RNA基因在EMT诱导后的转录重编程。
10051	2024-08-30	Astrocytes and oligodendrocytes undergo subtype-specific transcriptional changes in Alzheimer's disease 2022-06-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2022.03.008 PMID:35381189	研究论文	本研究使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）分析了阿尔茨海默病（AD）患者和非症状对照组大脑中星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组变化	本研究首次利用snRNA-seq技术详细描述了AD患者中星形胶质细胞和少突胶质细胞的亚型特异性转录组变化，并结合空间转录组学资源，揭示了健康和炎症大脑中星形胶质细胞亚型的定位	研究主要集中在星形胶质细胞和少突胶质细胞的转录组分析，未涉及其他类型细胞的贡献	深入理解阿尔茨海默病中胶质细胞的转录组异质性	阿尔茨海默病患者的星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	APOE Ɛ2/3人类AD患者和年龄及基因型匹配的非症状（NS）大脑样本
10052	2024-08-30	Male-Specific Activation of Lysine Demethylases 5B and 5C Mediates Alcohol-Induced Liver Injury and Hepatocyte Dedifferentiation 2022-06, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1895 PMID:35084807	研究论文	本研究探讨了酒精相关肝病（ALD）中性别特异性的生物学途径，特别是在雄性小鼠中酒精诱导的肝细胞去分化和肿瘤发展。	发现了酒精在雄性小鼠中通过激活KDM5B和KDM5C去甲基酶促进肝细胞去分化和肿瘤发展的新机制。	研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的影响未深入探讨。	定义酒精暴露下肝脏的性别特异性途径。	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞。	NA	酒精相关肝病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq）	NA	RNA序列数据	雄性和雌性小鼠的肝脏细胞
10053	2024-08-30	Mapping the cardiac vascular niche in heart failure 2022-05-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30682-0 PMID:35641541	研究论文	本文通过结合遗传命运追踪与共聚焦成像以及单细胞RNA测序技术，研究了心脏血管和周围血管微环境在稳态和心力衰竭期间的细胞类型特异性转录组变化。	本文揭示了纤维母细胞、内皮细胞、周细胞和血管平滑肌细胞亚型在心力衰竭期间的特异性转录组变化，并识别了调控纤维母细胞活化的转录因子TEAD1。	NA	研究心脏血管和周围血管微环境在心力衰竭期间的细胞异质性和对损伤的反应。	心脏血管和周围血管微环境的细胞类型特异性转录组变化。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10054	2024-08-30	Identifying tumor cells at the single-cell level using machine learning 2022-05-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02683-1 PMID:35637521	研究论文	本文提出了一种名为ikarus的机器学习管道，用于在单细胞水平上区分肿瘤细胞和正常细胞	ikarus能够在多个实验环境中实现高灵敏度和特异性	NA	旨在解决单细胞或空间测序实验中肿瘤细胞的识别问题	肿瘤细胞和正常细胞的区分	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习管道	单细胞数据集	多个单细胞数据集
10055	2024-08-30	Modern venomics-Current insights, novel methods, and future perspectives in biological and applied animal venom research 2022-05-18, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giac048 PMID:35640874	综述	本文综述了现代毒液学领域的最新进展和新策略，探讨了技术革新和多组学方法如何显著提升对有毒动物毒液的研究	文章介绍了CRISPR和敲降技术在研究基因组及其修饰中的应用，以及质谱成像与空间转录组学、原位杂交技术和现代计算机断层扫描技术在毒液系统空间分布和功能研究中的应用	NA	探讨毒液成分的进化、功能及其在不同发育阶段的生物学意义，以及毒液在农业化学、制药、治疗和诊断等领域的应用	有毒动物的毒液及其成分	生物学	NA	CRISPR, 质谱成像, 空间转录组学, 原位杂交技术, 计算机断层扫描	NA	基因组, 转录组, 蛋白质	NA
10056	2024-08-30	Distinct phenotypic states and spatial distribution of CD8+ T cell clonotypes in human brain metastases 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100620 PMID:35584630	研究论文	本文分析了人脑转移瘤中CD8+ T细胞克隆型的不同表型状态和空间分布	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了增殖和耗竭的CD8 T细胞之间存在显著的克隆重叠，但与其他肿瘤浸润CD8 T细胞和循环中的CD8 T细胞克隆重叠最小	NA	研究脑转移瘤中CD8 T细胞的表型状态和空间分布，以探索针对脑转移瘤的免疫治疗新靶点	人脑转移瘤中的CD8+ T细胞	数字病理学	脑转移瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	NA
10057	2024-08-30	Single-cell transcriptomics reveals age-resistant maintenance of cell identities, stem cell compartments and differentiation trajectories in long-lived naked mole-rats skin 2022-05-04, Aging DOI:10.18632/aging.204054 PMID:35507806	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了裸鼹鼠皮肤在长寿过程中细胞身份、干细胞区室和分化轨迹的年龄抵抗性维持	研究发现裸鼹鼠皮肤在衰老过程中保持了细胞类型和皮肤区室的稳定性，干细胞数量恒定，且表皮基因表达未随年龄变化	NA	探讨裸鼹鼠皮肤在长寿过程中的细胞和遗传特征	裸鼹鼠的皮肤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年裸鼹鼠
10058	2024-08-30	Microfluidic cell sorter sample preparation for genomic assays 2022-May, Biomicrofluidics IF:2.6Q2 DOI:10.1063/5.0092358 PMID:35698630	研究论文	本文探讨了微流控细胞分选技术在基因组测序样本准备中的应用	介绍了NanoCellect Biomedical开发的WOLF Cell Sorter和WOLF G2微流控细胞分选器，这些设备使用温和的分选技术，兼容多种RNA测序平台	传统的液滴式分选器存在操作复杂、可访问性差以及可能对细胞造成压力的问题	研究如何通过微流控分选技术提高单细胞转录组学的样本质量	单细胞RNA测序样本的准备和细胞分选技术	NA	NA	微流控技术，RNA测序	NA	细胞	未具体说明
10059	2024-08-30	Spatial transcriptomic analysis reveals inflammatory foci defined by senescent cells in the white matter, hippocampi and cortical grey matter in the aged mouse brain 2022-04, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-022-00521-7 PMID:35098444	研究论文	本文通过空间转录组学方法分析了老年小鼠大脑中细胞衰老的空间分布及其与神经炎症的关系	首次使用空间转录组学技术，结合组织学信息，精确地定位了老年小鼠大脑中包含衰老细胞的微域，并分析了这些区域的基因表达特征	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能限制了结果的普遍性和可靠性	探讨衰老细胞在大脑中的空间分布及其与年龄相关认知衰退的关系	老年C57BL/6小鼠的大脑组织	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	mRNA表达数据	3个月和28个月大的C57BL/6小鼠各若干只
10060	2024-08-30	Vemurafenib acts as a molecular on-off switch governing systemic inflammation in Langerhans cell histiocytosis 2022-02-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021005442 PMID:34619771	研究论文	本文报道了一名Langerhans细胞组织细胞增生症（LCH）患者在接受vemurafenib和挽救性化疗联合治疗后，实现了持续的临床和分子缓解的全面分析	研究发现vemurafenib能快速、高效但可逆地抑制系统性炎症的临床表现，并且炎症细胞因子的血清水平与vemurafenib的使用完全一致	NA	探讨vemurafenib在LCH治疗中的作用及其对系统性炎症的影响	LCH患者及其细胞类型	NA	Langerhans细胞组织细胞增生症	单细胞转录组分析	NA	血液和骨髓细胞	一名LCH患者