单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
10001	2024-09-01	Spatiotemporal transcriptome analysis reveals critical roles for mechano-sensing genes at the border zone in remodeling after myocardial infarction 2022-Nov, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00140-7 PMID:39195917	研究论文	本研究通过综合分析空间转录组学和单核RNA测序（snRNA-seq）在小鼠心肌梗死模型中的应用，揭示了机械应力反应基因在心肌梗死后左心室重塑中的关键作用	本研究首次综合利用空间转录组学和snRNA-seq技术，揭示了机械感应基因在心肌梗死边界区域的作用，为理解心肌梗死后心室重塑的分子机制提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨心肌梗死后心室重塑的分子机制	心肌梗死后的心室重塑过程	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠心肌梗死模型
10002	2024-09-01	Establishment of a reference single-cell RNA sequencing dataset for human pancreatic adenocarcinoma 2022-Aug-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.104659 PMID:35847558	研究论文	本文构建了一个人类胰腺导管腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据集，并展示了其在重分析先前的批量转录组队列和推断细胞间通信中的应用	本文构建了一个包含超过70个样本和13万多个细胞的PDAC单细胞图谱，并展示了其在研究肿瘤微环境和细胞异质性中的应用	NA	建立一个参考的单细胞RNA测序数据集，用于研究胰腺导管腺癌的肿瘤微环境和细胞异质性	胰腺导管腺癌（PDAC）的细胞异质性和微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过70个样本和13万多个细胞
10003	2024-09-01	Lessons from single-cell RNA sequencing of human islets 2022-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-022-05699-1 PMID:35482056	研究论文	本文总结了单细胞RNA测序（scRNAseq）在增进对胰岛生物学及2型糖尿病发病机制理解方面的贡献，并探讨了面临的挑战及未来发展方向	scRNAseq技术在解析每个胰岛细胞类型的转录组方面取得了突破，有助于揭示细胞类型特异性基因表达的调控机制	scRNAseq技术成本极高，低水平表达的基因可能无法被检测，噪声可能未得到适当过滤，且存在对某些细胞类型的选择偏差。此外，常用的计算工具可能不适用于小规模研究的scRNAseq数据分析	增进对胰岛作为器官的理解，并可能促进2型糖尿病治疗的改进	人类胰岛细胞及其在2型糖尿病中的功能	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
10004	2024-09-01	Single-cell transcriptome analysis of embryonic and adult endothelial cells allows to rank the hemogenic potential of post-natal endothelium 2022-07-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-16127-0 PMID:35842474	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析比较了胚胎和成年内皮细胞，探讨了成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力	发现了成年内皮细胞与胚胎内皮细胞在转录因子表达上的关键差异，并确定了胰腺、大脑、肾脏和肝脏内皮细胞作为细胞重编程为造血干细胞的最合适目标	缺乏合适的供体是造血干细胞移植的主要限制	探讨成年血管内皮细胞转化为造血干细胞的潜力，为造血干细胞的生成提供重编程策略	胚胎和成年内皮细胞的单细胞转录组	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
10005	2024-09-01	R-SPONDIN2+ mesenchymal cells form the bud tip progenitor niche during human lung development 2022-07-11, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.05.010 PMID:35679862	研究论文	研究探讨了人类肺发育过程中R-SPONDIN2+间充质细胞在芽尖前体细胞微环境中的作用	首次鉴定出在人类肺发育期间表达WNT激动剂RSPO2的间充质细胞群，并发现其与芽尖前体细胞中的RSPO2受体LGR5的表达富集相关	NA	揭示人类肺发育过程中间充质细胞的异质性和功能	人类肺发育中的间充质细胞和芽尖前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	多个人类肺样本
10006	2024-09-01	Cross-tissue, single-cell stromal atlas identifies shared pathological fibroblast phenotypes in four chronic inflammatory diseases 2022-07-08, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2022.05.002 PMID:35649411	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，识别了四种慢性炎症疾病中共有的病理成纤维细胞表型	首次构建了一个跨组织的成纤维细胞图谱，揭示了四种慢性炎症疾病中共有的病理激活状态	研究仅限于四种慢性炎症疾病，可能无法完全代表所有慢性炎症疾病的情况	识别和理解多种慢性炎症疾病中共有的成纤维细胞表型和病理途径	来自炎症和非炎症滑膜、肠道、肺和唾液腺的成纤维细胞	数字病理学	慢性炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自受影响个体的炎症和非炎症组织的成纤维细胞
10007	2024-09-01	Joint dimension reduction and clustering analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data 2022-07-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac219 PMID:35349708	研究论文	本文开发了一种名为DR-SC的计算方法，能够在统一框架内同时进行降维和（空间）聚类分析	DR-SC方法通过联合分析，产生准确的空间聚类结果并有效提取生物学上有意义的低维特征	NA	开发一种新的计算方法，以同时进行单细胞RNA-seq和空间转录组数据的空间聚类和降维分析	单细胞RNA-seq和空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	隐马尔可夫随机场模型	转录组数据	适用于大规模样本
10008	2024-09-01	PU.1 and MYC transcriptional network defines synergistic drug responses to KIT and LSD1 inhibition in acute myeloid leukemia 2022-07, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-022-01594-1 PMID:35590033	研究论文	本文研究了急性髓系白血病（AML）中KIT和LSD1抑制剂联合治疗的协同效应	首次报道了KIT和LSD1联合抑制在KIT突变AML细胞系和患者样本中产生协同细胞死亡的效果	需要临床试验来评估KIT和LSD1抑制在患者中的实际疗效	探讨KIT和LSD1联合抑制在急性髓系白血病治疗中的协同作用	KIT突变的急性髓系白血病细胞系和患者样本	NA	急性髓系白血病	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag	NA	细胞	KIT突变的AML细胞系和患者样本
10009	2024-09-01	Lymph node fibroblastic reticular cells preserve a tolerogenic niche in allograft transplantation through laminin α4 2022-07-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI156994 PMID:35775481	研究论文	研究探讨了淋巴结（LN）成纤维网状细胞（FRCs）通过产生层粘连蛋白α4（Lama4）在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	首次揭示了FRC-Lama4在维持淋巴结耐受性微环境中的关键作用，并提出其作为免疫工程治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步在人类中验证其效果	探究FRC-Lama4在同种异体移植中维持耐受性微环境的作用	淋巴结成纤维网状细胞（FRCs）和层粘连蛋白α4（Lama4）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	使用FRC-Lama4条件性敲除Pdgfrb-Cre-/- × Lama4fl/fl小鼠进行研究
10010	2024-09-01	How genetic risk contributes to autoimmune liver disease 2022-07, Seminars in immunopathology IF:7.9Q1 DOI:10.1007/s00281-022-00950-8 PMID:35650446	研究论文	本文通过全基因组关联研究（GWAS）和全基因组元分析（GWMA）探讨了自身免疫性肝病（AILDs）的遗传风险，并分析了遗传风险变异对肝脏细胞及其免疫微环境的影响	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验和基因组范围内的比较分析，为理解遗传风险变异在肝脏驻留免疫细胞和肝脏细胞亚群中的作用提供了新的视角	基于当前全基因组数据的多元遗传风险评分（PRSs）在预测个体疾病风险方面的潜力有限	探讨遗传风险如何影响自身免疫性肝病的发病机制	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和原发性硬化性胆管炎（PSC）	遗传学	自身免疫性疾病	全基因组关联研究（GWAS）、全基因组元分析（GWMA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、转录组数据	约100个易感位点
10011	2024-09-01	Microglia Phenotypes in Aging and Neurodegenerative Diseases 2022-06-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11132091 PMID:35805174	综述	本文综述了在健康、衰老和神经退行性疾病中微胶质细胞表型和炎症反应的当前研究	强调了微胶质细胞在急性和慢性疾病中的异质性表型反应，并探讨了潜在的治疗靶点	NA	全面概述微胶质细胞在不同病理状态下的表型和炎症反应	微胶质细胞在健康、衰老和神经退行性疾病中的表型和炎症反应	NA	神经退行性疾病	NA	NA	NA	NA
10012	2024-09-01	Bookend: precise transcript reconstruction with end-guided assembly 2022-06-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02700-3 PMID:35768836	研究论文	开发了Bookend软件包，用于结合不同RNA-seq技术数据的转录本组装，特别关注RNA的5'和3'端识别与利用	Bookend通过利用端标记读取数据，显著提高了单细胞中转录本组装的精确度，并展示了跨短读、长读和端捕获RNA-seq数据集的混合组装能力	NA	旨在提高转录本组装的精确度，并探索不同RNA-seq技术数据的整合应用	RNA-seq数据中的转录本组装，特别是RNA的5'和3'端识别	基因组学	NA	RNA-seq	NA	序列数据	涉及拟南芥和单个小鼠胚胎干细胞的RNA-seq数据集
10013	2024-09-01	TAS-Seq is a robust and sensitive amplification method for bead-based scRNA-seq 2022-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03536-0 PMID:35760847	研究论文	本文介绍了一种基于终止子、末端转移酶和纳米孔/珠基平台的单细胞RNA测序方法TAS-Seq，该方法在鼠和人类肺样本中显示出比10X Chromium v2和Smart-seq2更高的基因检测灵敏度和更稳健的细胞间相互作用及生长因子/白细胞介素表达检测	TAS-Seq方法对末端转移酶反应的变化具有高度耐受性，提高了单细胞RNA测序数据的准确性和细胞组成的分析	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以提高细胞组成的准确性和细胞间相互作用的检测	鼠和人类肺样本的单细胞RNA测序	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鼠和人类肺样本
10014	2024-09-01	The immune cell atlas of human neuroblastoma 2022-06-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100657 PMID:35688160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫组织化学技术，分析了19个人类神经母细胞瘤样本的免疫细胞组成，并与正常胎儿肾上腺数据进行比较	本研究揭示了神经母细胞瘤中27种免疫细胞亚型，并发现与成人癌症和先前研究不同，神经母细胞瘤中炎症性单核细胞状态增加，而T细胞的细胞毒性和耗竭评分以及Treg活性没有差异	NA	旨在理解人类神经母细胞瘤的完整免疫细胞组成，为开发免疫治疗提供依据	人类神经母细胞瘤的免疫细胞组成	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	19个人类神经母细胞瘤样本
10015	2024-09-01	Human umbilical cord mesenchymal stem cell-derived treatment of severe pulmonary arterial hypertension 2022-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-022-00083-z PMID:39195868	研究论文	本文报道了人脐带间充质干细胞（HUCMSC）衍生的治疗方法在肺动脉高压（PAH）中的应用	首次使用HUCMSC的条件培养基（CM）进行连续血管内输注治疗PAH，并展示了其显著的临床和血流动力学改善效果	需要进一步的前瞻性临床研究来确认和探索HUCMSC衍生治疗对PAH的益处	探索HUCMSC衍生治疗在PAH中的应用及其潜在机制	HUCMSC的条件培养基（CM）及其在PAH治疗中的效果	NA	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据	涉及三个人脐带间充质干细胞（HUCMSC）和两个人脐带静脉内皮细胞（HUVEC）的控制样本
10016	2024-09-01	Single-cell RNA sequencing in silent corticotroph tumors confirms impaired POMC processing and provides new insights into their invasive behavior 2022-May-12, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1530/EJE-21-1183 PMID:35521707	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组，揭示了POMC加工缺陷及其侵袭行为的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术深入研究了静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制	NA	探究静默性皮质垂体瘤中POMC加工缺陷和侵袭行为的分子机制	静默性和活性皮质垂体瘤的细胞组成和转录组	数字病理学	垂体瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	具体样本数量未在摘要中提及
10017	2024-09-01	Spatial mapping of protein composition and tissue organization: a primer for multiplexed antibody-based imaging 2022-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01316-y PMID:34811556	perspective	本文探讨了多重抗体成像技术在组织蛋白质组成和结构组织空间映射中的应用	介绍了多重蛋白成像方法的最新进展，这些方法能够提供复杂组织的空间和功能详细图谱	目前的方法主要依赖于单细胞测序，缺乏理解细胞间通信和相关结构组织所需的空间背景	旨在为多重抗体成像技术提供必要的资源和关键考虑，以促进其广泛应用和数据标准化	组织和器官中的细胞类型及其在生理功能中的协同作用	NA	NA	多重蛋白成像	NA	图像	NA
10018	2024-09-01	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Changes of Tumor Immune Microenvironment in Oral Squamous Cell Carcinoma After Chemotherapy 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.914120 PMID:35784460	research paper	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了化疗后口腔鳞状细胞癌中肿瘤免疫微环境的变化	本研究首次在单细胞转录组水平揭示了化疗后口腔鳞状细胞癌中肿瘤微环境的特征	NA	研究化疗对口腔鳞状细胞癌中肿瘤细胞和肿瘤微环境的影响	口腔鳞状细胞癌化疗后的肿瘤微环境	digital pathology	口腔癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
10019	2024-09-01	Applications and Achievements of Single-Cell Sequencing in Gastrointestinal Cancer 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.905571 PMID:35785171	综述	本文综述了单细胞测序技术在胃肠癌研究中的应用及其最新进展	单细胞测序技术提供了比大规模测序技术更准确的数据，能够解析细胞和分子层面的单细胞分辨率特征	NA	探讨单细胞测序技术在胃肠癌研究中的应用	胃肠癌的来源、异质性、微环境信息以及诊断和治疗方法	数字病理学	胃肠癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组和表观基因组数据	NA
10020	2024-09-01	Progress and Prospect of Immunotherapy for Triple-Negative Breast Cancer 2022, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2022.919072 PMID:35795050	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）免疫治疗的进展和前景	介绍了基于免疫分子疗法、溶瘤病毒疗法和过继免疫细胞转移疗法等多种新型免疫治疗方法	目前免疫治疗在乳腺癌患者中的总体反应不强，且存在一系列挑战和机遇	探讨三阴性乳腺癌免疫治疗的新发现、临床试验结果及未来发展方向	三阴性乳腺癌（TNBC）及其免疫治疗策略	肿瘤学	乳腺癌	免疫检查点抑制剂（ICIs）、单细胞测序、CRISPR基因编辑	NA	NA	NA