单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9981	2024-08-05	Single-Cell Analyses Reveal the Metabolic Heterogeneity and Plasticity of the Tumor Microenvironment during Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Progression 2024-Aug-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1344 PMID:38718319	研究论文	本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌进展过程中肿瘤微环境的代谢异质性和可塑性	确定了SPP1+巨噬细胞作为一种具有高果糖和甘露糖代谢的致瘤和促转移的巨噬细胞亚型	没有提供数据样本的长期随访信息	定义头颈部鳞状细胞癌发展过程中的肿瘤微环境代谢景观	对26个人类患者样本进行单细胞RNA测序	数字病理	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	组织样本	26个样本，包含正常组织、癌前病变、早期癌症、晚期癌症、淋巴结转移和复发肿瘤
9982	2024-08-04	Single-cell profiling of sarcomas from archival tissue reveals programs associated with resistance to immune checkpoint blockade 2024-Jul-31, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2976 PMID:39083415	研究论文	该文章探讨了如何从存档组织中进行肉瘤的单细胞分析，并揭示了与免疫检查点抑制剂抵抗相关的程序	提出了一种从冷冻组织中生成多模态单细胞基因组学和全基因组测序数据的新方法	由于肉瘤的结构复杂，使用尖端的分子分析方法生成高质量数据存在挑战	研究肉瘤的治疗机制及其对免疫检查点抑制剂的抵抗性	分析了来自两名接受免疫检查点抑制剂治疗患者的五个未分化多形性肉瘤和三个内膜肉瘤样本的细胞转录组	数字病理学	肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	75,716个细胞转录组，来自五个UPS和三个INS样本
9983	2024-08-05	DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study 2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses IF:1.5Q4 DOI:10.1089/AID.2024.0005 PMID:39086230	研究论文	本研究评估了梅毒对HIV感染的因果影响	研究发现梅毒与HIV感染之间存在显著的因果关系，并揭示了RPAIN基因的相关遗传变异对HIV感染的影响	未在摘要中提供具体的研究限制	探讨梅毒对HIV感染的因果效应	梅毒和HIV感染的基因组数据	数字病理学	HIV感染	孟德尔随机化	NA	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	NA
9984	2024-08-04	Single-cell analysis revealed that MTIF2 could promote hepatocellular carcinoma progression through modulating the ROS pathway 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34438 PMID:39082024	研究论文	本研究分析了线粒体翻译起始因子2 (MTIF2) 在肝细胞癌 (HCC) 中的表达及其生物功能。	研究首次确认MTIF2通过调节反应性氧种 (ROS) 通路促进肝细胞癌的进展，并揭示了MTIF2与SOD2的相互作用。	研究可能缺乏临床试验验证和长期随访的数据。	探讨MTIF2在HCC中的表达及其在癌症发展的作用。	研究对象为HCC组织中MTIF2的表达及其在不同细胞类型中的作用。	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因组数据	HCC组织和其旁癌组织中的10种细胞类型
9985	2024-08-04	Advances in targeting cancer-associated fibroblasts through single-cell spatial transcriptomic sequencing 2024-Jul-29, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00622-9 PMID:39075612	综述	本文总结了针对癌症相关成纤维细胞的最新研究进展	结合单细胞RNA测序与空间转录组学解决了癌症相关成纤维细胞的空间景观缺失问题	主要为综述文章，可能缺乏新的实验数据	探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤组织中的作用及其靶向方法	癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的角色	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	文本	NA
9986	2024-08-04	Single-cell hdWGCNA reveals metastatic protective macrophages and development of deep learning model in uveal melanoma 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05421-2 PMID:39075441	研究论文	本研究揭示了与转移样本相关的关键巨噬细胞亚群，并开发了一种深度学习模型用于预测眼部黑色素瘤患者的预后	使用单细胞转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，识别出转移保护巨噬细胞及其相关的关键基因，为转移机制提供了新见解	研究中未提及样本的多样性和临床特征的考虑，可能影响模型的普适性	本研究的目的是识别与眼部黑色素瘤转移相关的巨噬细胞亚群及其功能，并开发预测模型	研究对象为眼部黑色素瘤患者的单细胞RNA测序样本	数字病理学	眼部黑色素瘤	单细胞RNA测序，机器学习	卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	NA
9987	2024-08-04	Spatial transcriptome and single-cell reveal the role of nucleotide metabolism in colorectal cancer progression and tumor microenvironment 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05495-y PMID:39075485	研究论文	本研究揭示了核苷酸代谢在结直肠癌进展和肿瘤微环境中的作用	本研究通过单细胞转录组和空间转录组分析，首次揭示核苷酸代谢在结直肠癌细胞和免疫微环境中的核心基因和作用	尚未充分探讨核苷酸代谢的所有潜在影响，仅限于特定细胞群体和基因	探讨结直肠癌中核苷酸代谢的具体机制及其在肿瘤微环境中的作用	结直腸癌细胞及其相关的免疫微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组，空间转录组	机器学习算法	转录组数据	十种单细胞富集评分方法，经过四个额外的单细胞队列验证
9988	2024-08-05	Deciphering decidual deficiencies in recurrent spontaneous abortion and the therapeutic potential of mesenchymal stem cells at single-cell resolution 2024-Jul-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03854-6 PMID:39075579	研究论文	本研究探讨了复发性自发性流产中的蜕膜缺陷及间充质干细胞的治疗潜力。	首次在单细胞分辨率下评估WJ-MSCs对复发性自发性流产的治疗作用，并识别了新的细胞亚群。	目前对WJ-MSCs在复发性自发性流产中作用机制的理解仍然有限。	研究复发性自发性流产的病因及WJ-MSCs作为潜在治疗方法的有效性。	以小鼠模型为基础，研究正常妊娠组、复发性自发性流产组和WJ-MSC治疗组的蜕膜组织。	数字病理学	复发性自发性流产	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	鼠模型	蜕膜组织样本	包括正常妊娠、小鼠复发性流产和WJ-MSC治疗组的样本
9989	2024-08-05	CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat 2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC PMID:38507610	研究论文	本研究使用CRISPR-Cas9基因编辑技术在大鼠中生成小鼠肺。	这是首次在大鼠中生成小鼠肺，展示了CRISPR-Cas9基因编辑与胚泡补充相结合的潜力。	研究仅限于小鼠与大鼠的异种嵌合体，尚未进行其他物种的验证。	本研究旨在探索在大鼠中生成小鼠肺的可能性。	研究对象包括利用CRISPR-Cas9编辑基因的转基因大鼠与小鼠胚胎干细胞。	数字病理学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑	NA	细胞	使用的样本包括缺乏特定基因的大鼠胚胎及小鼠胚胎干细胞的嵌合体
9990	2024-08-05	The novel potential therapeutic target PSMP/MSMP promotes acute kidney injury via CCR2 2024-Jul-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.028 PMID:38796708	研究论文	本文探讨了PSMP作为一种新型治疗靶点在急性肾损伤中的作用	发现PSMP在急性肾损伤中的增加，并且PSMP缺失可以改善肾功能和减少肾小管损伤	目前未提供在人类试验中的应用结果	研究PSMP在急性肾损伤中的角色及其作为潜在治疗靶点的可能性	急性肾损伤小鼠模型以及患者的肾脏组织、尿液和血浆	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	小鼠模型	生物标本	NA
9991	2024-08-04	Sequencing the transcriptome of single cells: a path to discovering cellular biodiversity 2024-07-01, Postepy biochemii DOI:10.18388/pb.2021_532 PMID:39083470	研究论文	这篇文章介绍了单细胞转录组学（scRNA-Seq）技术及其在生物医学、发育生物学和植物生物学中的重要应用	该研究展示了通过scRNA-Seq技术发现细胞多样性及其发育过程的新方法	本文未提及具体的实验局限性	研究单细胞转录组学技术的实验与计算部分	涉及组织、类器官、细胞及整个生物体的研究	数字病理学	NA	scRNA-Seq	NA	生成的数据分析	可以分析数万到百万个细胞
9992	2024-08-05	Coexpression enhances cross-species integration of single-cell RNA sequencing across diverse plant species 2024-07, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01738-4 PMID:38937637	研究论文	本研究展示了共表达如何增强不同植物物种中单细胞RNA测序的跨物种整合	利用共表达减小多对多同源基因家族，从而识别一对一的基因对，提升了传统整合方法的性能	NA	探讨通过基因表达和细胞类型组成驱动的跨物种差异	不同植物物种中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9993	2024-08-05	Recessively Inherited Deficiency of Secreted WFDC2 (HE4) Causes Nasal Polyposis and Bronchiectasis 2024-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202308-1370OC PMID:38626355	研究论文	本研究识别了一种与鼻息肉和支气管扩张症相关的隐性遗传缺陷。	该研究首次确认了WAP四硫化物核心结构域2导致支气管扩张症的分子病因。	研究样本量较小，仅研究了来自10个家庭的11个个体。	识别与严重鼻窦炎、鼻息肉和肺部感染相关的支气管扩张症中的新型基因缺陷。	分析来自美国、欧洲、亚洲和非洲的多个独立家庭的个体。	数字病理学	支气管扩张症	下一代测序、定量PCR、单细胞RNA测序	NA	基因组DNA、RNA、血清样本	11个个体，来自10个独立家庭
9994	2024-08-05	CD34+ synovial fibroblasts exhibit high osteogenic potential in synovial chondromatosis 2024-Jul, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03892-9 PMID:38602543	研究论文	本研究旨在识别在滑膜软骨症中异常分化的祖细胞和可能的致病信号通路	识别了滑膜软骨症中CD34+滑膜成纤维细胞的高骨生成潜力及其相关信号通路	研究的样本来源于关节置换手术，可能存在样本选择偏差	识别滑膜软骨症中的异常分化祖细胞及相关的信号通路	来自滑膜软骨症患者的滑膜样本和组织细胞	数字病理学	滑膜软骨症	单细胞RNA测序	NA	细胞	滑膜软骨症患者的样本和来自骨关节炎的对照样本
9995	2024-08-04	Glioma hexokinase 3 positively correlates with malignancy and macrophage infiltration 2024-Jun, Metabolic brain disease IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11011-023-01333-0 PMID:38687460	研究论文	这项研究全面评估了HK3在胶质瘤中的表达分布和免疫学效应	首次系统研究HK3与胶质瘤肿瘤微环境特征的关系	研究主要基于公共数据库，可能存在数据的不完整性和偏倚	探讨HK3在胶质瘤中的作用及其与肿瘤微环境的关系	胶质瘤患者样本和癌症相关公共数据集	数字病理学	胶质瘤	免疫组化技术、单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自GTEx、CCLE、TCGA和CGGA的数据集
9996	2024-08-05	Impact of tumour stroma-immune interactions on survival prognosis and response to neoadjuvant chemotherapy in bladder cancer 2024-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105152 PMID:38728838	研究论文	本研究探讨了肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌存活预后和新辅助化疗反应的影响	开发了一种基于影像组学特征的肿瘤基质预测模型，用于非侵入性评估膀胱癌患者的肿瘤基质比例	研究为回顾性分析，可能受制于已有数据的局限性	研究肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌患者临床结果的影响	830名膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	RNA测序、免疫组化、单细胞RNA测序、影像组学	NA	临床数据	830
9997	2024-08-05	Rejuvenation of peripheral immune cells attenuates Alzheimer's disease-like pathologies and behavioral deficits in a mouse model 2024-May-31, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl1123 PMID:38809977	研究论文	本研究探讨了免疫复兴作为阿尔茨海默病治疗策略的潜力	该研究首次通过年轻骨髓移植恢复了老年小鼠血液免疫细胞中与衰老和AD相关基因的表达	研究仅在小鼠模型中进行，未在临床试验中验证其有效性	研究免疫复兴在阿尔茨海默病治疗中的应用	老年小鼠的免疫系统及其在阿尔茨海默病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	老年小鼠
9998	2024-08-04	Spot-Based Global Registration for Subpixel Stitching of Single-Molecule Resolution Images for Tissue-Scale Spatial Transcriptomics 2024-04-30, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.3c05686 PMID:38621224	研究论文	该文章提出了一种名为基于点的全球配准(SBGR)的新策略，用于高分辨率图像的对齐。	提出的SBGR方法通过关注识别的分子点而非原始图像，实现了超像素精度的图像拼接，并克服了现有图像拼接方法的局限。	该方法在背景信号异质性和分子标记信号微弱的情况下仍需提高适应性。	研究旨在开发一种新方法，以提高单分子分辨率图像在组织尺度空间转录组学中的拼接精度。	研究对象为组织尺度的单分子分辨率图像。	数字病理学	NA	NA	NA	图像	NA
9999	2024-08-05	ScRNA-seq reveals novel immune-suppressive T cells and investigates CMV-TCR-T cells cytotoxicity against GBM 2024-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008967 PMID:38688579	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了新的免疫抑制T细胞，并研究了CMV-TCR-T细胞对胶质母细胞瘤的细胞毒性	首次识别了在CMV感染下的胶质母细胞瘤中的新型免疫细胞亚群，特别是FXYD6+ T细胞作为免疫抑制T细胞	CMV感染对GBM免疫微环境的具体影响机制尚不完全明确，工程化TCR-T细胞的长期效果尚需进一步研究	研究CMV感染对胶质母细胞瘤免疫微环境的影响以及CMV-TCR-T细胞的治疗潜力	CMV感染的胶质母细胞瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	组织样本	涉及CMV感染的胶质母细胞瘤患者的多种样本
10000	2024-08-04	Pten regulates endocytic trafficking of cell adhesion and Wnt signaling molecules to pattern the retina 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114005 PMID:38551961	研究论文	本研究展示了磷酸酶和张力同源物（Pten）如何通过调节细胞粘附分子和Wnt蛋白的囊泡运输来控制视网膜星爆细胞的间距	揭示了Pten在星爆细胞模式形成中的作用，以及与Down综合征细胞粘附分子Dscam的协同效应	对具体机制的深入探讨和长时间的观察尚待进一步研究	探讨Pten如何通过调节内吞运输模式来决定视网膜星爆细胞的排列	主要研究视网膜星爆细胞及其相关的细胞粘附和信号传导分子	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	分子标志物和囊泡蛋白组	NA