单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9981	2024-08-07	TLR-9 agonist and CD40-targeting vaccination induces HIV-1 envelope-specific B cells with a diversified immunoglobulin repertoire in humanized mice 2020-11, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1009025 PMID:33253297	研究论文	本研究探讨了在人源化小鼠中，通过CD40靶向疫苗与CpG-B佐剂联合使用，诱导针对HIV-1 Env蛋白的B细胞反应及其免疫球蛋白谱系多样性	本研究首次展示了CD40靶向疫苗与CpG-B佐剂联合使用能在人源化小鼠中有效促进人B细胞从IgM向IgG的转变和成熟，并诱导出针对HIV-1 Env蛋白的特异性IgG转换记忆B细胞	研究主要在人源化小鼠模型中进行，其结果在人类中的直接应用尚需进一步验证	开发针对HIV-1的疫苗，特别是在人源化小鼠模型中诱导人B细胞和T细胞的反应	人源化小鼠中的B细胞和T细胞反应	疫苗学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中明确提及
9982	2024-08-07	Inference of mutability landscapes of tumors from single cell sequencing data 2020-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008454 PMID:33253159	研究论文	本文介绍了一种名为MULAN的最大似然计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤细胞的突变率，从而构建肿瘤的突变景观	提出了MULAN框架，利用癌症突变树提供的部分突变事件顺序信息，推断肿瘤的完整进化历史和突变景观	NA	开发一种新的计算框架，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤的突变率和进化历史	肿瘤细胞的突变率和进化历史	数字病理学	NA	单细胞测序	最大似然法	单细胞测序数据	NA
9983	2024-08-07	Integrated Skin Transcriptomics and Serum Multiplex Assays Reveal Novel Mechanisms of Wound Healing in Diabetic Foot Ulcers 2020-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db20-0188 PMID:32763913	研究论文	本研究通过综合分析糖尿病足溃疡（DFU）患者的皮肤转录组和血清多重检测，揭示了伤口愈合的新机制。	本研究首次通过单细胞RNA测序分析了糖尿病足溃疡患者的皮肤纤维母细胞群和炎症情况，并识别了可能影响伤口愈合的关键基因和通路。	NA	探讨糖尿病足溃疡伤口愈合的新机制。	糖尿病足溃疡患者的皮肤和血清。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一组糖尿病足溃疡患者
9984	2024-08-07	Exploring Additional Valuable Information From Single-Cell RNA-Seq Data 2020, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2020.593007 PMID:33335900	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据在细胞间通信探索、RNA速度推断、大规模拷贝数变异和单核苷酸变化识别、染色质可及性预测等方面的应用	探讨了scRNA-seq数据在发现新基因/转录本、长非编码RNA和环状RNA的分析，以及单细胞和批量RNA-seq数据集整合的应用	NA	旨在探索scRNA-seq数据在基础科学和临床应用中的额外价值	scRNA-seq数据中的细胞间通信、RNA速度、拷贝数变异、单核苷酸变化、染色质可及性、新基因/转录本、长非编码RNA和环状RNA	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	text	NA
9985	2024-08-07	Anti-EGFR Antibody-Drug Conjugate Carrying an Inhibitor Targeting CDK Restricts Triple-Negative Breast Cancer Growth 2024-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-3110 PMID:38772416	研究论文	本研究探讨了一种基于西妥昔单抗的抗体药物偶联物（ADC），该ADC携带CDK抑制剂SNS-032，用于靶向EGFR表达的细胞，以限制三阴性乳腺癌的生长	本研究创新性地结合了EGFR抗体和CDK抑制剂，通过ADC的形式实现对EGFR高表达肿瘤细胞的选择性杀伤，同时减少对免疫细胞的影响	尽管ADC在体外和体内实验中显示出良好的抗肿瘤效果，但其长期疗效和安全性仍需进一步的临床研究验证	旨在开发一种新的治疗策略，通过靶向EGFR和细胞周期调控，有效治疗三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌细胞及其在体内的生长情况	数字病理学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	转录组数据、单细胞RNA数据、空间转录组数据	6,173个原发性肿瘤样本，27个基线和匹配的化疗后残留肿瘤样本，150,290个细胞，27个未经治疗的肿瘤样本，43个肿瘤切片，22个三阴性乳腺癌样本
9986	2024-08-07	Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment 2024-Jul-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05493-0 PMID:39085893	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估，探讨了转移和基底膜相关标志物在肝细胞癌（HCC）预后和诊断中的作用。	本研究首次构建了基于转移和基底膜相关基因（MBRGs）的预后模型，并结合免疫相关算法分析了高风险和低风险组的免疫景观和活性。	研究样本主要来自TCGA和ICGC数据库，可能存在一定的选择偏倚；实验验证主要依赖于数据库分析，缺乏体内外实验的直接证据。	旨在通过研究转移和基底膜相关标志物，提高肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果。	肝细胞癌（HCC）患者及其转移和基底膜相关基因（MBRGs）。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归分析	转录组数据	424名来自TCGA数据库的HCC患者和240名来自ICGC数据库的HCC患者
9987	2024-08-07	scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae371 PMID:39060167	研究论文	本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA，用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断	scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布（ZINB）损失函数，结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略，优化了低表达基因的贡献	NA	开发一种新的细胞类型推断方法，以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	注意力机制、图卷积网络（GCN）	基因表达数据	15个单细胞RNA测序数据集
9988	2024-08-07	Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis 2024-Jul-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278431.123 PMID:38981682	研究论文	本文介绍了SiPSiC方法，用于在单细胞水平上推断通路活性，以进行更敏感的差异分析和细胞聚类	SiPSiC方法能够在单细胞水平上更敏感地进行差异分析，并利用通路评分进行细胞聚类和计算UMAP等投影	NA	开发一种新方法来推断单细胞中的通路活性，以改进细胞聚类和差异分析	COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因集	NA
9989	2024-08-07	Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622 PMID:38917802	研究论文	本研究分析了进行性多灶性白质脑病（PML）患者脑脊液（CSF）中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞，以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞，揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因	NA	研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用	进行性多灶性白质脑病（PML）患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞	NA	进行性多灶性白质脑病	单细胞转录组学	NA	细胞	NA
9990	2024-08-07	Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611 PMID:38942020	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物，揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。	发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体，并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。	NA	揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制	黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本
9991	2024-08-07	Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation 2024-Jul-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648 PMID:39091931	研究论文	本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用	首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点	NA	探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	数字病理学	类风湿性关节炎	转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、受试者工作特征（ROC）曲线分析、单细胞测序	NA	转录组数据、单细胞测序数据	来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本
9992	2024-08-07	Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms 2024-Jul-10, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592 PMID:38925122	研究论文	本文利用合成DNA条形码数据集来识别单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的单细胞（singlets），并评估双细胞（doublets）检测算法	提出了一种新的框架“singletCode”，用于评估现有的双细胞检测方法，并利用真实单细胞数据训练机器学习分类器，该分类器在双细胞检测算法中表现更优	NA	开发一种新的方法来识别和评估scRNA-seq数据中的单细胞和双细胞	单细胞RNA测序数据中的单细胞和双细胞	数字病理学	NA	scRNA-seq	机器学习分类器	RNA序列	NA
9993	2024-08-07	DeepIMAGER: Deeply Analyzing Gene Regulatory Networks from scRNA-seq Data 2024-Jun-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14070766 PMID:39062480	研究论文	本文介绍了一种名为DeepIMAGER的高级计算工具，用于通过深度学习和数据集成推断细胞特异性基因调控网络（GRNs）	DeepIMAGER通过将基因对的共表达模式转换为图像样表示，并利用转录因子（TF）结合信息进行模型训练，提高了GRN推断的准确性和鲁棒性	NA	研究目的是开发一种新的计算工具，以提高从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络的准确性	研究对象包括多种细胞类型的基因调控网络和转录因子	机器学习	多发性骨髓瘤	scRNA-seq, ChIP-seq	深度学习模型	图像, 基因表达数据	涉及六种细胞系的scRNA-seq和ChIP-seq数据
9994	2024-08-07	Single-cell landscape of immunological responses in elderly patients with sepsis 2024-Jun-22, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00446-z PMID:38909272	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年脓毒症患者的外周血样本，探讨了免疫细胞的转录组特征及其在老年脓毒症患者中的变化	首次揭示了老年脓毒症患者中免疫细胞的表型转变、表达异质性及细胞间通讯，并发现了HLA-KIR的新型相互作用	NA	探究老年脓毒症患者免疫反应的病理机制	老年脓毒症患者的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和老年脓毒症患者的外周血样本
9995	2024-08-07	Integrative multi-omics profiling in human decedents receiving pig heart xenografts 2024-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-02972-1 PMID:38760586	研究论文	本文通过多组学分析方法，研究了接受猪心脏异种移植的人类受者的分子和免疫反应	首次详细描述了心脏异种移植后早期分子和免疫反应的差异，并揭示了新的见解	研究仅基于两名受者的样本，可能限制了结果的普遍性	深入理解异种移植后的详细分子景观，并探索改善移植结果的靶向治疗方法	接受猪心脏异种移植的人类受者的血液和组织样本	数字病理学	NA	转录组学、脂质组学、蛋白质组学和代谢组学	NA	血液样本和组织样本	两名受者
9996	2024-08-07	Establishment and Evaluation of Exosomes-Related Gene Risk Model in Hepatocellular Carcinoma 2024-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-023-10441-6 PMID:37405532	研究论文	本研究通过分析肝细胞癌患者血液样本中外泌体mRNA表达水平，建立并评估了一个基于外泌体相关基因的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估	首次证实了与肝癌发生发展相关的六个基因存在于血液外泌体中，可用于肝癌患者的液体活检，避免了穿刺诊断的需要	NA	建立一个基于外泌体mRNA表达水平的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估	肝细胞癌患者血液样本中的外泌体mRNA表达水平	数字病理学	肝细胞癌	液体活检	Lasso Cox分析	mRNA数据	肝细胞癌患者和正常对照的mRNA数据来自TCGA和exoRBase 2.0数据库
9997	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Pro-angiogenic Macrophage Profiles Reveal Novel Prognostic Biomarkers and Therapeutic Targets for Osteosarcoma 2024-Apr, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-023-10483-w PMID:37603193	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了与骨肉瘤预后相关的促血管生成巨噬细胞亚型，并发现了新的预后生物标志物和治疗靶点	首次报道了促血管生成巨噬细胞在骨肉瘤预后中的作用，并开发了一个基于LASSO算法的预后模型	NA	探索骨肉瘤的预后生物标志物和治疗靶点	骨肉瘤患者的促血管生成巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	LASSO算法	基因表达数据	NA
9998	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals RAC1 Involvement in Macrophages Efferocytosis in Diabetic Kidney Disease 2024-Apr, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-023-01942-y PMID:38064011	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的作用	首次揭示了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的关键作用，并通过实验验证了RAC1的表达变化对巨噬细胞功能的影响	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探讨糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用相关的分子机制	糖尿病肾病中的巨噬细胞及其吞噬作用	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及多个数据集，包括GSE131882, GSE195460, GSE151302, GSE131685
9999	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals characteristic transcription factors in polydactyly 2024-Apr, European review for medical and pharmacological sciences DOI:10.26355/eurrev_202404_36050 PMID:38708480	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了多指畸形中的特征性转录因子	本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了多指畸形样本中的转录因子及其调控网络，揭示了HOX家族成员和GLI2转录因子在多指畸形过程中的作用	研究仅基于四个多指畸形样本的单细胞RNA测序数据，样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在为多指畸形的潜在生物标志物和治疗靶点的识别提供指导	多指畸形样本中的纤维细胞和角质细胞的转录因子及其调控网络	数字病理学	多指畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	四个多指畸形样本，共11,806个单细胞
10000	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals cellular dynamics and therapeutic effects of astragaloside IV in slow transit constipation 2024-Jan-29, Biomolecules & biomedicine DOI:10.17305/bb.2024.10187 PMID:38289380	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了黄芪甲苷IV在治疗慢传输型便秘中的细胞动态和治疗效果	首次揭示了黄芪甲苷IV对慢传输型便秘模型中肠道细胞比例和功能的调节作用，并通过网络药理学分析了其作用机制	研究仅限于动物模型，需要进一步的人体试验验证	确定慢传输型便秘模型中结肠组织细胞的动态变化，并研究黄芪甲苷IV治疗的效果	慢传输型便秘的小鼠模型和黄芪甲苷IV的治疗效果	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用洛哌丁胺诱导的慢传输型便秘小鼠模型