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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 981 - 1000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-10-05 |
Germline stem cell isolation, lineage tracing, and aging in a protochordate
2025-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.31.673173
PMID:40949951
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研究论文 | 本研究通过建立新的生殖干细胞分离和谱系追踪方法，揭示了原索动物生殖干细胞衰老的分子机制 | 开发了结合膜标记生殖干细胞移植与单细胞RNA测序的新型谱系追踪方法，并利用新的PacBio基因组组装提高了分析精度 | 研究仅限于原索动物模型，在哺乳动物中的直接适用性需要进一步验证 | 探究衰老对生殖干细胞适应度的影响及其在生殖衰老中的作用机制 | 原索动物的生殖干细胞、发育中配子和成熟配子 | 发育生物学 | 生殖衰老 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、PacBio长读长测序、谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据、基因组数据 | 年轻和年老生殖干细胞样本 | PacBio | 单细胞RNA-seq, 基因组测序 | PacBio测序平台 | PacBio长读长基因组测序技术 |
| 982 | 2025-10-05 |
Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions
2025-Sep, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02793-1
PMID:40903640
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研究论文 | 开发了T-CellAnnoTator (TCAT)流程，通过同时量化预定义的基因表达程序来改进T细胞表征 | 引入TCAT流程，能够同时量化捕获T细胞激活状态和细胞亚群的预定义基因表达程序，识别出46个可重复的GEPs | NA | 改进T细胞表征，识别T细胞亚群、激活状态和功能背后的基因表达程序 | T细胞 | 单细胞分析 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自700个个体的1,700,000个T细胞，涵盖38个组织和五种疾病背景 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 983 | 2025-10-05 |
scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487
PMID:40905625
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研究论文 | 开发了一个用于Oxford Nanopore单细胞RNA测序数据的标准化分析流程 | 首个基于nf-core框架的Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序分析流程，无需短读长数据辅助即可准确识别细胞条形码和分子标识符 | 未提及具体性能评估数据和应用案例验证 | 解决长读长单细胞RNA测序数据分析中缺乏模块化、可移植工作流程的问题 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Oxford Nanopore | 单细胞RNA-seq | Oxford Nanopore测序平台 | Oxford Nanopore长读长单细胞RNA测序 |
| 984 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptome analysis of the human eyelid depicts meibomian gland cell differentiation: A pilot study
2025-Sep, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70571
PMID:40969146
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研究论文 | 通过空间转录组学分析人类眼睑描绘睑板腺细胞分化过程 | 首次提供人类睑板腺转录组空间图谱，识别了睑板腺特异性标志物 | 样本量有限，仅为初步研究 | 表征睑板腺分泌产物的转录程序 | 人类眼睑组织 | 空间转录组学 | 眼科疾病 | 空间转录组学，免疫组织化学 | 自组织映射(SOM)，伪时间分析 | 空间转录组数据，图像数据 | 1例60岁男性样本，另加3例老年人验证样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 985 | 2025-10-05 |
scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483
PMID:40889281
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研究论文 | 提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，能够将染色质可及性峰和表达基因共同投影到共享低维空间 | 通过整合峰-峰、峰-基因和基因-基因相互作用关系，在嵌入空间中为相关的峰-基因对分配更接近的表示 | NA | 识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，理解基因调控和疾病机制 | 染色质可及性峰和表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 嵌入方法 | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞多组学平台 |
| 986 | 2025-10-05 |
scafari: exploring scDNA-seq data
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477
PMID:40891892
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研究论文 | 开发了一个名为scafari的R包，用于单细胞DNA测序数据的质量控制和探索性分析 | 提供了首个针对单细胞DNA测序数据的开源、用户友好的数据处理和质量分析工具 | NA | 解决单细胞DNA测序数据缺乏易用分析工具的问题 | 单细胞DNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | Mission Bio | 单细胞DNA测序 | Tapestri | Tapestri单细胞DNA测序平台 |
| 987 | 2025-10-05 |
Partial Compensation of IL-17 Production by Vγ1 T Cells in the Absence of Vγ4 and Vγ6 T Cells
2025-Sep, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70061
PMID:40974348
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研究论文 | 本研究探讨了在缺乏Vγ4和Vγ6 γδ T细胞的情况下，Vγ1 T细胞对IL-17产生的部分补偿作用 | 首次揭示Vγ1 T细胞在Vγ4/Vγ6缺失条件下对IL-17产生的有限补偿能力，并明确Vγ4⁺和Vγ6⁺亚群在IL-17介导免疫中的不可替代作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证；补偿机制的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究IL-17产生型γδ T细胞中γδ TCR的生物学功能和重要性 | 缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR的小鼠模型中的γδ T细胞 | 免疫学 | NA | 流式细胞术, TCR测序, 单细胞转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, TCR序列数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 988 | 2025-10-05 |
Efferocytosis and M2 Macrophage Polarization Gene Expression Correlates With Relapsed and Refractory Classical Hodgkin Lymphoma Patients: A Multi-Omic Analysis
2025-Sep, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70135
PMID:40976706
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研究论文 | 通过多组学分析揭示霍奇金淋巴瘤中胞葬作用和M2巨噬细胞极化基因表达与治疗失败的相关性 | 开发了37基因HRS细胞特征用于单细胞数据识别，首次发现胞葬作用介导的M2巨噬细胞极化是cHL的关键免疫检查点 | 样本量相对有限（130例患者），需进一步验证模型的临床适用性 | 研究经典霍奇金淋巴瘤治疗失败的预测因子和免疫微环境机制 | 经典霍奇金淋巴瘤患者和HRS细胞 | 生物信息学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 批量转录组分析, 细胞互作分析 | 岭回归模型, 层次聚类 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 130例cHL患者 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 989 | 2025-10-05 |
A comprehensive comparison on clustering methods for multi-slice spatially resolved transcriptomics data analysis
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf471
PMID:40966657
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研究论文 | 本文对多切片空间转录组学数据的聚类方法进行了全面比较评估 | 首次系统评估了多切片空间转录组数据的聚类方法，并研究了空间坐标对齐和批次效应去除等预处理技术对聚类性能的影响 | 研究仅评估了特定的聚类方法和预处理技术，可能未涵盖所有现有方法 | 评估和比较单切片和多切片空间转录组数据的聚类方法性能 | 空间转录组数据聚类方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 2个模拟数据集和4个真实数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 990 | 2025-10-05 |
Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation
2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658650
PMID:40661601
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研究论文 | 提出MERLIN+P+TFA方法，通过先验知识引导的稀疏正则化稳健估计转录因子活性和基因调控网络 | 使用先验知识引导的稀疏正则化方法，在存在先验知识噪声的情况下仍能准确估计转录因子活性和下游基因调控网络 | 需要生成特定背景的金标准来提高网络推断的准确性 | 重建基因组规模的基因调控网络 | 酵母和哺乳动物系统的模拟和真实表达数据，包括小鼠胚胎干细胞 | 系统生物学 | NA | 基因调控网络推断，转录因子活性估计 | MERLIN+P+TFA | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 991 | 2025-10-05 |
Monocyte-Derived Macrophages-Synovial Fibroblasts Crosstalk Unravels Oncostatin Signaling Network as a Driver of Synovitis in Osteoarthritis
2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43299
PMID:40621694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性及其与滑膜成纤维细胞的相互作用机制 | 首次发现单核细胞来源的巨噬细胞通过OSM/OSMR信号网络驱动滑膜成纤维细胞活化，并鉴定出MERTKlow CD48high CCR2+巨噬细胞亚群作为OSM的关键来源 | 研究样本量有限（仅4例OA患者），且主要基于胶原酶诱导的OA小鼠模型 | 探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、起源及其与基质细胞的通讯机制 | 胶原酶诱导OA小鼠的滑膜细胞和4例OA患者的CD14+巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 遗传命运图谱, 成像质谱流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 4例OA患者样本和胶原酶诱导OA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 992 | 2025-10-05 |
Statistical significance of clustering for count data
2025-Jul-03, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf120
PMID:40971569
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研究论文 | 提出了一种用于评估计数数据聚类显著性的新方法SigClust-DEV | 开发了专门针对计数数据的聚类显著性评估方法，解决了传统SigClust方法在离散数据上统计效能不足的问题 | 未明确说明方法在极端稀疏计数数据或超大规模数据集上的性能表现 | 开发适用于计数数据的聚类显著性评估方法 | 计数数据，包括单细胞RNA测序数据和电子健康记录 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | SigClust-DEV | 计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 993 | 2025-10-05 |
Linking Skin and Joint Inflammation in Psoriatic Arthritis through Shared CD8+ T Cell Clones
2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.43286
PMID:40528683
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了银屑病关节炎患者皮肤和关节中CD8+ T细胞的克隆共享现象 | 首次在银屑病关节炎中证实皮肤和关节炎症通过共享的CD8+ T细胞克隆相连，并发现这些细胞具有组织驻留记忆表型 | 样本量较小（6例皮肤样本，5例配对滑膜组织/滑液样本），空间转录组学数据有限 | 验证银屑病关节炎中皮肤和关节炎症通过CD8+ T细胞表型和克隆性相连的假说 | 银屑病关节炎患者的皮肤、滑膜组织和滑液样本 | 单细胞生物学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, T细胞受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, T细胞受体序列数据 | 6例皮肤样本，5例配对滑膜组织样本，5例配对滑液样本，1例配对皮肤和滑膜活检样本，4例非配对活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 994 | 2025-10-05 |
New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis
2025-06, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04014-2
PMID:40128328
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研究论文 | 本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨了产前PFOS暴露对大鼠后代肺发育的影响 | 首次结合单细胞RNA测序技术系统揭示PFOS暴露对肺发育的细胞和分子机制，发现Fam111a上调和Stk35下调等新基因靶点 | 研究仅使用大鼠模型，结果外推至人类需谨慎；未探讨PFOS与其他环境污染物的联合效应 | 探究PFOS暴露对肺发育的毒性机制和长期健康风险 | 孕鼠及其后代大鼠的肺组织 | 毒理学 | 肺发育异常 | 单细胞RNA测序，形态学分析，肺功能检测，代谢组学分析 | NA | 基因表达数据，形态学图像，生理功能数据，代谢物数据 | 孕鼠暴露于4个剂量组(0, 0.01, 0.1, 1 mg/kg/天)，在后代0、4、14、21和60天龄时取样分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 995 | 2025-10-05 |
INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651831
PMID:40654897
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研究论文 | 开发INLAomics框架用于空间多组学数据的可扩展和可解释集成分析 | 提出基于多元分层贝叶斯框架的空间多组学集成方法，克服现有方法忽略空间背景和可解释性差的局限 | 未提及具体的数据规模限制或计算资源需求 | 开发可扩展且可解释的空间多组学数据集成方法 | 空间转录组数据和基于抗体的蛋白质组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，抗体蛋白质组学 | 多元分层贝叶斯框架 | 空间多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞多组学 | NA | NA |
| 996 | 2025-10-05 |
Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy
2025-May, Clinical kidney journal
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/ckj/sfaf139
PMID:40416397
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组技术分析C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征 | 首次应用空间转录组技术对C3肾小球病进行亚结构特异性基因表达谱分析 | 样本量较小（仅3例C3G病例），需要更大规模研究验证 | 探究C3肾小球病的转录组特征和病理机制 | 人类肾脏活检标本（C3G患者、供体肾脏和其他肾小球肾炎患者） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 3例C3G病例、7例供体对照、41例其他肾小球肾炎疾病对照 | NA | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx Digital Spatial Profiler与福尔马林固定石蜡包埋肾脏活检标本 |
| 997 | 2025-10-05 |
CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.12.632553
PMID:39868198
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研究论文 | 开发用于亚细胞空间转录组数据分析的计算框架CellSP，能够识别、可视化和表征mRNA的一致亚细胞空间模式 | 提出“基因-细胞模块”概念，首次提供识别和解释亚细胞转录分布功能相关空间模式的工具 | NA | 解决亚细胞空间转录组数据中功能相关空间模式识别和解释工具缺乏的问题 | 小鼠脑组织、肾脏癌和健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 998 | 2025-10-05 |
High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples
2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.02.646189
PMID:40291712
|
研究论文 | 提出一种名为DeepDETAILS的新型深度学习框架，能够从批量测序样本中高分辨率重建细胞类型特异性转录调控过程 | 开发了基于深度学习的跨模态反卷积方法，可利用scATAC-seq参考库对其他批量组学数据集进行细胞类型特异性信号重建，达到碱基对精度 | 依赖于scATAC-seq参考数据的可用性和质量，未明确说明模型对数据稀缺情况的处理能力 | 实现从批量测序数据中高分辨率重建细胞类型特异性基因组信号 | 人类组织和细胞类型，包括39种不同人体组织和86种不同细胞类型 | 机器学习 | 原发性硬化性胆管炎 | 深度学习，单细胞ATAC测序，染色质免疫沉淀测序，新生转录测序 | 深度学习框架 | 基因组测序数据 | 39种人体组织和86种细胞类型 | NA | 单细胞ATAC-seq, ChIP-seq, PRO-cap, PRO-seq | NA | NA |
| 999 | 2025-10-05 |
Inhibition of bone morphogenetic protein 4 alleviates angiotensin II-induced abdominal aortic aneurysm by reducing inflammation and endothelial-mesenchymal transition
2025-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示BMP4在血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤中通过调节内皮-间质转化和炎症促进疾病进展的机制 | 首次发现BMP4在腹主动脉瘤进展中的关键作用，并阐明其通过BGN结合和PI3K/AKT/mTOR通路诱导内皮细胞表型转换的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究腹主动脉瘤的发病机制及BMP4在其中的作用 | 血管紧张素II诱导的腹主动脉瘤小鼠模型和鼠主动脉内皮细胞 | 单细胞测序分析 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 共免疫沉淀 | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞测序分析 |
| 1000 | 2025-10-05 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomics and genetic associations identify cell states associated with vascular disease
2025-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和遗传关联分析，识别与血管疾病相关的细胞状态 | 开发新的计算方法整合GWAS数据与单核RNA测序数据，识别血管疾病相关的特定细胞亚群和中间状态 | 样本量相对较小（正常n=7，动脉瘤n=9，动脉粥样硬化n=2），仅使用人类升主动脉组织 | 识别导致早期血管功能障碍的特定血管亚群和中间细胞状态 | 人类升主动脉组织（正常、动脉瘤和动脉粥样硬化） | 单细胞生物学 | 血管疾病 | 单核RNA测序（snRNA-seq），GWAS整合分析 | RNA轨迹分析，细胞类型特异性富集分析 | 单细胞转录组数据，遗传关联数据 | 18个样本（7正常，9动脉瘤，2动脉粥样硬化） | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |