单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-06-05	Novel roles for CREG1 in hematopoiesis revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jun-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01407-9 PMID:40452027	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示CREG1在造血过程中的新作用	首次利用单细胞RNA测序技术研究CREG1在成年斑马鱼造血发育中的功能，揭示了CREG1在调节B细胞、T/NK细胞和红细胞发育中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，人类造血系统中CREG1的作用仍需进一步验证	探究CREG1在造血过程中的功能及其分子机制	成年斑马鱼的肾脏骨髓细胞	生物医学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用creg1缺陷型斑马鱼作为研究对象
982	2025-06-05	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调控中的作用机制	肥胖雄性小鼠(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和HFD-fed小鼠)
983	2025-06-05	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精准靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的肿瘤重编程和免疫调节作用	研究使用了一种新型的siRNA（LNP-CTNNB1）靶向CTNNB1，并在多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，同时揭示了β-catenin抑制对免疫调节转录因子和免疫信号通路的激活作用	研究主要基于动物模型和有限的临床数据，尚未在广泛人群中验证其效果	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型和患者样本	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型及IMbrave150 III期试验患者队列
984	2025-06-05	Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60371-7 PMID:40442177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早产儿肺部损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	研究发现BPD+PH患者中存在独特的异常毛细血管细胞状态，并揭示了semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究样本可能有限，且机制研究主要在动物模型中进行验证	识别人类BPD的潜在细胞和分子驱动因素	早产儿肺部组织（BPD和BPD+PH患者）与足月婴儿的对比	分子生物学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	早产儿和足月婴儿的肺部组织样本（具体数量未提及）
985	2025-06-05	Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma 2025-May-29, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115 PMID:40460484	研究论文	本研究构建并验证了一个与脂质代谢相关基因（LMGs）相关的预后特征，用于预测皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的生存结果	首次构建了基于脂质代谢相关基因的预后特征，并验证其在SKCM中的独立预后价值，同时通过实验验证了关键基因CCNA2的功能	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在样本选择偏差，且实验验证仅针对一个关键基因	探讨脂质代谢相关基因在SKCM中的功能作用及预后意义	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	数字病理学	皮肤黑色素瘤	mRNA测序、单细胞RNA测序、NMF算法、WGCNA、LASSO回归、Cox回归分析	预后风险模型	基因表达数据、临床随访数据	来自TCGA和GEO数据库的SKCM患者数据，外部验证队列包括GSE65904和GSE54467
986	2025-06-05	[Progress in investigating astrocyte heterogeneity after spinal cord injury based on single-cell sequencing technology] 2025-May-25, Zhongguo gu shang = China journal of orthopaedics and traumatology DOI:10.12200/j.issn.1003-0034.20240352 PMID:40461119	综述	本文综述了单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞异质性研究中的进展	利用单细胞测序技术揭示了脊髓损伤后星形胶质细胞的异质性及其与神经再生修复的关联	目前所有发现仍需更多基础研究和充分的临床试验验证	探索单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞研究中的应用	脊髓损伤后的星形胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞测序技术	NA	转录组数据	NA
987	2025-06-05	ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	研究论文	研究探讨了抗PD-1治疗引起的肺毒性机制，特别是在老年小鼠模型中ICOS+CD4+ T细胞的作用	揭示了ICOS+CD4+ T细胞在老年环境中对抗PD-1治疗引起的肺毒性中的关键作用，并提出了ICOS-ICOSL相互作用的干预策略	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索抗PD-(L)1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制	老年小鼠模型和癌症患者的CD4+ T细胞	免疫治疗	肺癌	单细胞转录组学，过继性T细胞转移	小鼠模型	基因表达数据，临床数据	老年和年轻小鼠模型，部分癌症患者样本
988	2025-06-05	Characterization of a pathogenic nonmigratory fibroblast population in systemic sclerosis skin 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185618 PMID:40232859	research paper	该研究鉴定了系统性硬化症（SSc）皮肤中一种致病性的非迁移性成纤维细胞群体	发现了一种未被传统外植体培养方法分离的非迁移性成纤维细胞群体，并揭示了其在系统性硬化症不同阶段的致病作用	研究主要基于体外实验和基因表达分析，需要进一步体内实验验证	探究系统性硬化症皮肤中不同成纤维细胞群体的致病机制	系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞	digital pathology	systemic sclerosis	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, multichannel immunofluorescence	NA	gene expression data, immunofluorescence images	系统性硬化症患者的皮肤活检样本
989	2025-06-05	Transcriptional signatures of endothelial cells shape immune responses in cardiopulmonary health and disease 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.191059 PMID:40401523	review	本文综述了心肺血管系统中内皮细胞（ECs）在健康和疾病状态下对免疫反应的调控作用	利用单细胞RNA测序技术揭示了心肺血管系统中内皮细胞的异质性及其免疫调节特性	NA	探讨内皮细胞在心肺健康和疾病中的免疫调节功能	心肺血管系统中的内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
990	2025-06-05	Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.654160 PMID:40462922	研究论文	本文研究了肌肉中Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的关键作用	揭示了Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨折修复中的新机制，即这些细胞可以从肌肉迁移到骨折部位并分化为软骨细胞、成骨细胞和骨细胞	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证；在膜内骨损伤模型中，Prg4+ FAPs的贡献显著低于骨折模型	探究肌肉细胞在骨折修复中的作用机制	小鼠模型中的Prg4+纤维脂肪祖细胞	骨科学	骨折	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠骨折模型和膜内骨损伤模型	基因表达数据和细胞定位数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型进行研究
991	2025-06-05	Single-Cell RNA Sequencing and Inferred Protein Activity Analysis Reveal a Distinct Tumor Phenotype in Early-Onset Colorectal Cancer Patients 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.653154 PMID:40462964	research paper	通过单细胞RNA测序和推断的蛋白质活性分析，揭示了早发性结直肠癌患者的独特肿瘤表型	整合公共数据和内部临床样本，结合scRNA-seq和mIF技术，首次定义了EO-CRC中一个以前未被识别的上皮亚群，该亚群以TLR4和CCR5的高表达为特征	研究样本量可能有限，且仅比较了EO-CRC和LO-CRC，未涉及其他类型的结直肠癌	探究早发性结直肠癌（EO-CRC）与晚发性结直肠癌（LO-CRC）在分子和微环境驱动因素上的差异	早发性结直肠癌（EO-CRC）和晚发性结直肠癌（LO-CRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, mIF, VIPER	NA	RNA sequencing data, immunofluorescence data	公共数据和内部临床样本（具体数量未提及）
992	2025-06-05	High-Resolution Spatial Profiling of Microglia Reveals Proximity Associated Immunometabolic Reprogramming in Alzheimer's Disease 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654329 PMID:40462993	研究论文	利用高分辨率空间转录组学技术揭示阿尔茨海默病中小胶质细胞的免疫代谢重编程	首次提供了跨物种、解剖区域和AD病理负担的小胶质细胞免疫代谢状态的高分辨率图谱	研究依赖于小鼠模型和人类尸检组织，可能无法完全反映活体情况	探究阿尔茨海默病病理标志物附近小胶质细胞基因表达与代谢特征的关系	PS19、APP/PS1和5xFAD小鼠模型及人类死后背外侧前额叶皮层组织	数字病理学	阿尔茨海默病	高分辨率空间转录组学(Xenium平台)	机器学习	空间转录组数据	三种小鼠模型和人类尸检组织
993	2025-06-05	PML1-Mediated Feedforward Loop Through PI3K and MAPK Axes Drives Endocrine Resistance 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.653365 PMID:40463196	研究论文	该研究揭示了PML1通过PI3K和MAPK信号轴驱动的正反馈环路在雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗中的作用	首次发现PML1蛋白是克服内分泌抵抗的关键治疗靶点，并阐明了其通过PI3K/MAPK信号轴形成正反馈环路的分子机制	研究主要基于细胞实验和部分临床样本分析，尚未进行大规模临床试验验证	探索雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点	雌激素受体阳性乳腺癌细胞及内分泌治疗耐药机制	肿瘤生物学	乳腺癌	scRNA-seq分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	多种内分泌治疗耐药细胞系（包括4-羟基他莫昔芬、氟维司群、elacestrant和CDK4/6抑制剂耐药细胞）
994	2025-06-05	Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response 2025-May-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050575 PMID:40428397	research paper	该研究通过基因组关联研究（GWAS）和功能基因组分析，识别出与自身免疫/自身炎症性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并提出了可能的癌症免疫治疗靶点	首次系统地搜索具有自身免疫疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并识别出五个可能的癌症免疫治疗靶点基因	研究依赖于GWAS数据，可能受到样本选择和统计方法的限制，且功能验证尚未在实验中进行	识别与自身免疫疾病和癌症风险相反的遗传变异，以发现潜在的癌症免疫治疗靶点	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者及自身免疫/自身炎症性疾病患者	genetics	breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune/autoinflammatory diseases	GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq	NA	genomic data, RNA-Seq data	240,540 癌症病例/317,000 对照, 112,631 自身免疫病例/895,386 对照
995	2025-06-05	Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652924 PMID:40463031	research paper	研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响	首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性	未观察到PAD4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应	探讨PADs在脊髓损伤恢复中的作用及其性别差异	小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况	神经科学	脊髓损伤	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和公开的scRNA-seq数据
996	2025-06-05	Pseudoassembly of k-mers 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.11.653354 PMID:40463286	research paper	介绍了一种通过彩色de Bruijn图识别基因组序列变异的方法	提出了一种名为klue的程序，能够将k-mer组装成与变异感知的伪对齐扩展兼容的序列	NA	识别基因组序列中的变异	小鼠黑色素瘤模型的单细胞RNA-seq数据	genomics	melanoma	single-cell RNA-seq	colored de Bruijn graphs	genomic sequences	NA
997	2025-06-05	Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability 2025-May-12, ArXiv PMID:40463696	研究论文	提出了一种利用大型语言模型（LLMs）和NCBI基因数据库的基因特异性文本注释生成生物上下文细胞嵌入的新框架	通过结合单细胞RNA测序数据和基因描述文本，利用LLMs生成语义丰富的细胞嵌入表示，为细胞类型聚类和细胞脆弱性分析提供更可解释的方法	NA	解决计算生物学中通过单细胞水平测序数据理解细胞身份和功能的关键挑战	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	OpenAI text-embedding-ada-002, text-embedding-3-small, text-embedding-3-large, BioBERT, SciBERT	基因表达数据和文本数据	NA
998	2025-06-05	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	研究论文	研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞招募和极化促进心肌梗死后修复的机制	首次揭示了Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而促进心肌梗死后修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用	心肌梗死小鼠模型和巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠
999	2025-06-05	The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189362 PMID:40100274	研究论文	本研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制	首次发现急性应激通过PVN脑区激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，揭示了脑-体回路在UTI治疗中的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证	探究心理应激如何通过脑-体回路调节膀胱感染的免疫反应	小鼠UTI模型中的PVN神经元和ILC2细胞	神经免疫学	尿路感染/膀胱炎	单细胞RNA测序(scRNA-Seq),逆行标记技术	动物模型(小鼠)	基因表达数据	未明确说明数量的小鼠UTI模型
1000	2025-06-05	Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70521 PMID:40293350	研究论文	本研究通过单细胞分析筛选糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）之间的共享基因和通路，以揭示潜在的治疗靶点	首次将铁蛋白吞噬相关基因（FRHG）与DR和HCC联系起来，并利用机器学习模型验证了这些关键枢纽基因的诊断效能	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索DR和HCC之间的共同病理调控通路和潜在治疗靶点	糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）	生物信息学	糖尿病视网膜病变和肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	GEO数据集GSM7494113（HCC）、GSE209872和GSE160306（大鼠视网膜）