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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-11-02 |
Exploration of Novel Biomarkers Through a Precision Medicine Approach Using Multi-Omics and Brain Organoids in Patients With Atypical Depression and Psychotic Symptoms
2025-Oct-31, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508383
PMID:41173797
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研究论文 | 通过整合临床数据、白细胞单细胞RNA测序、血浆蛋白质组学和脑类器官模型,探索非典型抑郁症伴精神病性症状患者的新型生物标志物 | 首次将白细胞单细胞转录组、血浆蛋白质组和患者来源脑类器官模型相结合,构建理解精神疾病病理生理学的新框架 | 白细胞计数差异在年龄校正后不显著,样本量未明确说明 | 探索非典型抑郁症伴精神病性症状的精准医学生物标志物 | 非典型抑郁症伴精神病性症状患者 | 精准医学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 脑类器官模型 | 脑类器官模型 | 临床数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 982 | 2025-11-02 |
Systematic production of human kidney organoids for transplantation in porcine kidneys during ex vivo machine perfusion
2025-Oct-31, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01542-1
PMID:41174010
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研究论文 | 开发可规模化生产的人源肾脏类器官并将其移植到离体猪肾中的方法 | 建立了可扩展、可重复且经济高效的人多能干细胞肾脏类器官分化体系,并首次实现在离体机器灌注的猪肾中进行人源类器官移植 | 未明确说明类器官长期存活率和功能整合效果,临床试验可行性仍需进一步验证 | 开发用于移植治疗的人类肾脏类器官规模化生产技术 | 人多能干细胞衍生的肾脏类器官和离体猪肾 | 组织工程 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 免疫组化, 流式细胞术, 共聚焦显微镜 | 类器官模型 | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 983 | 2025-11-02 |
Non-cell-autonomous control of mouse gastruloid development by the ultra-conserved lncRNA T-UCstem1
2025-Oct-31, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00558-2
PMID:41174250
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研究论文 | 本研究探讨超保守长链非编码RNA T-UCstem1在小鼠胃胚体发育中的非细胞自主调控作用 | 首次揭示T-UCstem1通过调控DKK1依赖性WNT通路以非细胞自主方式控制胃胚体发育 | 使用干细胞模型而非真实胚胎,可能存在模型系统局限性 | 研究超保守lncRNA在哺乳动物体轴形成中的功能机制 | 小鼠胃胚体(干细胞衍生模型) | 发育生物学 | NA | 形态学成像、免疫荧光分析、bulk转录组测序、单细胞转录组测序 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 984 | 2025-11-02 |
FLT3LG as an inflammatory hub bridging tumor immune surveillance to therapy response in breast cancer
2025-Oct-29, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01889-4
PMID:41152656
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现FLT3LG作为炎症枢纽在乳腺癌免疫监视和治疗反应中发挥关键保护作用 | 首次通过单细胞RNA测序和炎症基因网络分析鉴定FLT3LG为乳腺癌的关键保护因子,并揭示其与不同突变谱和免疫治疗反应的关联 | NA | 探索乳腺癌中炎症驱动的免疫失调机制并寻找新的预后标志物和治疗靶点 | 乳腺癌患者队列和肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 基因网络分析, 功能分析, 遗传谱分析 | NA | 基因表达数据, 突变数据, 临床数据 | 多个患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 985 | 2025-10-31 |
SpateCV: cross-modality alignment regularization of cell types improves spatial gene imputation for spatial transcriptomics
2025-Oct-29, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07245-0
PMID:41162996
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 986 | 2025-11-02 |
Mitochondrial-activity-driven hematopoietic stem cell fate and lineage choice is first established in the aorta-gonad-mesonephros
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116296
PMID:40966086
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠胚胎主动脉-性腺-中肾区域中线粒体活性动态变化驱动造血干细胞和祖细胞功能异质性的机制 | 首次证明胚胎发育早期线粒体活性差异决定造血干细胞谱系选择倾向,并阐明了Wnt和PI3K信号通路在此过程中的作用机制 | 研究主要基于小鼠胚胎模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究线粒体代谢在胚胎造血干细胞发育过程中的作用机制 | 小鼠胚胎主动脉-性腺-中肾区域的造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞转录组测序, 药理学干预, 遗传学方法, 体外功能实验, 体内功能实验 | NA | 基因表达数据, 功能实验数据 | 小鼠胚胎造血干细胞和祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 987 | 2025-11-02 |
Single-cell analysis uncovers preserved prostate cancer lineages and universally altered pathways in Matrigel-free patient-derived organoids
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116352
PMID:41037396
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析无基质胶的前列腺癌患者来源类器官,揭示了其细胞异质性和保留的患者特异性癌细胞谱系 | 发现无基质胶培养条件能更好地保留前列腺癌患者特异性细胞谱系,建立了前列腺类器官单细胞图谱(PPScA),重新定义了细胞类型标志物 | 研究主要关注短期培养,对长期培养效果和临床转化价值需要进一步验证 | 改进前列腺癌患者来源类器官的培养方法并研究其细胞生物学特性 | 前列腺癌患者来源类器官 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 988 | 2025-11-02 |
scRNA-seq reveals persistent aberrant differentiation of nasal epithelium driven by TNFα and TGFβ in post-COVID syndrome
2025-Oct-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64778-0
PMID:41152229
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示TNFα和TGFβ驱动的新冠后综合征患者鼻上皮持续异常分化的分子机制 | 首次发现新冠后综合征的持续症状并非由持续病毒载量驱动,而是由免疫细胞活性和慢性细胞因子产生导致,并确定了TNFα-TGFβ轴的关键作用 | 样本量相对有限(25例患者),仅针对鼻上皮组织进行研究 | 探究新冠后综合征的分子机制和潜在治疗策略 | 25名中度或重度新冠后综合征患者的鼻活检组织 | 单细胞转录组学 | 新冠后综合征 | 单细胞RNA测序,气液界面培养 | NA | 单细胞转录组数据 | 25例新冠后综合征患者鼻活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 989 | 2025-11-02 |
Mapping NK cell diversity in response to COVID-19 and mRNA vaccination
2025-Oct-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11575-w
PMID:41152298
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了NK细胞在COVID-19重症患者和mRNA疫苗接种者中的多样性形成机制 | 发现外周NK细胞发育存在分叉路径,适应性NK细胞在COVID-19恢复期通过克隆扩增和线粒体氧化磷酸化增强形成 | 样本来源仅限于血液NK细胞,未涉及组织驻留NK细胞的研究 | 探索NK细胞功能异质性的形成机制及其在免疫应答中的作用 | COVID-19重症患者、BNT162b2疫苗接种者和健康捐赠者的血液NK细胞 | 免疫学 | COVID-19 | scRNA-seq | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | COVID-19重症患者(急性期和ICU后)、mRNA疫苗接种者、健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 990 | 2025-11-02 |
Deletion of cardiac fibroblast growth factor-23 beneficially impacts myocardial energy metabolism in left ventricular hypertrophy
2025-Oct-28, npj metabolic health and disease
DOI:10.1038/s44324-025-00087-w
PMID:41152461
|
研究论文 | 本研究通过特异性敲除心肌细胞中的Fgf23基因,探讨心脏FGF23在左心室肥厚中的作用及其对心肌能量代谢的影响 | 首次揭示心脏特异性FGF23缺失通过调节葡萄糖转运和脂肪酸氧化改善心肌能量代谢 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明心脏FGF23在左心室肥厚发展中的具体作用机制 | 心肌细胞特异性Fgf23敲除小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 基因敲除技术 | 小鼠疾病模型 | 分子生物学数据, 代谢组学数据, 转录组学数据 | 实验小鼠模型 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 991 | 2025-11-02 |
Evidence from spatial transcriptomics for the mosaic hypothesis and pure cell types in the cortex
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116363
PMID:41045459
|
研究论文 | 通过空间转录组学数据验证大脑皮层中神经元类型的镶嵌假说和纯细胞类型 | 开发了针对空间转录组数据的统计点过程分析框架,首次在大脑皮层中系统验证了神经元空间回避现象 | 仅在大脑皮层中进行了验证,未涉及其他脑区;空间回避原则的普适性仍需进一步研究 | 验证大脑皮层神经元是否存在类似视网膜的镶嵌分布模式 | 大脑皮层兴奋性和抑制性神经元 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 统计点过程分析框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 992 | 2025-11-02 |
Emergence of endothelial subtypes and role of cell cycle control in arterial-venous specification during embryonic vascular development
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116368
PMID:41066228
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胚胎血管发育过程中内皮细胞亚型的出现及细胞周期控制在动静脉分化中的关键作用 | 首次在胚胎发育早期阶段系统揭示了细胞周期状态与动静脉分化的直接关联,并利用Fucci胚胎模型验证了不同细胞周期阶段的内皮细胞具有特定的转录特征 | 研究主要聚焦于胚胎发育早期阶段(E8.0-E9.5),未涉及更晚期的发育过程 | 探究细胞周期控制在胚胎血管发育过程中动静脉分化中的作用机制 | 小鼠胚胎内皮细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,Fucci荧光标记技术 | NA | 基因表达数据,成像数据 | E8.0、E8.5和E9.5三个时间点的胚胎内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 993 | 2025-11-02 |
Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116503
PMID:41100257
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 994 | 2025-11-02 |
Molecular and cellular characterization of planarian stem cell microenvironments
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116401
PMID:41101313
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术对涡虫干细胞微环境进行分子和细胞特征分析 | 首次发现并命名了与涡虫干细胞相关的分泌细胞'hecatonoblasts',揭示了肠道细胞对干细胞位置和功能的远程调控作用 | 研究局限于淡水涡虫模型,机制在其他再生生物中的普适性有待验证 | 探究高再生能力生物中支持干细胞功能的调控机制 | 淡水涡虫Schmidtea mediterranea的干细胞及其微环境 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,电子显微镜 | NA | 空间基因表达数据,显微图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 995 | 2025-11-02 |
Medullary stromal cells define small intestinal lymph node identity in humans and mice
2025-Oct-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116441
PMID:41105512
|
研究论文 | 本研究揭示了小肠引流淋巴结髓质中基质细胞群在定义肠道淋巴结区域特性中的关键作用 | 发现淋巴结髓质中特定的基质细胞网络是驱动小肠淋巴结结构形成的关键因素,并鉴定维生素A是这一过程的核心驱动因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究肠道不同区域淋巴结免疫特性差异的形成机制 | 人类和小鼠的肠道引流淋巴结 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,成像技术 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 996 | 2025-11-02 |
SRSF1 is essential for pancreatic β-cell proliferation and the maintenance of glucose homeostasis in mice
2025-Oct-24, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2025.156421
PMID:41138848
|
研究论文 | 本研究揭示了SRSF1通过MYC介导的通路对胰腺β细胞增殖和葡萄糖稳态维持的关键作用 | 首次阐明SRSF1在β细胞增殖中的核心调控功能及其通过MYC表达调控的作用机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究SRSF1在胰腺β细胞增殖和葡萄糖调控中的作用机制 | 胰腺β细胞特异性SRSF1敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 糖尿病 | RNA-seq, scRNA-seq, 免疫染色, 葡萄糖耐量测试 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织切片图像, 生理指标数据 | 不同年龄段的基因敲除和对照小鼠胰岛组织 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 997 | 2025-11-02 |
CCR2-driven monocyte recruitment is protective against radiotherapy-induced intestinal toxicity
2025-Oct-24, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.10.008
PMID:41171691
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研究论文 | 本研究揭示了CCR2驱动的单核细胞募集通过IL-17通路减轻放疗诱导的肠道毒性的保护机制 | 首次发现CCR2介导的单核细胞募集在限制放疗肠道损伤中的关键作用,并阐明其通过调节ILC3细胞产生IL-17维持肠道屏障完整性的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究放疗诱导肠道毒性的免疫调节机制 | 小鼠肠道组织及免疫细胞 | 免疫学 | 肠道放射损伤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 998 | 2025-11-02 |
StarCDP: Dynamic Programming Algorithms for Fast and Accurate Cell Lineage Tree Reconstruction from CRISPR-Based Lineage Tracing Data
2025-Oct-23, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251386082
PMID:41173524
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研究论文 | 提出Star-CDP动态规划算法,用于从CRISPR谱系追踪数据中快速准确地重建细胞谱系树 | 开发了基于动态规划的算法,能在约束搜索空间内寻找、计数、采样和构建共识树,相比现有方法具有更高可扩展性和准确性 | 研究显示标准数据处理流程可能影响迁移/再播种的相对性能评估 | 解决细胞谱系树重建中系统发育信号不一致的技术限制 | CRISPR诱导突变的细胞谱系数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | CRISPR谱系追踪,单细胞RNA测序 | 动态规划算法 | 基因突变数据 | 小鼠模型数据 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 999 | 2025-11-02 |
Comprehensive noise reduction in single-cell data with the RECODE platform
2025-Oct-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101178
PMID:40967209
|
研究论文 | 本研究升级了RECODE平台,通过新增iRECODE功能和技术扩展,为单细胞数据提供全面的噪声降低解决方案 | 开发了iRECODE功能可同时降低技术和批次噪声,并将RECODE适用范围扩展到单细胞Hi-C和空间转录组学等多种单细胞模态 | NA | 解决单细胞测序数据中的技术噪声和批次效应问题 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞Hi-C, 空间转录组学 | 基于高维统计的算法 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞Hi-C, 空间转录组学 | RECODE平台 | RECODE技术噪声降低平台,包含iRECODE批次噪声降低功能 |
| 1000 | 2025-11-02 |
Identification of Regulatory RNA-Binding Genes in Spermatogonial Stem Cell Reprogramming to ES-like Cells Using Machine Learning-Integrated Transcriptomic and Network Analysis
2025-Oct-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14201632
PMID:41148847
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研究论文 | 本研究通过机器学习整合转录组和网络分析,识别精原干细胞重编程为ES样细胞过程中的关键RNA结合调控基因 | 首次整合机器学习、转录组学和网络分析系统揭示精原干细胞重编程的分子机制,识别出Ctdsp1、Rest和Stra8等关键RNA结合调控基因 | 研究仅使用小鼠模型,人类精原干细胞的重编程机制仍需验证 | 探索精原干细胞重编程为多能干细胞的分子机制及其在再生医学和生育力保护中的应用潜力 | Oct4-GFP C57BL/6转基因小鼠的精原干细胞及其重编程产生的ES样细胞 | 机器学习 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫细胞化学, 畸胎瘤实验 | 机器学习整合分析 | 转录组数据, 基因表达数据 | 使用GEO数据库多个数据集(GSE43850, GSE38776, GSE149512)的小鼠精原干细胞和胚胎干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |