单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-07-17	CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat 2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC PMID:38507610	研究论文	利用CRISPR-Cas9基因组编辑技术在大鼠体内生成小鼠肺组织	首次通过CRISPR-Cas9基因组编辑和囊胚互补技术在大鼠体内生成小鼠肺组织，实现了供体胚胎干细胞对肺组织近99%的贡献	研究仅在小鼠和大鼠之间进行，尚未在更大动物或人类中验证	探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺组织的可能性	小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎	生物工程	NA	CRISPR-Cas9基因组编辑、囊胚互补技术、免疫染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞图像数据	小鼠-大鼠嵌合体
982	2025-07-17	Immune Response following FLASH and Conventional Radiation in Diffuse Midline Glioma 2024-Jul-15, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.01.219 PMID:38364947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤免疫微环境的影响	首次以单细胞分辨率绘制了常规和FLASH放射治疗对DMG免疫微环境的改变，揭示了免疫反应的时间依赖性差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响差异	脑干弥漫性中线胶质瘤的免疫细胞	肿瘤免疫学	弥漫性中线胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	使用原位同基因小鼠脑干DMG模型
983	2025-07-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the landscape of epithelial-mesenchymal transition molecular heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-04-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216723 PMID:38342234	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了食管鳞状细胞癌中上皮-间质转化分子异质性的全景	首次在单细胞水平上描绘了ESCC中EMT的分子异质性，并鉴定了87个EMT相关分子及潜在标志物SERPINH1	样本量相对有限（44名患者），且未涵盖所有ESCC亚型	阐明食管鳞癌EMT分子异质性及其在肿瘤进展中的作用	39个肿瘤样本和16个癌旁样本中的209,231个ESCC细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	44名患者的55个样本（39肿瘤+16癌旁）
984	2025-07-17	Up-regulation of RAN by MYBL2 maintains osteosarcoma cancer stem-like cells population during heterogeneous tumor generation 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216708 PMID:38336287	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤癌症干细胞样细胞（CSCs）在异质性肿瘤生成中的分子特征，并发现MYBL2-RAN通路在维持CSCs自我更新中的关键作用	首次揭示了MYBL2-RAN通路在骨肉瘤CSCs自我更新中的调控机制，并证明阻断该通路可增强CSCs对顺铂治疗的敏感性	研究主要基于体外实验和临床组织分析，缺乏体内动物模型的验证	探索骨肉瘤异质性肿瘤生成过程中癌症干细胞样细胞的调控机制	骨肉瘤癌症干细胞样细胞及其衍生的异质性肿瘤细胞	癌症生物学	骨肉瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床骨肉瘤组织样本（数量未明确说明）
985	2025-07-17	Inhibition of ATM promotes PD-L1 expression by activating JNK/c-Jun/TNF-α signaling axis in triple-negative breast cancer 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216642 PMID:38278470	研究论文	本研究揭示了ATM通过下调JNK/c-Jun/TNF-α信号轴在三阴性乳腺癌中负调控PD-L1表达的新机制	发现ATM通过抑制JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1表达的新机制，为免疫检查点阻断疗法在多线耐药TNBC中的广泛应用提供了新思路	样本量相对有限（86例TNBC临床标本），且机制研究主要在细胞和动物模型中进行	探究ATM在TNBC中调控PD-L1表达的分子机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系、动物模型和临床标本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、细胞因子阵列分析、Western blot、荧光素酶报告基因检测	ATM敲低TNBC稳定细胞系	RNA测序数据、蛋白质表达数据、临床标本数据	86例TNBC临床标本和4例TNBC临床标本的scRNA-seq数据
986	2025-07-17	Single-cell characterization of infiltrating T cells identifies novel targets for gallbladder cancer immunotherapy 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216675 PMID:38280478	研究论文	通过单细胞RNA测序构建T细胞图谱，识别胆囊癌免疫治疗的新靶点	首次基于T细胞异质性建立胆囊癌分子分型标准，并提出个性化免疫治疗策略	未提及样本量是否足够大以覆盖所有T细胞亚型	探索胆囊癌中T细胞的异质性及其在免疫治疗中的应用	胆囊癌患者的T细胞	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
987	2025-07-17	Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-03-31, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656 PMID:38266804	研究论文	通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色分析，揭示了激素受体阳性乳腺癌在化疗诱导下的免疫微环境重塑机制	发现了化疗后未被识别的免疫细胞亚群增加，以及CD8 T细胞免疫检查点表达的不一致性变化，并鉴定了化疗耐药癌细胞的基因组和转录组新模式	样本量有限，且仅针对激素受体阳性乳腺癌	探索激素受体阳性乳腺癌对化疗不敏感的机制及化疗如何重塑免疫微环境	激素受体阳性乳腺癌患者的配对化疗前后样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据，图像数据	配对化疗前后的HR BC样本
988	2025-07-17	scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664 PMID:38253219	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析结直肠癌不同区域的免疫图谱，特别关注CD20+ B细胞的功能	揭示了结直肠癌不同区域免疫细胞浸润的差异，特别是B细胞在左右侧结直肠癌中的不同发育轨迹及其与髓系细胞和T细胞的相互作用	样本量较小（19个样本），可能影响结果的普遍性	表征结直肠癌不同区域的免疫景观并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌和配对正常组织的单细胞转录数据	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录数据	19个样本（39,484个单细胞）
989	2025-07-17	Updates in Skin Cancer in Transplant Recipients and Immunosuppressed Patients: Review of the 2022-2023 Scientific Symposium of the International Immunosuppression and Transplant Skin Cancer Collaborative 2024, Transplant international : official journal of the European Society for Organ Transplantation IF:2.7Q2 DOI:10.3389/ti.2024.12387 PMID:38562207	综述	本文总结了2022-2023年国际免疫抑制与移植皮肤癌协作组(ITSCC)科学研讨会中关于移植受者和免疫抑制患者皮肤癌的最新研究进展	整合了多学科专家对皮肤恶性肿瘤的最新研究成果，包括共识标准制定、罕见肿瘤多机构注册库建立以及KERACON临床试验设计	内容主要基于会议报告，缺乏原始研究数据和详细方法学描述	总结免疫抑制人群皮肤癌研究领域的最新进展	实体器官移植受者(SOTR)和其他长期免疫抑制患者的皮肤恶性肿瘤	皮肤肿瘤学	皮肤癌	空间转录组学	NA	临床数据	多机构合作数据(未明确具体数量)
990	2025-07-17	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，发现上皮细胞的变化导致微生物组移位、免疫激活失调和局部纤维化	首次利用单细胞RNA测序技术全面分析了iSGS患者的近端气道瘢痕中的细胞亚群及其分子表型，揭示了上皮细胞功能障碍与微生物组移位的关系	疾病罕见且患者地理分布广泛，可能限制了样本的多样性和数量	探究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织	digital pathology	respiratory disease	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	国际iSGS患者队列的致病性黏膜组织
991	2025-07-16	Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma 2025-Aug-01, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology IF:1.9Q2 DOI:10.1097/MAO.0000000000004455 PMID:40062383	研究论文	通过单细胞RNA测序技术鉴定胆脂瘤中的细胞类型和信号通路	首次利用单细胞RNA测序技术揭示胆脂瘤与正常鼓膜在细胞组成和信号通路上的差异	研究基于体外样本，未进行体内功能验证	鉴定驱动胆脂瘤发展的细胞类型和信号通路	人类胆脂瘤样本和正常鼓膜组织	单细胞组学	胆脂瘤	scRNA-seq, 免疫组化	CellChat算法	RNA测序数据	未明确说明样本数量（人类胆脂瘤标本）
992	2025-07-16	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Jul-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	研究BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	首次证实BMP-eBM能够支持功能性造血干细胞和CAR细胞，并可作为独立的造血器官进行移植	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其效果	探究BMP-2诱导的异位骨髓是否具有功能性骨髓微环境	小鼠模型中的异位骨髓	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序和移植模型	NA	RNA测序数据和移植实验结果	小鼠模型中的异位骨髓样本
993	2025-07-16	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-Jul-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	研究论文	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞(CAF)的保守亚型和微环境	首次利用空间多组学数据定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，建立了空间环境与CAF身份之间的联系	NA	系统理解肿瘤微环境中恶性、基质和免疫状态对治疗反应的影响	多种癌症类型的肿瘤微环境	数字病理学	癌症	单细胞空间多组学分析	NA	空间多组学数据	多种癌症类型的广泛数据集
994	2025-07-16	Network-Guided Sparse Subspace Clustering on Single-Cell Data 2025-Jul-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1177/15578666251359688 PMID:40662619	研究论文	本文提出了一种名为NetworkSSC的网络引导稀疏子空间聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	NetworkSSC方法在传统稀疏子空间聚类的基础上，整合了基因网络拉普拉斯矩阵的正则化项，以捕捉基因间的功能关联	方法在部分单细胞RNA测序数据集上的表现可能仍有提升空间	解决单细胞RNA测序数据高维性导致的传统聚类方法效果不佳的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	稀疏子空间聚类(SSC)	基因表达数据	九个scRNA-seq数据集
995	2025-07-16	Integrative Single-Cell Analysis Decodes Gene Expression and Chromatin Accessibility in the Developing Human Fetal Brain 2025-Jul-15, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05184-x PMID:40663269	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，研究人类胎儿大脑发育过程中的基因表达和染色质可及性	构建了单细胞转录组和表观基因组图谱，揭示了神经细胞增殖、分化和功能成熟的关键信号通路，并预测了神经发生过程中的潜在调控元件	研究仅涵盖了8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织，可能无法全面反映整个发育过程的动态变化	深入理解胎儿大脑发育、细胞异质性、谱系关系和转录调控网络	人类胎儿脑组织	基因组学	神经发育障碍	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	8至17周妊娠期的人类胎儿脑组织
996	2025-07-16	Testis Molecular Pathways in CAIS Unveil Testosterone/Estradiol on Germ Cell Tumor Risk in Non-Obstructive Azoospermia 2025-Jul-14, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgaf404 PMID:40658795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了非梗阻性无精子症（NOA）患者睾丸体细胞中的分子通路，揭示了睾酮/雌二醇比例对生殖细胞肿瘤风险的预测价值	首次在CAIS患者睾丸体细胞中鉴定出与NOA相关的分子通路，并发现睾酮/雌二醇比例对非遗传性NOA患者睾丸生殖细胞癌的预后作用	样本量有限，特别是CAIS患者仅1例，需要更大样本验证	探索NOA不同亚型睾丸体细胞的分子特征及其与睾丸生殖细胞癌风险的关系	非梗阻性无精子症患者（包括CAIS和KS患者）的睾丸体细胞	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	752例男性（120例生育能力正常，155例不育，116例NOA，18例KS，343例TGCC）
997	2025-07-16	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Jul-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	研究论文	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确的三维空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	未明确提及具体的数据集规模或实验验证的广泛性	开发一种能够全面捕捉多层生物异质性的三维空间域重建方法，以深入理解组织成分和机制	组织切片和病理数据集	数字病理	癌症	空间转录组学(ST)、H&E成像	图注意力自编码器	图像、空间转录组数据	NA
998	2025-07-16	Gene regulatory networks and essential transcription factors for de novo-originated genes 2025-Jul-14, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02747-y PMID:40659874	研究论文	该研究通过计算方法和单细胞RNA测序数据，鉴定了调控新生基因表达的关键转录因子	首次揭示了新生基因表达的调控程序，并识别了特定转录因子在调控新生基因中的关键作用	研究主要基于果蝇模型，可能不适用于所有物种	探索新生基因表达的调控机制	新生基因及其调控转录因子	基因组学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	RNA测序数据	NA
999	2025-07-16	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性	揭示了动脉粥样硬化中血管细胞衰老的转录组特征，并验证了这些特征在衰老过程中的富集	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅限于体外实验	探索动脉粥样硬化中血管细胞衰老的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉的血管平滑肌细胞、成纤维细胞和T细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	小鼠主动脉样本及体外培养的人血管平滑肌细胞
1000	2025-07-16	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402 PMID:40650988	research paper	开发了一个基于AI的单细胞RNA测序数据分析辅助工具SCassist，利用大语言模型优化分析流程	整合大语言模型（如Google的Gemini、OpenAI的GPT和Meta的Llama3）到scRNA-seq分析流程中，提供参数推荐和结果解释	未提及具体性能对比实验或用户评估结果	降低单细胞RNA测序数据分析的复杂性和门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（Gemini/GPT/Llama3）	基因表达数据	NA