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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2026-04-10 |
Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
2025-Dec-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02811-9
PMID:41339526
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研究论文 | 本研究通过生成Spatial Touchstone数据集,评估了Xenium和CosMx平台在成像空间转录组学中的标准化指标,并开发了SpatialQM软件以促进数据评估和整合 | 首次提出了标准化指标和操作程序(STSOPs)以及开源软件SpatialQM,用于评估成像空间转录组学技术的可重复性和性能,并建立了多组学数据整合的最佳实践 | 研究仅评估了Xenium和CosMx两个平台,可能未覆盖所有成像空间转录组学技术;样本来源和数量(254个空间谱)可能限制通用性 | 评估成像空间转录组学技术的标准化指标,提高数据可重复性和跨平台比较能力 | 六种组织类型的空间转录组学数据,使用Xenium和CosMx平台进行分析 | 空间转录组学 | NA | 成像空间转录组学,原位杂交技术 | NA | 空间转录组学数据,图像数据 | 254个空间谱,涵盖六种组织类型 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学,单细胞分析 | Xenium, CosMx | Xenium和CosMx平台用于成像空间转录组学分析,具有不同的化学方法 |
| 982 | 2026-04-10 |
Antiviral Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia
2025-Nov-14, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf367
PMID:40628395
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研究论文 | 本研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学,描述了HIV-1治疗停止后病毒反弹前的免疫反应特征 | 发现病毒反弹前CD16++单核细胞显著增加并具有增强的抗病毒基因表达,以及血浆中炎症蛋白在可检测反弹后出现 | 研究样本可能有限,且未详细探讨长期临床影响或治疗策略的具体验证 | 识别治疗停止后病毒反弹前的早期信号,以延长病毒反弹时间并治愈HIV-1 | 外周血单个核细胞和血浆样本 | 单细胞转录组学 | HIV-1感染 | 单细胞转录组学, 血浆蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 983 | 2026-04-10 |
IL-6+ fibroblasts contribute to shaping the pro-inflammatory microenvironment in severe periodontitis after non-surgical periodontal therapy
2025-Oct-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07132-8
PMID:41094591
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研究论文 | 本研究揭示了重度牙周炎非手术治疗后残余深牙周袋的细胞组成和分子环境,并发现IL-6+成纤维细胞在塑造促炎微环境中起关键作用 | 首次在重度牙周炎非手术治疗后的残余深牙周袋中,识别出IL-6+成纤维细胞亚型及其介导的缺氧微环境网络,阐明了其与FCN1+巨噬细胞的相互作用如何加剧炎症和骨吸收 | NA | 揭示重度牙周炎非手术治疗后残余深牙周袋的炎症浸润细胞组成和分子环境,为靶向治疗提供见解 | 重度牙周炎患者非手术治疗后的牙周组织以及健康供者的牙周组织 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,多重免疫组织化学免疫荧光 | NA | RNA测序数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 984 | 2026-04-10 |
CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors
2025-Oct, Molecular imaging and biology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11307-025-02040-1
PMID:40779286
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研究论文 | 本研究旨在揭示导致神经内分泌肿瘤68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子和遗传因素 | 首次通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序,揭示了CREBBP突变与SSTR2表达阴性/低表达及PET成像阴性之间的关联 | 回顾性研究,样本量较小(18例患者),需要更大规模的前瞻性研究验证 | 阐明神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子遗传机制 | 肺、回肠或胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 数字病理学 | 神经内分泌肿瘤 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, 单细胞体细胞变异检测, PET/CT成像 | NA | 基因组测序数据, 单细胞转录组数据, 医学影像数据 | 18例神经内分泌肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 985 | 2026-04-10 |
Autophagy Upregulation in Mutant Isocitrate Dehydrogenase 1 (IDH1) Glioma Uncovers a Novel Therapeutic Target
2025-Sep-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7483444/v1
PMID:40964044
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研究论文 | 本研究揭示了突变型异柠檬酸脱氢酶1(mIDH1)胶质瘤中自噬上调作为关键生存途径,并探索了通过自噬抑制增强放射敏感性的新治疗策略 | 首次发现mIDH1胶质瘤中自噬上调作为能量来源,并利用合成蛋白纳米颗粒递送siRNA靶向Atg7抑制自噬,从而增强放射敏感性并诱导肿瘤消退 | 研究主要基于人类和小鼠细胞模型及小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗靶点 | 人类和小鼠的mIDH1胶质瘤细胞及小鼠模型 | 癌症生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, scRNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 986 | 2026-04-10 |
Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells
2025-Sep-04, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018
PMID:40848713
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和GNAS基因分型策略,分析了人类纤维性发育不良骨中的非造血细胞,揭示了GNAS变异在多种非成骨细胞谱系中的存在以及FD特有的纤维化转录组特征 | 首次在纤维性发育不良骨的内皮细胞、血管周围细胞和基质细胞中检测到GNAS c.602G>A和c.601C>T变异,并识别了跨FD细胞谱系的共同纤维化转录组特征 | 研究样本量有限,可能无法完全代表FD的异质性;单细胞测序技术本身存在技术偏差 | 探究GNAS体细胞镶嵌变异在纤维性发育不良中的细胞和分子机制 | 人类纤维性发育不良骨和非FD骨中的非造血细胞 | 数字病理学 | 纤维性发育不良 | 单细胞RNA测序, GNAS基因分型, BaseScope原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | FD和非FD人类骨样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 987 | 2026-04-10 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
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研究论文 | 本研究通过共分化中胚层和内胚层,在诱导多能干细胞衍生的肺和肠道类器官中实现器官特异性血管化 | 首次在类器官中通过共分化策略实现器官特异性血管化,并揭示BMP信号调控内皮-上皮祖细胞比例的关键作用 | 研究主要基于体外模型,体内移植实验仅在小鼠中进行,人类疾病模型的临床转化仍需进一步验证 | 研究人类器官发生和疾病中复杂细胞间通讯的机制 | 诱导多能干细胞衍生的肺和肠道类器官 | 发育生物学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 988 | 2026-04-10 |
Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis
2025-Aug, Lymphatic research and biology
IF:1.6Q4
DOI:10.1089/lrb.2024.0080
PMID:40279249
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合流式细胞术和嘌呤霉素掺入技术,揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的转录和翻译活性增强,及其在抗原呈递和免疫调节中的潜在作用 | 首次将单细胞RNA测序与翻译活性评估相结合,系统表征了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态,并证实其具有高效的抗原摄取和处理能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本的验证尚需进一步开展,且未深入探讨淋巴管内皮细胞激活的具体分子机制 | 探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态及其在局部免疫和炎症反应中的作用 | 小鼠皮肤利什曼病模型中的淋巴管内皮细胞 | 数字病理学 | 皮肤利什曼病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 嘌呤霉素掺入 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 989 | 2026-04-10 |
Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412159122
PMID:40324076
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的细胞图谱,揭示了与认知功能下降相关的免疫失调 | 首次创建了特发性正常压力脑积水的单细胞转录组图谱,并发现了外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变与认知功能的相关性 | 样本仅来自特发性正常压力脑积水患者,缺乏健康对照组或其他神经系统疾病对照 | 探究特发性正常压力脑积水的免疫失调机制及其与认知功能的关系 | 特发性正常压力脑积水患者的外周血和脑脊液细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 140,207个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 990 | 2026-04-10 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口模型中实现了无疤痕再生,揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口再生中的作用 | 首次在大型动物(猪)模型中验证YAP抑制促进伤口再生的效果,并发现与人类相似的成纤维细胞亚群动态变化 | 研究主要基于动物模型,人类临床转化效果仍需进一步验证 | 探究YAP抑制在大型动物伤口愈合中的作用机制,为预防人类皮肤疤痕提供临床转化依据 | 红杜洛克猪伤口模型及人类新生儿包皮异种移植模型 | 数字病理学 | 皮肤创伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间蛋白质组数据 | 红杜洛克猪伤口模型及人类异种移植模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 991 | 2026-04-10 |
Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211
PMID:40264770
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析,识别了在多种疾病环境中常见的耐药性MDSCs和一个应激耐受基因共表达网络,作为MDSC的共同特征 | 首次结合炎症信号和细胞应激(血清饥饿)诱导出具有保留MDSC特征的细胞群(耐药性MDSCs),并识别了一个特异性于这些细胞的应激耐受基因共表达模块 | 研究主要基于体外诱导模型和已发表的转录组数据集,可能未完全反映体内复杂环境 | 识别跨多个疾病环境的MDSC共同分子特征,以帮助细胞分类 | 人源单核细胞性MDSCs(M-MDSCs)和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 992 | 2026-04-10 |
Regulatory T cell therapies: from patient data to biological insights
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1675114
PMID:41246323
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综述 | 本文综述了调节性T细胞(Treg)疗法在治疗自身免疫性疾病、炎症性疾病、移植物抗宿主病和促进器官移植耐受方面的应用,并探讨了如何从临床样本和数据中学习以优化Treg疗法 | 整合了临床样本数据与先进的多组学监测技术(如单细胞多组学分析、表观遗传分析和空间转录组学),以优化Treg疗法作为“活体药物” | NA | 优化调节性T细胞疗法,以建立跨多种临床环境的免疫耐受 | 调节性T细胞(Treg),包括多克隆、抗原特异性、转化型、TCR工程化和CAR工程化Treg | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病、炎症性疾病、移植物抗宿主病 | 单细胞多组学分析、表观遗传分析、空间转录组学 | NA | 临床样本数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 993 | 2026-04-10 |
A Strategy Involving Microporous Microneedles Integrated with CAR-TREM2-Macrophages for Scar Management by Regulating Fibrotic Microenvironment
2024-12, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202406153
PMID:39313983
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研究论文 | 本研究开发了一种结合微孔微针与CAR-TREM2-巨噬细胞的策略,通过调节纤维化微环境来管理疤痕 | 工程化构建了能够靶向DPP4成纤维细胞并调节疤痕微环境中内皮细胞亚型的CAR-TREM2-巨噬细胞,并首次将其与微孔微针递送系统结合用于疤痕治疗 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序分析,缺乏大规模的体内长期疗效和安全性验证 | 开发一种通过多因子调节疤痕微环境来抑制疤痕形成的有效治疗策略 | 皮肤损伤后的疤痕组织,重点关注DPP4阳性成纤维细胞、异质性血管内皮细胞和TREM2巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤疤痕 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 994 | 2026-04-10 |
Plasma proteomics of acute tubular injury
2024-Aug-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51304-x
PMID:39191768
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研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学分析,识别了与急性肾小管损伤严重程度相关的血浆生物标志物,并探讨了其在急性肾损伤中的关联 | 首次利用SomaScan蛋白质组学平台在活检证实的肾病患者中系统识别与ATI严重程度相关的血浆蛋白标志物,并整合区域转录组学、单细胞RNA测序及多队列验证 | 样本量相对有限(434例活检患者),且ATI标志物在更广泛人群中的预测效能仍需进一步验证 | 开发急性肾小管损伤的非侵入性生物标志物,用于早期检测和药物研发 | 肾病患者(活检证实)、急性肾损伤患者及COVID-19患者 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 蛋白质组学(SomaScan平台)、单细胞RNA测序、区域转录组学、通路分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、临床数据 | 活检队列434例,KPMP队列44例,ARIC队列4610例,CHROME队列268例 | SomaLogic | 蛋白质组学 | SomaScan | SomaScan蛋白质组学平台用于血浆蛋白标志物检测 |
| 995 | 2026-04-10 |
Harnessing Porphyrin Accumulation in Liver Cancer: Combining Genomic Data and Drug Targeting
2024-08-07, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14080959
PMID:39199347
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研究论文 | 本研究通过基因组数据和单细胞RNA测序,揭示了肝癌中血红素生物合成过程的异常,即“卟啉过度驱动”,导致中间代谢物积累,并探讨了靶向此过程的药物协同策略 | 首次在肝癌中发现“卟啉过度驱动”现象,将血红素中间代谢物积累与肿瘤生存及患者预后不良联系起来,并提出了靶向治疗的药物协同策略 | 研究主要基于体外概念验证数据,缺乏体内实验验证,且样本规模和临床转化潜力未明确说明 | 探究健康和癌变肝脏中血红素和卟啉代谢的差异,以识别肝癌治疗的新靶点 | 人类肝脏组织,包括健康肝脏和肝癌样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNAseq),转录组学分析 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 996 | 2026-04-10 |
Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory
2024-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-07011-6
PMID:38326616
|
研究论文 | 本研究利用空间和单细胞转录组学揭示了基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子结构 | 首次结合单细胞RNA测序和单分子空间转录组学技术,在完整脑切片中提供了长期记忆印迹的丰富空间图谱,并揭示了神经元与星形胶质细胞之间的协同作用 | NA | 阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子机制 | 基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 997 | 2026-04-10 |
Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites
2024-02-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj7481
PMID:38354249
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研究论文 | 本研究探讨了运动如何通过减少血流再循环并激活代谢转导酶SCD1来催化保护性脂质代谢物,从而改善血管内皮功能 | 首次揭示了运动通过调节血流动力学(如减少再循环和振荡剪切指数)并激活内皮SCD1酶,催化油酸和棕榈油酸等抗炎脂质代谢物,为血管保护提供新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中验证;SCD1的具体信号通路和长期效应需进一步探索 | 探究运动如何通过代谢转导酶SCD1介导血管保护作用,以改善心脏代谢疾病 | 野生型小鼠、内皮特异性SCD1敲除小鼠、高脂饮食诱导的小鼠模型以及小鼠主动脉组织 | NA | 心血管疾病 | 非靶向代谢组学分析、单细胞转录组学、计算机模拟分析、腺病毒转染 | NA | 代谢组数据、转录组数据、计算机模拟数据 | 未明确指定样本数量,涉及多种基因型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 998 | 2026-04-10 |
Hypoblast from human pluripotent stem cells regulates epiblast development
2024-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06871-2
PMID:38052228
|
研究论文 | 本研究通过遗传和非遗传方法从人类多能干细胞生成真正的下胚层细胞,并构建了模拟胚胎发育的三维双层结构 | 首次从人类多能干细胞生成真实的下胚层细胞,并成功构建了能模拟胚胎前后轴模式和前原肠胚阶段细胞形成的三维双层结构 | 研究受限于体外模型,可能无法完全复制体内胚胎发育的复杂性 | 研究人类胚胎发育过程中下胚层和滋养外胚层对胚胎发育的调控机制 | 人类多能干细胞、下胚层细胞、滋养外胚层细胞、三维双层结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 999 | 2026-04-10 |
TWO-SIGMA-G: a new competitive gene set testing framework for scRNA-seq data accounting for inter-gene and cell-cell correlation
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac084
PMID:35325048
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TWO-SIGMA-G的竞争性基因集测试框架,专门用于单细胞RNA测序数据,以解决基因间相关性和细胞间相关性的问题 | TWO-SIGMA-G采用了一种新颖的方法来调整基因集水平的基因间相关性,从而控制假阳性率,相比其他方法在存在基因间相关性时提高了统计功效 | NA | 开发一种用于单细胞RNA测序数据的竞争性基因集测试方法,以更准确地识别差异表达基因集 | 单细胞RNA测序数据,包括来自异种移植小鼠的HIV相关干扰素通路和人类阿尔茨海默病进展相关通路 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 混合效应回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1000 | 2026-04-10 |
Deep learning of gene relationships from single cell time-course expression data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab142
PMID:33876191
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的模型,用于从单细胞时间序列表达数据中预测基因间的相互作用 | 提出了一种新颖的单细胞RNA-Seq表达数据编码方法,并利用3D张量表示结合卷积和循环神经网络进行时间序列深度学习,以准确识别基因间的因果和调控关系 | 未明确提及具体的数据集大小或模型泛化能力的详细限制 | 从单细胞时间序列基因表达数据中推断基因间的调控和信号关系 | 基因间的相互作用,包括因果和调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-Seq | CNN, LSTM | 基因表达数据 | 在五个不同的时间序列单细胞RNA-Seq数据集上进行了测试 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |