单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-07-21	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643803 PMID:40166160	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和特定HMO浓度测量，揭示了人类乳腺细胞中母乳寡糖（HMO）的生物合成程序	鉴定了已知HMO合成基因在乳腺上皮细胞亚群中的差异表达模式，并提名了几个与HMO浓度变化相关的候选基因，同时发现了可能调控HMO生物合成基因表达的新基因模式和转录因子	研究仅基于单细胞RNA测序数据和有限的HMO浓度测量，未进行实验验证	揭示人类乳腺细胞中HMO的生物合成途径	人类乳腺细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及样本数量
982	2025-07-21	SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186344 PMID:40059829	research paper	该研究揭示了SUV39H1在维持胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）染色质状态和特性中的关键作用，并探讨了其作为治疗靶点的潜力	首次发现SUV39H1通过超级增强子介导的激活在GSCs中高表达，并证明其调控G2/M细胞周期进程、干细胞维持和细胞死亡通路	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq、全细胞RNA-seq、ATAC-seq	患者来源的异种移植模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量，但使用了患者来源的GSCs和异种移植模型
983	2025-07-21	Systematic evaluation of single-cell multimodal data integration for comprehensive human reference atlas 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.637075 PMID:40093094	研究论文	本文系统评估了单细胞多模态数据整合方法在构建全面人类参考图谱中的应用	开发了可解释的机器学习工具scOMM，并系统评估了数据整合策略，发现水平整合和垂直整合对细胞类型识别的不同影响	研究主要聚焦于肾脏皮层组织，在其他复杂组织中的适用性有待验证	评估单细胞多模态数据整合方法在构建人类参考图谱中的效果	肾脏皮层组织的单细胞数据	单细胞组学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq	scOMM (机器学习工具)	单细胞多模态组学数据	19名捐赠者的119,744个高质量核/细胞
984	2025-07-21	Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24666 PMID:39760224	综述	本文综述了关于小胶质细胞对阿尔茨海默病病理反应的'组学'研究方法和发现	综合应用多种组学技术揭示小胶质细胞在阿尔茨海默病中的异质性和分子模式变化	主要基于小鼠模型研究，人类组织研究数据有限	阐明小胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用	小胶质细胞在阿尔茨海默病中的反应	神经科学	阿尔茨海默病	转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
985	2025-07-21	An international perspective on the future of systemic sclerosis research 2025-Mar, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-024-01217-2 PMID:39953141	review	本文探讨了系统性硬化症（SSc）研究的未来国际视角，强调了该疾病的复杂性、当前研究的局限性以及新兴技术带来的机遇	综述了单细胞RNA测序、下一代测序、空间生物学等新兴技术在SSc研究中的应用潜力，以及全球合作和标准化协议的重要性	疾病分类、临床异质性以及缺乏可靠的生物标志物和动物模型是当前研究的主要挑战	推动系统性硬化症的诊断、治疗和护理方面的突破	系统性硬化症（SSc）患者	医学研究	系统性硬化症	单细胞RNA测序、下一代测序、空间生物学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组分析、人工智能	NA	分子生物学数据、临床数据	NA
986	2025-07-21	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了肺炎期间肺间充质细胞的转录组反应	首次全面描述了肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组变化，揭示了这些细胞的共同反应和特异性反应	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	阐明肺间充质细胞在肺炎期间的免疫活动	小鼠肺间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	来自不同处理组(naive、pneumonic、resolved)的小鼠肺间充质细胞
987	2025-07-21	Multiple Myeloma Insights from Single-Cell Analysis: Clonal Evolution, the Microenvironment, Therapy Evasion, and Clinical Implications 2025-Feb-14, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17040653 PMID:40002248	综述	本文综述了多发性骨髓瘤（MM）的复杂性及异质性，探讨了克隆进化、肿瘤微环境、治疗逃逸机制及其临床意义	利用单细胞技术（如单细胞转录组学、基因组学和多组学）深入解析MM的细胞水平异质性，识别罕见细胞群和耐药机制	单细胞技术成本高、数据复杂，且临床应用中存在生物信息学标准化和伦理问题	增强对MM进展机制的理解，优化个性化治疗策略并改善患者预后	多发性骨髓瘤（MM）及其微环境	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组学、单细胞基因组学、多组学	NA	单细胞数据	NA
988	2025-07-21	Suppressing recurrence in Sonic Hedgehog subgroup medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54861-3 PMID:39904981	research paper	研究OLIG2抑制剂CT-179在抑制Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发中的治疗潜力	首次证实CT-179通过破坏OLIG2二聚化、磷酸化和DNA结合，改变肿瘤细胞周期动力学，增加分化和凋亡，从而延长生存期并增强放疗效果	未明确提及研究样本量是否足够大，以及是否涵盖所有SHH-MB亚型	开发针对SHH亚型髓母细胞瘤中OLIG2+肿瘤干细胞的特异性治疗方案	SHH-MB移植器官样体、PDX和GEM SHH-MB模型	肿瘤治疗	髓母细胞瘤	scRNA-seq	PDX和GEM模型	转录组数据	NA
989	2025-07-21	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	研究论文	比较CD30L和OX40L在特应性皮炎中的作用，发现CD30L是一个有潜力的治疗靶点	首次提出CD30-CD30L轴作为特应性皮炎的新治疗靶点，并与已知的OX40-OX40L轴进行比较	研究主要基于小鼠模型，人类临床效果尚需进一步验证	探索CD30L作为特应性皮炎治疗靶点的潜力	特应性皮炎患者皮肤病变样本和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠AD模型	RNA-seq数据	多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型
990	2025-07-21	BRD4 inhibition rewires cardiac macrophages toward a protective phenotype marked by low MHC class II expression 2025-Feb-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00438.2024 PMID:39716819	research paper	研究BRD4抑制如何通过改变心脏巨噬细胞的表型，减少炎症反应并促进心脏修复	揭示了BRD4抑制通过调控巨噬细胞的MHC-II表达和NF-κB信号通路，促进心脏修复的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索BET抑制剂JQ1改善心脏结构和功能的细胞机制	心脏巨噬细胞和单核细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	小鼠缺血/再灌注损伤模型	基因表达数据	小鼠心脏组织及培养的巨噬细胞
991	2025-07-21	Variants and vaccines impact nasal immunity over three waves of SARS-CoV-2 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02052-z PMID:39833605	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2变体和宿主疫苗接种状态如何影响人类鼻黏膜的细胞反应	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了Delta和Omicron变体感染下鼻黏膜的细胞组成变化，并比较了疫苗接种对细胞反应的影响	研究样本可能不足以代表所有人群，且未考虑其他潜在影响因素	了解SARS-CoV-2不同变体和疫苗接种状态对鼻黏膜免疫反应的影响	接种和未接种疫苗的成年人鼻咽拭子样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	来自Delta和Omicron感染患者的鼻咽拭子样本，并与原始SARS-CoV-2感染数据整合
992	2025-07-21	Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030445 PMID:39941811	研究论文	本研究利用稳健的集成机器学习方法，训练了一个基于基因微阵列数据的模型，能够在RNA-seq和潜在的单细胞RNA-seq等多平台上进行预测	利用‘遗留数据’训练模型，实现跨平台预测，并发现性别特异性预测特征	预测特征仅对女性患者有效，男性患者结果出乎意料	验证性别与胶质母细胞瘤治疗反应的关联	胶质母细胞瘤患者	机器学习	胶质母细胞瘤	基因微阵列, RNA-seq, 潜在的单细胞RNA-seq	集成机器学习	基因表达数据	NA
993	2025-07-21	Mechanism of enhancing chemotherapy efficacy in pancreatic ductal adenocarcinoma with paricalcitol and hydroxychloroquine 2025-Jan-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101881 PMID:39730001	研究论文	探讨帕立骨化醇和羟氯喹在增强胰腺导管腺癌化疗效果中的分子机制	首次揭示了帕立骨化醇和羟氯喹联合使用通过调节自噬和内质网应激相关转录物，增强吉西他滨对胰腺导管腺癌的治疗效果	研究主要基于体外和小鼠模型，临床样本量有限	阐明帕立骨化醇和羟氯喹联合使用增强胰腺导管腺癌对吉西他滨敏感性的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤学	胰腺癌	蛋白质组学、单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	分子生物学数据、临床数据	体外实验、原位小鼠模型、患者来源的异种移植模型(PDX)及临床试验(NCT04524702)中的配对活检样本
994	2025-07-21	Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche 2025-01-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008 PMID:39706176	研究论文	本研究揭示了人类角膜缘干细胞微环境中前体细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征	首次发现角膜缘上皮前体细胞和黑色素细胞表面存在低AAL结合特性，并证实岩藻糖基化调控对干细胞增殖潜能的影响	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探究成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞自我更新和分化中的作用	人类角膜缘、毛囊上皮和睑板腺导管的分层上皮基底细胞	干细胞生物学	眼科疾病	荧光激活细胞分选技术、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	人类角膜缘组织样本
995	2025-07-21	Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2025-Jan-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97981 PMID:39804687	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态	研究主要基于小鼠模型，人类脂肪组织的适用性尚需验证	探究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞分子机制	小鼠脂肪组织中的各种细胞类型	基因组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	多种小鼠脂肪组织样本
996	2025-07-21	Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures 2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631928 PMID:39829741	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了类风湿性关节炎滑膜中的异位淋巴结构，并开发了一种名为DeepTopics的无参考解卷积方法	开发了DeepTopics方法，用于从空间转录组数据中识别疾病相关的微环境，并揭示了类风湿性关节炎滑膜中异位淋巴结构的两种不同细胞模式	研究样本量较小，仅包括6名患者的8个滑膜组织样本	揭示类风湿性关节炎滑膜中细胞类型的相互作用及微环境对细胞状态的影响	类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	空间转录组学(ST)	Dirichlet变分自编码器	空间转录组数据	6名患者的8个滑膜组织样本
997	2025-07-21	scProAtlas: an atlas of multiplexed single-cell spatial proteomics imaging in human tissues 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae990 PMID:39526396	研究论文	本文介绍了一个名为scProAtlas的多重单细胞空间蛋白质组学成像图谱，旨在帮助用户全面理解不同组织类型在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景	构建了一个全面的空间蛋白质组学功能注释知识库，整合了多种分析模块和多模态数据，提供了详细的空间功能注释	空间蛋白质组学检测的蛋白数量相比空间转录组学有限	研究组织在单细胞分辨率和多尺度下的空间结构	人类组织中的单细胞空间蛋白质组学数据	数字病理学	NA	空间蛋白质组学成像技术	NA	空间蛋白质组学成像数据	17,468,394个细胞，来自945个感兴趣区域，涵盖15种组织的8种空间蛋白质成像技术数据
998	2025-07-21	Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620550 PMID:39554066	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中长链非编码RNA（lncRNA）的空间表达模式	首次在老年人大脑中绘制了lncRNA的空间表达图谱，并揭示了lncRNA在AD发病机制中的潜在功能作用	样本量相对较小（21名参与者），且仅分析了背外侧前额叶皮层	探索lncRNA在阿尔茨海默病发病机制中的空间表达模式和功能作用	21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学	统计建模	转录组数据	21名参与者的78个大脑切片
999	2025-07-21	Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis 2025-Jan, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032 PMID:39236896	研究论文	本研究通过小鼠模型和人类参与者，探究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引发的胃化生细胞的差异及其与癌症风险的关系	发现了一种与癌症相关的新型化生细胞亚型，该亚型在幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中均存在，并表达癌症相关生物标志物ANPEP/CD13	研究样本量未明确说明，且仅针对两种特定胃炎类型进行研究	探究幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引发的胃化生细胞的差异及其与癌症风险的关系	小鼠模型和人类胃活检样本	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学、免疫荧光	NA	转录组数据、组织病理学图像	未明确说明（包括小鼠模型和人类活检样本）
1000	2025-07-21	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析糖尿病对大鼠视网膜不同细胞类型的转录变化，揭示了Müller胶质细胞通过Zfp36基因发挥保护作用的机制	首次发现Müller胶质细胞通过Zfp36基因在糖尿病视网膜病变中发挥保护作用，并验证了该基因的过表达可以减缓病变发展	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病视网膜病变中细胞特异性反应的分子机制	大鼠视网膜细胞（特别是Müller胶质细胞、视杆细胞和无长突细胞）	分子生物学	糖尿病视网膜病变	单细胞转录组学、腺相关病毒工具	NA	转录组数据	糖尿病大鼠模型视网膜细胞