单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-05-27	Metabolic modeling elucidates phenformin and atpenin A5 as broad-spectrum antiviral drugs against RNA viruses 2025-May-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08148-y PMID:40410544	研究论文	该研究通过计算工作流程分析病毒感染期间的细胞代谢，预测了细胞支持SARS-CoV-2病毒粒子生产的能力，并发现了支持病毒复制的代谢途径	利用scRNA-Seq数据开发计算工作流程，识别了潜在的广谱抗病毒药物，如phenformin和atpenin A5	研究主要基于计算预测和体外实验，体内实验仅在叙利亚仓鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	开发广谱抗病毒疗法，应对RNA病毒如SARS-CoV-2、流感A和登革热病毒的感染	SARS-CoV-2、流感A病毒、登革热病毒和呼吸道合胞病毒	计算生物学	病毒感染	scRNA-Seq	计算工作流程	单细胞RNA测序数据	NA
982	2025-05-27	Machine learning explores the prognostic and immuno-oncological impact of mitochondrial unfolded protein response in CESC 2025-May-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02723-9 PMID:40410615	research paper	该研究利用机器学习分析线粒体未折叠蛋白反应（UPRmt）基因在宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）中的预后和免疫肿瘤学影响	发现ATF5作为UPRmt基因中最显著的预后因素，并揭示了其通过调节P-stalk核糖体功能影响肿瘤免疫微环境的新机制	研究基于TCGA数据库，需要进一步实验验证ATF5的具体作用机制	探索UPRmt在CESC中的预后价值和免疫调节作用	宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌（CESC）患者	machine learning	cervical cancer	单细胞RNA测序，基因集富集分析，药物敏感性分析	NA	多组学数据（包括基因组、转录组等）	TCGA数据库中的CESC样本
983	2025-05-27	GPx3 marks adipocyte lineage commitment in bone marrow stromal cells 2025-May-23, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-05908-8 PMID:40410842	research paper	该研究通过转录组分析揭示了GPx3在骨髓基质细胞向脂肪细胞谱系定向分化中的关键作用	首次发现GPx3在骨髓脂肪形成过程中特异性上调，并证实其通过调控氧化应激通路影响骨髓基质细胞分化命运	研究主要基于体外实验和已有数据集分析，缺乏体内功能验证	探究骨髓脂肪组织形成和扩展的分子机制	骨髓基质细胞(BMSCs)及其分化过程	分子生物学	骨质疏松症	转录组分析、scRNA-seq、RNA干扰	NA	转录组数据	公共数据集和体外培养的骨髓基质细胞
984	2025-05-27	Spatial transcriptomics reveal high T cell and monocyte status as predictive and prognostic markers in pancreatic cancer 2025-May-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06599-9 PMID:40410886	研究论文	本研究旨在发现胰腺导管腺癌（PDAC）的预测或预后因素，通过数字空间分析（DSP）和免疫组化（IHC）分析比较了直接手术（UFS）与新辅助FOLFIRINOX化疗后手术（NAT）的病例，以及NAT反应良好与不良的病例	发现MFAP4和EGR3的高表达以及高CD3、CD4和CD8阳性细胞浸润可能是PDAC对NAT反应的预测标志物，同时高单核细胞浸润和高CD68阳性细胞浸润可作为PDAC的预后标志物	样本量较小（48例PDAC病例），且未明确说明是否进行了外部验证	探索PDAC的预测和预后标志物	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	数字空间分析（DSP）、免疫组化（IHC）分析	NA	组织微阵列数据	48例PDAC手术切除病例
985	2025-05-27	CD4+ tissue-resident memory Th17 cells are a major source of IL-17A in Spondyloarthritis synovial tissue 2025-May-23, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.018 PMID:40413112	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间RNA分析，确定了CD4+组织驻留记忆Th17细胞是脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的主要来源	首次发现CD4+CXCR6+ TRM17细胞是脊柱关节炎滑膜中自发产生IL17A的主要细胞，并揭示了BRD1在TRM17细胞生成中的关键作用	样本量较小（AxSpA n=5，PsA n=6），且主要关注IL-17A的产生机制	确定脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的细胞来源及其调控机制	脊柱关节炎患者的滑膜组织和血液记忆CD4+ T细胞	免疫学	脊柱关节炎	scRNA-seq, 空间RNA分析, CellPhoneDB, siRNA, CRISPR	NA	RNA测序数据	AxSpA患者5例，PsA患者6例（scRNA-seq）；PsA患者4例（空间RNA分析）
986	2025-05-27	Etiology-based Molecular Characterization of Hepatocellular Carcinoma Reveals SQLE's Contribution to Immunosuppressive Microenvironment 2025-May-22, Current cancer drug targets IF:2.3Q3 DOI:10.2174/0115680096370558250514063841 PMID:40415319	研究论文	本研究通过基于病因的分子特征分析，揭示了SQLE在肝细胞癌免疫抑制微环境中的作用	首次全面探索了肝细胞癌的泛病因分子特征，并发现SQLE在病毒性肝炎相关HCC中的过表达与不良临床结果及免疫抑制微环境相关	研究主要基于TCGA数据库，缺乏独立验证队列	探索HCC的病因特异性特征并揭示潜在治疗靶点	肝细胞癌(HCC)患者	癌症基因组学	肝细胞癌	RNA-seq, 单细胞转录组, 空间转录组	NA	基因组数据, 转录组数据, 临床数据	TCGA-LIHC队列数据
987	2025-05-27	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-May-21, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型的骨转移生态系统，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并揭示了这些原型与起源组织的相关性较低	样本量相对较小（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究不同癌症类型骨转移的分子和细胞特征	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞测序	骨转移	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学染色、生物信息学分析	NA	单细胞RNA测序数据、组织切片图像、批量RNA测序/微阵列数据	42例骨转移样本（来自8种癌症类型）和158例骨转移样本（来自超过10种癌症类型）的验证数据集
988	2025-05-27	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，实现了人多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流控设备中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外模型和小鼠移植实验，尚未在人体中进行验证	探索血管化对干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响及其机制	人多能干细胞来源的胰岛类器官(SC-islets)、人原代内皮细胞(ECs)和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微流控技术	三维血管化类器官模型	基因表达数据、钙信号数据	未明确说明具体样本数量，涉及人多能干细胞、人原代内皮细胞和成纤维细胞
989	2025-05-27	Single-cell dynamics of breakthrough toxicities after anakinra prophylaxis for axicabtagene ciloleucel in lymphoma 2025-May-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015161 PMID:39928957	research paper	研究探讨了使用每日一次预防性阿那金拉（anakinra）预防淋巴瘤患者接受axicabtagene ciloleucel治疗时出现的细胞因子释放综合征（CRS）和神经毒性（NT）的效果	首次结合单细胞RNA测序技术，揭示了阿那金拉预防下突破性CRS和NT的分子免疫信号机制，特别是干扰素γ（IFN-γ）通路的显著富集	每日一次预防性阿那金拉在大多数患者中不足以预防需要住院治疗的毒性反应	探索预防CAR-T细胞疗法相关毒性的新策略，以实现门诊治疗和管理	接受axicabtagene ciloleucel治疗的大细胞淋巴瘤患者	免疫治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、外周血细胞因子水平	未明确提及具体样本量，但涉及接受CAR-T治疗的患者群体
990	2025-05-27	Paired mutation calling and spatial transcriptomics identify cellular neighbourhoods dictating the neoplastic outcome of colitis 2025-May-08, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6401505/v1 PMID:40386410	研究论文	通过配对突变检测和空间转录组学，研究细胞微环境如何影响炎症性肠病向癌症转变过程中突变克隆的选择和扩展	结合谱系追踪、建模、突变分析和空间转录组学，揭示了修复性组织环境如何促进促癌克隆的选择和扩展	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究炎症性肠病向癌症转变过程中突变克隆的选择和扩展机制	小鼠模型中的炎症性肠病相关肿瘤发生过程	空间转录组学	炎症性肠病	谱系追踪、建模、突变分析、空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
991	2025-05-27	Constructing a cross-tissue human knee single-cell atlas identified osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-May-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6247502/v1 PMID:40386432	研究论文	构建了一个跨组织的人类膝关节单细胞图谱，发现骨关节炎减少了再生组织干细胞，同时增加了炎症性疼痛巨噬细胞	首次构建了全面的单细胞RNA测序膝关节骨关节炎图谱，揭示了组织间活跃的通讯机制	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及功能验证实验	探究骨关节炎在膝关节中的跨组织分子机制	人类膝关节组织（关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种膝关节组织样本（具体数量未明确说明）
992	2025-05-27	Blocking the HIF-1α/glycolysis axis inhibits allergic airway inflammation by reducing ILC2 metabolism and function 2025-May, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16361 PMID:39462230	research paper	研究探讨了HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的作用及其调控机制	揭示了HIF-1α通过调控糖酵解影响ILC2的功能和代谢，从而在过敏性气道炎症中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证相对有限	探究HIF-1α/糖酵解轴在ILC2介导的过敏性气道炎症中的调控机制	小鼠和人类的ILC2细胞	免疫学	哮喘	单细胞测序、qPCR、转录组分析、代谢分析、染色质免疫沉淀	条件性HIF-1α缺陷小鼠模型	基因表达数据、代谢数据	小鼠和人类ILC2细胞样本
993	2025-05-27	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma 2025-May, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028 PMID:40064358	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序分析，识别APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期停滞的生物标志物和治疗靶点	首次将APOC1识别为胆管癌G0/G1期停滞的特征基因，并通过抑制Wnt/β-catenin信号通路验证其功能	APOC1诱导G0/G1期停滞的具体分子机制尚未完全阐明	探索胆管癌中G0/G1期停滞细胞的生物标志物及其分子机制	胆管癌细胞	癌症研究	胆管癌	bulkRNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
994	2025-05-27	Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing 2025-May, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040 PMID:40139473	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了健康人膝关节韧带中不同解剖部位成纤维细胞的异质性	鉴定了可能与膝关节韧带解剖相关的三个成纤维细胞亚群，并揭示了它们的分化关系，以及可能与膝关节韧带解剖功能相关的FTH1/FTL_SCARA5信号通路	研究仅针对健康受试者，未涉及膝关节韧带疾病患者	研究膝关节韧带的生理功能和特性，以及不同部位韧带结构与功能的关系	15名健康受试者的膝关节韧带细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约106,077个细胞，来自15名健康受试者
995	2025-05-27	NAE1 protein: a prognostic, immunomodulatory, and therapeutic biomarker associated with neddylation in hepatocellular carcinoma 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143539 PMID:40300298	研究论文	本研究探讨了NAE1蛋白作为肝细胞癌（HCC）的预后、免疫调节和治疗生物标志物的潜力	首次将NAE1确定为HCC预后最显著的neddylation相关基因，并通过多种方法验证其作为独立风险因素和免疫调节因子的作用	未明确说明样本量大小，且研究结果需要进一步的临床验证	探索NAE1作为HCC的新型生物标志物和治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者和HCC细胞系	癌症研究	肝细胞癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接	Cox回归模型、nomogram预测模型	基因表达数据、临床数据	NA
996	2025-05-27	[The effects of resveratrol on osteosarcoma cells: Regulation of the interaction between JAK2/STAT3 signaling pathway and tumor immune microenvironment] 2025-May, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:40415621	研究论文	研究白藜芦醇对骨肉瘤肿瘤微环境的影响及其通过调节JAK2/STAT3信号通路与肿瘤免疫微环境相互作用的机制	揭示了白藜芦醇通过抑制JAK2/STAT3信号通路促进CD8 T细胞浸润的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索白藜芦醇在骨肉瘤治疗中的潜在作用	LM8骨肉瘤细胞和C57BL/6小鼠模型	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞测序、免疫组化、Western blotting	C57BL/6异种移植小鼠模型	测序数据、蛋白质印迹数据、免疫组化数据	未明确说明样本数量的小鼠模型
997	2025-05-27	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）在早期阶段的转录变化及其对粒细胞生成的贡献	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现了非谱系定向的MPPs向髓系和红系偏向祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中不同MPP亚群的作用	野生型小鼠的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型小鼠的MPPs
998	2025-05-27	A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513 PMID:40178979	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和计算分析，构建了一个心肺祖细胞在发育过程中的时空细胞图谱	揭示了Wnt2心肺祖细胞衍生细胞谱系的多样性，包括所有肺中胚层谱系、心室心肌细胞、心外膜和心包细胞	研究仅追踪了E8.5时期的Wnt2心肺祖细胞，可能未涵盖其他发育阶段的祖细胞	阐明心肺祖细胞在器官发育过程中的分配机制	小鼠胚胎中的Wnt2表达心肺祖细胞及其衍生细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪, 计算分析	NA	单细胞转录组数据, 空间映射数据	E8.5小鼠胚胎中的Wnt2心肺祖细胞及其发育过程中的衍生细胞
999	2025-05-27	Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones 2025-03-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001 PMID:39615481	研究论文	本研究探讨了海葵在局部再生过程中全身组织重塑的系统性协调机制	揭示了局部再生触发全身稳态反应的机制，并发现金属蛋白酶在其中的关键作用	研究仅在海葵中进行，尚未在其他生物体验证	理解再生过程中全身反应的协调机制	海葵(Nematostella vectensis)的再生过程	发育生物学	NA	空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像	NA	分子表达数据、影像数据	NA
1000	2025-05-27	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2025-02-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	研究论文	本文阐明了Frizzled5（Fzd5）在小鼠肠道上皮细胞命运决定中的关键作用，通过调控染色质可及性来影响肠道上皮的可塑性	揭示了Fzd5通过组织染色质可及性调控肠道上皮细胞可塑性的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究Fzd5在肠道上皮细胞可塑性调控中的作用	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5标记的肠道干细胞（ISCs）和Krt19细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA