单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-07-22	Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02503-3 PMID:39849132	研究论文	本文提出了一种名为GASTON的无监督深度学习算法，用于解析空间转录组数据中的基因表达模式	引入了isodepth概念，通过深度学习同时学习空间梯度和分段线性表达函数，有效识别空间域和标记基因	未提及具体的数据稀疏性处理限制或算法适用范围限制	开发能够解析空间转录组数据中基因表达模式的深度学习算法	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	深度学习神经网络	基因表达数据	多个组织样本（具体数量未提及）
982	2025-07-22	Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics 2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029 PMID:39919554	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，系统地表征了小鼠肝脏中药物处理基因（DPGs）在不同细胞类型和区域的分布	首次系统地描述了药物处理基因在肝脏不同细胞类型和区域中的基线mRNA富集情况，揭示了非实质细胞和区域1肝细胞在异生物质生物转化中的潜在作用	研究仅基于小鼠肝脏数据，未涉及人类肝脏或其他物种的验证	阐明肝脏中药物代谢酶、转运体和转录因子的细胞类型特异性和区域分布	小鼠肝脏中的不同细胞类型（肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、Kupffer细胞、星状细胞、肌成纤维细胞等）和三个区域（门静脉周围区、中间区和中央静脉周围区）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据	已发表的小鼠单细胞和核转录组数据集
983	2025-07-22	Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions 2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00798-0 PMID:39876020	综述	本文综述了阿尔茨海默病中血管细胞的细胞特异性转录特征及其在靶向治疗中的意义	利用高通量单细胞转录组技术深入研究人脑血管细胞及其亚型在阿尔茨海默病中的转录异质性	研究主要基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的细胞行为	探讨阿尔茨海默病中血管细胞的转录特征及其与神经胶质单元的细胞间通讯	人脑血管细胞（内皮细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞和周细胞）及其亚型	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、单核转录组学、空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
984	2025-07-22	Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease 2025-Jan-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298 PMID:39879321	研究论文	本研究探讨了急性移植物抗宿主病（aGVHD）中组织特异性T细胞免疫反应的机制	揭示了肺和肝脏中T细胞转录程序的差异及其与克隆扩增的关系，表明其独立于抗原特异性	研究基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究组织特异性微环境在aGVHD中T细胞编程中的作用	非人灵长类动物模型中的T细胞	免疫学	急性移植物抗宿主病（aGVHD）	多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序	NA	转录组数据、单细胞数据	非人灵长类动物模型
985	2025-07-22	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	meta-analysis	通过整合小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优传输方法比较了跨物种上皮细胞群的转录组相似性	研究主要基于单细胞转录组数据，可能忽略了其他层次的生物学信息	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	整合了新的和先前发表的小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据集
986	2025-07-22	Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer 2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00485-8 PMID:39794360	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的动态深度学习模型TraCSED，用于模拟克隆选择过程并揭示乳腺癌治疗中的耐药机制	开发了TraCSED模型，能够识别与克隆选择相关的可解释基因程序及其时间点，揭示了传统差异分析方法未能发现的耐药机制	仅针对两种特定药物(giredestrant和palbociclib)的耐药机制进行了研究，可能无法涵盖所有乳腺癌耐药情况	研究乳腺癌细胞转录异质性及其对治疗反应的影响，揭示耐药机制	乳腺癌细胞及其克隆群体	机器学习	乳腺癌	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	Transformer	单细胞基因表达数据	NA
987	2025-07-22	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	该研究通过整合单细胞测序和空间转录组学数据，构建了甲状腺癌进展的图谱，并识别了与疾病进展相关的成纤维细胞亚群	结合单细胞测序和空间转录组学技术，首次定义了甲状腺癌中不同的成纤维细胞亚群及其在肿瘤侵袭和去分化中的作用	研究可能受限于样本数量和特定甲状腺癌亚型的代表性	探索甲状腺癌进展过程中肿瘤细胞与基质细胞的相互作用及其对疾病发展的影响	甲状腺癌患者样本中的肿瘤细胞和基质细胞	数字病理学	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组学, bulk RNA测序	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但包括多种甲状腺癌亚型的样本
988	2025-07-22	CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data 2025-Jan-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739 PMID:39788105	研究论文	本文提出了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于在大规模单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序	开发了CSI-GEP方法，显著优于包括基于GPT的神经网络在内的前沿方法，能够在大规模scRNA-seq数据集中恢复真实的基因表达程序	未提及具体限制	改进单细胞RNA测序数据的探索性分析方法，以更好地保留数据的结构	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	无监督学习	基因表达数据	220万个小鼠脑细胞及人类肿瘤和细胞系的整合scRNA-seq图谱
989	2025-07-22	Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623 PMID:39772774	研究论文	研究缺氧诱导因子2（HIF2）在重复损伤后肺泡再生中的调控作用及其在特发性肺纤维化（IPF）治疗中的潜在应用	发现HIF2信号在异常上皮细胞中的持续激活，并通过基因和药物抑制HIF2促进肺泡修复	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探索HIF2在IPF及其他间质性肺疾病中肺泡修复的分子机制和治疗潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型的肺上皮细胞	分子生物学与病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因谱系追踪、小鼠肺泡器官培养	小鼠模型、人类远端肺器官培养	基因表达数据、转录组数据	IPF患者和小鼠模型的肺组织样本
990	2025-07-22	YAP Overcomes Mechanical Barriers to Induce Mitotic Rounding and Adult Cardiomyocyte Division 2025-Jan-07, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.066004 PMID:39392007	研究论文	研究YAP5SA如何克服机械屏障诱导成年心肌细胞的有丝分裂圆化和分裂	揭示了YAP5SA通过克服心肌微环境的机械约束诱导有丝分裂圆化和细胞分裂的新机制	研究主要基于YAP5SA过表达模型，可能不完全反映生理条件下的情况	探索成年哺乳动物心肌细胞周期停滞的维持机制	成年哺乳动物心肌细胞	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、克隆分析、标记基因分析	YAP5SA过表达模型	基因表达数据、功能研究数据	未明确说明具体样本数量，使用YAP5SA心肌细胞克隆进行分析
991	2025-07-22	A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177793 PMID:39744938	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，对人类脑脊液中的免疫细胞进行了全面分析，构建了一个包含多种神经系统疾病的免疫细胞参考数据库	发现了一个新的AREG+树突状细胞亚群，该亚群仅存在于脑脊液中且在多发性硬化症患者中更为丰富	研究依赖于公开数据集和自身研究的整合，可能存在数据异质性问题	阐明神经系统疾病的病理生理学机制	人类脑脊液和血液中的免疫细胞	单细胞转录组学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	139名受试者（包括135份脑脊液样本和58份血液样本）
992	2025-07-22	Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease 2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241299119 PMID:39584353	研究论文	本研究利用空间基因表达技术探索了早期阿尔茨海默病模型中背缝核（DRN）基因表达的空间差异，并发现了与疾病相关的特定基因和亚区域	首次在阿尔茨海默病模型中应用Visium空间基因表达平台，揭示了DRN亚区域在疾病发展中的差异性，并发现长链非编码RNA Map2k3os可能与tau磷酸化调控相关	研究依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况，且需要进一步验证Map2k3os的具体作用机制	探索5-HT神经元对阿尔茨海默病病理易感性或抵抗性的潜在遗传因素	人tau过表达小鼠（htau小鼠）的背缝核（DRN）	神经科学	阿尔茨海默病	Visium空间基因表达平台、RNAscope、免疫组织化学评估	htau小鼠模型	空间转录组数据、图像数据	未明确说明，使用htau小鼠作为研究对象
993	2025-07-22	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	研究论文	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，细化乳腺癌遗传风险和生物学	识别了332个独立的乳腺癌风险关联信号，包括131个先前未报告的信号，并对其中50个信号将可信因果变异缩小到单一变异	NA	细化乳腺癌遗传风险和生物学	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照的基因组关联研究数据	基因组学	乳腺癌	基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、体外实验	NA	基因组数据	172,737名病例和242,009名对照
994	2025-07-22	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究多发性骨髓瘤患者轻链逃逸前后的肿瘤亚群及其基因表达差异	首次使用单细胞RNA测序揭示轻链逃逸现象背后的转录组亚群，并发现LAMP5过表达与骨溶解性病变风险相关	研究仅基于一个患者的样本，结果需要更大规模的研究验证	理解多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的生物学基础及其临床意义	多发性骨髓瘤患者的骨髓活检样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 体外药物敏感性测试	NA	RNA测序数据	一个患者的多个时间点骨髓活检样本(诊断时、首次复发、复发/难治阶段)
995	2025-07-22	Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues 2025, BME frontiers IF:5.0Q1 DOI:10.34133/bmef.0110 PMID:40084126	研究论文	开发了一种名为3D-spaGNN-E的方法，用于发现亚细胞基因邻近关系并识别细胞间通讯中的关键亚细胞模式	结合3D成像空间转录组学和基于图的深度学习，首次在3D空间中解析亚细胞基因邻近关系	NA	研究细胞间通讯中的亚细胞基因邻近关系	间充质干细胞、外周血单核细胞、星形胶质细胞和神经元	空间转录组学	NA	3D成像空间转录组学、MERFISH	图自动编码器	3D空间转录组数据	间充质干细胞水凝胶培养物、MSC-PBMC共培养系统、小鼠下丘脑和皮层组织
996	2025-07-22	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发适用于多种组织和肿瘤类型的分子和蛋白质友好型脱钙协议，以及构建多癌种组织微阵列（TMA），实现了对空间蛋白质组学和转录组学数据的系统性质量评估	开发了一种分子和蛋白质友好型脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于有效的空间蛋白质组学和转录组学研究，并构建了多癌种组织微阵列（TMA）	研究中未提及样本量的具体数据，且可能受限于特定技术平台（如PhenoCycler-Fusion和Xenium）的可用性	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的分析前挑战	多癌种组织微阵列（TMA）和FFPE骨髓核心样本	空间生物学	多癌种	PhenoCycler高多重免疫组化（IHC）、Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	NA
997	2025-07-22	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	本文通过RNA测序技术研究了哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	首次全面测序了哮喘诱导下肺神经免疫景观的变化，并揭示了基因在迷走神经节中的空间分布模式	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	小鼠迷走神经节和肺组织	生物医学	哮喘	RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	使用naïve小鼠和经链格孢菌诱导哮喘的小鼠
998	2025-07-22	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	本研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶点，并开发了一种针对claudin-4的肽类分子成像剂	首次将空间转录组学和蛋白质组学应用于PDAC分子靶点的筛选，并开发了针对claudin-4的新型分子成像剂	研究仅基于人类手术样本，未涉及动物模型或临床试验验证	开发胰腺导管腺癌的分子成像靶点和诊断方法	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和正常胰腺组织	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET成像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
999	2025-07-22	Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629499 PMID:39763713	研究论文	本研究探讨了肺成纤维细胞在烟曲霉感染期间的激活如何通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御	揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的新型保护作用及其通过免疫调节和增强ECM分泌能力限制肺部损伤的机制	研究未详细探讨成纤维细胞激活的具体分子机制及其在不同免疫状态下的长期影响	探究肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的功能响应及其对宿主防御的作用	烟曲霉感染的肺成纤维细胞	免疫学	侵袭性曲霉病	细胞谱系追踪、靶向细胞消融、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	免疫正常和免疫抑制宿主的肺组织样本
1000	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-12-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01906-9 PMID:39696694	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平逆转放疗引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的治疗方法	接受颅脑放疗的小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、行为数据	接受9 Gy颅脑放疗的成年小鼠，部分接受RZ治疗（13 mg/kg，饮用水）6-7周