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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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981 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for large/giant congenital melanocytic nevi
2025-Sep-20, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf360
PMID:40974031
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了大/巨型先天性黑色素细胞痣的转录组景观和潜在治疗靶点 | 首次在L/GCMN研究中应用单细胞技术,发现TBX2作为黑色素细胞亚群的核心转录因子,并鉴定PTN-PTPRZ1和IGF1-IGF1R信号通路的异常激活 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明L/GCMN皮肤微环境中细胞的转录组特征,探索黑色素细胞病理变化的关键分子机制 | L/GCMN患者的病变和非病变皮肤样本,健康皮肤样本,原代痣黑色素细胞 | 单细胞转录组学 | 先天性黑色素细胞痣 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质印迹, qRT-PCR, 免疫组织化学, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 蛋白质表达数据 | L/GCMN患者和健康对照的皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
982 | 2025-10-05 |
Single-cell profiling of peripheral and local immune compartments reveal unique genotype-independent prognostic immune signatures across IDH-stratified glioma
2025-Sep-20, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf206
PMID:40974256
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析IDH突变型和野生型胶质瘤的局部与外周免疫环境,揭示基因型独立的预后免疫特征 | 首次系统比较胶质瘤局部与外周免疫 compartments,发现独特的GZMH+ CD8+ T细胞群和具有补体交互特征的微胶质样细胞 | 样本量较小(18例患者),需要更大规模验证 | 表征IDH分层胶质瘤的免疫微环境特征及其预后价值 | IDH突变型和野生型胶质瘤患者 | 单细胞基因组学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 18例胶质瘤患者(6例IDH突变型,12例IDH野生型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
983 | 2025-10-05 |
HIF-1α-induced microglia-mediated neuroinflammation is involved in Alzheimer's disease: Evidence from single-cell transcriptomic analysis
2025-Sep-19, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877251378007
PMID:40971318
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了HIF-1α调控的小胶质细胞亚群在阿尔茨海默病神经炎症中的作用 | 首次识别出具有炎症-血管生成转录特征的微胶质细胞亚群microglia_2,并证实HIF-1α是其关键调控因子 | 研究主要基于5×FAD小鼠模型,在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究阿尔茨海默病中小胶质细胞亚群的多样性及其致病活性的调控机制 | AD患者和5×FAD小鼠模型的微胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, SCENIC分析, 伪时间轨迹分析 | NA | 基因表达数据 | AD患者和5×FAD小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
984 | 2025-10-05 |
Cancer-associated fibroblasts drive lung adenocarcinoma progression via THBS2-mediated epithelial-mesenchymal transition
2025-Sep-19, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03569-9
PMID:40973793
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研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞通过THBS2介导的上皮-间质转化驱动肺腺癌进展的机制 | 首次发现高表达THBS2的基质CAF亚型在肺腺癌进展中的关键作用,并阐明THBS2-SDC4-EMT信号轴 | NA | 解析肺腺癌进展过程中肿瘤-基质相互作用的动态变化 | 人肺腺癌组织样本,包括原位腺癌、微浸润腺癌和浸润性腺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫组化 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
985 | 2025-10-05 |
The tumor-associated fibroblasts regulate urothelial carcinoma progression
2025-Sep-19, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaf032
PMID:40973873
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研究论文 | 通过单细胞测序和空间转录组技术构建上尿路尿路上皮癌微环境图谱,揭示肿瘤相关成纤维细胞在癌症进展中的作用 | 首次构建UTUC的全面微环境图谱,发现myCAFs亚群与不同恶性程度上皮细胞的相互作用机制 | CAFs在UTUC发展中的具体调控机制仍需进一步验证 | 研究肿瘤相关成纤维细胞对上尿路尿路上皮癌进展的调控作用 | 上尿路尿路上皮癌组织和细胞 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组测序,免疫荧光芯片 | 风险模型,层次聚类 | 基因表达数据,空间转录组数据,免疫荧光数据 | UTUC患者队列 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | Stereo-seq空间增强分辨率组学测序技术 |
986 | 2025-10-05 |
Bone marrow B lymphopoiesis accelerates early cerebral amyloid pathology
2025-Sep-18, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02419-0
PMID:40962797
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓B淋巴细胞生成通过IL-6信号通路加速早期脑淀粉样蛋白病理的机制 | 首次发现Aβ在AD患者颅骨骨髓中积累,并证实骨髓来源的年龄相关B细胞通过增强小胶质细胞反应性加剧AD神经病理 | 研究主要基于小鼠AD模型,人类样本验证有限 | 探究骨髓造血系统改变在阿尔茨海默病神经炎症和脑Aβ病理中的作用 | AD患者骨髓样本、5×FAD和APP/PS1小鼠模型、IL-6敲除小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 流式细胞术、细胞追踪分析、单细胞测序、体外小胶质细胞培养 | NA | 细胞计数数据、基因表达数据、行为学数据 | 两种经典AD小鼠模型(5×FAD和APP/PS1)及IL-6敲除小鼠 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
987 | 2025-10-05 |
Neural basis for parental behavioral transitions in mice
2025-Sep-18, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2025.103113
PMID:40972155
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综述 | 本文综述了小鼠亲代行为转变的神经基础,重点关注激素与特定脑区细胞类型的相互作用机制 | 整合单细胞转录组学和细胞类型特异性遗传操作的最新进展,阐明激素驱动大脑关键区域结构可塑性的机制 | 主要基于小鼠模型研究,对人类直接适用性有限;对性二态性激素系统参与的讨论较为简要 | 探究哺乳动物亲代行为转变的神经内分泌机制 | 小鼠的亲代行为及其神经基础 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学,细胞类型特异性遗传操作 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
988 | 2025-10-05 |
SPP1+ macrophages polarized by lactate confer the progression of hypoxic adaptive tumor cells in brain
2025-Sep-18, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf208
PMID:40973181
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研究论文 | 本研究揭示了脑肿瘤中缺氧适应性肿瘤细胞通过乳酸诱导SPP1+巨噬细胞极化促进肿瘤进展的机制 | 首次发现乳酸介导的组蛋白乳酸化诱导SPP1+巨噬细胞极化,并阐明SPP1直接激活MAPK信号通路促进肿瘤生长的机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化需要进一步验证 | 探究脑肿瘤微环境中缺氧适应性肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用机制 | 脑肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组,CRISPR/Cas9基因编辑,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组 | NA | NA |
989 | 2025-10-05 |
Conformal Inference for Reliable Single Cell RNA-seq Annotation
2025-Sep-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf521
PMID:40973204
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研究论文 | 提出基于共形预测框架的单细胞RNA测序注释方法,提供可靠的细胞类型注释和不确定性量化 | 首次将共形预测框架应用于单细胞RNA测序注释,无需数据分布假设即可提供统计保证 | NA | 解决单细胞RNA测序注释中的不确定性量化和异常细胞类型检测问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共形预测 | 基因表达数据 | 十个批次实验,来自多种组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
990 | 2025-10-05 |
RNA velocity and beyond: Current advances in modeling single-cell transcriptional dynamics
2025-Sep-18, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.alit.2025.08.005
PMID:40973591
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综述 | 本文综述了RNA Velocity及其扩展方法在单细胞转录动力学建模中的最新进展 | 系统梳理了RNA Velocity从基础原理到第二代计算工具的发展历程,并重点介绍了在过敏和免疫学研究中的创新应用 | 讨论了RNA Velocity分析当前面临的挑战和剩余限制 | 探索单细胞转录动力学的建模方法及其在生物学研究中的应用 | 单细胞RNA测序数据及其在细胞分化、重编程和疾病进展等动态过程中的应用 | 生物信息学 | 过敏性和免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | Velocyto, scVelo, dynamo, CellRank, 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
991 | 2025-10-05 |
TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples
2025-Sep-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101394
PMID:40925368
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研究论文 | 提出了一种自监督卷积神经网络TissueMosaic,用于从空间转录组数据中学习组织架构表示并比较不同样本间的差异 | 开发了首个基于组织架构基序的自监督学习方法,能够将组织结构与基因表达联系起来,提高空间差异表达分析的信噪比 | 未提及具体的技术限制或数据集局限性 | 开发计算方法以连接细胞状态与其微环境,并比较不同样本和条件下的空间转录组关系 | 多样本空间转录组数据集中的组织架构基序 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 自监督卷积神经网络(CNN) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
992 | 2025-10-05 |
Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma
2025-Sep-17, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-025-02937-9
PMID:40960500
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析发现复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断治疗缺乏响应 | 首次使用空间转录组学技术分析PD-1阻断后胶质母细胞瘤中肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞的转录组变化 | 样本量相对较小(26例患者),仅检测了空间转录组水平的变化 | 研究PD-1阻断治疗在复发性胶质母细胞瘤中对肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞的影响 | 26例匹配的原发性和复发性IDH野生型胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学,Digital Spatial Profiling | NA | 空间转录组数据 | 26例患者(16例接受纳武利尤单抗治疗) | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | Digital Spatial Profiling平台,使用FFPE肿瘤样本,针对SOX2⁺肿瘤细胞和IBA1⁺肿瘤相关巨噬细胞区域进行分析 |
993 | 2025-10-05 |
Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion
2025-Sep-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101368
PMID:40812311
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研究论文 | 开发机器学习框架利用等位基因包含数据识别抗体序列约束 | 首次利用等位基因包含这一罕见事件作为数据源训练机器学习模型预测抗体序列约束 | NA | 识别违反表达要求和脱靶反应性限制的抗体序列 | 人类B细胞抗体轻链和重链序列 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
994 | 2025-10-05 |
Epithelial cell-derived lumican modulates extracellular matrix dynamics in early-life airways disease
2025-Sep-17, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.08.030
PMID:40972979
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研究论文 | 本研究揭示了上皮细胞来源的lumican在早期生命气道疾病中调节细胞外基质动态变化的新机制 | 首次发现lumican在儿童喘息和哮喘气道重塑中的关键作用,并阐明其通过改变成纤维细胞功能影响胶原蛋白组织 | 研究样本量有限,机制研究主要在动物模型中进行,需要进一步验证 | 探究早期生命气道疾病中细胞外基质改变机制 | 学龄前喘息儿童(1-5岁)、学龄期哮喘儿童(6-16岁)和HDM暴露新生小鼠 | 数字病理学 | 哮喘 | 空间转录组学,共聚焦显微镜,二次谐波产生显微镜 | NA | 转录组数据,图像数据 | 儿童气道活检样本和HDM暴露新生小鼠肺组织 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
995 | 2025-10-05 |
Automating classification of treatment responses to combined targeted therapy and immunotherapy in HCC
2025-Sep-17, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjaf031
PMID:40974077
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研究论文 | 开发多模态CNN-Transformer模型预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的疗效反应 | 首次构建融合影像和临床特征的多模态深度学习模型,并采用两阶段3D U-Net自动分割系统减少人工干预偏差 | 样本量有限(训练队列181例,验证队列30例),且主要针对无法手术的晚期HCC患者 | 预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的治疗反应 | 晚期肝细胞癌患者 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | 单细胞测序,磁共振成像 | CNN-Transformer,3D U-Net | 影像,临床数据 | 训练队列181例,验证队列30例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
996 | 2025-10-05 |
Harnessing scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify CD39+T cell genes for rheumatoid arthritis diagnosis and therapy
2025-Sep-17, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiaf130
PMID:40974094
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,鉴定CD39+T细胞相关基因作为类风湿关节炎诊断和治疗的生物标志物 | 首次聚焦CD39+T细胞在类风湿关节炎中的作用,发现PELI1等关键基因的诊断价值并构建lncRNA-miRNA-PELI1调控网络 | 未明确说明样本规模和研究人群特征,需要进一步实验验证PELI1的生物学功能 | 识别类风湿关节炎的诊断和治疗生物标志物 | 类风湿关节炎患者的CD39+T细胞 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
997 | 2025-10-05 |
Effects of Oligolysine-Polyethylene Glycol Coating on the Biodistribution of Wireframe DNA Origami Nanosheets in Zebrafish Embryos
2025-Sep-16, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.5c05801
PMID:40900000
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研究论文 | 本研究通过斑马鱼胚胎模型分析寡聚赖氨酸-聚乙二醇涂层对线框DNA折纸纳米片生物分布的影响 | 首次结合长期高分辨率活体成像和单细胞RNA测序,在斑马鱼胚胎中研究DNA折纸纳米结构的生物分布和清除机制 | 研究仅限于斑马鱼胚胎模型,结果向其他生物系统的推广性有待验证 | 探究K-PEG涂层对DNA折纸纳米结构在生物体内分布和清除的影响 | 斑马鱼胚胎 | 纳米生物技术 | NA | 单细胞RNA测序,活体成像 | NA | 图像,基因表达数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
998 | 2025-10-05 |
Transcriptional states of lung cancer microenvironment reveal macrophage subtype dynamics linked to disease progression
2025-Sep-16, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf253
PMID:40972001
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和临床数据分析,揭示了肺癌微环境中肿瘤相关巨噬细胞亚型的动态变化与疾病进展的关系 | 建立了7种巨噬细胞亚型的精细分类系统,发现脂质相关TAMs随疾病进展而扩增并具有免疫抑制特性,提出了脂质相关与组织驻留TAMs比率作为预后指标 | 空间转录组分析依赖于反卷积技术推断细胞类型组成,对精细TAM亚群分析的准确性存在依赖 | 解析肺癌微环境中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用 | 肺腺癌和肺鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 分层分类, 基于细胞的基因评分 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 大型癌症队列数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
999 | 2025-10-05 |
Endothelial plasticity in atrial fibrosis by integrating single-cell sequencing and genetic lineage tracing
2025-Sep-15, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf372
PMID:40626706
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和遗传谱系追踪技术,揭示了内皮细胞通过TGF-β1调控心房纤维化的新机制 | 首次发现间充质活化内皮细胞(EndoMA)通过分泌TGF-β1促进成纤维细胞功能,而非通过完全的内皮-成纤维细胞转分化 | 未观察到完全的内皮-成纤维细胞转分化过程,机制研究仍需深入 | 阐明内皮细胞在心房纤维化中的具体作用机制 | 人心房组织、Cdh5-CreERT2;RFP基因工程小鼠、人原代心房内皮细胞和成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪, 免疫荧光, 高内涵筛选 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 窦性心律和房颤患者的心房组织,基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1000 | 2025-10-05 |
Infusion of peripheral blood mononuclear cell alleviates amyloid accumulation and cognitive deficits in Alzheimer's disease
2025-Sep-12, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences
DOI:10.1093/gerona/glaf193
PMID:40971495
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研究论文 | 本研究探讨外周血单个核细胞对阿尔茨海默病淀粉样蛋白积累和认知缺陷的改善作用 | 首次发现外周血单个核细胞移植可减少AD小鼠Aβ斑块和p-Tau沉积并改善认知功能,鉴定JUN基因为AD诊断关键标志物 | 样本量有限,未深入探讨PBMCs作用机制,临床转化需进一步验证 | 探究外周血单个核细胞在阿尔茨海默病中的作用及潜在治疗价值 | 健康对照和AD患者的外周血单个核细胞,野生型小鼠和AD模型小鼠 | 神经退行性疾病研究 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,ROC曲线分析,GO和KEGG通路分析 | NA | 基因表达数据,认知行为数据,病理染色数据 | 健康对照和AD患者PBMCs样本,9月龄和6月龄AD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |