单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-04-17	Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336 PMID:40158420	研究论文	本研究探讨了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、败血症和肠道肿瘤的影响	首次揭示了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的关键调控作用，并提供了潜在的治疗靶点	需要进一步的临床验证以转化为有效的治疗策略	探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病发生、发展和治疗的影响	炎症性肠病(IBD)、败血症和肠道肿瘤	生物信息学与分子生物学	炎症性肠病、败血症、肠道肿瘤	生物信息学分析(WGCNA、功能富集分析)、单细胞分析、体外实验(细胞培养、CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR、平板克隆形成实验)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自GEO数据库的IBD和败血症基因表达数据，以及体外实验使用的Caco-2细胞
982	2025-04-17	Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112214 PMID:40230519	研究论文	本研究介绍了一种名为TG-ME的创新计算框架，结合了transformer和图变分自编码器（GraphVAE）模型，用于利用空间转录组学数据和形态学图像解析肿瘤微环境	TG-ME框架整合了transformer和GraphVAE模型，能够有效识别和表征肿瘤微环境中的特定区域，为肿瘤微环境的空间组织提供了新的见解	研究未提及TG-ME在不同类型癌症中的泛化能力，以及在实际临床应用中的验证情况	解析肿瘤微环境，揭示其空间组织和分子变化，以指导个性化治疗策略	肿瘤微环境中的特定区域（niches）	数字病理学	肺癌（NSCLC）	空间转录组学	transformer, GraphVAE	空间转录组学数据, 形态学图像	未明确提及具体样本数量，但包括基准数据集和高分辨率NSCLC数据集
983	2025-04-17	Dynamic changes of molecular pattern and cellular subpopulation in puncture-induced tendon injury model 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112034 PMID:40230536	research paper	该研究通过建立穿刺诱导的肌腱损伤模型，探究了早期肌腱损伤过程中的分子模式和细胞亚群	揭示了肌腱早期修复阶段的七个基因集和参与修复过程的八种髓系细胞类型及七种间充质细胞类型	临床早期肌腱损伤样本获取有限可能影响研究结果的普适性	阐明早期肌腱修复的分子机制和细胞动态变化	穿刺诱导的肌腱损伤模型	分子生物学	肌腱损伤	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
984	2025-04-17	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Apr-16, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	research paper	研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了Pik3ca在CPM中表达导致头颈部血管异常的机制，并通过单细胞RNA测序发现HIF介导的缺氧信号上调Vegf-a表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本的支持仍需进一步验证	探究血管畸形的发病机制，为治疗难治性血管畸形提供理论基础	小鼠模型和人类血管畸形样本	developmental biology	vascular malformations	single-cell RNA sequencing	mouse model	RNA-seq data, human tissue samples	小鼠模型和人类血管畸形样本
985	2025-04-17	Senescent CD8+ T cells: a novel risk factor in atrial fibrillation 2025-Apr-15, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae222 PMID:39382426	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和多色流式细胞术，揭示了衰老CD8+ T细胞在心房颤动（AF）中的重要作用及其潜在机制	首次发现衰老CD8+ T细胞与AF的患病率和术后复发独立相关，并揭示了其通过分泌IFN-γ诱导心房肌细胞钙处理异常的机制	研究样本量有限，且机制研究主要基于体外实验，需要进一步的体内验证	探究免疫细胞在AF发展中的作用及其潜在机制	AF患者和非AF对照者的外周静脉和左心房组织	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 多色流式细胞术, 心脏光学标测	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	AF患者和非AF对照者（具体数量未提及）
986	2025-04-17	Dual regulation of Atf3 and Lonp1 as therapeutic targets in cerebral ischaemia-reperfusion injury 2025-Apr-15, Stroke and vascular neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1136/svn-2024-003324 PMID:40044488	研究论文	本研究探讨了Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的作用及其调控机制	揭示了Atf3通过调控Lonp1表达影响线粒体功能和神经元存活的分子机制	研究结果需要在动物模型中进行进一步验证	探究Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的分子机制及其治疗潜力	脑缺血再灌注损伤中的神经元	神经科学	脑血管疾病	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	转录组数据和蛋白质组数据	NA
987	2025-04-17	Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome 2025-Apr-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176596 PMID:40232854	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类闭塞性细支气管炎综合征（BOS）的发病机制，发现免疫细胞和基质细胞在疾病发展中具有共同作用	首次在BOS患者中发现了CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）的扩增群体，并揭示了BOS中巨噬细胞趋化和增殖相关基因及通路的表达	样本量较小（4例CLAD-BOS患者、3例cGVHD-BOS患者和3例对照）	深入了解BOS的疾病机制，寻找潜在的治疗干预途径	人类闭塞性细支气管炎综合征（BOS）患者和对照组的肺组织	生物医学研究	闭塞性细支气管炎综合征	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	4例CLAD-BOS患者、3例cGVHD-BOS患者和3例对照
988	2025-04-17	A Multi-View Graph Convolutional Network Framework Based on Adaptive Adjacency Matrix and Multi-Strategy Fusion Mechanism for Identifying Spatial Domains 2025-Apr-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf172 PMID:40233119	research paper	提出了一种基于自适应邻接矩阵和多策略融合机制的多视图图卷积网络框架STMGAMF，用于识别空间转录组学中的空间域	STMGAMF通过自适应邻接矩阵动态调整边权重以捕捉复杂空间结构，并通过多策略融合机制优化嵌入特征	未明确提及具体限制	解决空间转录组学中空间域识别的挑战，如高噪声水平和数据稀疏性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	多视图图卷积网络（GCN）	空间转录组学数据	多个空间转录组学数据集
989	2025-04-17	Multiomics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法和多机器学习计算框架，识别肝内胆管癌(ICC)中的PANoptosis特征并构建预后模型	整合了Cox回归分析和五种机器学习算法的新框架，识别出五个关键基因，并构建了PANoptosis风险评分(PANRS)，在预测预后和临床转化方面表现出色	研究样本量相对较小(85个PANoptosis相关基因)，且主要依赖公共队列数据	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建指导临床诊断和治疗的模型，并探索耐药相关的分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学和蛋白质组学测序	Cox回归分析和五种机器学习算法	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	85个PANoptosis相关基因，来自公共队列OEP001105和重庆医科大学附属第一医院的数据
990	2025-04-17	adverSCarial: assessing the vulnerability of single-cell RNA-sequencing classifiers to adversarial attacks 2025-Apr-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf168 PMID:40234247	research paper	该研究评估了单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发了一个名为adverSCarial的工具来模拟这些攻击	提出了adverSCarial工具，能够模拟多种对抗攻击模式，评估scRNA-seq分类器的脆弱性	仅评估了五种scRNA-seq分类器，可能无法涵盖所有可能的分类算法	评估单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发工具进行模拟	单细胞RNA测序数据和分类器	machine learning	NA	scRNA-seq	ML algorithms	gene expression data	四个不同的数据集
991	2025-04-17	Determinants of Response to Sequential Pembrolizumab with Trastuzumab plus Platinum/5-FU in HER2-Positive Gastric Cancer: A Phase II Chemoimmunotherapy Trial 2025-Apr-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3528 PMID:40100100	研究论文	该研究通过II期临床试验评估了在HER2阳性胃癌患者中，序贯使用pembrolizumab与曲妥珠单抗联合铂类/5-FU化疗的疗效及其生物学机制	揭示了曲妥珠单抗诱导的NK细胞浸润和Fc受体介导的抗体依赖性细胞毒性，以及pembrolizumab在PD-L1阳性样本中的增强作用	样本量较小（16例患者），可能影响结果的普遍性	评估在HER2阳性胃癌患者中，pembrolizumab与曲妥珠单抗联合化疗的疗效及其生物学机制	HER2阳性胃癌患者	肿瘤学	胃癌	全外显子测序、单细胞RNA测序、T细胞受体测序、空间转录组学	NA	临床数据、分子生物学数据	16例治疗初治的晚期HER2阳性胃癌患者
992	2025-04-17	Plasma CCL3 predicts adverse heart failure outcomes in patients with arrhythmogenic cardiomyopathy 2025-Apr-14, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04024-y PMID:40223064	研究论文	研究探讨了心律失常性心肌病(ACM)患者纤维脂肪组织的特征及血浆趋化因子水平与心力衰竭(HF)负担的关系	首次发现ACM患者纤维脂肪组织中饱和甘油三酯(TGs)和CCL3水平升高可能与HF进展相关，并证实血浆CCL3水平可预测ACM患者HF不良结局	需要在更大规模和独立的队列中进一步验证	探究ACM患者纤维脂肪组织特征及血浆趋化因子水平与HF负担的关系	心律失常性心肌病(ACM)患者	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	定量实时聚合酶链反应、LC-MS脂质组学分析、单细胞RNA测序、免疫染色、酶联免疫吸附试验	NA	组织样本、血浆样本、RNA测序数据	正常对照组10例，ACM患者24例(脂质组学)；正常对照组2例，ACM患者6例(单细胞RNA测序)；102例ACM患者(随访研究)
993	2025-04-17	A spatial transcriptomics study of MES-like and mono/macro cells in gliomas 2025-Apr-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95277-3 PMID:40222970	研究论文	本研究通过空间转录组学和多组学分析，探讨了胶质瘤中MES样恶性肿瘤细胞和单核/巨噬细胞的作用及其在肿瘤微环境中的关键角色	首次利用空间转录组学揭示了MES样恶性肿瘤细胞在胶质瘤中的空间定位，并发现了这些细胞与单核/巨噬细胞之间的关键相互作用	研究主要依赖于公共数据库的测序数据，可能受到样本来源和数量的限制	识别胶质瘤的潜在治疗靶点和预后标志物	胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤(LGG)中的MES样恶性肿瘤细胞和单核/巨噬细胞	数字病理学	胶质瘤	空间转录组学，多组学分析，药物敏感性分析	NA	测序数据，临床信息	1327个测序数据样本(来自TCGA、CCGA和UCSC Xena数据库)
994	2025-04-17	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了多种技术（如光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq等）进行多模态分析，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要针对高级别胶质瘤，结果可能不适用于其他类型的免疫排斥性癌症	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为基于T细胞的免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学、CODEX空间蛋白质组学	NA	多组学数据	未明确提及样本数量，但涉及TIL生成（TIL+）和非生成（TIL-）肿瘤的比较分析
995	2025-04-17	Single cell transcriptome sequencing indicates the cellular heterogeneity of small intestine tissue in celiac disease 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90300-z PMID:40216823	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了乳糜泻患者小肠组织的细胞异质性，并鉴定了与疾病相关的特定基因和标记物	首次构建了乳糜泻小肠组织的单细胞表达谱，发现了新的疾病特异性生物标志物和潜在治疗靶点	样本量较小（3例患者和3例对照），且仅针对中国人群	探索乳糜泻的发病机制，发现疾病相关基因和标记物	乳糜泻患者和健康对照者的小肠组织	单细胞转录组学	乳糜泻	scRNA-seq, IHC, qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	3例乳糜泻患者和3例健康对照的小肠活检样本
996	2025-04-17	Single-cell RNA sequencing reveals important role of monocytes and macrophages during mucopolysaccharidosis treatment 2025-Apr-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97330-7 PMID:40210734	研究论文	通过单细胞RNA测序研究单核细胞和巨噬细胞在粘多糖贮积症治疗中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了MPS-II患者在不同疾病阶段和治疗过程中单核细胞和巨噬细胞的动态变化及其独特功能	研究仅基于一名10岁MPS-II患者的数据，样本量较小	探究MPS-II疾病进程中免疫细胞的变化及其对酶替代治疗(ERT)的响应机制	MPS-II患者的单核细胞和巨噬细胞	基因组学	粘多糖贮积症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	1名10岁MPS-II患者不同疾病阶段的外周血单个核细胞(PBMCs)
997	2025-04-17	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	研究论文	介绍了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	提出了一种新的贝叶斯融合建模框架，能够在局部和全局水平上估计分子共表达，从而更精细地理解细胞间通讯	NA	解决在空间组学数据中检测分子对之间空间变化共表达的统计方法不足的问题	空间组学数据集中的分子共表达模式	空间组学	癌症	空间转录组学、质谱成像	贝叶斯融合模型	空间组学数据	NA
998	2025-04-17	Fibroblast to macrophage-like cell transition in renal inflammatory injury through the MR/CSF1 pathway induced by aldosterone 2025-Apr-09, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123627 PMID:40216224	研究论文	研究揭示了醛固酮通过MR/CSF1通路诱导成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变的新机制	发现了成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变的新来源，并揭示了醛固酮通过MR/CSF1信号通路介导这一转变	研究主要基于大鼠模型和体外培养的细胞，临床样本验证有限	验证成纤维细胞向巨噬细胞样细胞转变作为参与肾脏炎症损伤的巨噬细胞新来源	Wistar大鼠和体外培养的大鼠肾间质成纤维细胞(RKF)	肾脏病学	慢性肾脏病(CKD)	流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）和细胞模型	基因表达数据、细胞表型数据	Wistar大鼠分组实验（Sham组、ALD组、ESA组）和体外培养的RKF细胞
999	2025-04-17	Enhanced interpretation of immune cell phenotype and function through a rhesus macaque single-cell atlas 2025-Apr-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100849 PMID:40233746	research paper	该研究通过构建猕猴单细胞多组织图谱（RIRA），对比转录谱与免疫谱系，揭示了单细胞RNA测序在免疫细胞分类中的差异和局限性	首次构建了猕猴免疫单细胞多组织图谱（RIRA），并识别了具有高判别/诊断价值的基因程序，包括模拟T/NK细胞成熟的多基因特征	在T细胞和自然杀伤（NK）细胞中，许多功能不同的亚群缺乏明确的标记基因，且共享的表达程序（如细胞毒性）导致无监督聚类时出现系统性混杂	准确解释单细胞RNA测序数据在免疫细胞表型和功能分类中的应用	猕猴免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	猕猴多组织样本
1000	2025-04-17	Epidermal Resident Memory T Cell Fitness Requires Antigen Encounter in the Skin 2025-Apr-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646438 PMID:40236062	research paper	研究表皮驻留记忆T细胞（T_）的适应性如何依赖于皮肤中的抗原接触	揭示了抗原接触如何通过TGFβ信号通路增强T_细胞的持久性和增殖能力	未明确说明实验样本的具体数量或来源	探究表皮驻留记忆T细胞的适应性和持久性机制	表皮驻留记忆T细胞（T_）	免疫学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA