单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-08-11	Multi-omics profiling identifies TNFRSF18 as a novel marker of exhausted CD8⁺ T cells and reveals tumour-immune dynamics in colorectal cancer 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70425 PMID:40770837	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了结直肠癌(CRC)中CD8⁺ T细胞耗竭的动态模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	首次发现TNFRSF18作为CD8⁺ T细胞耗竭的新标志物，并揭示了核糖体干性在肿瘤免疫逃逸中的作用	样本量较小(仅6名患者)，需要在更大队列中验证	探究结直肠癌中CD8⁺ T细胞耗竭的动态演变及其临床意义	结直肠癌患者肿瘤组织和癌旁组织中的CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq, scVDJ-seq, 空间转录组学, 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 免疫组化数据	6名CRC患者的20个组织样本(涵盖不同TNM分期)
982	2025-08-11	scCOSMIX: A Mixed-Effects Framework for Differential Coexpression and Transcriptional Interactions Modeling in Single-Cell RNA-Seq 2025-Aug, Statistics in medicine IF:1.8Q1 DOI:10.1002/sim.70213 PMID:40772737	研究论文	本文提出了一种混合效应框架scCOSMiX，用于在单细胞RNA测序数据中建模差异共表达和转录相互作用	scCOSMiX框架考虑了单细胞实验中常见的多主体层次设计，通过基于copula的方法允许零膨胀、边缘和关联参数作为协变量的函数建模，并包含主体级随机效应	未明确提及具体局限性	开发一个能够系统研究单细胞分辨率下基因-基因相互作用的统计框架	单细胞RNA测序数据中的基因共表达和转录相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	混合效应模型	基因表达数据	两个scRNA-seq数据集(GSE266919和GSE108989)
983	2025-08-11	CXCL16 Producing Tumor Clones Are Shaping Immunosuppressive Microenvironment in Squamous Cell Carcinoma via CXCR6 Regulatory T Cell 2025-Aug, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71060 PMID:40776410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组分析，揭示了鳞状细胞癌中CXCL16产生肿瘤克隆通过CXCR6调节性T细胞塑造免疫抑制微环境的机制	首次发现SCC特异性COL6A1+/ITGA5+癌细胞产生CXCL16，并通过CXCL16/CXCR6轴招募Tregs形成免疫抑制微环境	样本量较小（5例BCC、3例SCCIS和2例SCC），需要更大规模验证	探究鳞状细胞癌肿瘤演化的详细机制和免疫微环境形成	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）和基底细胞癌（BCC）	肿瘤免疫学	鳞状细胞癌	scRNA-seq, TCR克隆分析, 空间转录组分析(GeoMx DSP)	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	5例BCC、3例SCCIS和2例SCC样本，共计117,663个细胞
984	2025-08-11	Molecular Subtypes and Risk Prediction Model Based on Malignant Cell Differentiation Trajectories in Breast Cancer 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70680 PMID:40778650	研究论文	基于乳腺癌恶性细胞分化轨迹的分子亚型和风险预测模型研究	整合单细胞RNA-seq、空间转录组和大块RNA-seq数据，构建了新的乳腺癌分层系统和预后模型	模型的预测准确度中等（AUC=0.708），需要进一步验证	解析乳腺癌的分子景观，开发新的分子分层和预后预测方法	乳腺癌患者及其恶性细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA-seq、空间转录组、大块RNA-seq	LASSO回归	RNA-seq数据	1097例TCGA-BRCA队列样本和2493个恶性位点
985	2025-08-11	Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666829 PMID:40766630	research paper	介绍了一种名为Tranquillyzer的灵活神经网络框架，用于长读长转录组的结构注释和解复用	采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元素，即使在元素移位、部分降解或由于测序噪声或文库构建变异性重复时也能处理	未明确提及具体限制，但可能依赖于用户定义的标签模式进行训练，且需要标准GPU支持	开发一个灵活、可扩展的框架，用于处理长读长单细胞RNA测序数据	长读长单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore Technologies (ONT) 长读长单细胞RNA测序	混合神经网络	RNA测序数据	NA
986	2025-08-11	Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data 2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.666637 PMID:40766507	研究论文	本研究探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中，数据整合对持久同调聚类和生物信号检测的影响	利用拓扑数据分析（TDA）中的持久同调（PH）技术，为高维数据中的结构模式提供了一个变形不变的框架，并评估了数据整合对拓扑特征和生物可解释性的影响	研究仅基于八种组织类型的scRNA-seq数据集，可能无法涵盖所有生物条件和实验协议	评估数据整合对scRNA-seq数据拓扑特征和生物信号检测的影响	八种组织类型的scRNA-seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, 持久同调（PH）	NA	scRNA-seq数据	八种组织类型的scRNA-seq数据集
987	2025-08-11	Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666708 PMID:40766555	研究论文	整合12种空间和单细胞技术，对三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用进行表征	首次整合12种互补的空间单细胞技术，构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用组，并发现CD44-FGF2作为潜在治疗靶点	研究主要聚焦于三种皮肤癌类型，可能不适用于其他癌症类型	深入理解皮肤癌微环境及其细胞相互作用	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、Opal Polaris、RNAScope、邻近连接分析	NA	空间单细胞数据、遗传关联数据	超过500,000个体的遗传关联数据
988	2025-08-11	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox Genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了Sox10Dom突变对肠神经系统发育中神经元轨迹分配的影响，并发现Hox基因在此过程中的关键作用	首次将Hox基因表达变化（特别是Hoxa6）与肠神经元轨迹改变相关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺乏如何改变肠神经元比例及其在早期肠神经系统发育中的作用	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统前体细胞、发育中的神经元和肠胶质细胞	发育生物学	先天性巨结肠症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、杂交链式反应（HCR）	小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
989	2025-08-11	Resolving the design principles that control post-natal vascular growth and scaling 2025-Jul-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101324 PMID:40628258	研究论文	本文通过多尺度实验和计算方法，揭示了主动脉在出生后生长和缩放的设计原则	发现了主动脉扩张遵循独特的生长原则，与脊柱成比例，并通过两个时间协调、空间随机的增殖波进行，揭示了内皮细胞挤出对维持主动脉稳态尺寸的重要性	研究主要关注主动脉的生长机制，可能不适用于其他器官的生长过程	探索出生后血管生长和缩放的设计原则	主动脉	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序、数学建模	NA	实验数据、计算模型	NA
990	2025-08-11	Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation 2025-Jul-07, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003 PMID:40633623	research paper	该研究通过筛选靶向表观遗传调控因子的小分子库，揭示了组蛋白去乙酰化酶HDAC1/2抑制促进结直肠癌分化的分子机制	发现HDAC1/2催化域抑制可促进CRC分化并抑制肿瘤生长，鉴定H3K27ac和H3K9ac为关键调控标记，揭示死亡相关蛋白激酶3参与HDAC1/2抑制诱导的H3K27ac介导的CRC分化	研究主要基于体外模型和患者来源的类器官，临床转化效果需进一步验证	鉴定和表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子，揭示重编程癌细胞状态的机制	结直肠癌细胞和小鼠模型、患者来源的CRC类器官	表观遗传学	结直肠癌	小分子筛选、单细胞RNA测序、基于质谱的组蛋白修饰分析、靶向降解	小鼠和人类CRC模型	表观遗传数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和患者来源的类器官
991	2025-08-11	Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions 2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine IF:1.9Q3 DOI:10.31083/RCM39383 PMID:40776966	综述	本文探讨了富含血小板血浆（PRP）在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及未来发展方向	提出了利用纳米技术、CRISPR编辑的外泌体和AI驱动的个性化治疗策略等创新方法来优化PRP疗法	PRP成分因制备方法不同而存在变异性，且存在安全性问题	探索PRP在心血管再生医学中的治疗潜力及优化策略	富含血小板血浆（PRP）及其在心血管疾病中的应用	心血管再生医学	缺血性心脏病、外周动脉疾病、炎症性心脏病	纳米技术、CRISPR编辑、单细胞RNA测序、AI	NA	NA	NA
992	2025-08-11	Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor 2025-Jul, Fundamental research IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005 PMID:40777809	研究论文	研究发现源自间充质干细胞的小细胞外囊泡（sEVs）通过携带miR-27b-3p抑制白血病抑制因子（LIF）的表达，从而缓解骨关节炎（OA）	首次揭示U-sEVs中的miR-27b-3p通过靶向LIF在FLSs和SFCs中发挥抗OA作用	研究未涉及miR-27b-3p在其他细胞类型中的作用及长期治疗效果	探索MSC-derived sEVs在治疗OA中的具体作用机制	小鼠OA模型中的成纤维样滑膜细胞（FLSs）和软骨表层细胞（SFCs）	细胞治疗	骨关节炎	miRNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠OA模型
993	2025-08-11	The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data 2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-206 PMID:40777820	research paper	该研究基于单细胞转录组数据揭示了UCHL1在TNBC恶性上皮细胞中通过调节铁死亡增强顺铂耐药性的机制	首次发现UCHL1通过抑制铁死亡途径增强TNBC对顺铂的耐药性	研究仅基于9个TNBC样本，样本量较小	探索TNBC化疗耐药性的分子机制	三阴性乳腺癌(TNBC)恶性上皮细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	NA	single-cell transcriptome data	9个TNBC样本
994	2025-08-11	Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf600 PMID:40598893	研究论文	本文研究了脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA）在脑脊液中注射后在大脑中的运输途径及细胞类型依赖性基因沉默效果	开发了一种新型脂质-siRNA共轭物（L2-siRNA），能够在脑脊液中有效运输并在大脑中实现长期基因沉默，且无毒性	研究主要基于小鼠和大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索脂质-siRNA共轭物在大脑中的运输途径和基因沉默效果，为中枢神经系统疾病的治疗提供新方法	小鼠和大鼠的大脑组织	神经科学	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和大鼠的大脑组织样本
995	2025-08-11	Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain 2025-Jun, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746 PMID:40287118	research paper	研究神经保护素D1（NPD1）和GPR37在化疗引起的周围神经病变（CIPN）及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用	揭示了GPR37在感觉神经元和巨噬细胞中的表达及其在CIPN中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖性机制保护感觉神经元免受化疗药物损伤	研究主要基于小鼠模型，人类DRG样本的数据有限，需要进一步验证	探究NPD1和GPR37在化疗引起的周围神经病变和疼痛慢性化中的作用	小鼠背根神经节（DRG）神经元和巨噬细胞，人类DRG样本	神经科学	化疗引起的周围神经病变（CIPN）	空间转录组学分析	Gpr37敲除小鼠模型	mRNA表达数据，行为学数据，组织学数据	小鼠DRG神经元和巨噬细胞，人类DRG样本
996	2025-08-11	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585428 PMID:38562769	研究论文	本研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白种美国人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次使用成像质谱流式和空间转录组学相结合的多组学方法，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本量可能有限，且未探讨这些差异的具体分子机制	探究三阴性乳腺癌临床结果种族差异的生物学机制	自我认定为非裔美国人(BA)和白种美国人(WA)的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	成像质谱流式, 空间转录组学	NA	空间多组学数据	未明确说明具体样本数量(BA和WA TNBC患者)
997	2025-08-11	Immunotherapy enhances the risk of tumor oxidative stress and metastasis in lung cancer with radiation pneumonitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629170 PMID:40777001	研究论文	本研究探讨了放射性肺炎（RP）对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制，发现免疫治疗在RP背景下增强了肺癌的肝转移，并揭示了RP与免疫治疗协同加剧脂质代谢失调和氧化应激的机制	揭示了RP不仅是毒性反应，而且是肿瘤-免疫-代谢景观的主动调节者，通过解析RP-ICB-代谢轴，阐明了免疫治疗耐药的新机制	研究主要基于小鼠模型和单中心临床数据，需要在更广泛的人群中进行验证	探讨放射性肺炎对肺癌免疫治疗的影响及其生物学机制	小鼠RP模型和原位肺癌模型，以及多中心肺腺癌队列的临床数据	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据和临床数据	多中心肺腺癌队列的临床数据和单细胞RNA测序数据
998	2025-08-11	Themis differentially regulates T follicular helper cell differentiation during early and late stages of chronic viral infection 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1638178 PMID:40777021	研究论文	本研究揭示了Themis在慢性病毒感染期间对T滤泡辅助细胞（TFH）分化的双阶段调控作用	发现Themis在慢性病毒感染早期促进TFH细胞分化，而在后期抑制其分化，揭示了其功能具有时间和上下文依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类系统中验证	阐明Themis在慢性抗原刺激下对外周CD4⁺ T细胞分化的调控机制	野生型和Themis条件性敲除小鼠中的CD4⁺ T细胞	免疫学	慢性病毒感染	流式细胞术、组织学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染模型	细胞表型数据、基因表达数据	野生型和Themis条件性敲除小鼠
999	2025-08-11	Revolutionizing cervical cancer treatment: single-cell sequencing of TSPAN1+ tumor EPCs and immune checkpoints to assess drug sensitivity and optimize therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574174 PMID:40777026	研究论文	本研究利用多组学和单细胞测序技术探索宫颈癌的免疫景观、细胞异质性和药物敏感性，重点关注肿瘤亚型及其与免疫细胞的相互作用，以理解治疗反应	通过单细胞测序鉴定出宫颈癌中不同的肿瘤上皮细胞亚型，并探索其在肿瘤进展、免疫逃逸和治疗反应中的作用，强调了肿瘤上皮细胞作为预后生物标志物和个性化治疗靶点的潜力	NA	理解宫颈癌肿瘤微环境的免疫景观和细胞异质性，以优化治疗策略	宫颈癌肿瘤微环境中的肿瘤上皮细胞和免疫细胞	数字病理学	宫颈癌	多组学和单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
1000	2025-08-11	Blood samples collected under anesthesia can be used as a source of non-diseased controls for immune-based assays 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618080 PMID:40777034	研究论文	探讨在全身麻醉下采集的血液样本是否可作为健康儿童免疫检测的非疾病对照	首次评估吸入麻醉诱导对儿童免疫系统组成和转录谱的即时影响，并提出此类样本作为研究健康儿童免疫反应的可行来源	研究仅针对特定麻醉组合（一氧化二氮和七氟烷）的影响，未评估其他麻醉方案或长期免疫效应	解决健康儿童年龄匹配对照样本获取的伦理和实践难题	接受择期牙科手术的麻醉儿童血液样本	免疫学研究	NA	多参数流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（10x Genomics平台）	NA	血液免疫细胞组成数据、转录组数据	未明确提及具体样本量，研究对象为择期牙科手术儿童群体