单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-04-13	Binned multinomial logistic regression for integrative cell-type annotation 2023-Dec, The annals of applied statistics DOI:10.1214/23-aoas1769 PMID:40206429	研究论文	提出一种新的多项逻辑回归估计器，用于整合具有不同分辨率标签的多个数据集，以建模细胞类型概率	提出一种新的多项逻辑回归估计器，能够整合多个具有不一致标签的数据集，解决了现有方法在统一建模方面的挑战	未明确提及具体限制，但可能涉及非凸优化问题的计算复杂性	开发一种自动化的细胞类型注释方法，以提高单细胞基因组学数据分析的效率和准确性	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	多项逻辑回归	单细胞RNA测序数据	十个单细胞RNA测序数据集
982	2024-08-07	Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells 2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001 PMID:37454412	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
983	2025-04-12	Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2477287 PMID:40179028	研究论文	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了喉癌中T细胞的分子特征	首次在单细胞分辨率下阐明了喉癌中T细胞相关分子的临床相关性，并开发了TCRG分类器用于预后预测和免疫治疗反应评估	样本量较小（仅3例喉癌组织），需要更大规模的验证	探究喉癌中T细胞相关分子的特征及其临床意义	喉癌组织及匹配的邻近正常组织	数字病理学	喉癌	10X单细胞RNA测序，RNA-seq	多种机器学习方法（未具体说明）	RNA测序数据	3例喉癌组织及匹配的正常组织
984	2025-04-12	Transcriptome analysis reveals the potential role of neural factor EN1 for long-terms survival in estrogen receptor-independent breast cancer 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200965 PMID:40207200	研究论文	通过转录组分析揭示神经因子EN1在雌激素受体阴性乳腺癌长期生存中的潜在作用	发现神经相关通路在TNBC患者10年无复发生存中的差异富集，并开发了早期复发指数（ERI）及预测模型	研究主要基于回顾性数据，需要进一步实验验证EN1的功能机制	探索雌激素受体阴性乳腺癌复发相关的生物标志物和生物学过程	155名TNBC患者的285个癌及癌旁样本，以及7,449名乳腺癌患者的11个独立公共队列数据和26个单细胞RNA-seq数据集	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	转录组数据	155名TNBC患者（285个样本）+ 7,449名乳腺癌患者（公共数据）
985	2025-04-12	Potential Crosstalk Between ANXA1+ Epithelial Cells and FABP4+ TAM Cells of Ferroptosis-Related Molecular Clusters Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-May, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23899 PMID:40040274	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关分子簇在非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对免疫抑制微环境的影响	首次揭示了ANXA1+上皮细胞和FABP4+ TAM细胞亚群通过铁死亡相关分子簇促进NSCLC免疫抑制微环境的机制，并建立了基于这些分子簇的新型预后标志物和治疗靶点	研究样本量相对较小（n=18），且需要进一步实验验证ANXA1和FABP4作为生物标志物的临床适用性	探究铁死亡如何通过重塑肿瘤微环境影响非小细胞肺癌的进展	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤生物学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	单细胞转录组数据	85,562个细胞（来自18个样本）
986	2025-04-12	Interleukin-11 expressed in the polyp-enriched fibroblast subset is a potential therapeutic target in Peutz-Jeghers syndrome 2025-May, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6408 PMID:40070038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了Peutz-Jeghers综合征（PJS）息肉中富集的成纤维细胞亚群，并发现白细胞介素-11（IL-11）是其关键调控因子及潜在治疗靶点	首次鉴定出PJS息肉中富集的成纤维细胞亚群（pCTF），并揭示IL-11在成纤维细胞重编程中的核心作用，提出IL-11中和抗体作为新型治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究PJS息肉形成的细胞机制并寻找治疗靶点	Peutz-Jeghers综合征（PJS）患者和小鼠模型的胃肠道息肉	数字病理学	胃肠道息肉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Foxl1-Cre介导的Stk11条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	PJS小鼠模型息肉及患者息肉样本（具体数量未明确说明）
987	2025-04-12	Differential expression of endothelial derived galectins in response to shear stress 2025-Apr-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114521 PMID:40107440	研究论文	研究探讨了剪切应力对内皮细胞中半乳糖凝集素表达的调控作用及其在血管疾病中的潜在治疗意义	首次揭示了剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控机制，并发现不同剪切应力环境下半乳糖凝集素表达的变化	研究主要基于体外细胞实验和公开数据集，缺乏更多体内实验验证	探究剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控及其在血管疾病中的作用	人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和人动脉内皮细胞(HAEC)	血管生物学	心血管疾病	qPCR、免疫荧光成像、ELISA、scRNAseq	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	公开数据集及培养的内皮细胞样本
988	2025-04-12	GOLM1 Promotes Atherogenesis by Activating Macrophage EGFR-ERK Signaling Cascade 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325880 PMID:40026146	研究论文	本研究探讨了GOLM1在动脉粥样硬化中的作用及其机制	揭示了GOLM1通过激活巨噬细胞EGFR-ERK信号通路促进动脉粥样硬化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究GOLM1在动脉粥样硬化中的功能及治疗潜力	动脉粥样硬化患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫染色、ELISA、单细胞测序分析、全局磷酸化蛋白质组学分析	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类动脉粥样硬化病变基因表达数据集和小鼠模型
989	2025-04-12	March2 Alleviates Aortic Aneurysm/Dissection by Regulating PKM2 Polymerization 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325049 PMID:40079144	research paper	该研究揭示了E3泛素连接酶March2通过调节PKM2聚合来缓解主动脉瘤/夹层(AAD)的机制	首次发现March2通过促进PKM2的K33连接多聚泛素化来抑制血管平滑肌细胞凋亡，从而缓解AAD	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究March2在主动脉瘤/夹层(AAD)中的保护作用机制	人类AAD组织样本和基因工程小鼠模型	心血管疾病	主动脉瘤/夹层	单细胞RNA测序、CUT&Tag、qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAD组织样本和多种基因工程小鼠
990	2025-04-12	Micro-region transcriptomics profiling of cerebral organoids using a capillary-based microdissection system 2025-Apr-11, Analytical methods : advancing methods and applications IF:2.7Q1 DOI:10.1039/d5ay00277j PMID:40211824	研究论文	本研究建立了一种基于毛细管的组织微切割系统（CMS），用于高效获取培养的大脑类器官中的微区域（mROIs）进行mRNA测序（CMS-seq），以探索空间转录组学	开发了一种新型的毛细管微切割系统（CMS），能够高效、精确地分离大脑类器官中的微区域（mROIs），并结合mRNA测序技术（CMS-seq）进行空间转录组分析	研究仅针对培养的大脑类器官，未涉及真实脑组织，且样本时间点有限（仅第20天和第60天）	探索大脑类器官中细胞类型的空间分布及其发育轨迹	培养的大脑类器官中的微区域（mROIs）	空间转录组学	NA	毛细管微切割系统（CMS）、mRNA测序（CMS-seq）、基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析	NA	mRNA测序数据	大脑类器官在第20天和第60天的样本
991	2025-04-12	Enhancing genetic transformation efficiency in cucurbit crops through AtGRF5 overexpression: Mechanistic insights and applications 2025-Apr-11, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13912 PMID:40213927	研究论文	本研究通过过表达AtGRF5基因，显著提高了葫芦科作物的遗传转化效率，并揭示了其促进愈伤组织增殖和再生的分子机制	发现AtGRF5过表达能通过调控生长素相关基因和扩大干细胞群来提高转化效率，并开发了ABA诱导的AtGRF5表达系统以减少多效性影响	AtGRF5过表达可能导致生长缺陷，需要通过诱导系统来克服	提高葫芦科作物的遗传转化和基因编辑效率	葫芦科作物（黄瓜等）	植物基因工程	NA	DNSO方法、高分辨率时间序列转录组学、单细胞RNA测序、DAP-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
992	2025-04-12	Multimodal glioma immunotherapy combining TLR9-targeted STAT3 antisense oligodeoxynucleotides with PD1 immune checkpoint blockade 2025-Apr-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf099 PMID:40214214	研究论文	该研究描述了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸（CpG-STAT3dsASO），用于靶向人类/小鼠胶质瘤细胞和GAMs，但不影响T细胞，结合PD1免疫检查点阻断治疗胶质母细胞瘤	开发了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸，选择性靶向胶质瘤细胞和GAMs，避免了单链寡核苷酸的神经毒性，并与PD1阻断联合治疗显著提高了治疗效果	CpG-STAT3dsASO单药治疗未能达到治愈效果，仅招募了数量有限且大多耗竭的效应CD8+ T细胞	探索胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服其治疗抵抗性	人类U251胶质母细胞瘤异种移植模型、小鼠GL261和神经细胞来源的QPP8胶质瘤模型	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	STAT3反义寡核苷酸技术、PD1免疫检查点阻断、空间转录组学	NA	NA	免疫正常或免疫缺陷小鼠
993	2025-04-12	An unbiased genomewide screen uncovers 7 genes that drive hematopoietic stem cell fate from mouse embryonic stem cells 2025-Apr-10, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027742 PMID:40209065	研究论文	通过无偏基因组筛选发现7个基因驱动小鼠胚胎干细胞向造血干细胞命运转变	采用全基因组CRISPR激活筛选技术，首次在体外鉴定出7个能够促进造血干细胞生成的基因	研究仅在小鼠胚胎干细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	探索调控造血干细胞生成的分子机制	小鼠胚胎干细胞(mESCs)及其分化的中胚层KDR+前体细胞	再生医学	血液系统疾病	全基因组CRISPR激活筛选、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠胚胎干细胞和移植实验
994	2025-04-12	Biology and Pathophysiology of Placenta Accreta Spectrum Disorder 2025-Apr-10, Obstetrics and gynecology IF:5.7Q1 DOI:10.1097/AOG.0000000000005903 PMID:40209229	综述	本文综述了胎盘植入谱系障碍（PAS）的生物学和病理生理学，强调了其临床挑战和管理策略	整合了单细胞RNA测序和蛋白质组学分析的新兴技术，为PAS的生物标志物和干预途径提供了新见解	未提及具体临床研究样本量或实验数据支持	理解PAS的病理生理学以指导临床管理和预防策略	胎盘植入谱系障碍（PAS）及其相关病理机制	病理生理学	胎盘植入谱系障碍	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	NA	NA	NA
995	2025-04-12	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-Apr-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	研究论文	TFcomb是一种基于单细胞多组学数据识别细胞重编程转录因子及其组合的计算方法	TFcomb通过将寻找重编程转录因子及其组合的任务建模为一个逆问题，并使用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，同时设计了图注意力网络来增强基于单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据构建的基因调控网络	NA	开发一种计算方法来识别能够指导细胞状态转换的重编程转录因子及其组合	细胞重编程转录因子及其组合	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	人类胚胎干细胞数据和小鼠毛囊发育数据集
996	2025-04-12	Alterations in genomic features and the tumour immune microenvironment predict immunotherapy outcomes in advanced biliary tract cancer patients 2025-Apr-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03011-7 PMID:40211026	研究论文	本研究构建了一个多维策略，用于预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后	通过整合基因组特征和肿瘤免疫微环境数据，开发了一个预测模型（EM-CXCL10），其预测性能优于传统的肿瘤突变负荷（TMB）和突变评分	样本量较小（60例患者），且仅针对晚期胆道癌患者	预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后	60例接受抗PD-1治疗的晚期胆道癌患者	肿瘤免疫学	胆道癌	520基因面板测序、多重循环细胞因子检测、单细胞转录组数据分析	LASSO算法、Cox回归、ROC曲线分析	基因组数据、转录组数据、临床数据	60例晚期胆道癌患者（其中30例进行基因测序，50例进行细胞因子检测）
997	2025-04-12	Lost in translation: conserved amino acid usage despite extreme codon bias in foraminifera 2025-Apr-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03916-24 PMID:40042280	研究论文	通过单细胞转录组学和系统基因组学方法，探讨了有孔虫的密码子使用模式，揭示了在极端GC压力下氨基酸使用的保守性	在有孔虫这一古老且多样化的微真核生物类群中，发现了极端变异的核苷酸组成与高度保守的氨基酸使用模式之间的悖论	研究对象主要限于不可培养的有孔虫类群，可能无法完全代表其他真核生物的进化模式	探索真核生物基因组进化模式，特别是密码子使用与氨基酸选择之间的权衡关系	有孔虫（Foraminifera）这一单细胞真核生物类群	基因组学	NA	单细胞转录组学、系统基因组学	NA	转录组数据	49个个体（代表28个属）的1,044个基因家族数据
998	2025-04-12	Generation of induced alveolar assembloids with functional alveolar-like macrophages 2025-Apr-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58450-w PMID:40199883	research paper	开发了一种结合人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞的共培养系统，创建了功能性诱导肺泡组装体	首次创建了功能性诱导肺泡组装体，用于研究人类肺部发育、免疫和疾病	未提及具体的样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	研究肺泡上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用及其在肺部健康和疾病中的作用	人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing	organoids	RNA-seq	NA
999	2025-04-12	Robust generation of photoreceptor-dominant retinal organoids from porcine induced pluripotent stem cells 2025-Apr-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102425 PMID:40054472	研究论文	该研究描述了从猪诱导多能干细胞高效生成光感受器主导的视网膜类器官的方法	开发了一种高效生成猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官的改良方法，填补了猪作为临床前大动物模型在视网膜研究中的空白	未提及具体的临床应用效果或长期安全性数据	为视网膜退行性疾病和损伤提供临床前研究模型	猪诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官	干细胞与再生医学	视网膜退行性疾病	免疫细胞化学(ICC)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	猪诱导多能干细胞(piPSC)模型	基因表达数据和显微图像数据	未明确提及具体样本数量
1000	2025-04-12	Single-cell atlas of endothelial and mural cells across primary and metastatic brain tumors 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.022 PMID:40107274	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，全面分析了非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）以及来自不同原发肿瘤的脑转移瘤（BrMs）中两种主要的血脑屏障细胞类型：内皮细胞和周细胞	揭示了GBMs和BrMs中肿瘤血管系统的显著差异，特别是BrM血管显示出更高的通透性和与不同免疫细胞群更广泛的相互作用	研究主要集中在内皮细胞和周细胞，可能忽略了其他血管相关细胞类型的作用	理解脑肿瘤特异性血管特征，为开发针对血管和免疫的疗法提供基础	非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）和脑转移瘤（BrMs）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间分析	NA	RNA测序数据	多种脑肿瘤样本（具体数量未明确说明）