单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-07-20	Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，发现CTLA4在CD8+ T细胞中的上调与肺纤维化相关，并证明靶向CTLA4的药物ipilimumab能加速肺上皮再生和减少纤维化	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞中的表达与肺纤维化区域相邻，并证明ipilimumab治疗能通过扩增Cd3e+ T细胞和减少衰老细胞积累来促进纤维化消退	研究仅在人类化小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CTLA4表达T细胞在肺纤维化消退中的作用机制	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	免疫学	肺纤维化	空间转录组学、蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠模型
982	2025-07-20	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子基础	首次结合MERFISH空间转录组与深度学习核分割技术，在单细胞分辨率构建了涵盖7个发育时间点、8个皮层区域、超1800万细胞的空间图谱，发现了皮层区域分化的两种新模式（连续梯度式与V1-V2间的离散突变式），并挑战了传统的中孕期皮层区域化仅存在梯度变化的观点	研究仅聚焦胎儿发育阶段，未涵盖出生后皮层发育过程；MERFISH技术检测的基因数量有限于预选panel	解析人类大脑皮层分层与区域特化的时空发育规律	人类胎儿大脑皮层（7个发育时间点，8个皮层区域）	空间转录组学	NA	MERFISH（多重抗错荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习（核分割）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，覆盖7个发育时间点和8个皮层区域
983	2025-07-20	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）免疫谱系的变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活与扩增、Treg细胞比例减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调控作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅基于转录组数据，未进行蛋白水平验证	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照
984	2025-07-20	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	研究论文	介绍了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，以捕捉空间组织的条件特异性变化	Popari模型通过差异先验和空间降采样技术，实现了多分辨率层次分析，并在多样本和多分辨率空间指标上优于现有方法	未明确提及	开发一种用于多样本空间转录组数据整合和分析的方法	多样本空间转录组数据	空间转录组学	阿尔茨海默病（AD）、卵巢癌	空间转录组学技术（STARmap PLUS、Slide-TCR-seq、CosMx）	概率图模型	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌样本
985	2025-07-20	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞转录组图谱，定义了负责产生精液的上皮细胞和免疫细胞群体	研究仅基于小鼠模型，结果向人类转化的适用性有待验证	理解精囊这一研究不足的生殖器官的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
986	2025-07-20	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	review	本文综述了空间多组学技术在皮肤学研究中的基本原理、优势、局限性和应用潜力	空间多组学技术能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率	技术尚处于早期阶段，可能存在数据解析和整合的挑战	探讨空间多组学技术在皮肤学研究中的应用	皮肤组织的分子病理学	digital pathology	dermatology	spatial multi-omic technologies	NA	genomic, proteomic, epigenomic data	NA
987	2025-07-20	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	比较了数字空间分析和单分子成像两种空间转录组学平台的性能，并探讨了标准化方法对数据生物学解释的影响	研究主要集中在一项广泛使用的空间转录组学方法上，可能无法代表所有相关技术	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的适用性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学分析，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本（具体数量未提及）
988	2025-07-20	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	研究论文	本文发现了一类在青少年系统性红斑狼疮中高度活化的CD99- CD72+ B细胞亚群，该亚群通过表达高水平的TLR7促进自身免疫反应	首次鉴定出CD72 BCs这一关键过渡细胞群体，其在系统性红斑狼疮中连接初始B细胞和浆细胞分化过程	未明确CD72 BCs的具体分子调控机制及其在疾病不同阶段的动态变化	探究青少年系统性红斑狼疮中B细胞亚群的致病机制	CD99- CD72+ B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(RNA-seq)、多组学整合分析	NA	基因表达数据	未明确样本数量（青少年SLE患者）
989	2025-07-20	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学和CODEX空间蛋白质组学等多种技术，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要聚焦于高级别胶质瘤，可能不适用于其他类型的免疫排斥性肿瘤	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为细胞免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术, TCR测序, 单细胞RNA-seq, Xenium原位转录组学, CODEX空间蛋白质组学	NA	基因组数据, 空间蛋白质组数据, 转录组数据	NA
990	2025-07-20	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果	首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并验证了ALT-100单抗的治疗效果	研究主要基于动物模型和小样本人类数据，需要更大规模的临床试验验证	探索肺纤维化的新型治疗靶点和策略	人类IPF患者和实验性博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	肺部疾病研究	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量RNA测序	NA	血液、PBMCs、肺组织样本的生化、组织学和基因表达数据	人类IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型
991	2025-07-20	Tracking HIV persistence across T cell lineages during early ART-treated HIV-1-infection using a reservoir-marking humanized mouse model 2025-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57368-7 PMID:40044684	研究论文	本文介绍了一种名为HILT的系统，用于在人类化小鼠模型中追踪HIV-1感染早期ART治疗期间病毒在不同T细胞谱系中的持久性	开发了HIV-1诱导的谱系追踪（HILT）系统，能够不可逆地标记感染细胞，检测罕见的潜伏感染细胞	研究基于人类化小鼠模型，可能无法完全反映人类免疫系统的复杂性	研究HIV-1在ART治疗期间在不同T细胞谱系中的持久性机制	HIV-1感染的人类化小鼠模型中的CD4 T细胞	病毒学	HIV感染	单细胞RNA测序	人类化小鼠模型	基因表达数据	免疫缺陷小鼠移植基因修饰造血干细胞后形成的人类免疫系统
992	2025-07-20	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2025-Mar-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.016 PMID:39814010	研究论文	该研究开发了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其对神经元存活的影响	利用CRISPRi筛选技术在iAssembloids系统中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-ε4对神经元存活的影响	研究基于体外培养系统，可能与体内环境存在差异	阐明神经元与胶质细胞相互作用的分子机制	iPSC衍生的神经元和胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学	iAssembloids 3D共培养系统	基因表达数据	NA
993	2025-07-20	A single-cell atlas of circulating immune cells over the first 2 months of age in extremely premature infants 2025-Mar-05, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adr0942 PMID:40043141	研究论文	该研究通过单细胞多组学分析，描绘了极早产婴儿出生后头两个月循环免疫细胞的动态变化	首次对极早产婴儿外周免疫细胞进行纵向单细胞多组学分析，揭示了与足月婴儿不同的免疫发育轨迹	样本量较小(仅10例极早产婴儿)，且未评估临床感染结局与免疫特征的关联	阐明极早产婴儿早期外周免疫系统的发育特征	极早产婴儿(孕周<30周)的外周血免疫细胞	免疫学	早产儿疾病	单细胞RNA测序、T/B细胞受体测序、磷酸化蛋白质质谱流式技术	NA	单细胞多组学数据(转录组、蛋白质组、免疫组库)	10例极早产婴儿+健康成人对照+早产/足月脐带血样本
994	2025-07-20	Molecular and cellular neurocardiology in heart disease 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP284739 PMID:38778747	研究论文	本文更新并扩展了先前关于心脏神经生物学分子和细胞基础的白皮书，重点关注心脏自主神经发育、新的细胞内通路和神经可塑性的最新发现	讨论了利用患者特异性干细胞研究交感神经功能障碍的新方法，以及新型成像技术和空间转录组学在治疗心脏自主神经功能障碍中的潜在应用	文中提到了未解决的问题和争议领域，表明研究仍存在局限性	探讨心脏疾病的分子和细胞神经心脏病学基础	心脏自主神经系统、细胞内通路和神经可塑性	心脏病学	心血管疾病	患者特异性干细胞、新型成像技术、空间转录组学	NA	分子和细胞数据	NA
995	2025-07-20	Mixed exposure to PFOA and PFOS induces oocyte apoptosis and subfertility in mice by activating the Hippo signaling pathway 2025-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2024.108829 PMID:39746460	研究论文	研究PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路诱导小鼠卵母细胞凋亡和生育力下降的机制	首次揭示了PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路导致卵母细胞凋亡和生育力下降的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究PFOA和PFOS混合物对卵母细胞质量和雌性生育力的影响机制	雌性小鼠及其卵母细胞	生殖毒理学	生育障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
996	2025-07-20	A single-cell sequencing-based analysis of a 13-year-old with maxillary sinus NUT carcinoma 2025-Mar, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2025.107185 PMID:39862476	研究论文	通过对一名13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织进行单细胞RNA测序，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在治疗靶点	首次在NUT癌中应用单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤上皮细胞的亚群特征和免疫微环境特点	仅分析了一例患者样本，结果可能不具备广泛代表性	探索NUT癌的肿瘤生物学特性和潜在治疗靶点	13岁上颌窦NUT癌患者的肿瘤组织	数字病理	NUT癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	1例患者肿瘤组织样本
997	2025-07-20	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	研究论文	基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元电生理的计算模型库	首次基于单细胞转录组数据开发心脏内在神经系统神经元的电生理计算模型库，填补了分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，可能影响离子通道组合的准确性	研究心脏内在神经系统在心脏调节和病理中的功能作用	心脏内在神经系统神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理计算模型	转录组数据	NA
998	2025-07-20	SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer 2025-Feb-03, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02244-7 PMID:39901166	研究论文	本研究探讨了P-选择素（SELP）在宫颈癌（CC）内皮细胞中的表达及其通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞的相互作用如何增强放疗效果	首次揭示了SELP在肿瘤内皮细胞（TECs）中的表达与放疗疗效的关联，并发现了SELP TECs通过ACKR1-CCL5轴与CD8 T细胞进行交互的新机制	研究样本量有限，且机制研究仍需进一步实验验证	探究SELP在宫颈癌抗肿瘤免疫及放疗反应中的作用机制	宫颈癌患者肿瘤组织样本及单细胞RNA测序数据	肿瘤免疫学	宫颈癌	scRNA-seq, bulk RNA-sequencing	NA	RNA测序数据	205例宫颈癌患者肿瘤组织样本，42,159个细胞的scRNA-seq数据（来自8例患者），187例接受放疗患者的bulk RNA测序数据
999	2025-07-20	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	研究论文	本文介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于跨多种单细胞模态的精确细胞类型分类	MMoCHi是一种基于标记的方法，不依赖于参考图谱，能够整合多模态数据进行细胞类型注释，并在识别不易分辨的免疫细胞亚群方面优于现有方法	NA	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地进行细胞类型注释	免疫细胞亚群	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分类的T淋巴细胞亚群和跨组织人类免疫细胞数据集
1000	2025-07-20	CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634479 PMID:39896630	研究论文	本研究探讨了CD8 + T细胞在疫苗接种诱导的潜伏结核分枝杆菌感染淋巴管控制中的作用，而B细胞则非必需	揭示了CD8 + T细胞在预防潜伏结核感染再激活中的关键作用，并发现B细胞在此过程中非必需	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	解析潜伏结核感染控制与再激活的免疫学机制	潜伏感染结核分枝杆菌的小鼠模型	免疫学	结核病	空间转录组学、多参数成像、网络分析、生物信息学整合	小鼠模型	组织病理学图像	多种免疫细胞缺陷小鼠品系