单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-05-15	Metabolic state uncovers prognosis insights of esophageal squamous cell carcinoma patients 2025-Mar-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06087-0 PMID:40098145	研究论文	该研究首次通过整合代谢物-蛋白质相互作用网络和多尺度转录组数据，全面绘制了食管鳞状细胞癌微环境的代谢图谱	首次全面绘制ESCC微环境的代谢图谱，识别了16种代谢状态和4种ESCC亚型，并揭示了代谢异质性与预后的关联	样本量相对有限（64个单细胞样本和两个独立队列共198个样本），且未进行功能验证实验	探索食管鳞状细胞癌微环境中的代谢状态及其与预后的关系	食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境中的细胞	癌症代谢组学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、多尺度转录组分析	NA	转录组数据	64个ESCC样本中的208,659个细胞，以及两个独立队列（n=79和119）
982	2025-05-15	Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm 2025-Mar-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03525-6 PMID:40098192	研究论文	本文提出了一种新的统计框架GLIMES，用于解决单细胞差异表达分析中的主要挑战，并通过案例研究和模拟验证其性能	GLIMES框架利用UMI计数和零比例，在广义泊松/二项混合效应模型中考虑批次效应和样本内变异，提高了差异表达基因检测的准确性和生物解释性	NA	解决单细胞差异表达分析中的主要挑战，提高基因检测的准确性和生物解释性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	广义泊松/二项混合效应模型	RNA表达数据	三个案例研究和多种实验场景的模拟数据
983	2025-05-15	Genetic insights into idiopathic pulmonary fibrosis: a multi-omics approach to identify potential therapeutic targets 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06368-8 PMID:40091050	research paper	通过多组学方法识别特发性肺纤维化的潜在治疗靶点	整合基因组和转录组数据，采用TWAS、MR、RNA-seq共表达分析和分子对接等多种方法，识别出6个关键基因作为IPF的潜在药物靶点	研究依赖于GWAS和RNA-seq数据的可用性，未进行实验验证	识别特发性肺纤维化的潜在治疗靶点并评估其安全性	特发性肺纤维化(IPF)相关基因	基因组学	肺纤维化	TWAS, MR, RNA-seq, 分子对接	NA	基因组和转录组数据	发现数据集中的696个基因和复制数据集中的986个基因，其中126个重叠基因
984	2025-05-15	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic changes in the liver microenvironment during colorectal cancer metastatic progression 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06351-3 PMID:40091048	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示结直肠癌转移过程中肝脏微环境的动态变化	发现了一种高表达Prok2的中性粒细胞亚群，在转移前和转移后的肝脏中均有增加，并与不良预后相关	研究基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究结直肠癌转移过程中肝脏微环境的变化	结直肠癌转移过程中的肝脏微环境	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞测序	NA	转录组数据	小鼠模型及部分人类样本
985	2025-05-15	Single-cell and chromatin accessibility profiling reveals regulatory programs of pathogenic Th2 cells in allergic asthma 2025-Mar-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57590-3 PMID:40089475	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了过敏性哮喘中致病性Th2细胞的调控程序	发现了肺致病性Th2细胞的两个高度促炎亚群，并确定了TSLP和TNFRSF成员在体外生成pTh2细胞中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究过敏性哮喘中致病性Th2细胞的异质性和表观遗传调控机制	小鼠模型中的肺致病性Th2细胞	免疫学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序、染色质可及性分析	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	NA
986	2025-05-15	Novel immune drug combination induces tumour microenvironment remodelling and reduces the dosage of anti-PD-1 antibody 2025-Mar-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87344-6 PMID:40089538	research paper	该研究探讨了一种新型免疫药物组合（Comb）如何通过重塑肿瘤微环境（TME）来增强低剂量抗PD-1抗体（RD-αPD-1 mAb）的治疗效果	提出了一种结合两种佐剂和三种新抗原肽的免疫药物组合（Comb），能够有效增强低剂量抗PD-1抗体的治疗效果，并通过调节TME实现抗肿瘤效果	研究仅在MC38细胞系的小鼠结肠癌模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减少抗PD-1抗体剂量同时保持治疗效果的新策略	小鼠结肠癌模型（MC38细胞系）	肿瘤免疫治疗	结肠癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体库分析	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据	小鼠模型
987	2025-05-15	LINC02363: a potential biomarker for early diagnosis and treatment of sepsis 2025-Mar-15, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00702-x PMID:40089725	研究论文	本研究通过转录组数据分析，识别出与脓毒症相关的关键基因LINC02363，并验证其作为脓毒症诊断和治疗新生物标志物的潜力	首次发现LINC02363作为脓毒症潜在生物标志物，并通过单细胞测序和qPCR验证其表达模式	研究样本来源于单一数据库(CNGBdb)，未进行多中心验证	寻找脓毒症诊断和治疗的新型生物标志物	脓毒症患者转录组数据	生物信息学	脓毒症	转录组测序、WGCNA、GSEA、单细胞测序、qPCR	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量（来自CNGBdb数据库）
988	2025-05-15	Functional and molecular single-cell analyses implicate PRDM14 in the initiation of B cell leukemia in mice 2025-Mar-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93043-z PMID:40087379	研究论文	该研究通过单细胞功能与分子分析，揭示了PRDM14在小鼠B细胞白血病起始中的作用	发现了PRDM14通过混杂DNA结合激活致癌通路并促使发育偏向自我更新的B-1样表型的新机制	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究PRDM14在B细胞白血病起始中的分子机制	表达Prdm14的造血祖细胞及其引发的B细胞白血病	分子生物学	白血病	质谱流式细胞技术(CyTOF)、单细胞RNA测序	小鼠T淋巴细胞白血病/淋巴瘤模型	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞数据	未明确样本数量，使用小鼠骨髓样本
989	2025-05-15	Macrophage-derived SPP1 exacerbate myocardial injury by interacting with fibroblasts in viral myocarditis 2025-Mar-14, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00621-2 PMID:40087693	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体外共培养实验，揭示了巨噬细胞来源的SPP1在病毒性心肌炎中通过与成纤维细胞相互作用加剧心肌损伤的机制	首次发现Spp1+巨噬细胞亚群在病毒性心肌炎中的关键作用，并阐明其通过促进成纤维细胞炎症表型转化来加剧心肌损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明病毒性心肌炎的免疫致病机制	CVB3诱导的病毒性心肌炎小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、CellPhoneDB分析、体外共培养实验	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量（小鼠心脏组织）
990	2025-05-15	Combination therapy with Chicoric acid and PD-1/PD-L1 blockade improves the immunotherapy response in patient-derived ovarian cancer xenograft model 2025-Mar-14, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02146-7 PMID:40087780	研究论文	本研究探讨了菊苣酸（CA）与PD-1/PD-L1阻断联合治疗在难治性卵巢癌患者来源的异种移植模型中的免疫治疗效果	首次将菊苣酸（CA）与PD-1/PD-L1阻断联合用于难治性卵巢癌治疗，并发现CA能增强免疫细胞对肿瘤细胞的攻击能力，促进T细胞迁移至肿瘤微环境	研究仅基于患者来源的异种移植模型，尚未进行临床试验	开发难治性卵巢癌的有效治疗策略	难治性卵巢癌患者来源的异种移植模型	肿瘤免疫治疗	卵巢癌	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、免疫组织化学	PDX模型	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫组织化学数据	15个样本中的158,734个细胞
991	2025-05-15	A highland-adaptation variant near MCUR1 reduces its transcription and attenuates erythrogenesis in Tibetans 2025-Mar-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100782 PMID:40043709	研究论文	通过全基因组测序和功能研究，发现MCUR1基因在高原适应中起关键作用，影响红细胞生成	首次揭示MCUR1基因通过线粒体钙稳态调控红细胞生成的新机制，并发现其与高原适应相关的功能变异	未明确MCUR1基因变异在其他高原人群中的普遍性，以及该机制在其他生理过程中的作用	探索高原适应的遗传机制，特别是与红细胞生成相关的基因	西藏高原居民和汉族低地居民的基因组	基因组学	高原适应相关疾病	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	西藏高原居民和汉族低地居民的基因组样本
992	2025-05-15	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的107个成功应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据中的广泛应用，并整理了77个公开可用的单细胞数据集	指出了当前研究的潜在不足，并探讨了未来研究方向	深化GNNs在单细胞组学中的应用	单细胞组学数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	GNN及其六种变体	单细胞组学数据（表观基因组学、转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、多组学）	77个公开可用的单细胞数据集
993	2025-05-15	MulNet: a scalable framework for reconstructing intra- and intercellular signaling networks from bulk and single-cell RNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf081 PMID:40095604	research paper	介绍MulNet框架，用于从bulk和单细胞RNA-seq数据重建细胞内和细胞间信号网络	MulNet能够将多种分子相互作用组织成可扩展的多层网络，并准确识别基因模块和关键调控因子	未明确提及具体限制	重建细胞内和细胞间信号网络，以更全面地理解基因调控	基因表达数据，包括bulk和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	癌症（结肠癌和头颈癌）	RNA-seq	MulNet	基因表达数据	多种癌症数据集（具体数量未提及）
994	2025-05-15	mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114 PMID:40098239	research paper	介绍了一个名为mastR的R包，用于在多组差异表达分析中自动识别组织特异性基因标记	开发了一种自动化标记识别方法，专门针对标记的批量RNA-seq数据，并明确考虑了背景表达	未明确提及具体局限性	开发自动化工具以识别组织特异性基因标记，用于疾病机制研究和生物标志物发现	标记的批量RNA-seq数据和模拟的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	批量RNA-seq, scRNA-seq	edgeR, limma	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
995	2025-05-15	MOSim: bulk and single-cell multilayer regulatory network simulator 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf110 PMID:40116657	research paper	介绍了一个名为MOSim的R包，用于模拟批量（bulk）和单细胞（single-cell）多组学数据	MOSim能够生成真实且多样化的多组学数据集，支持多种实验设计，包括基因共表达模式、生物重复和条件间差异表达的模拟	NA	开发一个模拟工具，用于生成批量及单细胞多组学数据，以支持方法测试和基准测试	批量转录组数据（RNA-seq）、调控组学层（ATAC-seq、miRNA-seq、ChIP-seq、Methyl-seq和转录因子）及单细胞转录组数据（scRNA-seq）	生物信息学	NA	RNA-seq, ATAC-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, Methyl-seq, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	多组学数据	NA
996	2025-05-15	AttentionGRN: a functional and directed graph transformer for gene regulatory network reconstruction from scRNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf118 PMID:40116659	研究论文	提出了一种基于图变换器的新模型AttentionGRN，用于从单细胞RNA测序数据中重建基因调控网络	利用软编码增强模型表达能力，设计了面向GRN的消息聚合策略，以捕获有向网络结构信息和功能信息	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性	基因调控网络(GRN)	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器(AttentionGRN)	单细胞RNA测序数据	88个数据集
997	2025-05-15	Altered Arginine Metabolism Affects Proliferation and Radiosensitivity of Keloids 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70077 PMID:40095415	研究论文	研究通过多组学数据分析了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的改变及其对细胞增殖和放射敏感性的影响	首次通过代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序数据的综合分析，揭示了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的上调及其与疾病预后的相关性，并验证了精氨酸剥夺疗法(ADT)对瘢痕疙瘩成纤维细胞的抑制作用	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨瘢痕疙瘩中细胞代谢重编程与生物学行为的关系，寻找新的治疗策略	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织	代谢组学	瘢痕疙瘩	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织的多组学数据
998	2025-05-15	Myeloid-derived suppressor cell inhibits T-cell-based defense against Klebsiella pneumoniae infection via IDO1 production 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012979 PMID:40096073	研究论文	本研究探讨了高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）感染通过IDO1产生抑制T细胞防御的机制	揭示了hvKp感染通过促进色氨酸代谢增强MDSCs的免疫抑制活性，进而抑制T细胞增殖和诱导凋亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究hvKp感染高死亡率的机制，寻找新的免疫治疗策略	高毒力肺炎克雷伯菌（hvKp）和宿主免疫反应	免疫学	肺炎	单细胞RNA测序	小鼠菌血症模型	基因表达数据	NA
999	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from bronchopulmonary dysplasia 2025-Mar, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70276 PMID:40097329	研究论文	通过单细胞RNA测序和T/B细胞受体分析，研究支气管肺发育不良（BPD）的免疫机制，并在小鼠模型中验证	首次整合单细胞RNA测序与T/B细胞受体分析，揭示BPD中免疫细胞的代谢和功能变化，并发现BTLA-TNFRSF14信号轴在疾病发病中的关键作用	研究样本来自早产儿，可能无法完全代表所有BPD患者	阐明BPD的免疫学机制，为开发靶向免疫调节疗法奠定基础	早产儿外周血单核细胞（PBMCs）和小鼠BPD模型	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序，T/B细胞受体分析	小鼠模型	RNA测序数据	早产儿PBMCs样本（数量未明确）和小鼠模型
1000	2025-05-15	Intratumoral Heterogeneity and Immune Microenvironment in Hepatoblastoma Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70482 PMID:40099956	research paper	通过单细胞RNA测序技术揭示肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境	首次提供了肝母细胞瘤的单细胞图谱，揭示了瘤内异质性和免疫微环境的关键信息，并提出了HMGB2作为预后标志物以及CTLA-4和PD-1作为免疫治疗靶点的潜力	研究仅基于一名患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	研究肝母细胞瘤的瘤内异质性和免疫微环境，以推动精准医学的发展	肝母细胞瘤患者的不同肿瘤区域及邻近正常组织	digital pathology	liver cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,592 cells from three tumour regions and adjacent normal tissue of one HB patient