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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 981 | 2025-12-19 |
Uncovering CD248, MMP28, and SLC16A10 in Sjögren's disease: a machine learning-driven SHAP approach for CD4+ T cell-associated biomarker discovery
2025-Dec, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/2ffdc4
PMID:41328587
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习算法、SHAP可解释建模、分子对接和单细胞分析,识别了CD248、MMP28和SLC16A10作为干燥综合征的潜在诊断标志物和治疗靶点 | 开发了一种结合多种机器学习算法、SHAP可解释性分析、分子对接和单细胞RNA测序的综合多组学框架,用于发现与CD4+ T细胞相关的生物标志物,揭示了干燥综合征发病机制中先前未被充分认识的机制 | 需要未来的实验验证来确认其转化潜力 | 促进干燥综合征的早期诊断和治疗干预 | 干燥综合征患者和健康对照的转录组数据,重点关注CD4+ T细胞亚群 | 机器学习 | 干燥综合征 | 转录组学、单细胞RNA测序、分子对接 | 多种机器学习算法、SHAP | 转录组数据 | 训练队列包含382个样本(61名健康对照,321名干燥综合征患者)和10,015个基因,并在外部数据集中进行了验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 982 | 2025-12-19 |
Single-cell transcriptomics reveals the functional trajectories of the endocarp cell clusters in the postharvest fruit senescence process of Hylocereus undatus
2025-Dec, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110623
PMID:41109014
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学结合表型和功能分析,探讨了火龙果(Hylocereus undatus)采后果实衰老过程中内果皮细胞簇的作用 | 首次在火龙果中应用单细胞RNA测序技术,揭示了内果皮细胞簇在果实衰老中的功能轨迹和分化路径,并识别了关键调控基因HuGIP2 | 研究仅聚焦于火龙果内果皮细胞,可能未涵盖其他组织或物种的衰老机制,且功能验证依赖于病毒诱导的基因沉默,可能存在脱靶效应 | 探究火龙果采后果实衰老的生理过程,特别是内果皮细胞簇在其中的功能和调控机制 | 火龙果(Hylocereus undatus)果实的内果皮细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光显微镜,病毒诱导基因沉默 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 983 | 2025-12-19 |
Aqueous Humor Exosomal Membrane Proteins: Decoding Pathogenic Molecular Signatures in Retinitis Pigmentosa
2025-Dec-01, Translational vision science & technology
IF:2.6Q2
DOI:10.1167/tvst.14.12.15
PMID:41384798
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研究论文 | 本研究通过房水外泌体膜蛋白分析,解码了色素性视网膜炎的致病分子特征 | 建立了房水外泌体膜蛋白的细胞来源追踪框架,并揭示了其在色素性视网膜炎中的病理意义 | 样本量较小(14例RP患者和7例对照),且仅针对并发白内障的RP患者,可能限制了结果的普适性 | 解码色素性视网膜炎的致病分子特征,探索房水外泌体膜蛋白作为生物标志物的潜力 | 色素性视网膜炎患者和年龄匹配的老年性白内障对照者的房水样本 | 数字病理学 | 色素性视网膜炎 | EVArray技术,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组学数据,单细胞RNA测序数据 | 14例色素性视网膜炎患者和7例年龄匹配的老年性白内障对照者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 984 | 2025-12-19 |
USPPAR is a cost-effective, scalable, and highly sensitive single-cell RNA sequencing workflow compatible with diverse specimens
2025-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003537
PMID:41396975
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研究论文 | 本文提出了一种名为USPPAR的新型单细胞RNA测序工作流程,该流程具有成本效益、可扩展性、高灵敏度,并与多种样本类型兼容 | USPPAR通过优化末端脱氧核苷酸转移酶条件,实现了对难处理DNA末端的高效多聚脱氧腺苷酸化,并利用部分螯合的Cu²⁺作为广谱核酸酶抑制剂,从而在多种组织中实现高灵敏度单细胞RNA测序 | NA | 开发一种统一、成本效益高且高灵敏度的单细胞RNA测序方法,以克服现有高容量方法灵敏度不足和样本兼容性有限的问题 | HEK293细胞、原代PBMCs、小鼠脾脏、玉米组织以及肝脏和胰腺等器官组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 985 | 2025-12-19 |
Single-cell analysis reveal cell-type-specific RNA methylation patterns in breast cancer
2025-Dec, The Journal of international medical research
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/03000605251405638
PMID:41397449
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据,揭示了乳腺癌原发灶和转移淋巴结中细胞类型特异的RNA甲基化模式及其在癌症进展和免疫调控中的作用 | 首次在单细胞水平上系统描述了乳腺癌转移过程中RNA甲基化的细胞类型特异性变化,并关联了其与细胞分化、免疫通讯和患者预后的关系 | 样本量较小(仅5名患者),且为观察性研究,需要更大队列和功能实验验证因果关系 | 探究乳腺癌原发灶和转移淋巴结中细胞类型特异的RNA甲基化模式及其在癌症进展和免疫调控中的作用 | 五名乳腺癌患者的原发癌和匹配的转移淋巴结组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | AUCell方法,Seurat | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | 5名乳腺癌患者的原发癌和匹配的转移淋巴结组织 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 986 | 2025-12-19 |
DTCFinder: a bench-to-bits toolkit for label-free, whole-spectrum analysis of disseminated and circulating tumor cells in liquid biopsies
2025-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.27.690914
PMID:41409151
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DTCFinder的无标记、全谱分析方法,用于在液体活检中检测和分析播散性肿瘤细胞及循环肿瘤细胞 | 开发了一种结合高通量单细胞RNA测序和机器学习的无标记方法,能够对液体活检中极少量肿瘤细胞进行无偏检测、分子表征和组织来源追踪 | 未在摘要中明确说明 | 开发用于液体活检中肿瘤细胞检测和分析的稳健工具,以增进对癌症转移的理解 | 播散性肿瘤细胞和循环肿瘤细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 987 | 2025-12-19 |
Machine learning-based identification of pyroptosis-related genes as biomarkers and targets in primary Sjögren's syndrome
2025-Dec, Clinical and experimental rheumatology
IF:3.4Q2
DOI:10.55563/clinexprheumatol/zpd69e
PMID:41410587
|
研究论文 | 本研究通过整合生物信息学与机器学习方法,识别了原发性干燥综合征中与细胞焦亡相关的关键基因作为潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 | 首次将多模型机器学习框架与SHAP解释方法结合,筛选出HADHA、JAK1、BRD4、ATG5和NRAS作为原发性干燥综合征中与细胞焦亡相关的关键基因,并构建了诊断列线图模型 | 研究主要基于公共基因表达数据集,缺乏实验验证;样本量可能有限,且未考虑疾病异质性的所有方面 | 探索细胞焦亡相关基因在原发性干燥综合征中的作用机制,并识别潜在的诊断生物标志物和治疗靶点 | 原发性干燥综合征患者与健康对照的基因表达数据 | 生物信息学 | 自身免疫性疾病 | 基因表达分析、加权基因共表达网络分析、功能富集分析、单细胞RNA测序 | 多模型机器学习框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 988 | 2025-12-19 |
Preoperative pembrolizumab (anti-PD-1 antibody) combined with chemoradiotherapy for esophageal squamous cell carcinoma: a phase 1/2 trial (PALACE-2)
2025-Nov-28, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02477-4
PMID:41309527
|
研究论文 | 本研究是一项评估术前帕博利珠单抗联合放化疗治疗局部晚期可切除食管鳞状细胞癌的疗效和安全性的1/2期临床试验 | 首次大规模、多中心1/2期试验报告了帕博利珠单抗联合放化疗用于局部晚期可切除食管鳞癌的短期结果,并通过单细胞RNA测序和细胞因子分析发现高IL-6水平可作为治疗反应的预测因子 | 短期疗效未优于新辅助放化疗,且随访时间较短(中位17.4个月),需要更长期的生存数据 | 评估术前帕博利珠单抗联合放化疗治疗局部晚期可切除食管鳞状细胞癌的疗效和安全性,并探索肿瘤微环境的动态特征 | 局部晚期、可手术切除的食管鳞状细胞癌患者 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,细胞因子分析,皮下肿瘤小鼠模型 | NA | 肿瘤标本,血液样本,小鼠模型数据 | 143名入组患者(140名接受新辅助治疗,125名接受手术) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 989 | 2025-12-19 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TG-ME的计算框架,结合Transformer和图变分自编码器,利用空间转录组学和形态学图像解析空间微环境 | 创新性地整合Transformer和图变分自编码器,开发TG-ME框架用于空间微环境识别,适用于健康、肿瘤和感染组织的稳健聚类分析 | NA | 开发一个深度学习协议,以识别和分析组织中的空间微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 图像, 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 990 | 2025-12-19 |
Reflecting on 30 years of miRNA biology in malignant hematology: current challenges and future directions
2025-Nov-25, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024015611
PMID:40845247
|
观点文章 | 本文回顾了microRNA(miRNA)在恶性血液学中30年的研究历程,讨论了当前挑战和未来方向 | 强调了miRNA-mRNA相互作用的上下文依赖性、isomiRs的影响以及RNA结合蛋白和表观转录组修饰对miRNA活性的作用,并倡导使用更生理相关的系统如造血类器官、单细胞和空间转录组学 | 指出常用批量测序和简化模型存在局限性,方法学不一致、解释过于简化以及模型限制阻碍了临床转化进展 | 探讨miRNA在恶性血液学中的生物学作用、当前研究挑战及未来发展方向 | microRNA(miRNA)在造血过程和血液恶性肿瘤(如急性髓系白血病)中的调控机制 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学、CRISPR功能分析、脂质纳米颗粒递送、抗miRs | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 991 | 2025-12-19 |
Nivolumab plus ipilimumab induce hyper-progression in renal medullary carcinoma: results of a phase II trial and preclinical evidence
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65462-z
PMID:41290625
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研究论文 | 本文报告了一项针对肾髓样癌(RMC)患者的II期临床试验结果,评估了nivolumab联合ipilimumab的疗效,并通过单细胞RNA测序和临床前实验揭示了免疫检查点疗法(ICT)诱导的耐药机制 | 首次在RMC中通过临床试验和单细胞RNA测序揭示了ICT诱导的“髓系拟态”程序,并发现p300抑制可恢复ICT敏感性 | 临床试验样本量较小(仅10名患者),且为单臂研究,缺乏对照组 | 评估nivolumab联合ipilimumab在肾髓样癌(RMC)中的疗效,并探究ICT诱导的耐药机制 | 肾髓样癌(RMC)患者及免疫活性体细胞嵌合基因工程小鼠模型 | NA | 肾髓样癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 10名RMC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 992 | 2025-12-19 |
Brain-wide Genome Editing via STEP-RNPs for Treatment of Angelman Syndrome
2025-Nov-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.684643
PMID:41292800
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STEP的非病毒、非纳米颗粒、基于化学修饰的脑部全基因组编辑方法,用于治疗Angelman综合征 | 开发了STEP-RNPs平台,实现高效、无痕的脑部全基因组编辑,无需病毒或纳米颗粒载体 | 研究基于小鼠模型和体外人类神经元,尚未进行人体临床试验 | 开发一种治疗神经遗传疾病的新型基因组编辑方法 | Angelman综合征小鼠模型、人类神经元和源自患者iPSCs的皮质脑类器官 | 基因编辑与神经科学 | Angelman综合征 | 基因组编辑、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、行为数据 | Angelman综合征小鼠模型和人类神经元/脑类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 993 | 2025-12-19 |
FADVI: disentangled representation learning for robust integration of single-cell and spatial omics data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683998
PMID:41278629
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研究论文 | 本文提出了一种名为FADVI的变分自编码器框架,用于解决单细胞和空间组学数据整合中的批次效应问题 | FADVI通过将潜在空间划分为批次特定、标签相关和残差子空间,结合监督分类、对抗训练和交叉协方差惩罚,实现了技术变异与真实生物信号的解耦 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种能够稳健整合单细胞和空间组学数据的方法,以克服跨实验和平台的批次效应 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和高分辨率空间转录组学数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | 变分自编码器 | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 994 | 2025-12-19 |
MERFISH+, a large-scale, multi-omics spatial technology resolves the molecular holograms of the 3D human developing heart
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.02.686137
PMID:41279640
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研究论文 | 本文介绍了一种增强型空间转录组学技术MERFISH+,用于解析人类发育心脏的三维分子全息图 | MERFISH+通过整合化学探针锚定、保护性水凝胶、高通量微流体和显微镜技术,实现了大规模、多组学的空间分析,支持在厘米级组织样本上进行稳健的重复杂交循环 | NA | 开发一种高分辨率、大规模的空间多组学技术,以解析复杂组织(如人类发育心脏)的三维细胞和亚细胞组织 | 人类发育心脏组织 | 空间转录组学 | NA | MERFISH+(增强型多重误差稳健荧光原位杂交) | Spateo-VI(生成式整合框架) | 空间转录组数据、染色质数据 | 310万个细胞,涵盖34个不同细胞群体 | NA | 空间转录组学、空间多组学 | MERFISH+ | 整合化学探针锚定在保护性水凝胶中,结合高通量微流体和显微镜技术 |
| 995 | 2025-12-19 |
Benchmarking large language models for cell typing in single-cell RNA-Seq
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf677
PMID:41396814
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研究论文 | 本文系统性地评估了七种领先的大型语言模型和三种传统生物信息学工具在34个不同的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集上的细胞类型注释性能 | 首次为LLMs在scRNA-seq细胞类型注释中的应用提供了系统性框架和全面的性能比较,并开发了集成策略和开源工具DeepCellSeek | NA | 评估和比较大型语言模型在单细胞RNA测序数据细胞类型注释中的性能 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据集 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型 | 基因表达数据 | 34个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 996 | 2025-12-19 |
Ursolic acid ameliorates ocular surface dysfunction in dry eye via targeting EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1 pathway
2025-Nov, Journal of pharmaceutical analysis
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.jpha.2025.101294
PMID:41399414
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研究论文 | 本研究评估了熊果酸(UA)对干眼症(DE)相关眼表功能障碍的治疗效果及其机制,通过细胞和动物模型验证了UA滴眼液通过调节EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1信号通路改善症状 | 首次将熊果酸应用于干眼症治疗,并通过网络药理学、单细胞测序和分子对接技术系统揭示了其通过EGFR/RAS/RAF/MAP2K1/MAPK1通路发挥作用的分子机制 | 研究主要基于体外细胞模型和动物模型,尚未进行临床试验验证UA滴眼液在人体中的安全性和有效性 | 探究熊果酸对干眼症眼表功能障碍的治疗效果及作用机制 | 人角膜上皮细胞(HCEs)和干眼症小鼠模型 | 数字病理学 | 干眼症 | 单细胞测序、RNA测序、分子对接、网络药理学分析 | NA | 单细胞测序数据、RNA测序数据、分子对接模拟数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 997 | 2025-12-19 |
Charting the cardiac landscape: Advances in spatial transcriptomics for heart biology
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103648
PMID:40882280
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术在心脏生物学中的应用进展,包括技术范围、技术考虑以及从早期空间映射到现代高分辨率多模态方法的演变 | 强调了空间转录组学如何通过提供完整组织内基因表达的高分辨率图谱,革命性地改变了对心脏生物学的理解,并展示了多模态方法在揭示细胞类型特异性反应和分子机制方面的扩展应用 | NA | 探讨空间转录组学在心脏发育、疾病和再生研究中的应用,并讨论其在心血管生物学和治疗中的未来方向 | 心脏组织,包括发育中的人类心脏和成年后心肌梗死后的心脏 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 998 | 2025-12-19 |
How to get the most out of your cancer spatial transcriptomics data
2025 Nov-Dec, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2025.103657
PMID:41108891
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综述 | 本文为癌症研究人员提供了空间转录组学数据分析的路径指南,涵盖主要分析方法、常用工具、新兴技术以及实验设计考量 | 系统梳理了癌症空间转录组学数据分析的完整流程与策略,整合了从基础可视化到前沿机器学习方法的分析技术全景,并前瞻性地讨论了实验设计与团队协作等实践问题 | 作为综述文章,未提出新的分析方法或工具,主要侧重于现有技术的梳理与指南性建议 | 为癌症研究人员提供空间转录组学数据分析的实用指南与策略 | 空间转录组学数据分析方法、工具及其在癌症研究中的应用 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | 机器学习 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 999 | 2025-12-19 |
Nanobody Immunolabelling and three-dimensional imaging reveals spatially restricted LYVE1 expression by kidney lymphatic vessels in mice
2025-Oct-13, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03759-3
PMID:41084009
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研究论文 | 本研究利用纳米抗体免疫标记和三维成像技术,揭示了小鼠肾脏淋巴管中LYVE1表达的空间限制性特征 | 开发了针对LYVE1的纳米抗体,实现了对完整器官内淋巴管网络的更快速、更深层标记,克服了传统抗体渗透性不足的局限 | 研究主要聚焦于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证;纳米抗体的应用范围可能受限于特定标记物 | 开发新型淋巴管标记工具并研究肾脏淋巴管的特异性表达模式 | 小鼠肾脏、皮肤、心脏和肺部的淋巴管 | 数字病理学 | NA | 纳米抗体免疫标记、三维成像、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 小鼠器官样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1000 | 2025-12-19 |
LncCE: Landscape of Cellularly-elevated lncRNAs in Single Cells Across Normal and Cancer Tissues
2025-09-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf069
PMID:40833782
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研究论文 | 本研究提出了一个名为LncCE的资源,用于在单细胞分辨率下系统探索正常组织和癌组织中的细胞高表达长链非编码RNA | 首次在单细胞水平系统构建了跨正常和癌组织的细胞高表达lncRNA图谱,并整合了临床生存关联分析 | 分析基于现有的单细胞RNA测序数据集,可能受数据质量和覆盖范围的限制 | 构建一个全面、定量且用户友好的lncRNA细胞高表达图谱数据库 | 长链非编码RNA在正常组织和癌组织中的细胞特异性表达模式 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 181个单细胞RNA测序数据集,涵盖20个胎儿正常组织、59个成人正常组织、32种成人癌症类型和5种儿童癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |