单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-07-21	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	通过转录组分析揭示了原发性纤毛运动障碍(PCD)气道上皮细胞中独特的谷胱甘肽通路	首次发现PCD细胞中GSTA2/GSTA1表达增加与NRF2靶基因激活的关联，并证实GSTA2在纤毛运动中的调控作用	研究样本量有限，且主要基于体外细胞模型	阐明PCD基因变异对多纤毛细胞的分子影响	PCD患者、其杂合子母亲和健康人的原代培养上皮细胞，以及PCD患者来源的iPS细胞	分子生物学	原发性纤毛运动障碍	单细胞RNA测序、蛋白质组学、免疫金标记	NA	转录组数据、蛋白质组数据、显微镜图像	PCD患者、杂合子母亲和健康对照的原代细胞及iPS细胞
982	2025-07-21	Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis 2024-Jul-18, Biology DOI:10.3390/biology13070540 PMID:39056733	meta-analysis	通过单细胞RNA测序数据的荟萃分析，研究异物反应（FBR）的细胞特异性基因特征	整合所有可用的FBR小鼠研究的scRNA-seq数据，识别不同模型和解剖位置中FBR特异的基因特征	研究结果可能受限于小鼠模型的数据，未涉及人类样本	识别异物反应中的细胞特异性基因特征，为医疗植入物提供潜在治疗靶点	小鼠异物反应模型中的成纤维细胞和巨噬细胞亚群	生物医学研究	异物反应	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	所有可用的小鼠FBR研究数据
983	2025-07-21	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	research paper	该论文提出了一种基于细胞模拟方法的细胞分割技术，用于提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性，并在性能上优于现有方法	研究仅基于三种商业平台生成的数据集进行验证，可能在其他平台上的适用性有待进一步验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更精确地分析细胞转录状态和微环境	单细胞空间转录组学数据中的细胞分割	digital pathology	renal cell carcinoma	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	基于三种商业平台生成的数据集，具体样本数量未明确说明
984	2025-07-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-06-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞（HSCs）中糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放，从而放大肝纤维化的机制	未涉及糖酵解抑制对肝纤维化治疗的具体临床应用效果	研究HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用机制	肝星状细胞（HSCs）及其释放的细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
985	2025-07-21	Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109928 PMID:38812546	research paper	该研究提出了一种名为ProM的计算方法，通过整合单细胞RNA测序和批量组织RNA测序数据，识别膀胱尿路上皮癌中对免疫检查点抑制剂抵抗的细胞特征	ProM方法能够检测主要和次要细胞类型，相比现有方法在配对单细胞和批量RNA测序数据上表现出优越性，并揭示了与不良预后相关的预处理细胞特征	研究主要聚焦于膀胱尿路上皮癌，可能不适用于其他癌症类型	研究肿瘤微环境异质性及免疫检查点阻断抵抗机制	人类膀胱尿路上皮癌样本	digital pathology	urothelial cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	ProM	RNA-seq数据	配对的单细胞和批量RNA测序的人类膀胱尿路上皮癌样本
986	2025-07-21	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白质、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合了GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞的困难以及短读长测序数据重建剪接信号的准确性不足的问题	需要详细的协议执行步骤，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种多组学分析协议，以更准确地研究RNA剪接因子突变	人类细胞	基因组学	NA	长读长单细胞转录组测序、细胞表面蛋白质组分析、GoT	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、突变数据、RNA剪接数据	NA
987	2025-07-21	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594719 PMID:38826447	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程中的时空细胞类型图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖性细胞状态的基因标记	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	揭示排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化	小鼠卵巢	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	配对的小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
988	2025-07-21	Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis 2024-May-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48484-x PMID:38734693	研究论文	本研究探讨了SPI1基因表达水平对阿尔茨海默病（AD）相关表型的影响，通过在小鼠模型中调节SPI1表达并分析其生化、组织学和转录组学效应	首次系统研究了SPI1基因表达水平（敲低和过表达）对AD病理特征的影响，并揭示了其通过免疫反应途径和补体系统等机制发挥作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究调节SPI1表达水平对AD发病机制的影响	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	靶向转录组学、单细胞转录组学	小鼠模型	生化数据、组织学数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量（使用转基因小鼠模型）
989	2025-07-21	Characterization of the responses of brain macrophages to focused ultrasound-mediated blood-brain barrier opening 2024-May, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01107-0 PMID:37857722	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，描述了聚焦超声（FUS）介导的血脑屏障（BBB）开放对小鼠小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞（CAMs）的不同影响	揭示了FUS BBB开放通过招募CAMs和小胶质细胞增殖以及疾病相关小胶质细胞数量增加来重塑免疫景观的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究FUS介导的BBB开放对脑巨噬细胞的影响及其在神经退行性疾病治疗中的潜在应用	小鼠的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞（CAMs）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠模型
990	2025-07-21	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术详细描述了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其与临床病理生理学的关联	首次通过单细胞转录组和表位测序技术全面绘制了人类颈动脉粥样硬化的高维多组学细胞图谱，并鉴定了25个具有独特多组学特征的细胞亚群	样本量相对较小（n=21），且主要关注颈动脉粥样硬化，结果可能不适用于其他血管床的病变	全面解析人类颈动脉粥样硬化的细胞组成特征及其临床意义	人类颈动脉粥样硬化斑块中的各类细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组和表位测序（CITE-seq）	NA	单细胞多组学数据	21例人类颈动脉粥样硬化斑块样本（13例有症状）
991	2025-07-21	Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.22.586316 PMID:38585776	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，探讨了系统性硬化症（SSc）成纤维细胞在自组装人类皮肤等效物中的表观基因组失调机制	首次在单细胞分辨率下分析了SSc 3D皮肤样模型的转录组和表观遗传特征，并鉴定了FB1 APOE表达成纤维细胞在SSc组织中的富集及其与巨噬细胞的互作机制	研究仅使用了自组装皮肤等效物模型，未直接验证在患者体内的情况	探究系统性硬化症皮肤纤维化的分子机制	系统性硬化症患者和健康对照的成纤维细胞、巨噬细胞和血浆	数字病理学	系统性硬化症	scRNA-seq, scATAC-seq	3D皮肤等效物模型	单细胞转录组数据、表观基因组数据	使用SSc患者和健康对照供体的细胞
992	2025-07-21	Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway 2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230124 PMID:38197946	研究论文	研究揭示了肌醇磷酸酶INPP4B在维持ILC1s和肿瘤内NK细胞中的作用及其通过AKT驱动的机制	首次发现INPP4B是组织驻留ILC1s和肿瘤内NK细胞的标志性特征，并揭示了其在抗肿瘤免疫中的关键作用	研究未涉及INPP4B在其他免疫细胞类型中的作用，也未探讨其在其他疾病模型中的潜在功能	探究INPP4B在ILC1s和NK细胞中的作用及其对抗肿瘤免疫的影响	组织驻留ILC1s和肿瘤内NK细胞	免疫学	肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了组织相关和循环NK/ILC1s的单细胞RNA测序图谱
993	2025-07-21	Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989 PMID:38799448	研究论文	通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，研究发现视网膜小胶质细胞比脑小胶质细胞表达更多的MHC I类分子，并促进更强的T细胞驱动炎症	首次揭示了视网膜和脑小胶质细胞在MHC I类分子表达和T细胞炎症反应中的显著差异	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究视网膜和脑小胶质细胞在转录组水平和功能上的差异	小鼠视网膜和脑组织中的小胶质细胞	免疫学	病毒感染	scRNA-seq, 多参数流式细胞术	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	20只眼睛和3个脑组织的小鼠样本
994	2025-07-21	Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1410353 PMID:39678375	研究论文	本研究通过梯度提升方法揭示了结肠癌中空间多样性的胆固醇基因特征	使用XGBoost模型结合胆固醇代谢基因提高了结肠癌患者风险分层的准确性，并发现重要基因在肿瘤微环境中的空间分布特征	研究基于TCGA数据库的样本，可能需要更多独立数据集验证	探索胆固醇代谢与结肠癌预后的关系并改进患者风险分层	结肠癌患者的肿瘤和邻近正常组织样本	生物信息学	结肠癌	差异基因分析、KEGG通路分析、空间转录组学(ST)、免疫组织化学	Cox比例风险模型(CPH)、随机森林(RF)、Lasso回归(LR)、XGBoost	基因表达数据、空间转录组数据	TCGA结肠腺癌项目中的配对肿瘤和邻近正常样本
995	2025-07-21	The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305 PMID:39872537	研究论文	本研究通过流式细胞术、单细胞RNA测序和染色质可及性分析，深入表征了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性	首次揭示了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的染色质可及性特征，并阐明了孕前肥胖对绒毛髓系细胞表型和胎儿神经发育的潜在影响	研究样本仅来自无并发症的足月妊娠，可能无法完全反映其他妊娠条件下的免疫特征	阐明足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能特征，以及孕前肥胖对其的影响	人类足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞	生殖免疫学	妊娠相关疾病	流式细胞术, scRNA-seq, CITE-seq, snATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	足月无并发症妊娠的绒毛组织样本
996	2025-07-21	Single-Molecule Spatial Transcriptomics of Human Thoracic Aortic Aneurysms Uncovers Calcification-Related CARTPT-Expressing Smooth Muscle Cells 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319329 PMID:37823268	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞转录组成像技术，揭示了人类胸主动脉瘤(TAA)组织中罕见的平滑肌细胞(SMC)类型	首次在人类TAA样本中发现了一种空间分布独特的CARTPT表达SMC亚型，并揭示了其在男性TAA样本中的富集现象	研究样本量有限，且仅针对胸主动脉瘤这一特定疾病	探索人类胸主动脉瘤组织中平滑肌细胞的异质性及其与钙化的关系	人类胸主动脉瘤组织样本及性别匹配的对照样本	数字病理	心血管疾病	单分子空间转录组测序、免疫测定、组织染色	NA	单细胞转录组数据、图像数据	多个人类TAA样本及对照样本，每个样本捕获数千个细胞
997	2025-07-21	Defining the cellular complexity of the zebrafish bipotential gonad 2023-11-15, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioad096 PMID:37561446	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞测序分析，定义了斑马鱼双潜能性腺中不同关键细胞类型的出现	首次描述了斑马鱼双潜能性腺中血管和淋巴管发育的并发过程，并发现性腺中的淋巴管内皮细胞可能来源于血管内皮细胞	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性尚需验证	阐明斑马鱼早期双潜能性腺发育过程中关键细胞类型的出现及其相互作用	斑马鱼幼虫的双潜能性腺	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞测序分析	NA	基因表达数据、细胞成像数据	斑马鱼幼虫性腺样本（具体数量未明确说明）
998	2025-07-21	Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data 2023-10-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03073-x PMID:37875977	研究论文	本文对九种现有的单细胞多组学数据整合方法进行了基准测试，评估了多组学数据在分析单模态数据中的指导作用以及这些方法从单模态数据中发现峰-基因关联的能力	首次系统地评估了多组学数据在单模态数据整合中的作用，并强调了多组学数据中足够数量的细胞核对于准确细胞类型注释的重要性	研究结果依赖于特定数据集，且未考虑所有可能的单细胞多组学整合方法	评估单细胞RNA测序和ATAC测序数据的联合整合算法，以提高细胞类型和状态注释的准确性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 单核ATAC测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种数据集
999	2025-07-21	The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296700 PMID:37873287	研究论文	本研究探讨了改进的样本处理工作流程对基于深度学习的空间转录组学评估的影响	提出了一种改进的样本处理工作流程，结合Visium CytAssist检测的灵活性，实现了自动H&E染色、高分辨率全玻片成像以及多患者组织切片的多重分析	研究仅基于13例pT3期结直肠癌患者的小样本队列，且深度学习方法在空间转录组学中的应用仍面临高昂成本	提升空间转录组学工作流程的可靠性、分辨率和可扩展性，以更好地理解肿瘤生物学和改善临床结果	结直肠癌患者的组织样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学、Visium CytAssist检测	Inceptionv3	图像、基因表达数据	13例pT3期结直肠癌患者
1000	2025-07-21	Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296701 PMID:37873186	研究论文	本研究探讨了通过整合单细胞组织学和转录组数据，从结肠癌患者的全切片图像中推断空间mRNA表达模式的可行性	开发了一种细胞图神经网络算法，通过最优传输方法将组织学信息与单细胞RNA模式对齐，提高了空间分子分析的分辨率	初步结果需要严格的验证，包括与病理学家合作精确识别不同细胞类型，并使用更复杂的检测方法如Xenium以获得更深层次的亚细胞见解	研究结肠癌肿瘤异质性	pT3期结直肠癌患者的全切片图像	数字病理学	结肠癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	细胞图神经网络	图像，转录组数据	NA