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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
981 2026-03-21
scLong: a billion-parameter foundation model for capturing long-range gene context in single-cell transcriptomics
2026-02-05, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了scLong,一个基于48百万细胞预训练的十亿参数基础模型,旨在通过自注意力机制捕获单细胞转录组学中所有基因(包括低表达基因)的长程依赖关系,并整合基因本体知识以提升基因功能理解 scLong是首个在单细胞转录组学中应用自注意力于全部28,000个人类基因的基础模型,能够处理包括低表达和未表达基因在内的长程基因依赖,并整合了基因本体知识以增强上下文理解 未明确提及模型的计算资源需求、泛化能力到其他物种或数据类型的限制,以及在实际临床应用中可能面临的挑战 开发一个能够捕获单细胞转录组数据中长程基因依赖关系并整合外部知识的基础模型,以提升对细胞异质性、基因调控和疾病响应的分析能力 单细胞RNA测序数据,涵盖48百万个细胞和28,000个人类基因 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 基础模型(基于自注意力和图卷积网络) 基因表达数据 48百万个细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
982 2026-03-21
FLASH-MM: fast and scalable single-cell differential expression analysis using linear mixed-effects models
2026-02-05, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了一种快速且可扩展的线性混合效应模型估计算法FLASH-MM,用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析 通过重新设计线性混合模型估计过程,降低了计算复杂度和内存使用,实现了快速且可扩展的差异表达分析 NA 解决单细胞差异表达分析中面临的样本相关性、个体变异和可扩展性等挑战 单细胞RNA测序数据 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 线性混合效应模型 RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
983 2026-03-21
Tumour-intrinsic features shape T cell differentiation through precursor to symptomatic multiple myeloma
2026-02-05, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者骨髓和血液样本,揭示了肿瘤内在特征如何影响T细胞分化,并预测疾病进展 首次在多发性骨髓瘤中证明T细胞分化由抗原驱动而非耗竭,并发现肿瘤负荷和抗原呈递基因表达等内在特征影响此过程 研究未详细探讨治疗干预对T细胞动力学的长期影响,且样本来源可能受限于特定患者群体 探究多发性骨髓瘤中T细胞分化的机制及其在疾病进展中的作用 多发性骨髓瘤患者、前驱条件患者及非癌症对照的骨髓和血液样本 数字病理学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 来自多发性骨髓瘤、前驱条件和非癌症对照患者的大型骨髓和血液样本数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
984 2026-03-21
Indolent primary cutaneous B-cell lymphomas resemble persistent antigen reactions without signs of dedifferentiation
2026-02-04, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析惰性原发性皮肤B细胞淋巴瘤(pcMZL和pcFCL)与侵袭性pcDLBCL-LT的差异,揭示其病理生理基础 首次在单细胞水平上比较惰性与侵袭性皮肤B细胞淋巴瘤,并发现惰性淋巴瘤中持续存在的生发中心反应 研究中未知抗原的具体身份尚未确定,样本来源可能有限 阐明原发性皮肤B细胞淋巴瘤的病理生理机制和分类依据 原发性皮肤滤泡中心淋巴瘤(pcFCL)、原发性皮肤边缘区淋巴瘤(pcMZL)、原发性皮肤弥漫大B细胞淋巴瘤腿型(pcDLBCL-LT)、反应性B细胞丰富淋巴增殖(rB-LP)和胃MALT淋巴瘤 数字病理学 淋巴瘤 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 多种淋巴瘤类型样本,具体数量未明确 NA 单细胞RNA-seq NA NA
985 2026-03-21
HCMV infection disrupts barrier functions and promotes epithelial-mesenchymal transition in a cholangiocyte organoid model
2026-02-03, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究建立了一个人iPSC来源的胆管样细胞类器官模型,用于探究人巨细胞病毒感染如何破坏胆管上皮屏障功能并促进上皮-间质转化 首次利用人iPSC来源的胆管样细胞类器官模型证明HCMV可直接感染胆管上皮,并通过TGF-β信号通路诱导上皮-间质转化 研究主要基于体外类器官模型,体内验证仅通过患者组织样本的有限分析,需要进一步在动物模型中验证 探究人巨细胞病毒感染对胆管上皮细胞的直接致病机制 人iPSC来源的胆管样细胞类器官 细胞生物学 胆管疾病 RNA-seq, 单细胞RNA-seq 类器官模型 基因表达数据 未明确样本数量,包括类器官模型和胆道闭锁患者肝组织 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
986 2026-03-21
Single-Cell RNA Sequencing and Network Pharmacology Reveal the Potential Role of Oxidative Phosphorylation Inactivation in Diagnosing and Treating Chronic Tendon Injuries
2026-02, The journal of gene medicine IF:3.2Q2
研究论文 本研究结合单细胞RNA测序和网络药理学,揭示了氧化磷酸化失活在慢性肌腱损伤诊断和治疗中的潜在作用 首次在慢性肌腱损伤中,通过单细胞RNA测序结合网络药理学,系统揭示了氧化磷酸化通路失活与细胞坏死性凋亡增加之间的关联,并提出了靶向该通路的潜在治疗策略 研究主要基于测序数据和体外实验,缺乏体内动物模型验证;样本量相对有限;药物作用机制仍需进一步验证 探究慢性肌腱损伤的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点和药物 来自非损伤和损伤肌腱的肌腱细胞、血管内皮细胞、肌腱源性干细胞、脂肪细胞和神经元 单细胞组学 慢性肌腱损伤 bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 未明确具体样本数量,但涉及非损伤和损伤肌腱的多种细胞类型 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
987 2026-03-21
Molecular signatures of resilience to Alzheimer's disease in neocortical layer 4 neurons
2026-01-31, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单核和空间转录组学分析,识别了阿尔茨海默病中具有韧性的神经元亚群及其分子特征 首次在阿尔茨海默病中识别出初级视觉皮层第4层中表达RORB、CUX2和EYA4的韧性兴奋性神经元群体,并发现KCNIP4作为关键韧性因子在疾病早期上调 研究主要基于男性App小鼠模型,可能未完全反映人类疾病复杂性,且样本来源和数量未在摘要中详细说明 探究阿尔茨海默病中神经元韧性的分子基础 阿尔茨海默病患者和App小鼠模型中的新皮质神经元 数字病理学 阿尔茨海默病 单核转录组学, 空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
988 2026-03-21
Tuft Cells in the Gut Limit Cognitive Disorders by Regulating Gut Homeostasis
2026-Jan-30, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本文探讨了肠道簇细胞在认知障碍中的作用,通过小鼠模型揭示了其通过调节肠道稳态来限制认知功能障碍的机制 首次明确了肠道簇细胞在认知障碍中的关键作用,并发现β-淀粉样蛋白抑制簇细胞分化,而琥珀酸作为簇细胞激活剂可恢复认知功能和肠道稳态 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需进一步验证,且样本量有限 研究肠道簇细胞在认知障碍中的作用机制 雄性簇细胞缺失小鼠(Pou2f3-/-)及其野生型同窝小鼠,以及阿尔茨海默病模型小鼠 NA 阿尔茨海默病 16S rRNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序、荧光成像 NA 微生物组数据、免疫细胞数据、基因表达数据、图像数据 小鼠模型,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
989 2026-03-21
Progenitor CD8+ T cells and hyper-Treg crosstalk: a driver of immune checkpoint inhibitor resistance in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Jan-12, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序探索了食管鳞状细胞癌中肿瘤抗原呈递和肿瘤微环境内细胞间相互作用如何驱动免疫检查点抑制剂耐药 首次在ESCC中通过单细胞分析揭示了具有抗原呈递特征的恶性细胞亚群(cNMF_4),并发现了Progenitor CD8 Tex细胞与hyper-Treg细胞之间的串扰是驱动ICI耐药的关键机制,特别是通过CLEC2C-KLRB1轴 研究基于公开的24名患者数据,样本量有限,且为回顾性分析,需要前瞻性研究验证 阐明食管鳞状细胞癌中肿瘤抗原呈递和肿瘤微环境细胞相互作用驱动免疫检查点抑制剂耐药的机制 接受化疗和免疫检查点抑制剂治疗的食管鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞 数字病理学 食管癌 单细胞RNA测序,多重免疫荧光 NA 单细胞RNA测序数据,空间验证图像数据 24名食管鳞状细胞癌患者 NA 单细胞RNA-seq NA NA
990 2026-03-21
Suppression of endothelial cell PANoptosis: qingyi decoction targets the TMAO-HMGB1 pathway to mitigate lung injury in acute pancreatitis rats
2026-Jan-10, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究探讨了清胰汤通过调节肠道菌群代谢物TMAO,抑制HMGB1介导的内皮细胞PANoptosis,从而减轻重症急性胰腺炎相关肺损伤的作用机制 首次揭示了清胰汤通过靶向TMAO-HMGB1通路抑制内皮细胞PANoptosis来缓解肺损伤的新机制 研究主要基于大鼠模型和体外细胞实验,临床转化效果需进一步验证 探究清胰汤缓解重症急性胰腺炎相关肺损伤的作用及分子机制 SD大鼠、人脐静脉内皮细胞、单核-内皮细胞共培养体系 基础医学研究 急性胰腺炎、肺损伤 LC-MS/MS, ELISA, HE染色, 透射电镜, RT-qPCR, 免疫组化, Western blot, RNA-seq, scRNA-seq, 流式细胞术, TUNEL检测, PI染色, 免疫荧光 动物疾病模型、细胞损伤模型 组学数据、病理图像、分子表达数据 大鼠模型及多种体外细胞实验 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
991 2026-03-21
LncRNA PVT1 drives macrophage polarization and triple-negative breast cancer progression via PPARγ-mediated transcriptional activation​
2026-Jan-10, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究揭示了长链非编码RNA PVT1通过招募NOP56和E2F1形成转录复合物,增强PPARγ表达,从而驱动巨噬细胞向M2表型极化,促进三阴性乳腺癌进展的分子机制 首次阐明lncRNA PVT1作为表观遗传支架,协调NOP56-E2F1-PPARγ信号轴调控巨噬细胞极化,为TNBC提供了新的治疗靶点 研究主要基于小鼠模型和细胞系实验,临床样本验证有限,且巨噬细胞极化的体内微环境复杂性可能未被完全涵盖 探究lncRNA PVT1与PPARγ在TNBC进展中调控巨噬细胞极化的分子机制 三阴性乳腺癌小鼠模型、THP-1/U937巨噬细胞系、MDA-MB-231和MCF-7乳腺癌细胞系 肿瘤生物学 三阴性乳腺癌 单细胞RNA测序、批量测序、RNA/DNA pulldown、荧光素酶报告基因检测、流式细胞术、TUNEL检测 NA 单细胞RNA-seq数据、批量RNA-seq数据、GEO/TCGA数据库分析数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
992 2026-03-21
Innate Immune-Cloaked Microgel-Coated Mesenchymal Stromal Cells Reverse Persistent Pulmonary Fibrosis via Reparative Macrophages
2026-Jan, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
研究论文 本研究提出了一种基于先天免疫检查点材料的策略,通过微凝胶包被和CD47激动剂功能化的间充质基质细胞,有效逃避免疫清除并逆转肺纤维化损伤 结合免疫伪装与凝胶涂层局部信号呈现,设计分泌细胞用于长期组织重塑,实现慢性组织损伤的“活体药房” NA 治疗复杂慢性疾病如纤维化,通过逃避免疫清除并调节宿主免疫成分 间充质基质细胞、组织驻留巨噬细胞、肺纤维化模型 单细胞组学 肺纤维化 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
993 2026-01-18
Molecular Improvement of IL-23 Inhibition Revealed by Single-Cell RNA Sequencing in Concurrent Psoriasis and Systemic Lupus Erythematosus
2026-Jan, Experimental dermatology IF:3.5Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
994 2026-03-21
INPP5D/SHIP1-mediated immunometabolic remodeling of renal monocytes in idiopathic membranous nephropathy
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过分析公共数据集和动物模型,揭示了INPP5D/SHIP1介导的肾脏单核细胞免疫代谢重编程在特发性膜性肾病中的作用 首次在IMN中系统描绘了以INPP5D/SHIP1为中心的肾脏单核细胞免疫代谢程序,并发现其通过SPP1介导的单核细胞-足细胞通讯参与疾病进程 主要依赖公共数据集和动物模型进行验证,缺乏来自IMN患者的前瞻性队列数据以直接证实临床相关性 阐明特发性膜性肾病中先天免疫细胞的免疫代谢调控机制及其与足细胞的病理交互作用 人类IMN肾脏转录组数据、被动Heymann肾炎大鼠模型、肾脏单核细胞与足细胞 计算生物学与免疫代谢研究 肾脏疾病(特发性膜性肾病) bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 生物信息学去卷积分析(CIBERSORT, ESTIMATE), 轨迹重建, 配体-受体互作推断 NA 转录组测序数据(bulk和单细胞)、组织病理学数据、蛋白质表达数据 来自公共数据库的人类IMN与对照肾脏转录组数据集、被动Heymann肾炎大鼠模型 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
995 2026-03-21
Distinct landscapes of T-cell immunity and TCR repertoire between sepsis and pre-septic high-risk states
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学和单细胞T细胞受体测序技术,比较了尿源性脓毒症高风险患者与脓毒症患者的T细胞免疫状态和TCR库特征 首次在单细胞水平上系统比较了脓毒症高风险状态与确诊脓毒症患者的T细胞免疫图谱和TCR库差异,并发现了一个独特的CD4 T细胞亚群及其潜在调控靶点 研究样本量有限,且主要聚焦于尿源性脓毒症,结论在其他类型脓毒症中的普适性有待验证 探究脓毒症及其高风险状态下T细胞免疫应答和T细胞受体库的动态变化 尿源性脓毒症高风险患者和确诊脓毒症患者的外周血T细胞 单细胞组学 脓毒症 单细胞RNA测序,单细胞T细胞受体测序 NA 单细胞转录组数据,TCR序列数据 未明确说明具体样本数量,涉及高风险患者和脓毒症患者 NA 单细胞RNA-seq,单细胞TCR-seq NA NA
996 2026-03-21
Sex-associated transcriptional changes to synovial macrophages in the aging joint
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,比较了年轻与老年雄性和雌性小鼠关节滑膜巨噬细胞的转录异质性,揭示了年龄和性别对巨噬细胞功能的影响 首次在关节滑膜巨噬细胞中系统比较了年龄和性别因素对转录谱的影响,并识别了五个主要亚群及其在衰老过程中的变化 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;样本量相对有限,且未深入探讨功能验证 探究年龄和性别如何影响关节滑膜巨噬细胞的转录异质性及其在关节炎等年龄相关疾病中的作用 雄性和雌性小鼠的关节滑膜巨噬细胞 单细胞转录组学 关节炎 单细胞RNA测序与细胞表面蛋白检测(CITE-seq) NA 单细胞转录组数据 年轻与老年雄性和雌性小鼠的关节滑膜巨噬细胞样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
997 2026-03-21
A single-cell immune atlas of primary and secondary lymphoid organs in pigs
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究应用单细胞RNA测序技术构建了猪主要和次级淋巴器官的免疫细胞图谱 首次创建了涵盖猪骨髓、胸腺、淋巴结和脾脏等多个关键免疫组织的单细胞免疫图谱,并识别出新的胸腺细胞群体,揭示了猪与人类在免疫细胞特征上的保守性 研究仅针对健康猪的特定淋巴器官,未涵盖所有免疫组织或疾病状态,且功能验证实验有限 建立猪淋巴器官的单细胞免疫图谱,以促进猪作为生物医学模型和农业食品源的相关研究 猪的初级淋巴器官(骨髓、胸腺)和次级淋巴器官(淋巴结、脾脏)中的免疫细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确说明具体样本数量,但涵盖多个淋巴器官组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
998 2026-03-21
Integrated spatial transcriptomics and single-cell RNA sequencing reveal Lars2-mediated spatiotemporal dynamics of myocardial remodeling in a mouse model of transverse aortic constriction
2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序,揭示了压力超负荷诱导的心肌肥大小鼠模型中Lars2介导的心肌重塑时空动态 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,在细胞和空间分辨率上全面表征了TAC小鼠模型中心肌重塑的时空动态,并识别出Lars2等关键基因 研究基于小鼠模型,结果向人类疾病的直接转化需进一步验证;样本量相对有限,可能影响统计效力 探究压力超负荷诱导的心肌肥大小鼠模型中,心肌重塑的时空动态和细胞特异性转录组特征 横向主动脉缩窄(TAC)小鼠模型的心脏组织 数字病理学 心血管疾病 空间转录组学,单细胞RNA测序 NA 转录组数据 TAC小鼠模型在不同疾病进展阶段(TAC-2w、TAC-4w、TAC-6w)的心脏组织样本 NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
999 2026-03-21
Macrophage-Derived Transcriptional Signatures Predict Prognosis and Drug Sensitivity in Thyroid Cancer: Integrative Analysis and Experimental Validation of SMYD3
2026, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA-seq分析识别甲状腺癌中肿瘤富集的巨噬细胞亚群,并利用机器学习模型构建预后风险分层模型,同时通过实验验证SMYD3在肿瘤进展和药物敏感性中的作用 首次整合单细胞RNA-seq、hdWGCNA和多种机器学习算法,识别甲状腺癌中与预后相关的肿瘤富集巨噬细胞亚群,并构建稳健的风险分层模型,同时通过体外实验验证SMYD3作为潜在生物标志物在肿瘤进展和药物敏感性中的调控作用 研究主要基于公共数据集(如TCGA和GDSC2)和体外实验,缺乏大规模临床队列验证和体内动物模型实验,可能限制结果的普适性和转化应用 探究巨噬细胞异质性在甲状腺癌中的预后意义,并开发基于机器学习的风险分层模型以预测患者预后和药物敏感性 甲状腺癌患者样本、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、SMYD3基因 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA-seq, hdWGCNA, 机器学习算法组合, Kaplan-Meier分析, 体外功能实验 机器学习模型(具体算法未指定) 单细胞RNA-seq数据, 基因组数据, 临床数据 未明确指定样本数量,但使用了TCGA和GDSC2公共数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1000 2026-03-21
Analysis of the Immunoinflammatory Microenvironment Characteristics of Epilepsy Based on Single-Cell Transcriptomics
2026, Journal of inflammation research IF:4.2Q2
综述 本文基于单细胞转录组学数据,综述了癫痫中免疫炎症微环境的特征,重点关注小胶质细胞、星形胶质细胞和神经元的分化、相互作用及转录动态 利用单细胞RNA测序技术,从高分辨率细胞类型特异性基因表达和信号通路的角度,系统阐述了癫痫神经炎症微环境的新见解 NA 更好地理解癫痫的炎症机制,为开发新的治疗策略提供基础 癫痫患者和动物模型中的小胶质细胞、星形胶质细胞、神经元及其相互作用 数字病理学 神经系统疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
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