单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-04-20	Crosstalk Between Gastric Cancer and Adjacent Mucosa Reveals EDN1-EDNRA-Mediated Regulation of Cancer Stemness and Immunomodulation Networks 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70547 PMID:40245183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究胃癌与邻近黏膜之间的细胞间通讯，揭示EDN1-EDNRA通路在癌症干性和免疫调节网络中的关键作用	首次绘制了胃癌组织、邻近正常组织和胃黏膜之间的细胞间通讯图谱，并发现EDNRA在胃癌进展中的新功能	研究主要基于两个独立数据集，可能需要更多样本验证	探索胃癌微环境中组织特异性细胞间通讯模式及其调控机制	胃癌组织、邻近正常组织和胃黏膜	癌症生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	两个独立研究数据集(GSE183904和GSE184198)
982	2025-04-20	Targeting of arachidonic acid-modulated autophagy to enhance the sensitivity of ROS1 + or ALK + non-small cell lung cancer to crizotinib therapy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-2025-105 PMID:40248722	研究论文	本研究探讨了花生四烯酸调节的自噬在增强ROS1+或ALK+非小细胞肺癌对克唑替尼治疗敏感性中的作用	发现了一种新的ALK和ROS1-TKIs耐药机制，揭示了代谢物花生四烯酸在酪氨酸激酶抑制剂耐药中的作用	研究主要基于体外细胞实验，未进行体内动物模型验证	阐明克唑替尼耐药涉及自噬失调的机制并确定克服耐药的新治疗靶点	ROS1+或ALK+非小细胞肺癌细胞系HCC78和H3122	肿瘤学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、代谢组学分析	细胞耐药模型	基因表达数据、代谢物数据	三种ALK重排肺癌类器官样本和耐药HCC78细胞
983	2025-04-20	ANKRD11 as a potential biomarker for brain metastasis from lung adenocarcinoma via cerebrospinal fluid liquid biopsy 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-800 PMID:40248734	研究论文	本研究通过脑脊液液体活检探索了ANKRD11作为肺腺癌脑转移潜在生物标志物的可能性	首次发现ANKRD11在肺腺癌脑转移中的表达逐渐降低，并证实其具有抑制肿瘤侵袭和转移的功能	样本量较小（仅7例患者），需要更大规模的研究验证	寻找肺腺癌脑转移的新型生物标志物	肺腺癌脑转移患者的脑脊液样本、肿瘤组织和细胞系	数字病理学	肺癌	ctDNA panel测序、scRNA-seq	NA	DNA测序数据、RNA测序数据	7例BM-LUAD患者的CSF样本，公共数据库中的scRNA-seq数据，裸鼠体内实验
984	2025-04-20	Single cell RNA-seq and bulk RNA-seq analysis identifies MUC1 as a key gene for lung adenocarcinoma to neuroendocrine transformation 2025-Mar-31, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-806 PMID:40248742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和大块RNA测序分析，识别出MUC1是肺腺癌向神经内分泌癌转化的关键基因	首次通过RNA测序和孟德尔随机化分析确定MUC1与肺腺癌向神经内分泌癌转化的负相关性，并揭示了免疫微环境在组织学转化中的重要作用	样本量相对较小（仅6个组织活检样本），且研究结果需要进一步临床验证	探索肺腺癌向神经内分泌癌转化过程中的遗传和免疫特征	肺腺癌和神经内分泌癌组织样本	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, WGCNA, CIBERSORT	NA	RNA测序数据	16,765个细胞（来自6个组织活检样本）
985	2025-04-20	Male-Dominant Spinal Microglia Contribute to Neuropathic Pain by Producing CC-Chemokine Ligand 4 Following Peripheral Nerve Injury 2025-03-23, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070484 PMID:40214438	research paper	该研究揭示了雄性小鼠脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别差异作用，特别是通过产生CC-趋化因子配体4（CCL4）加剧疼痛	首次发现雄性小鼠脊髓小胶质细胞亚群在周围神经损伤后显著增加并高表达CCL4，且CCL4-CCR5信号通路仅在雄性小鼠中加剧疼痛	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类样本中的类似机制	探究脊髓小胶质细胞在神经病理性疼痛中的性别特异性作用机制	雄性及雌性小鼠的脊髓小胶质细胞	神经科学	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、部分坐骨神经结扎（PSL）模型	动物模型（小鼠）	RNA测序数据、行为学数据	未明确说明小鼠数量，但涉及雄性和雌性小鼠的对比实验
986	2025-04-20	Integrative transcriptome profiling elucidates molecular and immunovascular characteristics of macrotrabecular HCC 2025-Feb-26, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001284 PMID:40009602	research paper	该研究通过整合大规模bulk和单细胞RNA测序数据，阐明了肝癌（HCC）中一种侵袭性亚型（macrotrabecular HCC）的分子和免疫血管特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了肝癌细胞的不同亚群及其特征，发现了p53和MYC在侵袭性肝癌中的关键作用，并提出了针对肿瘤血管和免疫检查点的联合治疗策略	研究样本量相对有限，且主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明肝癌侵袭性亚型的分子机制和肿瘤微环境特征，探索潜在治疗策略	肝癌细胞及其微环境	digital pathology	liver cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	syngeneic mouse model	RNA sequencing data	228,564个活细胞（来自6个scRNA-seq数据集）和691个肿瘤样本（bulk RNA-seq分析）
987	2025-04-19	Editorial: Spatial transcriptome and single-cell sequencing for exploring molecular mechanisms of neuroimmunity and discovering novel markers of neurological diseases 2025, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2025.1582019 PMID:40248015	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
988	2025-04-20	Cancer-associated fibroblasts: multidimensional players in liver cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1454546 PMID:40248197	review	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肝癌中的多维作用，特别是通过单细胞RNA测序技术揭示的不同CAF亚群在肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）发展中的具体功能和调控机制	利用先进的单细胞RNA测序技术（scRNAseq）结合多种基因工程小鼠模型，鉴定了肝癌前微环境（PME）和肿瘤微环境（TME）中多样的CAF亚群，深化了对各CAF亚群在癌症发展中具体作用的理解	不同研究针对靶向CAFs以干扰肿瘤进展的结果存在极大争议，表明CAFs的作用机制仍需进一步探索	阐明CAF亚群在不同病理生理条件下的作用和调控机制，以促进发现调节CAF活性的新治疗方法	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）中的亚群	肿瘤微环境研究	肝癌	单细胞RNA测序技术（scRNAseq）	基因工程小鼠模型	基因表达数据	NA
989	2025-04-20	Exploring wound management in dental pulp: Utilizing single-cell RNA sequencing for global transcriptomic analysis in healthy and inflamed pulpal tissues 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14804 PMID:38385817	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了健康与炎症牙髓组织在伤口愈合过程中的转录组学变化	首次在牙髓伤口管理中应用单细胞RNA测序技术，揭示了炎症条件下细胞组成和基因表达的显著变化	样本量相对较小（50例患者），且仅关注了牙髓组织，未考虑其他口腔组织的影响	研究牙髓伤口愈合过程中信号级联、细胞反应和细胞外基质动态的复杂相互作用	健康与炎症状态的人类牙髓组织	数字病理	牙科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	50例患者的牙髓组织样本
990	2025-04-20	Evaluating the role of wound-healing genes in conjunction with stool routine and serum tumor markers for colorectal cancer diagnosis and prognostic implications 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14768 PMID:38446012	研究论文	本研究探讨了伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结合粪便常规和血清肿瘤标志物提高了结直肠癌的诊断准确性，并探索了伤口愈合基因在疾病进展中的潜在作用	样本量较小（56例结直肠癌患者和56例健康对照）	评估伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结直肠癌患者和健康对照	数字病理学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	临床信息、粪便样本、血清样本、RNA测序数据	56例结直肠癌患者和56例健康对照
991	2025-04-20	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveals intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.30.569494 PMID:38076932	研究论文	介绍了一种结合CRISPR筛选和空间转录组学的新方法Perturb-FISH，用于研究单细胞水平的遗传和分子关联	首次将成像空间转录组学与并行光学检测扩增的引导RNA相结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路	NA	开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	培养的单核细胞和诱导多能干细胞衍生的星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	CRISPR筛选、空间转录组学、Perturb-FISH	NA	转录组数据、光学成像数据	NA
992	2025-04-20	Heterogeneity of human prostate carcinoma-associated fibroblasts implicates a role for subpopulations in myeloid cell recruitment 2020-02, The Prostate DOI:10.1002/pros.23929 PMID:31763714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术鉴定了人类前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）的异质性亚群，并探讨了这些亚群在肿瘤微环境中对髓系细胞招募的作用	首次在前列腺癌中通过单细胞RNA测序技术揭示了CAF的异质性亚群，并发现特定亚群通过分泌趋化因子CCL2和CXCL12促进髓系细胞招募	研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步在人体组织中验证这些发现	探索前列腺癌相关成纤维细胞亚群的特征及其在肿瘤微环境中的功能	人类前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）及其亚群	肿瘤微环境研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），贝叶斯分析，体外迁移实验	无特定模型（主要使用聚类分析）	基因表达数据	3321个CAF细胞
993	2025-04-19	OmniClust: A versatile clustering toolkit for single-cell and spatial transcriptomics data 2025-Jun, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2025.03.007 PMID:40057293	research paper	介绍了一个名为OmniClust的工具包，用于单细胞和空间转录组学数据的聚类分析	开发了一个整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据的算法工具包，采用深度学习和机器学习算法进行特征学习和聚类	未提及具体局限性	开发一个适用于单细胞和空间转录组学数据的聚类工具	单细胞RNA测序和空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	深度学习, 机器学习	RNA测序数据	12个空间转录组学基准数据集和4个scRNA-seq基准数据集
994	2025-04-19	Spatial proteomic landscape of primary and relapsed hepatocellular carcinoma reveals immune escape characteristics in early relapse 2025-May-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000979 PMID:38900411	研究论文	通过空间蛋白质组学分析，揭示了原发性与复发性肝细胞癌的免疫逃逸特征	首次描绘了原发性与复发性HCC单细胞动态空间景观及多细胞结构，发现了一种与术后早期复发相关的新型树突状细胞亚群（PDL1+CD103+DCs）	样本量相对有限（46例患者），外部验证队列规模未明确说明	探究肝细胞癌术后复发的空间分子结构变化机制	46例HCC患者的92份手术标本（原发与复发肿瘤）	数字病理学	肝细胞癌	成像质谱流式细胞技术（IMC）、单细胞RNA测序	NA	蛋白质表达数据、单细胞转录组数据	358,729个单细胞（来自46例患者的92份标本）
995	2025-04-19	Senescent Syncytiotrophoblast Secretion During Early Onset Preeclampsia 2025-May, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.23362 PMID:39440423	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了早发型子痫前期中胎盘合体滋养层细胞的衰老相关分泌表型及其在母血中的早期预测价值	首次发现早发型子痫前期胎盘合体滋养层细胞存在衰老相关分泌表型，并鉴定出PAI-1和activin A等可在妊娠早期预测疾病的生物标志物	研究样本量有限，且需要进一步验证这些标志物在更大规模人群中的预测效能	探索早发型子痫前期的发病机制并寻找早期预测标志物	人类母胎界面单位（胎儿绒毛和母体蜕膜）	生殖医学	子痫前期	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	早发型子痫前期患者和健康对照的胎盘组织样本（具体数量未明确说明），来自多中心临床队列
996	2025-02-23	Decoding cell-cell communication using spatial transcriptomics 2025-May, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00824-3 PMID:39984677	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
997	2025-04-19	Identification of the crucial roles of BAXhigh NK cells in human derived mesenchymal stem cell therapy for chronic heart failure patients 2025-May, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.155924 PMID:40174277	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨了间充质干细胞治疗慢性心力衰竭患者中BAX高表达NK细胞的关键作用	首次发现BAX高表达NK细胞在心力衰竭发病机制中的作用，并揭示间充质干细胞通过抑制BAX表达改善NK细胞功能的机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	探究间充质干细胞治疗心力衰竭的分子机制	慢性心力衰竭患者的外周血单个核细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR)分析	NA	单细胞转录组数据	NA
998	2025-04-19	Identification of a cancer stem cell-like subpopulation that promotes HCC metastasis 2025-May, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101302 PMID:40242316	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定并表征了肝细胞癌（HCC）中促进转移的癌症干细胞样亚群	首次在HCC中发现并表征了一个促进转移的癌症干细胞样亚群，揭示了其通过ICAM1信号通路抑制抗肿瘤免疫的新机制	样本量相对较小（19例单细胞RNA测序和12例空间转录组学样本），需要更大规模研究验证	探索癌症干细胞在HCC转移中的作用机制	肝细胞癌（HCC）中的癌症干细胞样细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学测序、生物信息学分析	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	19例HCC患者的单细胞RNA测序数据和12例HCC患者的空间转录组数据
999	2025-04-19	CRISPR/Cas9-mediated SHP-1-knockout T cells combined with simvastatin enhances anti-tumor activity in humanized-PDX HCC model 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112266 PMID:40241752	研究论文	本研究利用CRISPR/Cas9技术敲除SHP-1基因的CD8 T细胞，并结合辛伐他汀增强抗肿瘤活性，在人源化PDX肝癌模型中验证其效果	首次提出结合SHP-1靶向细胞疗法和代谢调节的双重策略来克服肝癌免疫治疗的耐药性	研究仅在人源化PDX模型中进行验证，尚未进行临床试验	增强肝癌免疫治疗的抗肿瘤活性	肝癌（HCC）和CD8 T细胞	癌症免疫治疗	肝癌	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	人源化PDX模型	基因表达数据、细胞功能数据	肝癌患者的T细胞样本和人源化PDX模型
1000	2025-04-19	CXCR4+ PD-L1+ neutrophils are increased in non-survived septic mice 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112083 PMID:40241761	研究论文	通过单细胞RNA测序分析存活与未存活CLP脓毒症小鼠的免疫细胞，揭示未存活小鼠血液中未成熟CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞频率增加及其在肺部的积累	发现未存活脓毒症小鼠中CXCR4+ PD-L1+中性粒细胞的增加及其与炎症和器官损伤的关联，并指出IFN-gamma在其中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床样本中验证	探讨中性粒细胞在脓毒症高炎症表型中的免疫学机制	CLP脓毒症小鼠的免疫细胞	免疫学	脓毒症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	存活与未存活的CLP脓毒症小鼠