单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-05-07	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56659-3 PMID:39915487	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，结合抗原、TCR序列和单细胞转录组数据	开发了APMAT框架，首次将抗原-TCR配对与单细胞多组学分析相结合，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型及持久性的关联	研究仅针对HLA A*02:01 COVID-19患者，样本量相对有限（62名参与者）	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）和抗原刺激后T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞及其TCR序列、抗原特性和单细胞转录组	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析、高通量测序	APMAT（实验计算框架）	单细胞转录组数据、TCR序列数据、抗原特性数据	62名HLA A*02:01 COVID-19参与者
982	2025-05-07	Identification of the immune infiltration and biomarkers in ulcerative colitis based on liquid-liquid phase separation-related genes 2025-Feb-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89252-1 PMID:39915583	研究论文	本研究通过机器学习算法鉴定了与溃疡性结肠炎(UC)免疫浸润相关的液-液相分离(LLPS)基因，并验证了这些基因在UC中的诊断价值和免疫调节作用	首次揭示了LLPS相关基因在UC免疫浸润中的作用，并筛选出7个高诊断准确性的hub基因，为UC的精准治疗提供了新靶点	研究样本量有限，需要更大规模的临床队列验证hub基因的诊断价值	探索LLPS相关基因在UC免疫浸润中的作用机制并寻找诊断标志物	溃疡性结肠炎患者	生物信息学	溃疡性结肠炎	机器学习算法、qRT-PCR、scRNA-seq	机器学习算法	基因表达数据	微阵列和单细胞RNA测序数据集
983	2025-05-07	Single-cell transcriptomics reveals novel chondrocyte and osteoblast subtypes and their role in knee osteoarthritis pathogenesis 2025-Feb-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02136-8 PMID:39904988	研究论文	通过单细胞转录组学揭示新型软骨细胞和成骨细胞亚型及其在膝骨关节炎发病机制中的作用	发现了三种新型软骨细胞亚型，并揭示了Angptl7软骨细胞通过FGF2-FGFR2信号通路促进血管生成，以及Sparc成骨细胞对骨矿化和成骨细胞分化的负调控作用	研究基于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探讨膝骨关节炎发病机制中软骨下骨重塑与软骨退变之间的相互作用	膝骨关节炎小鼠模型的软骨下骨和软骨组织	数字病理学	膝骨关节炎	单细胞转录组学	双足绝经后膝骨关节炎小鼠模型	单细胞RNA测序数据	膝骨关节炎小鼠模型的软骨下骨和软骨组织样本
984	2025-05-07	A model-based factorization method for scRNA data unveils bifurcating transcriptional modules underlying cell fate determination 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97424 PMID:39907554	研究论文	提出了一种基于模型的单细胞RNA数据分解方法MGPfact，用于揭示细胞命运决定中的分叉转录模块	MGPfact能够将复杂的发育轨迹分解为基因集的独立分叉过程，从而基于相关特征进行轨迹推断	NA	提高对细胞命运决定中生物过程的理解	单细胞RNA序列数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	MGPfact	单细胞RNA序列数据	239个数据集
985	2025-05-07	Deterministic genetic barcoding for multiplexed behavioral and single-cell transcriptomic studies 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88334 PMID:39908076	research paper	介绍一种名为TaG-EM的遗传条形码方法，用于在单细胞转录组研究中标记特定细胞群	提出了一种新的遗传条形码方法TaG-EM，能够在体内标记特定细胞群，并用于单细胞测序数据的细胞类型鉴定	未提及方法的适用范围是否仅限于果蝇或其他模式生物	开发一种遗传条形码方法，以改善单细胞转录组实验的多路复用和可靠注释	果蝇细胞群	单细胞测序	NA	单细胞测序、NGS	NA	基因表达数据	NA
986	2025-05-07	Identification of mitochondrial carrier homolog 2 as an important therapeutic target of castration-resistant prostate cancer 2025-Feb-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07406-5 PMID:39910035	研究论文	本研究探讨了线粒体载体同源物2（MTCH2）在去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中的表达及其潜在功能	首次揭示了MTCH2在CRPC中的过表达及其对线粒体功能和肿瘤进展的影响	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探索MTCH2作为CRPC治疗靶点的潜力	去势抵抗性前列腺癌细胞和动物模型	癌症研究	前列腺癌	shRNA基因沉默、CRISPR-sgRNA敲除、单细胞测序	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种原代人CRPC细胞和裸鼠皮下异种移植模型
987	2025-05-07	CoTF-reg reveals cooperative transcription factors in oligodendrocyte gene regulation using single-cell multi-omics 2025-Feb-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07570-6 PMID:39910206	研究论文	介绍了一个名为coTF-reg的分析框架，用于识别少突胶质细胞中协同转录因子对基因的共调控	开发了coTF-reg框架，整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据，利用深度学习模型预测目标基因表达，并揭示协同转录因子对如SOX10-TCF12的高相互作用	虽然模型表现稳定，但可能仍需更多实验验证以确认所有预测的协同转录因子对	探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达的机制	少突胶质细胞中的转录因子及其目标基因	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
988	2025-05-07	Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity in small cell neuroendocrine cervical carcinoma 2025-Feb-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07605-y PMID:39910262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了小细胞神经内分泌宫颈癌（SCNECC）的肿瘤异质性	首次绘制了SCNECC的单细胞图谱，鉴定了恶性上皮细胞的分子亚型及其转录因子，揭示了两种不同的致癌途径，并建立了预后预测模型	样本量较小（6个样本），且仅来自单一医院队列	探索SCNECC的肿瘤异质性及其分子机制，为精准治疗和预后预测提供依据	SCNECC患者的肿瘤组织和正常邻近宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序，免疫组化染色，Western blotting	预后预测模型（nomogram）	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据，临床病理数据	6个SCNECC样本（68,455个高质量细胞）和66例SCNECC患者的临床队列
989	2025-05-07	Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer 2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01667-5 PMID:39910394	研究论文	本研究通过构建小细胞肺癌的调控网络，识别出GRN作为连接化疗和免疫治疗反应的关键调节因子	首次发现GRN作为小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键调节因子，并揭示了其通过调节肿瘤相关巨噬细胞影响免疫治疗效果的机制	研究主要基于基因组学和单细胞RNA-seq数据，缺乏体内实验验证	探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗耐药的机制	小细胞肺癌患者和细胞系	癌症基因组学	小细胞肺癌	单细胞RNA-seq	调控网络分析	基因组学和转录组数据	未明确说明样本数量，涉及小细胞肺癌患者和细胞系数据
990	2025-05-07	Current molecular understanding of central nervous system schwannomas 2025-Feb-05, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-01937-w PMID:39910685	综述	本文综述了中枢神经系统神经鞘瘤的分子生物学研究现状	揭示了新的遗传变异如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合基因和SOX10突变，并探讨了基因表达和表观遗传调控机制	对神经鞘瘤分子生物学的理解仍不完全	阐明神经鞘瘤的发病机制和进展机制，指导新治疗靶点的开发	中枢神经系统神经鞘瘤	分子生物学	神经鞘瘤	单细胞测序、多组学分析	NA	NA	NA
991	2025-05-07	Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027 PMID:39898810	research paper	本文介绍了一种名为TICCI的新方法，通过整合细胞间通讯信息来提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	TICCI创新性地引入了细胞间相互作用（CCI）信息，通过构建细胞邻域矩阵和利用Louvain分区识别轨迹分支，提高了轨迹推断的准确性	NA	提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	Louvain分区, Chu-Liu算法	单细胞RNA测序数据	NA
992	2025-05-07	Immune microenvironment spatial landscapes of tertiary lymphoid structures in gastric cancer 2025-Feb-04, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-03889-3 PMID:39901202	research paper	该研究探讨了胃癌中三级淋巴结构（TLS）对免疫微环境空间景观的影响及其预后价值	首次全面分析了胃癌中TLS的免疫微环境空间特征，并开发了基于免疫细胞密度和空间特征的风险评分模型	样本量相对较小（单细胞测序仅12例，空间转录组仅2例）	阐明TLS在胃癌免疫微环境中的作用机制及其预后意义	胃癌患者的肿瘤组织和免疫微环境	digital pathology	gastric cancer	multispectral fluorescence imaging, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	Density and Spatial Score risk model	image, transcriptomic data	59例接受免疫治疗的GC患者（预后分析），110例GC患者（免疫细胞分析），12例单细胞测序样本（4例TLS阳性，8例阴性），2例空间转录组样本
993	2025-05-07	O-GlcNAcylation attenuates ischemia-reperfusion-induced pulmonary epithelial cell ferroptosis via the Nrf2/G6PDH pathway 2025-Feb-04, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02126-w PMID:39901237	research paper	该研究探讨了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减轻缺血再灌注诱导的肺上皮细胞铁死亡的作用	首次揭示了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路在肺缺血再灌注损伤中的保护机制	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究O-GlcNAcylation对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的影响	肺上皮细胞和TC-1细胞	分子生物学	急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征(ALI/ARDS)	单细胞测序、蛋白质组学分析、染色质免疫沉淀(ChIP)实验、双荧光素酶报告基因检测	Ogt1条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠模型和TC-1细胞系
994	2025-05-07	Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics 2025-Feb-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187899 PMID:39903528	research paper	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞之间的相互作用，并提出了潜在的治疗策略	使用3D球体模型和空间转录组学揭示了LAM中成纤维细胞与内皮细胞相互作用的新机制，并验证了多激酶抑制剂索拉非尼的治疗潜力	研究主要基于体外模型，需要进一步的体内实验验证	探索LAM发病机制中成纤维细胞与内皮细胞相互作用的分子机制	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs）	digital pathology	lung cancer	空间转录组学，3D共培养球体模型，激酶阵列	3D spheroid model	基因表达数据	LAM肺组织样本和TSC2缺失的肾血管平滑肌脂肪瘤细胞
995	2025-05-07	RNase L represses hair follicle regeneration through altered innate immune signaling 2025-Feb-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172595 PMID:39903537	研究论文	该研究探讨了RNase L如何通过改变先天免疫信号抑制毛囊再生	发现RNase L作为再生抑制基因的功能，揭示了其在调节免疫超激活与再生能力之间的权衡作用	研究主要集中在小鼠模型，人类数据的应用有限	揭示哺乳动物再生能力受限的分子机制	人类参与者和小鼠模型	分子生物学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组分析	NA	转录组数据	人类参与者和小鼠模型（具体数量未提及）
996	2025-05-07	Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56524-3 PMID:39904983	研究论文	本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其通过Mincle受体促进炎症反应的机制	首次发现脓毒症患者Hp的特定岩藻糖基化修饰（Asn207和Asn211）与炎症反应增强相关，并阐明其通过Mincle受体激活炎症信号的分子机制	观察性研究设计无法确定因果关系，样本量未明确说明	探究岩藻糖基化Hp在脓毒症炎症反应中的作用机制	脓毒症患者血浆样本和小鼠模型	分子病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血浆蛋白质组数据、单细胞转录组数据	脓毒症患者与健康对照（具体数量未说明）
997	2025-05-07	Suppressing recurrence in Sonic Hedgehog subgroup medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54861-3 PMID:39904981	研究论文	研究通过使用OLIG2抑制剂CT-179抑制Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤的复发	首次展示了CT-179通过破坏OLIG2的二聚化、磷酸化和DNA结合来改变肿瘤细胞周期动力学，增加分化和凋亡，从而延长SHH-MB模型的生存期并增强放疗效果	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索靶向OLIG2+肿瘤干细胞在SHH驱动的髓母细胞瘤治疗中的潜力	Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤（SHH-MB）	肿瘤学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	PDX和GEM模型	基因表达数据	SHH-MB外植体类器官、PDX和GEM模型
998	2025-05-07	Usp11 maintained the survival of marginal zone B cells under ionizing radiation by deubiquitinating DLL1 and JAG2 2025-Feb-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07377-7 PMID:39904982	研究论文	本研究探讨了Usp11在辐射引起的免疫损伤中的作用及其机制	揭示了Usp11通过去泛素化DLL1和JAG2维持边缘区B细胞存活的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚需进一步研究	阐明Usp11在辐射引起的造血和免疫损伤中的作用	Usp11基因敲除小鼠和边缘区B细胞	免疫学	辐射损伤	单细胞测序、免疫荧光、免疫组化、流式细胞术、Co-IP、泛素化实验、ELISA	小鼠急性辐射综合征(ARS)模型	实验数据	Usp11基因敲除小鼠
999	2025-05-07	Phospho-seq: integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56590-7 PMID:39905064	研究论文	本文介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于在单细胞水平上定量分析细胞质和核蛋白，包括具有翻译后修饰的蛋白质，并将其活性与顺式调控元件和转录靶标联系起来	提出了一种简化的实验台抗体偶联方法，创建了大型定制神经聚焦抗体面板，用于同时进行蛋白质和scATAC-seq分析，并结合实验和计算策略整合转录组测量	NA	开发一种可扩展且灵活的方法，用于在单细胞水平上分析细胞信号状态及其他分子模式	细胞系、诱导多能干细胞、数月龄的视网膜和脑类器官	单细胞测序	NA	Phospho-seq, scATAC-seq	NA	蛋白质、转录组、表观遗传	细胞系、诱导多能干细胞、视网膜和脑类器官
1000	2025-05-07	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2025-Feb-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82218-9 PMID:39905117	研究论文	探讨紫杉醇对三阴性乳腺癌细胞反应的影响，揭示与干扰素反应相似的细胞周期相关耐药机制	通过单细胞RNA测序发现紫杉醇处理后TNBC细胞中干扰素反应相关基因程序上调，并鉴定出13个转录因子在紫杉醇耐药中的作用，特别是ELF3上调作为潜在的耐药生物标志物	研究主要基于体外细胞实验，临床样本验证有限	探索紫杉醇在三阴性乳腺癌治疗中的分子机制及耐药性	三阴性乳腺癌细胞	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-seq, siRNA敲除, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 影像数据	NA