单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-06-15	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	研究揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并指出内皮CLEC5A可作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	首次发现内皮CLEC5A在驱动屏障功能障碍和血管渗漏中的作用，并验证其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究CLEC5A在内皮屏障功能障碍和血管损伤中的作用	小鼠模型中的内皮细胞和CLEC5A基因	分子生物学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	CLEC5A缺陷小鼠和野生型小鼠
82	2025-06-15	Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression 2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae057 PMID:39777529	research paper	该研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型，定义了骨髓中共同髓系祖细胞（CMPs）内miR-144/451表达对红细胞早期分化的标志作用	首次利用miR-144/451-eGFP报告基因系统揭示CMPs中红细胞定向祖细胞的早期分化特征，并发现CD53表达缺失与红细胞谱系定向相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证人类造血系统中的保守性	阐明红细胞谱系定向祖细胞在髓系发育早期的分子特征	miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓祖细胞	造血发育生物学	红细胞发育相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因敲入模型	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明数量的miR-144/451-eGFP+祖细胞
83	2025-06-15	Spatial organization, chromatin accessibility and gene-regulatory programs defining mouse sensory neurons 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08315-1 PMID:40500276	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学技术，揭示了小鼠感觉神经元的空间组织、染色质可及性及其基因调控程序	首次提供了包含超过44,000个神经元的综合图谱，发现了先前未被识别的神经元类型，并揭示了神经元和非神经元细胞的空间分区	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	解析感觉神经元异质性的调控机制	小鼠背根神经节神经元	基因组学	NA	scRNA-seq, MERSCOPE空间转录组学	NA	基因表达数据, 空间转录组数据	超过44,000个神经元
84	2025-06-15	Loss of LAPTM4A inhibits M2 polarization of tumor-associated macrophages in glioblastoma, promoting immune activation and enhancing anti-PD1 therapy 2025-Jun-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08147-z PMID:40500284	研究论文	本研究探讨了LAPTM4A缺失对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化的影响及其在调节抗肿瘤免疫中的作用	发现LAPTM4A促进TAMs的M2极化，而LAPTM4A缺失则导致M1巨噬细胞表型转变，增强免疫激活和对PD-1治疗的敏感性	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能限制了结果在人类或其他性别中的适用性	探索LAPTM4A在调节TAMs极化和抗肿瘤免疫中的作用，以改善胶质母细胞瘤的治疗	胶质母细胞瘤和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外共培养系统和体内抗PD-1治疗实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6雄性小鼠建立的胶质瘤模型
85	2025-06-15	Mechanisms of organotropism in breast cancer and predicting metastasis to distant organs using deep learning 2025-Jun-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02905-5 PMID:40500539	研究论文	本研究探讨了乳腺癌的器官趋向性机制，并利用深度学习预测乳腺癌向远处器官转移	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq数据和深度学习技术，开发了深度神经网络模型识别器官特异性转移基因	研究仅关注了乳腺癌向骨、脑、肝和肺四种器官的转移，未涵盖其他可能的转移部位	探索乳腺癌器官趋向性机制并预测转移风险	乳腺癌及其向骨、脑、肝和肺的转移	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ChIP-seq、深度学习	DNN	基因组数据、转录组数据	未明确说明样本数量
86	2025-06-15	Single-cell transcriptome reveals the reprogramming of immune microenvironment during the transition from MASH to HCC 2025-Jun-11, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02370-2 PMID:40500691	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了免疫微环境在MASH向HCC转变过程中的重编程机制	首次详细描绘了MASH驱动HCC过程中的免疫景观变化，并发现ApoE在MASH相关HCC中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明MASH向HCC转变过程中的免疫微环境变化及关键致病基因	MASH驱动HCC小鼠模型中的CD45+免疫细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 多重免疫组化	STAM小鼠模型	单细胞转录组数据	31,822个细胞（来自正常饮食、MASH和HCC小鼠的肝脏组织）
87	2025-06-15	OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis 2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03480-w PMID:40500776	research paper	该研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体释放来驱动小胶质细胞焦亡，从而加剧脓毒症相关脑病的机制	首次阐明了OTUD1-HK2轴作为SAE的新型调控通路，为脓毒症相关认知障碍提供了潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限	探究OTUD1在脓毒症相关脑病(SAE)发病机制中的作用	小胶质细胞、HK2蛋白、OTUD1去泛素化酶	神经免疫学	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序、分子对接、3D共聚焦显微镜、免疫共沉淀	OTUD1基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据、行为学数据	实验小鼠（野生型和OTUD1敲除型）、原代小胶质细胞和BV2细胞系、临床样本
88	2025-06-15	Iterative transcription factor screening enables rapid generation of microglia-like cells from human iPSC 2025-Jun-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59596-3 PMID:40494892	研究论文	本文介绍了一种迭代、高通量的单细胞转录因子筛选方法，用于快速将人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为具有转录和功能相似性的微胶质样细胞	开发了一种新的迭代转录因子筛选方法，并成功鉴定了六个转录因子的组合，可在4天内将人类iPSC分化为微胶质样细胞	未提及	探索高效生成特定细胞类型的方法，以研究细胞类型特异性分子机制和功能	人类诱导多能干细胞（iPSC）	细胞生物学	NA	单细胞转录因子筛选、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
89	2025-06-15	CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation 2025-Jun-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927 PMID:40505846	研究论文	本文研究了CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用及其通过TGF-β/Smad介导的EMT信号和侵袭伪足形成的机制	首次发现CRABP2作为腹膜转移相关差异表达基因，通过调控侵袭伪足形成和TGF-β/Smad信号通路促进结直肠癌转移	研究未涉及CRABP2在临床治疗中的具体应用效果	探索CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的分子机制及其临床意义	结直肠癌腹膜转移的分子机制	癌症生物学	结直肠癌	整合生物信息学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
90	2025-06-15	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-Jun-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	该研究通过空间免疫分析和多组学方法，探讨了人类和小鼠肺腺癌前体的肿瘤微环境变化，提出了TIM-3作为前体干预的潜在靶点	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征，并验证了其在早期干预中的潜在作用	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅涉及5个	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及前体组织	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 空间免疫和转录组分析	NA	空间免疫数据, 转录组数据	114例人类样本, 5个小鼠模型
91	2025-06-15	C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011472 PMID:40484643	研究论文	本研究探讨了C5a/C5aR通路在乳腺癌铜死亡抵抗中的作用，并提出了结合CuS纳米颗粒和C5a受体拮抗剂的新型治疗策略	首次证明C5a/C5aR通路通过Wnt/β-catenin通路上调ATP7B表达介导铜死亡抵抗，并提出CuS纳米颗粒联合C5aRA的协同治疗方案	研究主要聚焦于乳腺癌，其他癌症类型的适用性需要进一步验证	探究铜死亡抵抗机制并开发新型癌症联合治疗策略	乳腺癌细胞及小鼠移植瘤模型	癌症治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序、RNA测序、生物信息学分析、免疫组化、流式细胞术、ELISA	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	未明确说明具体样本数量（包含体外细胞实验和小鼠模型）
92	2025-06-15	Targeting TBK1 potentiates oncolytic virotherapy via amplifying ICAM1-mediated NK cell immunity in chemo-resistant colorectal cancer 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011455 PMID:40484646	research paper	该研究探讨了化疗耐药性结直肠癌（CRC）对溶瘤病毒（OVs）治疗的敏感性，并发现TBK1抑制剂（TBK1i）与OVs联合使用可增强NK细胞的抗肿瘤免疫反应	揭示了TBK1在化疗耐药性CRC中的异常激活及其对OVs疗效的影响，并首次提出TBK1i与OVs联合治疗可通过ICAM1介导的NK细胞免疫增强抗肿瘤效果	研究主要基于体外、体内和患者来源的类器官模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索化疗耐药性CRC对OVs治疗的敏感性及TBK1i的增效机制	化疗耐药性结直肠癌（CRC）	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	RNA测序分析、免疫组化、单细胞RNA测序、流式细胞术、体内中和实验	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、流式细胞数据	NA
93	2025-06-15	Preclinical and clinical evaluation of intratumoral injection of an IL-12 expressing SKV-012 oncolytic virus for advanced solid tumors 2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011642 PMID:40484644	研究论文	评估表达IL-12的溶瘤病毒SKV-012在晚期实体瘤中的临床前和临床效果	SKV-012是一种新型工程化溶瘤病毒，结合了IL-12的免疫刺激作用和溶瘤疱疹病毒的肿瘤特异性复制能力，能够重塑肿瘤微环境	样本量较小，仅为I期临床试验结果	评估SKV-012在晚期实体瘤中的安全性和有效性	晚期实体瘤患者	肿瘤免疫治疗	实体瘤	多路免疫组化、单细胞转录组分析	NA	临床数据、实验数据	临床前模型和6名患者（I期临床试验）
94	2025-06-15	Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq 2025-Jun-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853 PMID:40482912	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演化	首次在单细胞分辨率下系统描绘了venetoclax治疗期间骨髓微环境重塑的动态变化，并提出了预测治疗反应的预后标志物和克服耐药性的临床可行策略	研究样本量有限，且主要基于DAV治疗方案，结果在其他治疗方案中的普适性需要进一步验证	阐明venetoclax治疗AML过程中骨髓微环境重塑的机制并开发克服耐药的策略	接受DAV治疗的AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	配对的治疗前后AML患者骨髓样本（具体数量未明确提及）
95	2025-06-15	Single-cell RNA sequencing analysis reveals a lack of CXCL13+ T cell subsets associated with the recurrence of cervical squamous cell carcinoma following concurrent chemoradiotherapy 2025-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04083-3 PMID:40464813	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的机制，发现CXCL13+ T细胞亚群的缺失与复发相关	首次构建了宫颈鳞状细胞癌患者在同步放化疗前的肿瘤微环境细胞图谱，并揭示了CXCL13+ T细胞亚群在非复发肿瘤中的重要作用	样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性	探索宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的细胞和分子机制	宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	digital pathology	cervical cancer	single-cell RNA sequencing, 10×单细胞测序	random forest	单细胞RNA测序数据	6名宫颈鳞状细胞癌患者（3名复发，3名未复发）
96	2025-06-15	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-03, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类（PIGU）在肝细胞癌（HCC）糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用公共数据库、CRISPR敲除筛选分析及单细胞RNA测序技术，揭示PIGU在HCC糖酵解通路中的调控作用及其对细胞周期的影响	研究主要基于体外细胞实验和公共数据库分析，缺乏体内动物模型验证	探索PIGU在HCC糖酵解中的分子调控机制	肝细胞癌（HCC）细胞系SMMC-7721和Huh7	癌症研究	肝细胞癌	RNA测序（bulk RNA和scRNA-seq）、CRISPR敲除筛选、免疫组化（IHC）、蛋白质组学、细胞功能实验（增殖、迁移、侵袭、细胞周期和凋亡检测）	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据、细胞实验数据	3773例HCC样本（bulk RNA）、234例HCC样本（IHC和蛋白质组学）、22861个HCC细胞（scRNA-seq）
97	2025-06-15	OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311 PMID:40392208	research paper	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量感知的人类化转换	OrthologAL通过与BioMart接口访问Ensembl数据库中的不同基因集，无需用户生成代码即可实现直系同源转换，便于将非人类转录组数据应用于药物转录组学数据库	NA	促进非人类转录组的人类直系同源转换，并将药物转录组学数据库应用于临床前研究模型	单细胞、单核和空间转录组数据，包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型	生物信息学	髓母细胞瘤, 脊髓损伤	单细胞转录组学, 空间转录组学	Shiny应用程序, Seurat对象	基因表达数据	包括来自GSE129730、GSE213240、GSE234774和E-MTAB-11720等多个数据集的样本
98	2025-06-15	Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis 2025-Jun, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13752 PMID:39425259	研究论文	该研究通过结合空间分辨代谢组学和空间转录组学，揭示了RACK1通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进脂肪酸合成，从而推动宫颈癌细胞生长的机制	首次整合空间分辨代谢组学和空间转录组学技术，揭示了RACK1在宫颈癌脂肪酸合成中的调控作用及其分子机制	研究仅针对宫颈癌细胞，未在其他类型癌症中验证RACK1的作用	探究RACK1在宫颈癌细胞脂肪酸合成中的调控机制	宫颈癌细胞	癌症代谢研究	宫颈癌	空间分辨代谢组学、空间转录组学、染色质免疫沉淀、免疫共沉淀、Western blotting	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
99	2025-06-15	Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358 PMID:40378566	研究论文	本研究通过结合生物信息学和实验方法，构建了一个基于自噬相关基因的预测模型，以预测肝细胞癌（HCC）的预后，并筛选出核心基因SQSTM1作为潜在的治疗靶点	构建了一个新的基于自噬相关基因的风险预测模型，并验证了其优于现有模型的效果，同时通过单细胞测序数据确定了核心基因SQSTM1在肿瘤相关巨噬细胞中的分布	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立临床队列的验证	阐明自噬途径在肝细胞癌中的作用，并识别潜在的治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	生物信息学分析、单细胞测序、药物敏感性分析	机器学习结合蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA、GEO和ICGC数据集中的HCC样本
100	2025-05-25	Confronting the challenge of cell segmentation in spatial transcriptomics 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02717-z PMID:40410420	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA