单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 34108 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2025-12-16 |
Dissecting mammalian cortical circuit development at single-cell resolution using inducible barcoded rabies virus
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687321
PMID:41292979
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研究论文 | 本研究开发了一种可诱导条形码狂犬病毒（ibRV）工具，结合单细胞基因组学和空间转录组学，用于在小鼠皮层回路发育过程中进行高分辨率分析 | 开发了ibRV工具，解决了传统狂犬病毒追踪方法的细胞毒性、低通量、时间控制不足和无法获取单个神经元分子谱的问题，实现了时间可控的突触回路标记和高通量单细胞基因组学读取 | NA | 研究哺乳动物大脑皮层回路在发育过程中的形成机制，特别是与神经发育障碍相关的回路异常 | 小鼠皮层回路，包括产前晚期和出生后阶段的特定神经元连接 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞基因组学，空间转录组学，狂犬病毒追踪 | NA | 基因组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 82 | 2025-12-16 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.06.11.495771
PMID:41279317
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研究论文 | 本文提出了一种基于物理模型的方法，通过拟合随机转录动态到单细胞测序数据，以区分数据的生物和技术层面，并揭示潜在调控过程 | 利用单细胞RNA测序数据中的新生和成熟RNA计数，在生物物理转录模型下进行有意义的“整合”，从而识别平均基因表达变化无法检测的转录调控，并在共同框架内比较基因调控的机制假设 | 未明确提及具体局限性，可能依赖于现有数据集的质量和覆盖范围 | 开发一种模型驱动的方法，以利用单细胞测序数据的随机性、规模和多模态特性，区分生物和技术因素并揭示转录调控机制 | 单细胞RNA测序数据，特别是新生和成熟RNA计数 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生物物理转录模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2025-12-16 |
IGF1-mediated mesenchymal-endothelial transition as a potential regulatory target in calcific aortic valve disease
2025-Nov-03, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04433-z
PMID:41184837
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研究论文 | 本研究首次证明了在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中，主动脉瓣间质细胞（VICs）具有向内皮细胞分化的能力，即间质-内皮转化（MEndT），并揭示了IGF1-PI3K-AKT-HIF通路在此过程中的调控作用 | 首次确认VICs在钙化条件下可向内皮细胞分化，发现MEndT现象在CAVD中存在，并鉴定IGF1-PI3K-AKT-HIF通路为关键调控机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本数量有限（16例），且MEndT在CAVD中的具体病理生理意义需进一步验证 | 探究CAVD中主动脉瓣间质细胞向内皮细胞分化的潜能及其分子机制 | 人类钙化主动脉瓣组织、猪正常主动脉瓣来源的VICs和VECs、Col1a2-CreERT: R26R-tdTomato转基因小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 钙化性主动脉瓣疾病 | 石蜡切片免疫荧光分析、转录组测序、Western blot、qPCR、体内Matrigel plug实验、体外管形成实验、单细胞测序数据分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、蛋白质印迹数据、单细胞测序数据 | 16例CAVD患者钙化主动脉瓣组织、猪正常主动脉瓣、转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 84 | 2025-12-16 |
Dynamics of local B cell migration during affinity maturation in the human tonsil
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685876
PMID:41279088
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研究论文 | 本文通过空间转录组学数据揭示了人类扁桃体中B细胞在亲和力成熟过程中的局部迁移动态 | 首次通过进化重分析空间转录组学数据，量化了B细胞在生发中心间的局部迁移速率，并发现迁移遵循类似时钟的过程，迁移率约为每50次细胞分裂一次 | 研究仅基于人类扁桃体数据，未涉及其他组织或疾病状态，且迁移机制的具体分子基础尚未阐明 | 探究人类扁桃体中B细胞在亲和力成熟过程中的空间迁移动态及其对序列多样性的影响 | 人类扁桃体中的B细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 85 | 2025-12-16 |
A chromosome-level assembly and functional genomic resources for the model annelid Capitella teleta
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685816
PMID:41279112
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研究论文 | 本研究通过结合长读长和短读长测序与Hi-C染色质构象捕获数据，组装了多毛类模型生物Capitella teleta的染色体水平基因组，并提供了功能基因组资源 | 首次为C. teleta实验室品系组装了染色体水平的核基因组和线粒体基因组，揭示了基因组重排现象，并利用多组学数据集改进了基因标记识别和生物学见解 | 未明确提及具体样本数量或实验重复，可能限制统计稳健性 | 为多毛类模型生物Capitella teleta提供先进的基因组资源，以支持进化发育生物学、比较基因组学和生态毒理学研究 | 多毛类动物Capitella teleta的实验室品系 | 比较基因组学 | NA | 长读长测序, 短读长测序, Hi-C染色质构象捕获, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | 基因组序列, 转录组数据, 表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, EM-seq | NA | NA |
| 86 | 2025-12-16 |
Empirical Evaluation of Single-Cell Foundation Models for Predicting Cancer Outcomes
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685892
PMID:41279698
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研究论文 | 本文系统评估了九种单细胞基础模型和三种基线方法在六项癌症相关任务中的表现，以探索其在预测癌症临床结果方面的实用性 | 首次对多种单细胞基础模型在癌症患者临床结果预测任务上进行系统性评估，并比较了零样本学习、持续训练和微调等不同条件下的性能 | 当前单细胞基础模型在预测癌症患者临床和生物学结果方面相比简单基线模型优势有限，且需要更多癌症单细胞队列数据支持 | 评估单细胞基础模型在癌症临床相关任务中的表现，推动其在精准肿瘤学中的应用 | 单细胞RNA测序数据，癌症患者样本 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基础模型，基线模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 87 | 2025-12-16 |
Spatial Transcriptomics Identify T Cell-Driven Mechanisms of Kidney Damage in Immune Checkpoint Inhibitor-Associated Acute Interstitial Nephritis
2025-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685702
PMID:41280053
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎（ICI-AIN）中T细胞驱动的肾脏损伤机制 | 首次应用亚细胞分辨率空间转录组学平台（Xenium Prime 5K）比较ICI-AIN与ICI-ATN的肾脏组织细胞组成，识别出独特的炎症微环境及CD8+ T细胞通过IFN-γ驱动髓系细胞炎症程序的空间交互机制 | 样本量较小（仅8例活检标本），且为观察性研究，需更大规模验证 | 阐明免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎（ICI-AIN）的炎症发生机制 | 接受免疫检查点抑制剂治疗患者的肾脏活检组织（4例ICI-AIN，4例ICI-ATN） | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 8例肾脏活检标本（4例ICI-AIN，4例ICI-ATN），共分析332,000个细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium Prime 5K | Xenium Prime 5K空间转录组学平台（亚细胞分辨率） |
| 88 | 2025-12-16 |
Acetoacetate suppresses colon cancer via an MR1-MAIT axis
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.685375
PMID:41279095
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研究论文 | 本研究揭示了外源性酮体乙酰乙酸通过MR1-MAIT细胞轴抑制结肠癌生长的机制 | 首次阐明乙酰乙酸通过转化为甲基乙二醛，与微生物衍生的5-A-RU结合生成强效MR1配体5-OP-RU，从而选择性扩增并激活细胞毒性MAIT细胞的抗肿瘤机制 | 研究主要基于临床前模型，人类细胞培养实验的体内转化效果仍需验证，且未涉及长期安全性评估 | 探索乙酰乙酸在结直肠癌治疗中的免疫调节作用及分子机制 | 结直肠癌临床前模型、肿瘤单核细胞、MAIT细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传学敲除、抗体介导的细胞耗竭 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多个临床前结直肠癌模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 89 | 2025-12-16 |
A molecular map of the human spinal dorsal and ventral horn defines arrangement of neuronal types and glial sex differences
2025-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.31.685953
PMID:41279941
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研究论文 | 本研究通过深度单核测序和空间转录组学技术，绘制了人类脊髓背角和腹角的分子图谱，揭示了神经元类型的空间排列和胶质细胞的性别差异 | 首次结合单核测序和单分子空间转录组学，系统解析了人类脊髓背角和腹角的细胞多样性空间特性，并发现了胶质细胞在转录组水平的性别特异性类型和状态 | 研究基于死后器官捐赠者组织，样本量相对较小（11例），且可能无法完全反映活体生理状态 | 理解人类脊髓的细胞多样性空间特性和性别差异，以促进脊髓生理学和神经系统疾病（特别是疼痛）药物靶点的研究 | 人类腰椎脊髓背角和腹角组织样本 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单核测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 11例器官捐赠者（6名女性，5名男性）的腰椎脊髓样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium 单分子空间转录组学平台 |
| 90 | 2025-12-16 |
SpaTM: topic models for inferring spatially informed transcriptional programs
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf657
PMID:41359801
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaTM的空间主题模型框架，用于从注释引导和无注释角度联合分析空间转录组数据，以推断空间信息化的转录程序 | SpaTM能够同时进行注释引导和无注释的空间转录组分析，学习基于组织学的基因程序，并在手动注释有限或嘈杂时推断空间域，提供了一个统一且可解释的分析框架 | NA | 开发一个统一的框架来分析和解释空间转录组数据，以增强对组织结构和疾病的理解 | 空间转录组数据，具体应用于背外侧前额叶皮层和导管癌样本，以及人类大脑中的大规模单核RNA测序图谱 | 空间转录组学 | 抑郁症 | 空间转录组学 | 主题模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 91 | 2025-12-16 |
Defects in the DNA Damage Response of Patient-derived Endometriosis Stromal Cells
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.685406
PMID:41278719
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研究论文 | 本研究探讨了子宫内膜异位症患者来源的基质细胞在DNA损伤反应中的缺陷 | 首次在患者来源的月经流出物基质细胞中揭示了子宫内膜异位症相关的DNA损伤反应缺陷，并发现其与MRN复合物下调相关 | 研究基于体外细胞系模型，可能无法完全反映体内情况；样本量未明确说明 | 研究子宫内膜异位症患者基质细胞的DNA损伤反应机制 | 患者来源的月经流出物基质细胞（来自健康捐赠者和子宫内膜异位症患者） | 分子生物学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 92 | 2025-12-16 |
Activation and Spatial Redistribution of RNA Splicing Factors Trigger Hepatic Regeneration
2025-Sep-29, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101654
PMID:41033443
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研究论文 | 本研究通过时空测序和单细胞RNA测序揭示了RNA剪接因子在肝再生中的关键作用及其空间重分布机制 | 首次结合时空测序与肝细胞类器官单细胞RNA测序，系统阐明剪接因子在肝再生启动中的空间重塑和分子机制，并鉴定出HNRNPU作为关键因子 | 研究主要基于小鼠模型和类器官，人类样本验证相对有限，且具体剪接因子下游靶点的调控网络需进一步解析 | 探究肝再生启动的精确空间和分子改变，寻找肝疾病的潜在治疗靶点 | 再生肝脏、肝细胞类器官（Hep-Orgs）、基因敲除小鼠模型 | 单细胞组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 时空测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体样本数量，涉及再生肝脏、肝细胞类器官和基因敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 93 | 2025-12-16 |
CONTRASTIVE LINEAR REGRESSION
2025-Sep, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/24-aoas1977
PMID:41383351
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研究论文 | 本文提出了一种对比线性回归方法，用于处理具有响应变量的案例-对照研究数据，以识别与案例特定响应相关的预测因子 | 开发了对比回归模型，能够捕获案例和对照组预测因子之间的共享低维变异，并通过移除共享变异后的剩余方差解释案例特定响应变量 | NA | 旨在识别与疾病严重程度或干预剂量等响应变量相关的生物信息学预测因子 | 慢性鼻窦炎伴或不伴鼻息肉患者的单细胞RNA测序数据，以及自闭症患者与对照者死后脑样本的单核RNA测序数据 | 机器学习 | 慢性鼻窦炎，自闭症 | 单细胞RNA测序，单核RNA测序 | 对比线性回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，单核RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2025-12-16 |
A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047
PMID:40728928
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研究论文 | 本研究构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生时空图谱，用于探索轴向模式，并将体外模型投射到体内空间 | 整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有E8.5空间及E6.5-E9.5单细胞RNA-seq图谱，创建了包含超过15万个细胞、82种精细细胞类型注释的时空图谱，揭示了原条中胚层命运决定的空间逻辑 | 研究主要聚焦于特定胚胎发育阶段（E6.5-E9.5），可能未完全覆盖更早期或更晚期的发育事件 | 探索小鼠原肠胚形成和早期器官发生过程中的空间转录组动态和轴向模式 | 小鼠胚胎（E6.5-E9.5发育阶段） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 空间转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 超过150,000个细胞 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 95 | 2025-12-16 |
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types
2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.07.03.25330832
PMID:40630576
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研究论文 | 本研究通过整合慢性疼痛的GWAS数据与人类大脑、背根神经节及小鼠背角的单细胞测序数据，揭示了慢性疼痛在特定神经元亚型中的遗传基础 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了慢性疼痛的遗传变异在人类大脑和背根神经节特定细胞类型中的富集模式，并整合了跨物种（人/鼠）的染色质可及性数据 | 样本量相对有限（特别是患者DRG样本仅12例），且小鼠模型数据与人类数据的直接可比性可能存在物种差异 | 解析慢性疼痛的细胞类型特异性遗传结构，为靶向治疗研究提供基础 | 慢性疼痛患者群体、人类大脑组织、人类背根神经节组织、小鼠背角组织 | 生物信息学 | 慢性疼痛 | 全基因组关联研究、单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据 | GWAS样本1,235,695例；患者背根神经节样本12例 | NA | 单细胞RNA-seq，单细胞染色质可及性分析 | NA | NA |
| 96 | 2025-12-16 |
Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma
2025-07, Annual review of neuroscience
IF:12.1Q1
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综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制，重点讨论了其分子亚群的细胞起源、可塑性、异质性以及相关的遗传和表观遗传改变 | 整合了最新的单细胞转录组学研究，提出了各分子亚群特异性遗传-表观遗传改变导致神经发育程序停滞并引发肿瘤的新观点，并强调了靶向特定致癌脆弱性的治疗进展 | NA | 探讨髓母细胞瘤的细胞起源、肿瘤发生机制以及相关治疗策略 | 髓母细胞瘤及其分子亚群 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2025-12-16 |
A pair-rule-like transcription network coordinates neural tube closure in a proto-vertebrate
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.18.660479
PMID:40666853
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研究论文 | 本研究在尾索动物中揭示了一个由转录因子调控的、类似于体节形成对规则基因网络的转录回路，该回路通过协调细胞增殖与神经褶融合来调控神经管闭合过程 | 首次在原始脊椎动物（尾索动物）中发现了一个调控神经管闭合的、具有对规则基因样表达模式的转录网络，揭示了从早期神经模式化到形态发生执行的转录转换机制 | 研究主要基于尾索动物模型，其机制在高等脊椎动物中的保守性仍需进一步验证；单细胞RNA-seq数据仅提供了转录组层面的证据，功能验证有待加强 | 探究神经管闭合过程中协调细胞行为的转录调控程序 | 尾索动物（Ciona）胚胎的神经管闭合过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，高分辨率HCR原位杂交，错误表达研究 | NA | 基因表达数据，单细胞转录组数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2025-12-16 |
Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics
2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.10.02.508492
PMID:40667258
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析，绘制了健康和发育不良结肠细胞生态系统的详细空间图谱，揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元 | 创新点在于整合单细胞和空间转录组学技术，首次在结直肠癌中识别出具有特定细胞组成和功能互动的空间细胞邻域，并展示了这些特征在小鼠与人类之间的保守性 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，可能无法完全捕捉人类结直肠癌的全部异质性，且空间分辨率受Slide-seq技术限制 | 研究目标是表征结直肠癌中细胞生态系统的空间组织和功能互动，以理解疾病进展机制 | 研究对象包括诱导性遗传结直肠癌小鼠模型和人类结直肠癌样本，涵盖健康和发育不良的结肠组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重RNA分析 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Slide-seq | Slide-seq空间转录组学技术 |
| 99 | 2025-12-16 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.656433
PMID:40502191
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研究论文 | 本研究利用成像空间转录组学技术，分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺部，构建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱，以揭示肺部发育和疾病中的分子空间关系 | 首次创建了涵盖发育和疾病严重程度的人类婴儿肺部空间转录组图谱，并提出了基于胎龄和寿命的简化分类方案，超越了传统的“疾病vs.对照”二元比较 | 样本量相对有限（17例），且主要关注急性新生儿肺损伤，可能无法完全代表其他肺部疾病或更广泛的发育阶段 | 阐明肺部器官发生过程中的细胞转变时序和调控机制，以及疾病如何破坏这些空间分子关系 | 人类婴儿肺部组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 成像空间转录组学 | 计算聚类方法 | 空间转录组数据 | 17个人类婴儿肺部样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 100 | 2025-12-16 |
Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment
2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011548
PMID:40389372
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研究论文 | 本研究探讨了脑肿瘤如何诱导引流淋巴结中的免疫调节性树突状细胞，并发现OX40激动剂治疗可靶向这些细胞 | 揭示了脑肿瘤引流淋巴结中树突状细胞的独特免疫调节功能，并首次将OX40信号通路与CCR7+OX40+树突状细胞的直接作用及对T细胞的间接影响联系起来 | 研究基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；未详细探讨其他免疫细胞或信号通路在脑肿瘤免疫微环境中的潜在作用 | 研究脑肿瘤免疫微环境中树突状细胞的免疫调节功能及其对治疗反应的影响 | 小鼠胶质瘤和淋巴瘤模型中的树突状细胞及T细胞 | 免疫学 | 脑肿瘤 | 高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序、体外和体内功能表征 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |