单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-10	Identifying gene expression and cellular pathways involved in glomerular AL-amyloidosis and correlation with experimental data: seeking novel therapeutic interventions 2025-Mar-04, Ultrastructural pathology IF:1.1Q4 DOI:10.1080/01913123.2025.2468708 PMID:39985165	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，探讨了肾小球AL-淀粉样变性中基因表达和细胞通路的变化，并寻找新的治疗靶点	首次在人类肾小球中应用空间转录组学技术，揭示了与肾小球淀粉样变性起始和进展相关的独特基因和细胞通路	样本量较小（仅5例肾活检样本），且仅针对AL-淀粉样变性进行研究	探索肾小球AL-淀粉样变性的分子机制并寻找新的治疗干预靶点	肾小球AL-淀粉样变性患者的肾活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	5例不同阶段的肾小球淀粉样变性活检样本和正常对照样本
82	2025-05-10	AsaruSim: a single-cell and spatial RNA-Seq Nanopore long-reads simulation workflow 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf087 PMID:39985444	研究论文	开发了一个名为AsaruSim的工作流程，用于模拟合成单细胞长读长Nanopore数据集，以模仿真实的实验数据	AsaruSim是首个能够有效模拟scRNAseq长读长数据集复杂性的高级模拟工具，填补了该领域的空白	未明确提及具体的局限性，但可能包括模拟数据与真实数据的潜在差异	评估和优化单细胞长读长研究的异构体检测方法	人类外周血单个核细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和Nanopore长读长测序	NA	RNA测序数据	人类外周血单个核细胞数据集
83	2025-05-10	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	评论	本文讨论了机器学习在人类单细胞数据分析中可能出现的各种偏差	全面分析了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提出具体的解决方案，仅进行了问题分析和建议	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督ML模型	单细胞数据	NA
84	2025-05-10	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞的免疫异常特征	首次在ACLF患者中鉴定出一群促炎性B细胞亚群，并发现幼稚B细胞的比例显著增加及其功能异常	样本量相对有限，且未深入探究B细胞功能异常的分子机制	探究ACLF患者中B细胞的免疫特征及其在疾病发生发展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	乙型肝炎病毒相关慢加急性肝衰竭	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血样本
85	2025-05-10	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	research paper	该研究开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，揭示了肿瘤内氧化应激微环境（HO热点）如何通过p38-MYC轴激活促进癌细胞扩散	开发了T-AP1探针可视化肿瘤氧化应激微环境，揭示了HO热点通过p38-MYC轴激活促进癌细胞部分上皮-间质转化和迁移的新机制	未涉及NRF2高度激活肿瘤中p38反应缺失的具体分子机制	探究肿瘤微环境中氧化应激对癌细胞扩散的影响	肿瘤细胞（除NRF2高度激活肿瘤外）及正常上皮细胞	肿瘤微环境研究	癌症（泛癌种）	肿瘤靶向探针成像（T-AP1）	NA	分子成像数据	未明确样本量（涉及多癌种肿瘤细胞及正常上皮细胞）
86	2025-05-10	Insights and perspectives on the role of APOC1 inhibition in modulating immunotherapy outcomes in HCC: Commentary on Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025-Feb-25, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103564 PMID:40339430	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
87	2025-05-10	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify a distinct tumor stem cells and construct a novel prognostic signature for evaluating prognosis and immunotherapy in LUAD 2025-Feb-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06243-6 PMID:39987127	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，识别了肺腺癌中的肿瘤干细胞特征，并构建了一个新的预后标志物模型	结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建TSCMS模型，并发现TAF10作为潜在治疗靶点	研究样本量未明确说明，且模型验证可能需更多独立队列	开发肺腺癌预后评估模型并探索免疫治疗反应	肺腺癌肿瘤干细胞及其基因特征	数字病理	肺腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR, Western blot, 免疫组化	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	NA
88	2025-05-10	NK cell immunopotentiators-loaded nanoliposomes enhance ADCC effect for targeted therapy against HER2-positive breast cancer 2025-Feb-22, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-02023-9 PMID:39987140	research paper	研究通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗耐药的关键机制，并设计了一种新型纳米脂质体来增强NK细胞的活性和浸润，从而提高曲妥珠单抗的抗肿瘤效果	首次发现NK细胞在肿瘤微环境中的浸润和活性降低是导致曲妥珠单抗耐药的关键机制，并设计了一种靶向HER2的pH敏感纳米脂质体来递送NK细胞免疫增强肽	研究主要基于体外实验和HER2乳腺癌模型，尚未在临床患者中进行验证	增强HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗的治疗响应	HER2阳性乳腺癌患者肿瘤组织和NK细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞测序、生物信息学分析	HER2乳腺癌模型	测序数据、实验数据	NA
89	2025-05-10	Interferon-gamma receptor signaling regulates innate immunity during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-22, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03376-9 PMID:39987156	研究论文	该研究探讨了干扰素-γ受体信号在金黄色葡萄球菌颅骨切开术感染中对先天免疫的调控作用	发现了IFN-γ在增强巨噬细胞和小胶质细胞抗菌活性中的关键保护作用，并提出了通过调控IFN-γ反应作为慢性颅骨切开术感染的新治疗策略	研究中使用的条件性敲除小鼠模型显示出功能冗余现象，可能影响结果的解释	开发针对颅骨切开术感染中免疫功能障碍的替代治疗策略	金黄色葡萄球菌生物膜感染模型和Ifngr1缺陷小鼠	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	Ifngr1缺陷小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了野生型和Ifngr1缺陷小鼠
90	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57157-2 PMID:39987196	研究论文	介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分解方法，用于提高scRNA-seq因子分析的可解释性	开发了sciRED方法，通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、映射因子到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，以及确定结果因子代表的基因和生物过程，改进了scRNA-seq因子分析的解读	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的可解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
91	2025-05-10	Human nasal turbinate stem cells with specific gene signatures (HAS2, CXCL1, KRTAP1-5, GSTT2B, and C4B) attenuate rheumatoid arthritis 2025-Feb-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90707-8 PMID:39987230	研究论文	本研究探讨了人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）对类风湿性关节炎（RA）小鼠的治疗效果，并鉴定了具有治疗效果的hNTSCs基因特征	首次鉴定了hNTSCs在RA治疗中的特定基因特征（HAS2、CXCL1、KRTAP1-5、GSTT2B和C4B），并揭示了其通过抑制效应辅助T细胞和破骨细胞生成来发挥治疗作用的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索hNTSCs对RA的治疗效果及其作用机制	人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）和胶原诱导的关节炎（CIA）小鼠模型	干细胞治疗	类风湿性关节炎	流式细胞术、TRAP染色、微阵列分析、RT-qPCR、单细胞RNA测序	CIA小鼠模型	基因表达数据	20名健康对照者的hNTSCs
92	2025-05-10	Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57047-7 PMID:39987255	research paper	开发了一种名为SenePy的分析算法，用于定义跨多种细胞类型和组织的细胞衰老特征	SenePy算法能够识别细胞类型特异性和通用的细胞衰老特征，优于体外衰老研究得出的特征	NA	研究细胞衰老在不同细胞类型和组织中的特征及其在健康和疾病中的作用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	生物信息学	肿瘤发生、炎症、心肌梗死	单细胞转录组学	SenePy	单细胞RNA测序数据	72只小鼠和64个人类的单细胞转录组数据
93	2025-05-10	FOXO regulation of TXNIP induces ferroptosis in satellite cells by inhibiting glutathione metabolism, promoting Sarcopenia 2025-Feb-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05592-1 PMID:39982519	研究论文	本研究通过单细胞测序和公共转录组数据库比较年轻和老年小鼠骨骼肌，揭示了衰老相关肌肉减少症的分子机制	发现FOXO1通过调控TXNIP抑制谷胱甘肽代谢，导致卫星细胞铁死亡，从而促进肌肉减少症的发生	研究主要基于小鼠模型，人类肌肉减少症的机制仍需进一步验证	阐明肌肉减少症的分子机制	年轻和老年小鼠的骨骼肌	分子生物学	老年病	单细胞测序、转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌样本
94	2025-05-10	Altered immune landscape of cervical lymph nodes reveals Epstein-Barr virus signature in multiple sclerosis 2025-Feb-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adl3604 PMID:39982975	research paper	该研究通过分析多发性硬化症患者颈深淋巴结的免疫景观，揭示了EB病毒在疾病发病机制中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和转录组及表位测序技术，发现多发性硬化症患者中记忆B细胞增加、生发中心B细胞减少以及EB病毒特异性记忆CD8 T细胞的存在	研究样本量未明确说明，且仅针对新诊断未治疗的多发性硬化症患者，可能限制结果的普遍性	探索多发性硬化症的发病机制，特别是EB病毒感染与疾病的关系	多发性硬化症患者的颈深淋巴结和唾液样本	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, 转录组及表位测序	NA	RNA测序数据, DNA数据	未明确说明样本量
95	2025-05-10	Systematic inference of super-resolution cell spatial profiles from histology images 2025-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57072-6 PMID:39984438	研究论文	提出了一种名为HistoCell的弱监督深度学习方法，用于从组织学图像中直接推断超分辨率细胞空间轮廓	HistoCell能够从组织学图像中推断单核级别的细胞类型、状态及其空间网络，显著提高了空间转录组数据的解卷积精度，并能够发现与临床相关的空间组织指标	NA	开发一种深度学习方法，用于从组织学图像中推断细胞空间轮廓，以支持癌症诊断和治疗	组织学图像中的细胞空间轮廓	数字病理学	癌症	深度学习	弱监督深度学习	图像	NA
96	2025-05-10	Bioinformatics analysis reveals key mechanisms of oligodendrocytes and oligodendrocyte precursor cells regulation in spinal cord Injury 2025-Feb-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90489-z PMID:39984610	研究论文	通过生物信息学分析揭示了脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞调控的关键机制	提出了一种基于预后差异表达的少突胶质细胞及其前体细胞分化相关基因的新型脊髓损伤分类模型	研究结果需要进一步在更大规模的临床队列中进行验证	探索脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞的调控机制及其对预后的影响	小鼠和人类脊髓损伤样本中的少突胶质细胞及其前体细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和微阵列数据	基于基因表达的分类模型	基因表达数据	小鼠样本39个(59,558个细胞)，人类样本58个(38例SCI患者，10例健康对照，10例创伤对照)
97	2025-05-10	Predicting immunotherapy prognosis and targeted therapy sensitivity of colon cancer based on a CAF-related molecular signature 2025-Feb-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90899-z PMID:39984646	研究论文	基于CAF相关分子特征预测结肠癌的免疫治疗预后和靶向治疗敏感性	通过WGCNA和LASSO回归分析构建了CAF分子特征（CAFscore），揭示了CAFscore与结肠癌患者预后和治疗反应的关系，并发现了FSTL3、CRIP2和SLC2A3等关键基因	研究依赖于TCGA和GSE39582队列的数据，可能受到样本量和数据来源的限制	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在结肠癌预后和治疗反应中的作用	结肠癌患者	数字病理学	结肠癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单变量Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	TCGA和GSE39582队列的数据
98	2025-05-10	Integrating transcriptomics and scPagwas analysis predicts naïve CD4 T cell-related gene DRAM2 as a potential biomarker and therapeutic target for colorectal cancer 2025-Feb-21, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13731-x PMID:39984869	研究论文	本研究通过整合转录组学和scPagwas分析，预测了与naïve CD4 T细胞相关的基因DRAM2作为结直肠癌的潜在生物标志物和治疗靶点	首次将单细胞转录组学与scPagwas算法结合，识别出DRAM2基因在结直肠癌进展中的关键作用，并实验验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于转录组数据分析，需要更多实验验证DRAM2基因的具体作用机制	探索结直肠癌与naïve CD4 T细胞的关系，寻找生物标志物和治疗靶点	结直肠癌患者样本中的naïve CD4 T细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组学, scPagwas算法, 加权基因共表达网络分析	SMR算法	转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了结直肠癌患者的单细胞和批量转录组数据
99	2025-05-10	Analysis of thyroid carcinoma composition and spatial architecture in the progression of dedifferentiation, lymphatic metastasis, and gastric metastasis 2025-Feb-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06252-5 PMID:39984992	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了甲状腺癌及其转移过程中的细胞组成和空间结构变化	首次揭示了高表达SFRP4的肿瘤特异性髓系细胞与甲状腺癌去分化和不良预后的相关性，并鉴定了CD44+PKHD1L1+细胞作为ATC-LM和ATC-GM的潜在标志物	胃肠道转移样本较为罕见，样本量有限	探索甲状腺癌及其转移过程中的空间分布特征和潜在机制	甲状腺乳头状癌(PTC)、未分化甲状腺癌(ATC)、ATC相关淋巴转移(ATC-LM)和罕见的ATC相关胃转移(ATC-GM)	数字病理学	甲状腺癌	空间转录组学、免疫荧光染色	NA	空间基因表达数据	包含PTC、ATC、ATC-LM和ATC-GM等多种病理类型的样本
100	2025-05-10	Human spindle-shaped urine-derived stem cell exosomes alleviate severe fatty liver ischemia-reperfusion injury by inhibiting ferroptosis via GPX4 2025-Feb-21, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04202-y PMID:39985001	研究论文	研究探讨了不同亚型尿液来源干细胞(USCs)的异质性，发现梭形USCs(SS-USCs)及其外泌体通过GPX4蛋白抑制铁死亡，显著缓解严重脂肪肝缺血再灌注损伤(IRI)	首次发现SS-USCs及其外泌体通过分泌含GPX4蛋白的外泌体抑制铁死亡，显著改善脂肪肝IRI	研究主要基于动物模型，尚未进行临床试验验证	探索治疗严重脂肪肝缺血再灌注损伤的最适细胞亚型	梭形尿液来源干细胞(SS-USCs)和米形尿液来源干细胞(RS-USCs)	干细胞治疗	脂肪肝	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, 质谱分析	大鼠脂肪肝移植模型、小鼠脂肪肝IRI模型、脂肪肝细胞缺氧-复氧模型	转录组数据、蛋白质组数据	多种动物模型和细胞模型(具体数量未明确说明)