单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-19	Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253 PMID:40662778	研究论文	提出了一种基于Wasserstein-1（W1）对偶公式的新型求解器，用于单细胞扰动预测，解决了Wasserstein-2（W2）求解器在优化过程中的复杂性和收敛速度慢的问题	使用W1对偶公式简化了优化问题，避免了复杂的min-max优化，并通过对抗训练恢复传输映射，显著提高了计算速度和可扩展性	W1对偶仅揭示了传输方向，不直接提供唯一的优化传输映射，需要额外步骤确定传输步长	开发一种快速且可扩展的神经最优传输求解器，用于预测单细胞扰动响应	单细胞数据分布	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经最优传输求解器	单细胞数据	NA
82	2025-07-19	Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241 PMID:40662783	research paper	该论文提出了一种将层次信息整合到基于注意力的多实例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测	在基于注意力的多实例学习框架中整合了单细胞RNA测序数据的层次结构信息，特别是细胞的生物学分组或细胞类型	现有方法可能忽视了单细胞RNA测序数据中的层次结构，导致在更高层次细胞划分上的性能不佳和解释性差	改进患者表型预测方法，特别是在单细胞RNA测序数据中的应用	单细胞RNA测序数据和患者表型	machine learning	NA	single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq)	attention-based MIL framework	scRNA-seq data	公开可用的数据集
83	2025-07-19	Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194 PMID:40662790	research paper	该研究改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的细胞映射一致性	通过训练信息基因子集、细胞过滤、引入多种正则化形式及整合邻域信息，提高了Tangram的细胞映射一致性和基因表达预测准确性	研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能在不同数据集上表现不一	提升单细胞RNA测序与空间转录组数据整合工具的可靠性和一致性	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学	Tangram改进模型	基因表达数据	真实和模拟的小鼠数据集
84	2025-07-19	Anomaly detection in spatial transcriptomics via spatially localized density comparison 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf242 PMID:40662796	研究论文	介绍了一种名为Sardine的方法，用于检测空间转录组学数据中空间局部化的异常变化	提出了一种新的空间局部密度比较方法，能够更准确地识别空间转录组学数据中的局部变化	未提及具体的数据规模限制或计算效率问题	开发一种能够识别空间转录组学数据中局部异常变化的方法	空间转录组学数据，特别是小鼠大脑皮层和脊髓的数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑皮层和脊髓的数据
85	2025-07-19	Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201 PMID:40662792	research paper	提出了一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型	利用跨模态嵌入对齐范式，协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距	可能忽略了基因表达数据中固有的关键分子特征	从组织学图像中预测细粒度细胞类型，以促进癌症研究	组织学图像和空间转录组学数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics	cross-modal unified representation learning framework (CUCA)	image, gene expression data	三个数据集
86	2025-07-19	Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268 PMID:40662813	research paper	该研究评估了五种空间转录组学反卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性	首次系统评估RNA反卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态仿真框架	RNA反卷积方法在解析稀有细胞类型时表现略优于染色质可及性方法，表明仍需开发专门方法	验证RNA反卷积方法在空间染色质可及性数据中的适用性	空间染色质可及性数据	生物信息学	NA	空间转录组学反卷积、空间染色质可及性分析	Cell2location、RCTD	空间转录组数据、染色质可及性数据	基于单细胞和多组学数据生成的仿真数据
87	2025-07-19	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf234 PMID:40662809	research paper	介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了一种基于'虚拟颜色'的改进伪对齐方案，显著提高了处理速度和内存效率	未提及具体局限性	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理工具	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组数据	未提及具体样本量
88	2025-07-19	Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217 PMID:40662821	研究论文	提出了一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控链接预测框架scRegNet	利用大规模预训练的单细胞基础模型(scFMs)结合图学习方法，提高了基因调控网络推断的准确性和鲁棒性	需要大量已知的TF-DNA结合数据进行监督学习，这些数据实验获取成本高且数量有限	解决单细胞RNA测序数据中基因调控网络推断的挑战	基因调控网络(GRNs)	机器学习	NA	scRNA-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据	七个scRNA-seq基准数据集
89	2025-07-19	ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population, and perturbation from time-series single-cell data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf218 PMID:40662824	研究论文	ARTEMIS是一种生成模型，结合变分自编码器和Schrödinger桥，用于从时间序列单细胞数据中预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态	提出了一种新的生成模型ARTEMIS，整合了变分自编码器(VAE)和不平衡扩散Schrödinger桥，用于重建细胞轨迹、揭示基因表达动态和恢复细胞群体变化	由于单细胞测序的高成本和破坏性，观测仅限于离散时间点的未对齐细胞快照，限制了这些过程的理解和细胞轨迹的重建	解决从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹和揭示基因表达动态的挑战	胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌细胞上皮-间质转化(EMT)的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分自编码器(VAE)与Schrödinger桥	单细胞RNA测序数据	三个scRNA-seq数据集
90	2025-07-19	Transcriptome assembly at single-cell resolution with Beaver 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf236 PMID:40662838	研究论文	本文介绍了Beaver，一种专为短读长单细胞RNA测序数据设计的细胞特异性转录本组装工具	Beaver通过实施转录本片段图和设计高效的动态规划算法，结合两个随机森林模型，显著提高了转录本组装的精确度	研究主要基于Smart-seq3 scRNA-seq数据，未涉及其他单细胞测序技术的数据	解决单细胞RNA测序中重建全长转录本的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, Smart-seq3	随机森林	RNA测序数据	NA
91	2025-07-19	Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy 2025-Jul, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70406 PMID:40665579	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的复杂相互作用，并探讨了靶向CSCs的治疗策略及其临床转化挑战	系统整合了CSC的基础机制与临床转化研究，为理解肿瘤生物学和开发精准治疗策略提供了全面框架	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的总结	探讨癌症干细胞的生物学特性及其在肿瘤发生、转移、复发和治疗抵抗中的作用，以及靶向CSCs的治疗策略	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤生物学	癌症	多组学分析、谱系追踪、单细胞测序技术	NA	NA	NA
92	2025-07-19	Age-dependent accumulation of mitochondrial tRNA mutations in mouse kidneys linked to mitochondrial kidney diseases 2025-Jul, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00909-y PMID:40579478	研究论文	研究探讨了小鼠肾脏中与线粒体肾病相关的线粒体tRNA突变随年龄积累的模式及其病理机制	使用DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器技术创建携带不同致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型，揭示了肾脏细胞类型中独特的异质性动态	研究主要基于小鼠模型，人类线粒体肾病的确切机制可能需要进一步验证	探究线粒体DNA突变在衰老过程中的组织特异性积累及其与线粒体肾病的关联	携带致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型	分子生物学	线粒体肾病	DddA-derived cytosine base editor, mtscATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	三种携带不同线粒体tRNA突变的小鼠模型
93	2025-07-19	Bidirectional mendelian randomization and single-cell sequencing reveal T cell-mediated causal links between COPD and lung adenocarcinoma 2025-Jul-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002448 PMID:40676822	研究论文	通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，研究T细胞介导的慢性阻塞性肺病（COPD）与肺腺癌（LA）之间的因果关系	首次结合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术，揭示了CXCR4基因在CD4+T细胞中对肺腺癌的保护作用及其与免疫细胞的相互作用	研究样本量有限，且仅关注了CD4+T细胞亚群，未涵盖其他可能的免疫细胞类型	探索COPD与肺腺癌之间的潜在关系及其分子机制	COPD和肺腺癌患者的CD4+T细胞	生物医学	肺腺癌和慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）分析、表达数量性状位点（eQTL）和全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞RNA测序数据	COPD和肺腺癌患者的外周血单细胞RNA测序数据
94	2025-07-19	PPARγ controls ESCRT-dependent fibroblast-like synoviocyte exosome biogenesis and alleviates chondrocyte osteoarthritis mediated by exosomal ANXA1 2025-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.06.008 PMID:40678612	研究论文	本研究探讨了PPARγ通过调控ESCRT依赖性成纤维样滑膜细胞外泌体生物发生，以及外泌体ANXA1蛋白对软骨细胞骨关节炎的缓解作用	揭示了PPARγ通过ESCRT通路调控外泌体生物发生的新机制，并发现外泌体ANXA1蛋白通过抑制ERK磷酸化激活自噬、减少软骨细胞凋亡	未明确外泌体ANXA1的具体作用靶点及下游信号通路的完整机制	探究运动疗法中PPARγ调控外泌体生物发生及其对骨关节炎的治疗作用	成纤维样滑膜细胞(FLSs)和软骨细胞	细胞生物学	骨关节炎	单细胞转录组测序、定量蛋白质组学(DIA)、重组腺病毒转染	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确样本数量
95	2025-07-19	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	研究论文	本研究探讨了CAR T细胞疗法中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)的潜在机制，特别是CXCL16/CXCR6轴在其中的作用	首次发现CXCR6+ T细胞在ICANS脑脊液中的富集及其与CXCL16表达髓系细胞的空间关联，为ICANS的发病机制提供了新见解	样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织	阐明CAR T细胞疗法中ICANS的发病机制	接受CAR T细胞治疗后发生ICANS的患者	免疫治疗	肿瘤免疫治疗并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	外周血和脑脊液样本、尸检脑组织	11例ICANS患者(不同分级)及多种神经系统疾病对照样本
96	2025-07-19	Machine learning-guided single-cell multiomics uncovers GDF15-driven immunosuppressive niches in NSCLC: A translational framework for overcoming anti-PD-1 resistance 2025-Jun-28, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102459 PMID:40582068	研究论文	该研究通过机器学习引导的单细胞多组学分析，揭示了非小细胞肺癌中GDF15驱动的免疫抑制微环境，并提出了克服抗PD-1耐药性的转化框架	开发了一种加速斜随机生存森林模型，其在预测准确性上优于传统的Cox回归和深度学习方法，并首次将GDF15定位为预测ICB耐药性的生物标志物	研究样本量相对较小（n=156），且功能研究仅使用了Lewis肺癌细胞，可能限制了结果的普适性	识别免疫检查点阻断疗效的决定因素，并开发预测ICB耐药性的生物标志物	非小细胞肺癌患者样本和Lewis肺癌细胞	机器学习	肺癌	单细胞RNA测序，非负矩阵分解	加速斜随机生存森林模型	多组学数据，单细胞RNA测序数据	156名非小细胞肺癌患者样本
97	2025-07-19	Mesenchymal stem/stromal cell therapy improves immune recovery in a feline model of severe coronavirus infection 2025-Jun-25, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf025 PMID:40659357	研究论文	本研究评估了异体间充质干细胞（MSC）疗法结合抗病毒治疗在猫传染性腹膜炎（FIP）中的安全性和有效性	首次在猫传染性腹膜炎模型中证明MSC疗法能增强免疫恢复，并通过单细胞RNA测序揭示免疫 rejuvenation 的转录组变化	研究结束时仍存在残余细胞因子升高，表明慢性免疫失调特征可能未被完全纠正	评估MSC疗法对冠状病毒感染后免疫功能障碍的改善作用	患有渗出性猫传染性腹膜炎的猫	兽医学与转化医学	冠状病毒感染（猫传染性腹膜炎）	单细胞RNA测序，流式细胞术，血清细胞因子分析	NA	RNA测序数据，流式细胞数据，血清学数据	未明确提及具体样本数量（猫传染性腹膜炎病例）
98	2025-07-19	Chikungunya virus persists in joint associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	research paper	该研究探讨了基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用	通过scRNA-seq、空间转录组学和流式细胞术，发现了关节相关组织中炎症性巨噬细胞的积累及其与慢性疾病的关联	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚需进一步研究	探究基孔肯雅病毒等关节致病性甲病毒导致慢性疾病的机制	感染甲病毒的小鼠关节相关组织	病毒学	基孔肯雅病毒感染	scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据, 流式细胞数据	感染甲病毒的小鼠关节相关组织样本
99	2025-07-19	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	研究论文	本研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序技术，揭示了Dclk1基因在胰腺肿瘤中的表达调控网络及其在肿瘤进展中的双重作用	发现了Dclk1表达的簇状细胞与2型先天淋巴样细胞（ILC2s）形成的保护性轴，能够抑制胰腺肿瘤进展	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺肿瘤中的类似机制需要进一步验证	阐明Dclk1基因在胰腺肿瘤中的表达特征及其在肿瘤进展中的作用机制	小鼠胰腺组织及胰腺肿瘤中的Dclk1表达细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Dclk1报告小鼠模型	基因表达数据	NA
100	2025-07-19	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-Jun, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	research paper	该研究通过建立衰老小鼠的COVID-19模型，揭示了衰老个体中SARS-CoV-2感染后免疫细胞景观的变化及炎症反应加剧的机制	首次在衰老小鼠模型中复制了COVID-19的严重病程，并揭示了efferocytosis（凋亡细胞清除）功能受损与老年个体高炎症反应的关系	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究衰老个体COVID-19病情加重的免疫学机制	衰老小鼠模型	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	小鼠疾病模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量