单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-09-07	Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324 PMID:39236555	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
82	2025-07-29	Revealing the crucial roles of suppressive immune microenvironment in cardiac myxoma progression 2024-08-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01912-2 PMID:39090109	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了心脏粘液瘤的细胞组成，揭示了其免疫微环境的关键作用	首次定义了心脏粘液瘤细胞群，并发现其与免疫细胞的相互作用对栓塞发生有重要影响	样本量相对有限，且仅基于单中心数据	探究心脏粘液瘤的细胞组成及其与免疫微环境的相互作用	心脏粘液瘤组织和其中的细胞	单细胞组学	心脏粘液瘤	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	75,641个细胞
83	2025-07-29	A Cullin 5-based complex serves as an essential modulator of ORF9b stability in SARS-CoV-2 replication 2024-06-28, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01874-5 PMID:38937432	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2中ORF9b蛋白通过CUL5-TOM70-HSP90α复合物调控其稳定性的机制，并探讨了HSP90抑制剂对病毒复制的抑制作用	首次发现ORF9b蛋白在K67位点发生泛素化并通过蛋白酶体途径降解，揭示了CUL5-TOM70-HSP90α复合物在调控ORF9b稳定性中的关键作用	研究主要关注ORF9b蛋白的调控机制，未全面探讨其他病毒蛋白的相互作用	阐明SARS-CoV-2中ORF9b蛋白的稳定性调控机制及其在病毒免疫逃逸中的作用	SARS-CoV-2病毒及其突变株（如Delta和Omicron）中的ORF9b蛋白	病毒学	COVID-19	泛素化分析、单细胞测序	NA	蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据	COVID-19患者的肺上皮细胞单细胞测序数据
84	2025-07-29	Inhibition of the eukaryotic initiation factor-2α kinase PERK decreases risk of autoimmune diabetes in mice 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176136 PMID:38889047	研究论文	该研究通过抑制PERK激酶活性，探索预防或延缓自身免疫性1型糖尿病（T1D）发作的策略	发现PERK抑制可逆转应激状态下人类胰岛的mRNA翻译阻滞，并延迟糖尿病发作，减少胰岛炎症，保护β细胞质量	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛体外实验，尚未进行人体临床试验	探索通过靶向PERK激酶预防或延缓1型糖尿病发作的可行性	易患T1D的小鼠模型、人类胰岛和EndoC-βH1人类β细胞	分子医学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学	动物模型（小鼠）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、人类胰岛和β细胞系
85	2025-07-29	Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics 2024-Apr, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2023.103068 PMID:38176357	研究论文	本文提出了一种称为空间特征度量LDDMM的新算法，用于计算微分同胚空间中的测地线，以整合分子和细胞尺度的空间转录组数据	首次提出空间特征度量LDDMM算法，扩展了LDDMM算法家族，支持空间特征对标记粒子的作用，并推导出转录组数据与标准图谱的跨模态对齐算法	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	开发算法以实现分子和细胞尺度空间转录组数据的整合与对齐	小鼠大脑中的空间转录组数据	计算解剖学	NA	MERFISH	LDDMM	空间转录组数据	NA
86	2025-07-29	Comparative single-cell RNA sequencing analysis of immune response to inactivated vaccine and natural SARS-CoV-2 infection 2024-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29577 PMID:38572977	研究论文	通过单细胞RNA测序比较分析灭活疫苗与自然SARS-CoV-2感染引起的免疫反应	首次对灭活疫苗和自然感染引起的免疫反应进行单细胞RNA测序比较分析，揭示了不同的免疫反应模式和细胞通讯机制	样本量较小（12名接种疫苗个体和COVID-19患者），仅分析了PBMC样本	比较灭活SARS-CoV-2疫苗和自然感染引起的免疫反应差异	12名接种灭活疫苗个体的PBMC样本与COVID-19患者的PBMC样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	12名接种疫苗个体和若干COVID-19患者的PBMC样本
87	2025-07-29	Immune features revealed by single-cell RNA and single-cell TCR/BCR sequencing in patients with rheumatoid arthritis receiving COVID-19 booster vaccination 2024-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29573 PMID:38566569	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞TCR/BCR测序揭示了类风湿关节炎患者在接受COVID-19加强疫苗接种后的免疫特征	首次在类风湿关节炎患者中使用单细胞RNA测序和单细胞TCR/BCR测序技术，全面分析了COVID-19加强疫苗接种后的外周免疫反应和TCR/BCR免疫库特征	样本量较小，仅包括稳定期的类风湿关节炎患者，且仅观察了疫苗接种前后两个时间点的变化	研究COVID-19加强疫苗接种对类风湿关节炎患者免疫细胞亚群及其反应的影响	类风湿关节炎患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞TCR/BCR测序(scTCR/BCR-seq)	NA	单细胞转录组数据, TCR/BCR序列数据	类风湿关节炎患者接种COVID-19加强疫苗前后的配对PBMCs样本
88	2025-07-29	vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.577817 PMID:38370845	研究论文	本文介绍了一种名为vSPACE的新方法，用于在2D空间中虚拟展示单细胞RNA测序数据，模拟空间转录组学技术	开发了vSPACE方法，首次在单细胞水平上虚拟展示人类关节软骨细胞的空间分布模式	仅针对健康捐赠者的关节软骨细胞进行研究，未涉及疾病状态或更大样本量	探索单细胞RNA测序数据的虚拟空间表示方法	人类关节软骨细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	6名健康捐赠者的关节软骨细胞
89	2025-07-29	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad173 PMID:37772937	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群	首次在脊索瘤中鉴定出表达低氧基因并富集内质网应激功能的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的相互作用及临床意义	样本量相对有限（6个肿瘤样本和3个对照样本用于scRNA-seq），且需要进一步的功能实验验证	解析脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	脊索瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 多重定量免疫荧光（QIF）	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 免疫荧光图像	6个脊索瘤样本（3原发+3复发）和3个髓核对照样本用于scRNA-seq，126例患者用于bulk RNA-seq分析，105例患者用于QIF验证
90	2025-07-29	Tobacco smoke exposure recruits inflammatory airspace monocytes that establish permissive lung niches for Mycobacterium tuberculosis 2023-12-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg3451 PMID:38055798	research paper	该研究探讨了烟草烟雾如何通过招募炎症性空气单核细胞，为结核分枝杆菌建立有利的肺部微环境	研究发现吸烟者肺部富集未成熟的炎症性单核细胞，这些细胞表现出与慢性阻塞性肺疾病相似的状态，并确定了CD93作为这些单核细胞的标记物	研究主要基于吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞，可能无法完全反映所有吸烟者的肺部情况	揭示吸烟如何增加结核病易感性的机制	吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、功能实验	NA	基因表达数据、细胞表型数据	当前吸烟者和从未吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞
91	2025-07-29	CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network 2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.10.566642 PMID:38014057	研究论文	介绍了一种基于图神经网络（GNN）的细胞间通讯推断框架CGCom，利用空间转录组学数据、配体-受体信息和下游分子调控信息来预测细胞间通讯	CGCom利用细胞邻近信息和特定细胞对之间的学习，减少假阳性，提高预测准确性	目前仅在鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证，尚未在其他数据集或生物系统中测试	开发一种高精度的细胞间通讯推断方法	鼠胚胎细胞	生物信息学	NA	空间转录组学	GNN	空间转录组数据	鼠胚胎seqFISH数据集
92	2025-07-29	Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus 2023-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2022-223227 PMID:36564153	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人膝关节软骨和半月板组织，发现了一个与骨关节炎相关的衰老细胞群，其主调控因子为ZEB1转录因子	首次在软骨和半月板组织中鉴定出一个共享的致病性衰老细胞群，并确定ZEB1和FAP为其主要调控因子，为骨关节炎治疗提供了新的靶点	样本量相对较小（健康组n=6-7，OA组n=6），且仅针对膝关节组织	探究骨关节炎发病机制并寻找潜在治疗靶点	人膝关节软骨和半月板组织	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq, 免疫组化, 基因过表达和敲除	NA	单细胞转录组数据	软骨70,972个细胞，半月板78,017个细胞（来自6-7例健康样本和6例OA样本）
93	2025-07-29	Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses 2022-Dec-05, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-022-01064-3 PMID:36464714	research paper	比较半自动与手动封闭系统在人卵母细胞玻璃化冷冻中的效果，包括存活率和转录组分析	首次评估半自动玻璃化冷冻系统在人卵母细胞冷冻中的效率，并通过单细胞RNA-seq技术分析转录组后果	研究中仅发现5个差异表达基因，且未观察到紧密的转录组特征	评估半自动与手动卵母细胞玻璃化冷冻技术的效率及转录组影响	人卵母细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
94	2025-07-29	Uncoupling immune trajectories of response and adverse events from anti-PD-1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma 2022-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.03.039 PMID:35430299	研究论文	本研究旨在解析肝细胞癌患者接受抗PD-1治疗时的免疫轨迹及反应机制，同时探讨免疫相关不良事件（irAEs）的关联	识别了与抗PD-1治疗反应和irAEs相关的CXCR3+CD8+效应记忆T细胞和CD11c+抗原呈递细胞，并提出了新的联合免疫治疗方案以增强疗效而不增加irAEs	样本量相对较小（新加坡队列32例患者，韩国队列29例患者），且需要进一步验证新联合免疫治疗方案的临床效果	解析肝细胞癌患者接受抗PD-1治疗时的免疫轨迹及反应机制，并探讨免疫相关不良事件的关联	肝细胞癌患者	免疫治疗	肝细胞癌	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠肝细胞癌模型	血液样本、肿瘤活检样本	新加坡队列32例患者（60份血液样本），韩国队列29例患者，20份肿瘤活检样本
95	2025-07-28	Investigating intestinal farnesoid X receptor functions at the intestinal mucosal barrier and in the intestinal microbiota in a biliary obstruction mouse model 2025-Aug-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00223.2024 PMID:40623002	research paper	研究肠道法尼醇X受体（FXR）在胆道梗阻模型中对肠黏膜屏障和肠道微生物群的作用	揭示了FXR在生理和胆道梗阻条件下对肠道功能的具体作用，并提出了可能的分子靶点	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨FXR在胆道梗阻疾病中的肠道治疗潜力	肠道特异性敲除小鼠和胆道梗阻模型	NA	胆道梗阻疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
96	2025-07-28	Idiopathic Subglottic Stenosis and the Epithelial Interface of Host and Environment 2025-Aug-01, Journal of the American College of Surgeons IF:3.8Q1 DOI:10.1097/XCS.0000000000001340 PMID:39902917	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和国际患者队列，揭示了特发性声门下狭窄(iSGS)的发病机制，包括上皮细胞功能异常、微生物组移位和免疫激活	首次使用单细胞RNA测序技术对iSGS患者的气道瘢痕组织进行无偏倚表征，揭示了上皮祖细胞耗竭和微生物组移位的病理机制	疾病罕见性和患者地理分布广泛可能影响样本的代表性	阐明特发性声门下狭窄(iSGS)的发病机制	iSGS患者的近端气道瘢痕组织	digital pathology	respiratory disease	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	国际iSGS患者队列(具体数量未提及)
97	2025-07-28	Human myelocyte and metamyelocyte-stage neutrophils suppress tumor immunity and promote cancer progression 2025-Aug, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-025-01145-0 PMID:40664963	research paper	该研究揭示了人类骨髓中髓细胞和晚幼粒细胞阶段中性粒细胞在肿瘤免疫微环境中的免疫抑制和促癌作用	首次将人类和小鼠中性粒细胞按发育阶段分为三类，并发现人类MC & MM阶段中性粒细胞在骨髓中占主导地位且具有强免疫抑制和促肿瘤特性	研究主要基于NCG-Gfi1人类免疫系统小鼠模型，可能无法完全模拟人类肿瘤微环境的复杂性	探究不同发育阶段中性粒细胞在肿瘤免疫微环境中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序分析	NCG-Gfi1人类免疫系统小鼠模型	基因表达数据	17种癌症类型的患者样本
98	2025-07-28	Decrypting cancer's spatial code: from single cells to tissue niches 2025-Jul-25, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70100 PMID:40711978	review	本文探讨了空间转录组学在癌症研究中的应用及其挑战	提出了新的空间信息分析框架，以充分利用空间转录组学技术揭示癌症组织的复杂结构和新兴特性	未提及具体的技术实施细节或实验验证结果	旨在解决癌症空间转录组学中的关键挑战，推动临床转化	癌症组织中的细胞状态、细胞微环境及空间数据	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial gene expression data	NA
99	2025-07-28	Transcriptomic disruption and hypoactivity in DYT-SGCE medial ganglionic eminence-patterned inhibitory neurons 2025-Jul-25, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf272 PMID:40711998	研究论文	本研究探讨SGCE基因突变对内侧神经节隆起来源的抑制性GABA能神经元的影响，揭示了其在肌阵挛性肌张力障碍中的作用	首次在SGCE突变背景下系统评估抑制性神经元的功能异常，并发现树突复杂性降低和神经元活动减弱的表型	研究基于体外细胞模型，可能与体内真实情况存在差异	阐明SGCE突变如何通过影响抑制性神经元导致肌阵挛性肌张力障碍的运动症状	患者来源的诱导多能干细胞和基因编辑胚胎干细胞分化的抑制性中间神经元	神经科学	肌阵挛性肌张力障碍	单细胞RNA测序、Ca2+成像、MEA多电极阵列、膜片钳	干细胞分化模型	转录组数据、电生理数据、形态学数据	使用患者来源的诱导多能干细胞系和基因编辑胚胎干细胞系（具体数量未明确说明）
100	2025-07-28	Neurons derived from NeuroD1-expressing astrocytes transition through transit-amplifying intermediates but lack functional maturity 2025-Jul-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw9296 PMID:40712017	研究论文	研究探讨了通过NeuroD1表达将星形胶质细胞转化为神经元的过程及其功能成熟度	揭示了NeuroD1驱动的胶质细胞向神经元转化的时空框架，并发现转化后的神经元缺乏成熟的神经电特性	NeuroD1转化的神经元样细胞缺乏成熟的神经电特性，限制了其在神经回路中的功能整合	探索非神经元细胞向神经元转化的策略，以替代中枢神经系统损伤或疾病中丢失的神经元	星形胶质细胞和NeuroD1表达诱导的神经元样细胞	神经科学	中枢神经系统损伤	单细胞转录组学、时空谱系追踪	转基因小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	转基因小鼠的脊髓和脑部损伤核心区域