单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-26	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	开发用于造血细胞单细胞和空间转录组数据分析的专业生物信息学工具包HemaScope	首个专门针对造血细胞设计的集成化分析工具，提供多种用户友好部署方式并包含造血细胞特异性分析功能	NA	开发能够整合分析单细胞和空间转录组数据的生物信息学工具	造血细胞	生物信息学	血液疾病	scRNA-seq, 空间转录组技术	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	人类骨髓样本, 小鼠急性髓系白血病样本, 血管免疫母细胞T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤样本
82	2025-09-26	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建正常造血系统参考层次，并开发HematoMap工具解析白血病细胞的谱系异常	首次建立包含10万+骨髓单核细胞的正常造血参考层次，开发基于余弦距离算法的似然评分系统，实现白血病细胞与正常对应细胞的精准映射	研究样本仅来自25名健康供者，白血病样本类型限于AML和BCP-ALL两种	解析白血病异质性并识别谱系异常，为白血病风险分层和个性化治疗提供工具	健康供者的骨髓单核细胞及急性髓系白血病、B细胞前体急性淋巴细胞白血病样本	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO回归模型	余弦距离算法、LASSO评分模型	单细胞转录组数据、批量转录组数据	25名健康供者的10万+骨髓单核细胞，以及AML和BCP-ALL患者样本
83	2025-09-26	Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.26.654588 PMID:40492191	研究论文	通过抑制肺泡肌成纤维细胞凋亡，揭示其可重编程为导管肌成纤维细胞的命运可塑性	首次利用可诱导BCL2过表达小鼠模型证明AMFs通过凋亡被清除，并发现其具有向DMFs成熟的命运转化能力	研究主要基于小鼠模型，人类细胞中的可塑性尚未验证	探究肺肺泡肌成纤维细胞的命运归宿和细胞可塑性	小鼠肺部的肺泡肌成纤维细胞和导管肌成纤维细胞	细胞生物学	呼吸系统疾病	谱系追踪、单细胞RNA测序、可诱导基因过表达系统	小鼠疾病模型（尘螨诱导哮喘模型）	基因表达数据、细胞成像数据	使用三种独立Cre驱动品系的转基因小鼠
84	2025-09-26	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类皮层发育和成年期的单细胞转录组图谱，揭示了驱动皮层发育细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，发现发育元模块在皮层发育过程中具有动态细胞亚型特异性，并通过人皮层嵌合体实验验证FEZF2和TSHZ3在深层神经元分化中的机制	NA	解析人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组学、基因共表达网络分析、人皮层嵌合体实验	NA	单细胞RNA测序数据	发育期7个数据集+成年期16个数据集
85	2025-09-26	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2025-Apr-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004 PMID:40054462	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现PIEZO2机械敏感离子通道是脂肪感觉神经支配中的关键分子	首次揭示PIEZO2在脂肪组织感觉神经支配中的核心作用，拓展了机械感受在非传统机械活性器官中的功能认知	NA	探究脂肪组织感觉神经支配的分子机制	脂肪组织的感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除和功能获得性突变模型	基因表达数据	NA
86	2025-09-26	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过种群动力学建模揭示骨髓偏倚涉及造血干细胞分化偏倚和祖细胞增殖偏倚的共同作用	首次定量证明短期HSC分化偏倚不足以解释髓系偏倚，发现早期髓系祖细胞扩增是共同机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要更大规模临床验证	探究髓系偏倚的细胞动力学机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	计算生物学	骨髓增生异常疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微分方程建模	微分方程模型、偏微分方程模型	单细胞转录组数据	IκB-突变小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类髓系肿瘤患者样本
87	2025-09-26	Cell type and region-specific transcriptional changes in the endometrium of women with RIF identify potential treatment targets 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421254122 PMID:40063812	研究论文	利用空间转录组学分析反复种植失败患者子宫内膜区域和细胞类型特异性基因表达差异	首次在明确队列中采用空间转录组技术揭示RIF患者子宫内膜不同区域和细胞类型的特异性转录变化	样本量较小（n=16），需要在更大队列中验证发现	识别反复种植失败的潜在治疗靶点	反复种植失败患者（n=8）和生育能力正常对照（n=8）的子宫内膜活检组织	空间转录组学	生殖系统疾病	空间转录组学	差异表达基因分析	基因表达数据	16例子宫内膜活检样本（8例RIF患者，8例生育对照）
88	2025-09-26	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	研究论文	本研究通过实验模型揭示NFκB活性在造血衰老三种表型特征中的差异化调控机制	建立了IκB缺失实验模型，首次系统解析NFκB活性对造血衰老不同表型的特异性调控作用	实验模型可能无法完全模拟自然衰老过程，人类数据验证仍需扩展	阐明炎症信号NFκB在造血衰老表型形成中的具体作用机制	小鼠造血干细胞（HSC）及人类HSC数据集	血液学与衰老研究	造血系统衰老	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、表观基因组学、转录组学分析	IκB缺失实验模型	单细胞测序数据、功能实验数据、表观遗传数据	小鼠模型及人类HSC数据集（具体数量未明确说明）
89	2025-09-26	ScLineageAtlas: a comprehensive single-cell genomics database for characterizing cellular clones in cancer 2025-Jan-18, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf046 PMID:40996711	研究论文	介绍了一个名为ScLineageAtlas的综合单细胞基因组学数据库，用于表征多种癌症类型中的细胞克隆	开发了首个全面表征多种癌症细胞克隆的单细胞基因组学数据库，整合了先进的克隆识别计算方法	目前仅包含24个单细胞RNA测序数据集，覆盖13种癌症类型，样本规模有限	构建一个用户友好的细胞克隆数据分析平台，促进对肿瘤异质性和进化机制的理解	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞基因组学数据	24个单细胞RNA测序数据集，涵盖13种癌症类型
90	2025-09-26	Single-cell transcriptomics reveals predominantly inflammatory endothelial cell responses and suppressed vascular repair in silicosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629226 PMID:40969743	研究论文	通过单细胞转录组学揭示矽肺病中内皮细胞主要表现为炎症反应且血管修复功能受抑制	首次在矽肺病模型中鉴定出两种功能不同的内皮细胞亚群及其动态变化	研究局限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究矽肺病发病过程中内皮细胞的作用机制	二氧化硅暴露小鼠的肺内皮细胞	单细胞组学	矽肺病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	二氧化硅暴露小鼠肺组织样本
91	2025-09-26	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the heterogeneity and effect of TAMs in colorectal cancer 2025-Jan-01, Biochemistry and cell biology = Biochimie et biologie cellulaire DOI:10.1139/bcb-2025-0041 PMID:40834430	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其作用	首次在结直肠癌中系统揭示TAMs的六种亚型及其在肿瘤微环境中的动态轨迹	样本来源仅限于公共数据库，缺乏实验验证	探究结直肠癌肿瘤微环境的异质性及免疫细胞作用机制	结直肠癌患者的肿瘤组织和正常组织细胞	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序	Monocle3轨迹分析	单细胞转录组数据	27,414个来自结直肠癌患者不同区域的细胞
92	2025-09-26	Comprehensive single-cell sequencing reveals the tumor microenvironment and tumor-specific characteristics in trachea squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1575647 PMID:40874228	研究论文	通过单细胞RNA测序技术首次构建气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境图谱，揭示化疗对T细胞状态转变的影响	首次建立TSCC的单细胞图谱，发现化疗响应相关的T细胞状态转换关键调控因子及恶性组特有的细胞间通讯模式	样本量较小（7个样本），未验证关键发现的功能机制	解析气管鳞状细胞癌的肿瘤微环境特征及化疗影响机制	气管鳞状细胞癌患者组织样本（5例恶性+2例非恶性）	单细胞测序分析	肺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	7个样本（70,682个高质量细胞）
93	2025-09-26	Understanding and mitigating the impact of ambient mRNA contamination in single-cell RNA-sequencing analysis 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332440 PMID:40991648	研究论文	本研究探讨环境mRNA污染对单细胞RNA测序数据分析的影响，并评估两种校正方法的有效性	首次系统评估环境mRNA污染对差异基因表达和通路富集分析的影响，并比较两种独立校正方法的性能	研究仅基于两个独立数据集（PBMC和胎儿肝组织），未涵盖更广泛的样本类型	理解和减轻环境mRNA污染对scRNA-seq数据分析的影响	登革热患者外周血单核细胞和人类胎儿肝组织单细胞	单细胞测序分析	感染性疾病（登革热）和发育生物学	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CellBender和SoupX	单细胞转录组数据	10个PBMC样本和42个人类胎儿肝组织scRNA-seq样本
94	2025-09-26	The role of microglia and complement C5/C5a in the pathogenesis of rhegmatogenous retinal detachment with choroidal detachment 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.08.019 PMID:40994539	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示孔源性视网膜脱离伴脉络膜脱离的独特炎症特征，并验证补体C5/C5a通路与小胶质细胞在血视网膜屏障破坏中的关键作用	首次在单细胞水平揭示RRDCD的特定细胞景观，发现小胶质细胞与树突状细胞的增强连接及补体C5-C5AR1互作上调，并通过体外实验验证其功能机制	样本来源仅限于玻璃体液，未涉及其他眼部组织；体外实验模型可能无法完全模拟体内复杂环境	阐明RRDCD与典型RRD的分子差异，探究小胶质细胞和补体C5/C5a通路在疾病发生中的作用机制	孔源性视网膜脱离伴脉络膜脱离患者玻璃体样本、原代视网膜小胶质细胞、RF/6A内皮细胞和ARPE-19上皮细胞	眼科疾病机制研究	视网膜脱离	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外共培养实验	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	RRD与RRDCD患者玻璃体样本（具体数量未明确说明）
95	2025-09-26	Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia 2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200 PMID:39099209	研究论文	本研究探讨CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变（PanIN）模型中的免疫预防作用	首次在自发性PanIN基因工程小鼠模型中验证CD73抑制剂通过调节肿瘤微环境增强免疫监视的创新性免疫预防策略	研究仅限于KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	评估CD73抑制剂对胰腺癌前病变的免疫预防效果及机制探索	KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠的胰腺上皮内瘤变模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫细胞定量分析	基因工程小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠群体（具体数量未明确说明）
96	2025-09-26	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	研究论文	本研究通过患者队列和小鼠模型揭示了呼吸道病毒感染后长期后遗症的免疫-上皮祖细胞异常生态位机制	首次发现CD8 T细胞-巨噬细胞相互作用通过IFNγ/TNF-IL-1β轴驱动肺泡再生障碍和肺纤维化的独特机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩展	阐明新冠病毒等呼吸道病毒感染后长期肺后遗症的发病机制	PASC患者队列和病毒感染后肺病小鼠模型	免疫病理学	呼吸道病毒感染后遗症	空间转录组学、成像技术、细胞因子中和疗法	小鼠疾病模型	基因表达数据、影像数据、临床数据	三个PASC患者队列和相应小鼠模型样本
97	2025-09-26	Impeller: a path-based heterogeneous graph learning method for spatial transcriptomic data imputation 2024-06-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae339 PMID:38806165	研究论文	提出一种基于路径的异质图学习方法Impeller，用于空间转录组数据的插补	构建包含空间邻近性和表达相似性双类型边的异质图，通过可学习路径算子避免传统拉普拉斯矩阵的过平滑问题	NA	解决空间转录组技术中基因表达数据缺失值过多的问题	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	GNN（图神经网络）	空间基因表达数据	来自三个主流平台和两个物种的多样化数据集
98	2025-09-26	Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics 2024-05-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh2602 PMID:38781372	研究论文	通过单细胞基因组学技术揭示自闭症谱系障碍（ASD）中细胞类型特异性的分子级联反应和基因特征	首次整合单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）和空间转录组学，系统揭示ASD中细胞类型特异性的基因调控网络失调	研究基于死后脑组织样本，无法动态观察发育过程中的分子变化	解析自闭症谱系障碍的分子驱动机制及其与遗传易感性的关联	自闭症患者死后脑组织样本	基因组学	自闭症谱系障碍	单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）、空间转录组学	NA	基因组测序数据、表观基因组数据、空间转录组数据	未明确样本数量的自闭症患者死后脑组织
99	2025-09-26	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-04-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	通过单细胞分析评估5-ALA在胶质母细胞瘤术中标记的特异性	首次在单细胞水平上验证5-ALA标记胶质瘤细胞的特异性，结合SCOPE-seq2技术实现荧光成像与RNA测序的同步分析	需要进一步系统比较5-ALA与其它荧光引导手术替代方案的性能	确定5-ALA在胶质母细胞瘤中标记不同细胞类型的特异性	人类胶质母细胞瘤手术标本、细胞共培养模型和小鼠胶质瘤模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	SCOPE-seq2（单细胞光学表型与表达测序）、单细胞RNA测序、荧光成像	NA	单细胞图像数据、RNA测序数据	人类胶质母细胞瘤手术标本（具体数量未明确）、细胞培养模型和小鼠模型样本
100	2025-09-26	Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration 2023-12-20, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019 PMID:37848024	研究论文	通过深度单细胞RNA测序发现广泛适用的再生分类器，并揭示抗氧化反应在皮质脊髓轴突再生中的作用	开发了可广泛预测不同神经元类型再生潜能的再生分类器，首次发现抗氧化反应和线粒体生物合成在皮质脊髓束再生中的关键作用	仅对数百个表型鉴定的神经元进行测序，样本规模相对有限	研究中枢神经系统轴突再生的生物学机制，特别是皮质脊髓束的再生潜力	皮质脊髓束神经元，特别是PTEN和SOCS3缺失后的再生神经元	再生生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Garnett监督分类	分类器模型	单细胞转录组数据	数百个表型鉴定的神经元