单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-09-07	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出一种名为MultiSC的深度学习流程，用于整合和分析多组学单细胞数据	开发了新型多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型，有效整合三种组学数据类型并预测转录因子调控的靶基因	NA	解决多组学单细胞数据整合分析工具缺乏的问题，提供全面的细胞活动和基因调控网络分析	单细胞多组学数据（基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达）	机器学习	NA	NEAT-seq多组学测序技术	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	多组学数据（基因表达、染色质可及性、蛋白表达）	NA
82	2025-09-07	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本研究通过活体双光子成像和单细胞转录组学揭示了脉络丛在神经炎症中与免疫细胞协同作用的机制	首次发现脉络丛上皮细胞短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化，同时揭示了巨噬细胞从脑脊液向脉络丛反向招募的新现象	研究基于小鼠LPS诱导的脑膜炎模型，可能无法完全反映人类神经炎症疾病的复杂性	阐明脉络丛在脑炎症调控中的分子机制和细胞动态过程	小鼠脉络丛、中性粒细胞、单核细胞和巨噬细胞	神经免疫学	神经炎症性疾病	纵向双光子成像、单细胞转录组学、脑室内LPS注射	NA	影像数据、转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
83	2025-09-07	HA-1-targeted T-cell receptor T-cell therapy for recurrent leukemia after hematopoietic stem cell transplantation 2024-09-05, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024105 PMID:38683966	研究论文	本研究评估了靶向HA-1的T细胞受体T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的可行性和安全性	首次使用基因工程改造的HA-1特异性TCR-T细胞治疗移植后复发白血病，并展示了临床应用的可行性	研究样本量较小（9例患者），且非设计用于评估疗效的随机对照试验	评估HA-1靶向TCR-T细胞疗法在造血干细胞移植后复发白血病患者中的安全性和可行性	造血干细胞移植后出现疾病复发的白血病和髓系肿瘤患者	细胞免疫治疗	白血病	T细胞受体基因工程、单细胞RNA测序	NA	临床数据、基因表达数据	9例造血干细胞移植受者
84	2025-09-07	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	评估新一代BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的疗效及免疫生物标志物变化	首次在随机对照试验中验证zanubrutinib对COVID-19患者炎症信号的抑制作用，同时保留病毒血清学反应	多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗可能影响结果，临床恢复指标未显示显著改善	评估BTK抑制剂zanubrutinib治疗SARS-CoV-2感染相关呼吸窘迫的疗效和免疫调节作用	COVID-19住院患者（分为非机械通气组和机械通气≤24小时组）	临床医学	COVID-19	随机对照试验、单细胞转录组分析、血清学检测	NA	临床数据、血清学数据、转录组数据	队列1: 63例患者（zanubrutinib组30例，安慰剂组33例）；队列2: 4例患者
85	2025-09-06	Organelle symphony: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 and nuclear factor-kappa B in stroke pathobiology 2026-Apr-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01404 PMID:40146002	综述	本文综述了核因子E2相关因子2（Nrf2）和核因子κB（NF-κB）在缺血性和出血性中风病理生物学中的作用机制	重点探讨了Nrf2与NF-κB在细胞器交互作用中的潜在串扰及其对中风病理生理学的影响，并结合单细胞测序等新技术展望个体化治疗	NA	阐明Nrf2和NF-κB在中风氧化应激、炎症和神经保护中的分子机制	中风相关的转录因子信号通路及细胞器功能	病理生物学	脑血管疾病	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
86	2025-09-06	Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2553220 PMID:40908816	研究论文	通过多组学分析构建膀胱癌的基因-代谢物-微生物调控网络，揭示新的治疗靶点	首次整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据构建膀胱癌调控网络，发现成纤维细胞的关键调控作用及基因-代谢物负相关关系	研究样本量有限，部分发现需在更大队列中验证	阐明膀胱癌的发病机制并识别潜在治疗靶点	膀胱癌患者的肿瘤组织和癌旁组织	多组学分析	膀胱癌	转录组测序、全外显子组测序、代谢组分析、微生物组分析、单细胞测序	NA	基因组数据、代谢组数据、微生物组数据、单细胞数据	膀胱癌患者肿瘤和癌旁组织样本（具体数量未说明）
87	2025-09-06	SGLT2 inhibitors and cardiac fibrosis: A comprehensive review 2025-Oct, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2025.103149 PMID:40769233	综述	本文全面综述了SGLT2抑制剂在心脏纤维化中的作用机制和临床证据	系统整合了SGLT2抑制剂在糖尿病和非糖尿病背景下通过多途径（氧化应激、线粒体功能等）抗纤维化的新机制证据	主要心血管结局试验中缺乏纤维化特异性终点，且缺乏人体组织学验证	探讨SGLT2抑制剂作为心脏纤维化调节剂在不同心血管疾病状态中的作用	心脏纤维化病理机制及SGLT2抑制剂的干预效果	心血管医学	心血管疾病	心脏磁共振评估、血清胶原生物标志物检测、人工智能驱动的纤维化量化	NA	临床数据、实验模型数据、影像数据	NA（综述文章未涉及具体样本量）
88	2025-09-06	Antioxidant functionalized double-net/TA dynamic hydrogel promotes cartilage regeneration through stabilization of chondrocyte phenotype 2025-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.102203 PMID:40893359	研究论文	本研究开发了一种抗氧化功能化双网络/TA动态水凝胶，通过稳定软骨细胞表型促进软骨再生	首次发现软骨细胞在扩增过程中代谢模式从糖酵解向氧化磷酸化转变，并设计了一种新型抗氧化DN-TA水凝胶系统通过调节代谢稳定软骨细胞表型	研究主要在裸鼠皮下植入模型中进行，尚未在更复杂的关节环境中验证	探究软骨细胞扩增过程中的代谢重编程机制，并通过代谢调控优化软骨组织工程策略	软骨细胞	组织工程	软骨缺损	单细胞RNA测序，转录组分析	NA	基因表达数据	P3代软骨细胞在裸鼠皮下植入8/12周
89	2025-09-06	RNA-seq dataset of the estrogen-dependent regulation of the transcriptome in mouse mammary gland organoids 2025-Oct, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2025.111984 PMID:40896136	研究论文	本研究通过RNA测序分析雌激素处理的小鼠乳腺类器官转录组，揭示雌激素信号通路对乳腺上皮基因的调控作用	首次利用乳腺类器官模型结合bulk mRNA-seq技术系统研究雌激素依赖性转录组调控，为单细胞水平研究提供基础数据	仅使用bulk RNA-seq技术，未能解析细胞异质性；研究局限于小鼠模型，需进一步验证人体相关性	探究雌激素信号通路对乳腺上皮细胞转录组的特异性调控机制	小鼠乳腺上皮类器官	转录组学	乳腺癌	RNA-seq, next-generation sequencing	DESeq2	RNA测序数据	雌激素处理的成熟小鼠乳腺类器官（11天处理周期）
90	2025-09-06	Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113269 PMID:40894860	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和HMO浓度数据，揭示人类乳腺细胞中母乳低聚糖生物合成的细胞类型特异性程序	首次在单细胞水平识别HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并提出HMO合成通过乳细胞亚型特化完成	NA	阐明人类乳腺中母乳低聚糖的生物合成途径和调控机制	人类乳腺上皮细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据、浓度测量数据	NA
91	2025-09-06	Combined endurance and resistance exercise training alters the spatial transcriptome of skeletal muscle in young adults 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113301 PMID:40894879	研究论文	本研究通过空间转录组学技术结合免疫荧光和计算方法，解析了联合耐力与抗阻运动训练对人类骨骼肌肌纤维和单核细胞群体的分子适应机制	首次采用空间转录组学技术揭示运动诱导的肌纤维类型特异性基因表达变化，并结合单细胞RNAseq数据发现间质细胞群体与血管生成相关的运动诱导转变	研究样本仅限于年轻成年人，未涵盖其他年龄组或特殊人群	全面分析联合耐力与抗阻运动训练引起的骨骼肌分子变化	人类骨骼肌组织中的肌纤维和单核细胞群体	空间转录组学	NA	空间转录组学、免疫荧光、单细胞RNAseq	计算方法（未指定具体模型）	空间转录组数据、单细胞RNAseq数据、图像数据	年轻成年人骨骼肌样本（具体数量未明确说明）
92	2025-09-06	MEK inhibition prevents human skin graft rejection by promoting CD8+TCF1+ over CD8 effector T cells 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113310 PMID:40894910	研究论文	本研究探讨MEK抑制剂trametinib通过调节CD8+T细胞分化延缓人类皮肤移植排斥反应的机制	首次在人类移植模型中揭示MEK抑制剂通过促进CD8+TCF1+干细胞样T细胞积累而非减少移植物浸润来延长移植物存活	研究基于NSG小鼠重建模型，可能无法完全模拟人类体内免疫环境	评估MEK抑制剂在器官移植中的免疫调节作用	人类皮肤移植模型和重建的免疫系统	移植免疫学	移植排斥	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用NSG小鼠重建第三方人类PBMCs的皮肤移植模型
93	2025-09-06	Screening, Validation, and Machine Learning-Based Evaluation of Serum Protein Biomarkers for Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Single-Cell Subtype-Specific Genes 2025-Sep-05, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.5c00475 PMID:40799020	研究论文	基于单细胞亚型特异性基因筛选、验证血清蛋白生物标志物，并利用机器学习构建食管鳞状细胞癌诊断模型	整合scRNA-seq、蛋白质组学和ELISA技术，利用成纤维细胞和上皮细胞的异质性相关基因开发诊断流程，并构建了交互式网络诊断工具	模型在验证集的AUC为0.767，性能有待进一步提升	开发食管鳞状细胞癌的早期诊断生物标志物和诊断模型	食管鳞状细胞癌患者、高级别上皮内瘤变病例和正常对照	数字病理学	食管癌	scRNA-seq, 蛋白质组学, ELISA, 机器学习	SVM	蛋白质表达数据	344例ESCC患者、46例HGIN病例和390例正常对照
94	2025-09-06	Patient-Derived Organoids from Multiple Sites of a Single Tumor Recapitulates Intratumoral Heterogeneity in Patients with Gastric Cancer 2025-Sep-05, Gut and liver IF:3.4Q2 DOI:10.5009/gnl250108 PMID:40910272	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官，评估其重现肿瘤内异质性的能力	首次在单肿瘤多部位来源的类器官模型中系统揭示神经内分泌标志物上调和热休克蛋白异质性对免疫应答的影响	类器官模型在捕捉肿瘤内异质性方面存在局限，需要更全面的评估方法	评估患者来源类器官模型重现胃癌肿瘤内异质性的能力	胃癌患者单个肿瘤不同部位来源的类器官	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、免疫组织化学染色	患者来源类器官(PDO)模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	单个胃癌肿瘤的多部位采样
95	2025-09-06	Cyclic Heptapeptide FZ1 Acts as an Integrin αvβ3 Agonist to Facilitate Diabetic Skin Wound Healing by Enhancing Angiogenesis 2025-Sep-05, Journal of medicinal chemistry IF:6.8Q1 DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c01734 PMID:40910702	研究论文	环七肽FZ1作为整合素αvβ3激动剂通过增强血管生成促进糖尿病皮肤伤口愈合	首次发现靶向整合素αvβ3的肽类激动剂，并阐明其通过FAK-AKT/ERK1/2信号轴诱导VEGFC表达的分子机制	NA	开发糖尿病伤口愈合治疗药物并解析调控机制	糖尿病伤口模型和内皮细胞	生物医学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序、RNA干扰、表面等离子共振、分子对接	NA	分子相互作用数据、基因表达数据、组织形态学数据	NA
96	2025-09-06	Cuproptosis-Related Gene FDX1 Induces Malignant Progression and Immune Suppression in Triple-Negative Breast Cancer 2025-Sep-05, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11242-9 PMID:40911146	研究论文	本研究探讨铜死亡相关基因FDX1在三阴性乳腺癌中的促癌作用及免疫抑制机制	首次发现FDX1通过调控铜死亡途径促进TNBC恶性进展并抑制CD8 T细胞免疫应答	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本验证尚不充分	阐明FDX1基因在三阴性乳腺癌发生发展中的作用及免疫调控功能	三阴性乳腺癌细胞系、CD8 T细胞和小鼠模型	癌症生物学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, qPCR, CCK-8, Transwell, CFSE, LDH, ELISA, IHC	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	单细胞RNA测序数据集、体外培养细胞系及小鼠模型
97	2025-09-06	Cutting-edge technologies in neural regeneration 2025-Sep-05, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-025-00260-y PMID:40911279	综述	本文综述了推动神经再生领域发展的前沿技术及其未来潜力	聚焦多学科技术融合（如光遗传学、单细胞测序、人工智能等）在神经再生中的创新应用	NA	探讨前沿技术如何促进神经组织修复与功能恢复	中枢神经系统损伤及神经性疾病	神经科学	神经系统疾病	光遗传学、化学遗传学、3D培养模型、基因编辑、单细胞测序、3D成像、AI、高通量体内筛选、脑机接口	NA	多组学数据、成像数据	NA
98	2025-09-06	Spatial Transcriptomics Reveals Transcriptomic and Immune Microenvironment Reprogramming during Thyroid Carcinoma Dedifferentiation 2025-Sep-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506925 PMID:40908584	研究论文	利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌去分化过程中的转录组和免疫微环境重编程机制	首次通过空间转录组测序解析甲状腺癌去分化的时空动态过程，发现PDCD4和TYMP作为关键调控因子并揭示TYMP⁺TAMs在免疫抑制微环境形成中的作用	样本量较小（7例样本），需进一步扩大验证	阐明甲状腺癌从分化型向未分化型转变的分子机制	人甲状腺癌组织样本（包含ATC、PDTC和DTC共存区域）	空间转录组学	甲状腺癌	空间转录组测序(spRNAseq), 全外显子测序, inferCNV分析	轨迹分析	空间转录组数据, 基因组数据	7例包含多类型癌区域的组织样本
99	2025-09-06	ROS and Drp1-mediated mitochondrial fission contributes to the hyposalivation caused by Sjögren's disease 2025-Sep-04, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003727 PMID:40908878	研究论文	本研究探讨了活性氧（ROS）和Drp1介导的线粒体分裂在干燥综合征（SjD）导致唾液分泌减少中的作用，并评估了靶向线粒体分裂的治疗潜力	首次通过单细胞测序揭示SjD下颌下腺氧化应激损伤机制，并证实Drp1及其Ser616位点在介导线粒体功能障碍中的关键作用，以及使用Mdivi-1导管内灌注改善唾液分泌的创新治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类临床适用性尚需验证；治疗方法的长期安全性和有效性有待进一步评估	阐明ROS和线粒体动力学在干燥综合征相关唾液分泌减少中的作用，并探索靶向线粒体分裂的治疗效果	干燥综合征小鼠模型的下颌下腺组织和腺体上皮细胞	NA	干燥综合征	单细胞测序，线粒体功能评估，分子抑制剂治疗	NA	测序数据，生理指标数据，细胞功能数据	干燥综合征小鼠模型（具体数量未明确说明）
100	2025-09-06	SARC028 Samples Reveal an Interplay between TGF-β, IFN Signaling, and Low HLA Class I Expression as Contributors to Ewing Sarcoma Checkpoint Blockade Resistance 2025-Sep-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3882 PMID:40627445	研究论文	通过分析SARC028试验中尤文肉瘤患者治疗前后的活检样本，揭示免疫检查点抑制剂耐药性与TGF-β信号、IFN信号及低HLA I类表达的关联	首次在尤文肉瘤中利用空间转录组学识别出与免疫治疗耐药相关的特定细胞邻域(CN10)，并发现免疫抑制三联特征	样本来源于单一临床试验(SARC028)，样本量有限，需进一步验证	探究尤文肉瘤对PD1抑制剂耐药的微环境特征和分子机制	尤文肉瘤患者治疗前后的肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	尤文肉瘤	多重免疫荧光、空间蛋白质组学、空间转录组学	NA	组织切片、蛋白质表达数据、转录组数据	SARC028二期临床试验中尤文肉瘤患者的配对活检样本（治疗前及治疗后8周）