单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-07-20	The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.16.647417 PMID:40568142	research paper	该研究揭示了前庭毛细胞中动纤毛的双重分子特性，结合了初级纤毛和运动纤毛的结构与功能特征	首次定义了动纤毛作为一种独特细胞器，具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并支持其作为毛束内主动力生成元件的新作用	动纤毛在结构和分子组成方面的定义仍不完全	阐明前庭毛细胞中动纤毛的结构、分子组成和功能特性	前庭毛细胞和耳蜗毛细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞
82	2025-07-20	MEBOCOST maps metabolite-mediated intercellular communications using single-cell RNA-seq 2025-Jun-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf569 PMID:40568942	研究论文	MEBOCOST是一种基于单细胞RNA测序和代谢通量平衡分析的算法，用于检测单细胞间的代谢介导的细胞间通讯	开发了MEBOCOST算法，填补了代谢介导的细胞间通讯检测方法的空白	未明确提及具体限制	研究代谢介导的细胞间通讯（mCCC）及其在生物学和疾病中的作用	人类白色脂肪组织和小鼠棕色脂肪组织中的单细胞	生物信息学	肥胖	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和代谢通量平衡分析	MEBOCOST算法	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括人类和小鼠的组织样本
83	2025-07-20	ChemPerturb-seq screen identifies a small molecule cocktail enhancing human beta cell survival after subcutaneous transplantation 2025-Jun-19, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.002 PMID:40562034	研究论文	本研究通过结合化学筛选与单细胞RNA测序技术，开发了ChemPerturb-seq方法，用于系统性分析小分子处理后人β细胞的分子变化，并发现了一种能增强人β细胞皮下移植后存活的小分子混合物	开发了ChemPerturb-seq方法，结合化学筛选与单细胞RNA测序，系统性分析小分子处理后的细胞分子变化，并发现性别特异性的小分子混合物增强移植效果	发现的小分子混合物在雌性小鼠中效果显著，但在雄性小鼠中效果有限，存在性别差异的局限性	寻找能增强人β细胞皮下移植后存活和功能的小分子混合物	人β细胞和原代胰岛	生物医学工程	糖尿病	scRNA-seq, ChemPerturb-seq	AI-powered website (ChemPerturbDB)	单细胞RNA测序数据	人β细胞和原代胰岛，移植至雌性和雄性小鼠
84	2025-07-20	Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas 2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.08.584091 PMID:38559270	研究论文	本文揭示了自噬在突变IDH1星形细胞瘤中的关键作用，并探索了通过阻断自噬途径增强放射敏感性的新治疗策略	发现自噬是突变IDH1胶质瘤生存的关键途径，并证明通过系统性递送靶向Atg7的siRNA纳米颗粒抑制自噬可增强放射敏感性，实现肿瘤消退和长期生存	研究主要基于体外细胞实验和基因工程小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索突变IDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗靶点	人类和小鼠的突变IDH1胶质瘤细胞及患者样本	肿瘤生物学	胶质瘤	RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq	基因工程小鼠模型	基因组数据、转录组数据	人类和小鼠的突变IDH1胶质瘤细胞及患者样本（具体数量未明确说明）
85	2025-07-20	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的新功能，填补了该领域的研究空白	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行研究
86	2025-07-20	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	研究探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT）在结肠炎中的作用及其通过抑制γδ T细胞缓解炎症的机制	揭示了DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D增强对γδ T细胞的细胞毒性，从而缓解结肠炎的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠结肠炎模型中的DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序和细胞过继转移	NA	基因表达数据和细胞表型数据	小鼠模型中的DNT细胞和γδ T细胞群体
87	2025-07-20	Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts Contribute to Microvascular Proliferation in Glioblastoma and are Correlated with Immunosuppression and Poor Outcome 2025-Jun-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0743 PMID:40131028	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的微血管增殖（MVP）机制，揭示了间充质干细胞和成纤维细胞在MVP中的作用及其与免疫抑制和不良预后的关联	首次在胶质母细胞瘤中通过单细胞RNA测序鉴定了与MVP相关的间充质干细胞和成纤维细胞，并发现了PDGFRB作为驱动基因的新作用	研究样本量较小（16例），且仅针对原发性胶质瘤患者	探究胶质母细胞瘤中微血管增殖的机制及其与免疫抑制的关系	16例原发性胶质瘤患者的CD45-CD105+血管/血管周围基质细胞和CD45+CD105±免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，RNA速度分析，数字空间分析	NA	RNA测序数据	16例原发性胶质瘤患者样本
88	2025-07-20	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次揭示了紫杉醇通过诱导内皮细胞衰老导致血脑屏障功能障碍的转录组学机制，并发现VTN和PTN通路在衰老状态中的富集	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何影响血脑屏障完整性的基因表达模式	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	转录组学	化疗相关认知障碍	scRNA-seq	小鼠模型	转录组数据	紫杉醇处理组和对照组小鼠的脑组织样本
89	2025-07-20	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术揭示疟原虫var基因表达的可塑性及其在宿主免疫逃避中的作用	首次在单细胞水平上揭示了疟原虫var基因表达的多样性，包括单等位基因表达、多基因共表达及低表达状态	研究仅使用了实验室克隆株3D7和IT4，未涵盖自然感染情况下的寄生虫多样性	探究疟原虫var基因表达调控机制及其在免疫逃避中的作用	恶性疟原虫克隆株3D7和IT4	单细胞转录组学	疟疾	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	实验室克隆株3D7和IT4寄生虫系
90	2025-07-20	Cell simulation as cell segmentation 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	研究论文	本文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术快速推断形态合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法开发Proseg，相比现有方法在性能和计算效率上表现更优，并显著提高了难以分割的肿瘤浸润免疫细胞（如中性粒细胞和T细胞）的检测准确性	NA	提高单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	概率分割方法（Proseg）	空间转录组数据	来自三种商业平台生成的数据集以及肾细胞癌患者样本
91	2025-07-20	BCLAF1 restrains stress responses in hematopoietic stem cells to support expansion and repopulation 2025-May-29, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014916 PMID:40435510	研究论文	本文揭示了BCLAF1在造血干细胞（HSC）应激反应中的调控作用，特别是在胎儿HSC扩张和干细胞移植后的造血重建中的功能	首次确定了BCLAF1作为HSC再生活性的调节因子，其在胎儿HSC扩张和干细胞移植后的造血重建中发挥作用	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类HSC的验证	探讨BCLAF1在HSC应激反应和造血重建中的调控机制	胎儿和成年造血干细胞	造血干细胞生物学	造血系统疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了胎儿和成年造血干细胞
92	2025-07-20	Glioblastoma shift from bulk to infiltrative growth is guided by plexin-B2-mediated microglia alignment in invasive niches 2025-May-29, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00985-4 PMID:40442367	研究论文	本研究通过免疫活性小鼠模型，揭示了胶质母细胞瘤（GBM）侵袭过程中肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）的相互作用及其在引导肿瘤集体迁移中的作用	发现了小胶质细胞在肿瘤侵袭前沿的形态和功能转变，以及plexin-B2在TAMs中解决细胞碰撞、引导GBM细胞排列和重塑细胞外基质的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类GBMs的验证仍需进一步研究	探索GBM侵袭的分子机制及TAMs在其中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）及肿瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（TAMs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	基因表达数据	NA
93	2025-07-20	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	研究论文	该研究揭示了脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch和Sox2信号通路调控神经发生的新机制	首次发现脑膜来源的视黄酸通过抑制Notch信号通路和Sox2表达来促进神经发生	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，可能不完全反映正常发育情况	阐明脑膜来源的视黄酸调控大脑皮层神经发生的分子机制	端脑神经前体细胞	神经发育生物学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
94	2025-07-20	Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection 2025-May-21, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70109 PMID:40396260	研究论文	研究探讨了衰老如何影响病毒特异性T细胞在感染过程中的分化程序，特别是在冠状病毒感染模型中	揭示了衰老通过调节关键转录因子的表达，损害病毒特异性CD8 T细胞的终末分化并促进其耗竭	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究衰老对病毒特异性T细胞分化程序的影响	老年小鼠中的CD8和CD4 T细胞	免疫学	冠状病毒感染	批量转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	老年小鼠和年轻小鼠的T细胞样本
95	2025-07-20	Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.06.561193 PMID:38370853	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的作用	发现了一种新型的终末雪旺细胞亚型，其在去神经-再神经循环中起关键作用，并揭示了SPP1信号作为神经肌肉接头动态的关键调节因子	研究主要基于动物模型，结果向人类应用的转化需要进一步验证	探索肌肉驻留雪旺细胞在神经肌肉接头重塑中的贡献	肌肉驻留雪旺细胞和神经肌肉接头	生物医学研究	神经肌肉和神经退行性疾病	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	NA
96	2025-07-20	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-May-20, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	研究探讨了骨髓脂肪酸代谢如何激活邻近的造血干细胞，从而促进射血分数保留的心力衰竭（HFpEF）的发生	首次揭示了骨髓脂肪酸代谢在HFpEF中的关键作用，并发现了造血干细胞增殖与巨噬细胞粘附分子Vcam1表达之间的联系	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限	探究HFpEF的发病机制，特别是炎症和代谢异常在其中的作用	HFpEF患者样本和动物模型	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压诱导的HFpEF小鼠模型	基因表达数据、代谢数据	患者样本和动物模型（具体数量未明确说明）
97	2025-07-20	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-May-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	该研究通过工程化血管系统，促进了多能干细胞来源的胰岛类器官的功能成熟	首次在非灌注模型和微流体装置中构建了三维血管化的SC-胰岛类器官，并揭示了血管化对SC-β细胞功能成熟的关键作用	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索血管化对多能干细胞来源胰岛类器官功能成熟的影响及其机制	人多能干细胞来源的胰岛类器官、人原代内皮细胞和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	scRNA-seq、微流体技术	3D血管化类器官模型	基因表达数据、钙信号数据	未明确说明具体样本数量，涉及SC-胰岛细胞、内皮细胞和成纤维细胞的组合
98	2025-07-20	High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas 2025-May-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101681 PMID:40427178	研究论文	本研究旨在发现与患者预后相关的双峰表达基因，揭示潜在的致癌基因型，并为肺腺癌（LUAD）提供新的治疗见解	发现KYNU作为肺腺癌的预后生物标志物，揭示了其在免疫抑制代谢中的作用，并指出了物种特异性表达模式对临床前建模的挑战	研究结果在小鼠模型中表现不佳，表明物种特异性表达模式可能限制临床前研究的适用性	探索与肺腺癌患者预后相关的基因及其在致癌基因型和免疫微环境中的作用	肺腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	肺腺癌	meta分析、单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	多个肺腺癌数据集和小鼠模型数据
99	2025-07-20	Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，发现CTLA4在CD8+ T细胞中的上调与肺纤维化相关，并证明靶向CTLA4的药物ipilimumab能加速肺上皮再生和减少纤维化	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞中的表达与肺纤维化区域相邻，并证明ipilimumab治疗能通过扩增Cd3e+ T细胞和减少衰老细胞积累来促进纤维化消退	研究仅在人类化小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CTLA4表达T细胞在肺纤维化消退中的作用机制	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	免疫学	肺纤维化	空间转录组学、蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠模型
100	2025-07-20	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域特化的分子基础	首次结合MERFISH空间转录组与深度学习核分割技术，在单细胞分辨率构建了涵盖7个发育时间点、8个皮层区域、超1800万细胞的空间图谱，发现了皮层区域分化的两种新模式（连续梯度式与V1-V2间的离散突变式），并挑战了传统的中孕期皮层区域化仅存在梯度变化的观点	研究仅聚焦胎儿发育阶段，未涵盖出生后皮层发育过程；MERFISH技术检测的基因数量有限于预选panel	解析人类大脑皮层分层与区域特化的时空发育规律	人类胎儿大脑皮层（7个发育时间点，8个皮层区域）	空间转录组学	NA	MERFISH（多重抗错荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习（核分割）	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	超过1800万个单细胞，覆盖7个发育时间点和8个皮层区域