单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-05-28	Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988 PMID:40421026	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱，并鉴定了C1 CXCL12+ ECs作为疾病进展的关键驱动因素	首次在单细胞水平上全面描绘了动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性，并鉴定了C1 CXCL12+ ECs这一关键亚群及其在疾病进展中的作用	研究主要基于体外实验验证，需要进一步的体内实验和临床研究来验证这些发现	探索动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	动脉粥样硬化中的内皮细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
82	2025-05-28	Investigation of the Significance of Blood Signatures on Sepsis-Induced Acute Lung Injury in Sepsis Within 24 Hours 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5684300 PMID:40421173	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了脓毒症患者外周全血中生物标志物对脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的影响	首次利用机器学习算法识别了脓毒症相关的关键基因，并验证了SLPI作为脓毒症发病24小时内的重要生物标志物及其在ALI中的作用	研究主要基于公开数据集和动物实验，临床样本验证不足	探索脓毒症诱导急性肺损伤的早期血液生物标志物	脓毒症患者外周全血样本和脓毒症诱导ALI动物模型	生物信息学	脓毒症/急性肺损伤	scRNA-seq, CIBERSORT, 机器学习	多种机器学习算法	基因表达数据	GSE54514数据集（611个差异表达基因）和GSE95233数据集（1150个差异表达基因）
83	2025-05-28	Single-cell transcriptomics and machine learning unveil ferroptosis features in tumor-associated macrophages: Prognostic model and therapeutic strategies for lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1598756 PMID:40421217	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和机器学习揭示了肿瘤相关巨噬细胞中铁死亡的特性，并构建了肺腺癌的预后风险模型	首次基于巨噬细胞铁死亡相关基因（HLF、HPCAL1、NUPR1）构建了肺腺癌预后模型，揭示了高风险组的免疫微环境特征和药物敏感性差异	研究依赖于公开数据集，未进行大规模独立队列验证	筛选巨噬细胞中铁死亡相关基因并构建肺腺癌预后风险模型	肺腺癌（LUAD）肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理	肺癌	单细胞转录组学、Western blot分析	Cox回归风险模型（结合LASSO、SVM、XGBoost等8种机器学习算法）	基因表达数据	整合TCGA-LUAD、GSE131907和GSE13213数据集
84	2025-05-28	Deciphering Intercellular Communication of the Immune Landscape within Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Microenvironment at Single-Cell Resolution 2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000545663 PMID:40421435	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据解析了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）微环境中免疫景观的细胞间通讯	首次在单细胞分辨率下揭示了ADPKD微环境中单核吞噬细胞、T细胞和成纤维细胞的复杂互作网络，并发现特定巨噬细胞亚群通过IL-10信号驱动囊肿细胞增殖	样本量相对较小（7例ADPKD和3例健康肾脏样本），且仅基于转录组数据未进行功能验证	解析ADPKD微环境中的关键细胞类型及其相互作用机制	ADPKD患者和健康人的肾脏组织样本	单细胞组学	常染色体显性多囊肾病	单细胞转录组测序、CellChat细胞通讯分析、VISION通路富集分析、pySCENIC调控网络分析、Monocle V3伪时序分析	NA	单细胞转录组数据	7例ADPKD患者和3例健康人的肾脏样本
85	2025-05-28	Ligand-receptor dynamics in heterophily-aware graph neural networks for enhanced cell type prediction from single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1547231 PMID:40421418	研究论文	本文探讨了图神经网络（GNNs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，特别关注异质性感知的GNN模型以提高细胞类型预测的准确性	通过从LIANA提取配体-受体（L-R）关联并构建基于L-R信息的细胞-细胞关联网络，增强了细胞通讯通路的生物相关性和准确性，同时探索了专门处理异质性数据的先进图神经网络方法	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型预测的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Graph Convolutional Networks (GCN), GraphSAGE, Graph Attention Networks (GAT), MixHop, Gated Bi-Kernel GNNs (GBK-GNN)	基因表达谱和配体-受体相互作用数据	六个不同的数据集
86	2025-05-28	Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2024-Dec-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07308-w PMID:39622943	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了心房颤动（AF）中单核-巨噬细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并鉴定出amphiregulin（AREG）作为AF的生物标志物	首次在AF患者左心房组织中鉴定出五个巨噬细胞簇和三个单核细胞簇，并发现AREG是AF组单核细胞和IL1B巨噬细胞中上调最显著的基因	样本来源仅限于左心房组织，未涉及其他心脏区域	识别心房颤动（AF）中的单核-巨噬细胞异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并寻找功能性生物标志物	AF患者的左心房组织	digital pathology	cardiovascular disease	single cell RNA-seq, nucleus RNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，涉及AF患者和健康对照组的左心房组织
87	2025-05-28	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了CENP-N介导的SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	发现CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进有氧糖酵解和肝转移的新通路	NA	探索抑制结直肠癌进展和肝转移的潜在治疗靶点	结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR (MSP)、ChIP实验	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
88	2025-05-28	OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data 2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625000 PMID:39651293	研究论文	介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据质量感知地转换为人类同源数据	利用BioMart数据库访问Ensembl中的不同基因集，无需用户生成代码即可实现非人类转录组的人类同源转换	未提及具体局限性	促进药物转录组学数据库在临床前研究模型中的应用，并简化非人类转录组的人类同源转换	单细胞或其他高维基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	Shiny应用	基因表达数据	包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型、小鼠和大鼠脊髓损伤模型的数据
89	2025-05-28	Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.19.624394 PMID:39605713	research paper	该研究开发了一种使用磁激活细胞分选（MACS）技术富集干细胞衍生胰岛（SC-islets）中CD49a标记的β细胞的方法，以提高其治疗1型糖尿病的潜力	首次利用MACS技术对SC-islets进行CD49a标记的β细胞富集，显著提升了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，可能忽略了其他潜在的重要细胞标记	提高干细胞衍生胰岛中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的细胞替代治疗	人类多能干细胞（hPSCs）衍生的胰岛细胞	干细胞研究	1型糖尿病	磁激活细胞分选（MACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫染色图像	人类多能干细胞衍生的胰岛细胞样本
90	2025-05-28	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	本文介绍了一种名为GLM-EIV的新方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，解决了现有方法中的偏差和方差问题	提出了GLM-EIV方法，将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，并开发了跨数百个处理器部署的计算基础设施	未明确提及具体限制，但暗示了现有方法中存在难以选择的调谐参数问题	解决单细胞CRISPR筛选数据分析中的统计挑战	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
91	2025-05-28	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	research paper	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，用于提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性，并在性能上优于现有方法	方法仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能在其他平台上的适用性未经验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更准确地识别肿瘤浸润免疫细胞	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界和肿瘤浸润免疫细胞	digital pathology	renal cell carcinoma	single-cell spatial transcriptomics	NA	transcriptomics data	renal cell carcinoma患者样本数据
92	2025-05-28	Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy 2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.04.24309755 PMID:39006410	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异导致一种新型常染色体隐性遗传综合征，表现为心脏传导缺陷和可变性肥厚型心肌病	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过电生理研究证实了这些变异的功能影响	患者肌肉活检未显示明显的肌病，但POPDC1和POPDC2的表达显著减少，具体机制仍需进一步研究	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	4个携带POPDC2双等位基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、电生理数据、RNA测序数据	4个家族和超过100万人的群体遗传数据
93	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594208 PMID:38798590	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断供体的祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先信息，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能代表人类遗传多样性，通过推断供体祖先信息	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201名来自26个人群群体的个体
94	2025-05-28	Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579846 PMID:38370670	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用	首次发现FABP4和FABP5在PAH内皮细胞中的异常表达及其通过调控糖酵解和动脉编程促进血管重塑的机制	研究主要基于动物模型和有限的患者样本，需要在更大规模的人群中进行验证	探究肺动脉高压的细胞和分子机制，寻找新的治疗靶点	肺动脉高压患者和小鼠模型的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	IPAH患者样本、PH大鼠和基因敲除小鼠模型
95	2025-05-28	Expression of Key Steroidogenic Enzymes in Human Placenta and Associated Adverse Pregnancy Outcomes 2023-Jul, Maternal-fetal medicine (Wolters Kluwer Health, Inc.) DOI:10.1097/FM9.0000000000000167 PMID:40416852	综述	本文综述了人类胎盘中关键类固醇生成酶的表达及其与不良妊娠结局的关系	总结了胎盘类固醇生成酶在生理和病理状态下的上游调控机制，并探讨了单细胞测序技术在评估类固醇生成酶功能和细胞来源中的应用潜力	关于胎盘类固醇生成酶失调与不良妊娠结局之间关联的现有证据仍存在争议	探讨胎盘类固醇生成酶的表达与不良妊娠结局之间的关系	人类胎盘	生殖医学	不良妊娠结局	单细胞测序	NA	NA	NA
96	2025-05-27	Investigating the molecular mechanisms and clinical potential of APO+ endothelial cells associated with PANoptosis in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma using single-cell sequencing data 2025-Jul, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102402 PMID:40318262	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据探讨了肝细胞癌肿瘤微环境中与PANoptosis相关的APO+内皮细胞的分子机制和临床潜力	首次系统性地研究了PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的功能与机制，并发现APO+内皮细胞与患者预后和免疫治疗反应显著相关	样本量较小（16例患者），且仅基于单细胞RNA测序数据进行分析	探究PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的具体功能和分子机制	肝细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	AUCell算法	单细胞RNA测序数据	16例肝细胞癌患者样本
97	2025-05-27	Costunolide: Targeting endothelial cell PANoptosis to mitigate lung injury in acute pancreatitis mice 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156767 PMID:40318531	research paper	本研究探讨了costunolide（COS）通过抑制内皮细胞PANoptosis来减轻急性胰腺炎（AP）小鼠肺损伤的治疗效果和机制	首次发现COS可作为新型ALDH2激活剂，通过抑制ZBP1介导的内皮细胞PANoptosis来治疗AP相关急性肺损伤（ALI），为AP相关ALI治疗提供了全新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究COS对AP相关ALI的治疗效果及其分子机制	急性胰腺炎小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	生物医学	急性胰腺炎和急性肺损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、ELISA	小鼠急性胰腺炎模型和体外内皮细胞损伤模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及健康小鼠、AP模型小鼠和人脐静脉内皮细胞
98	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing in the study of human retinal organoids 2025-Jul, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110417 PMID:40320034	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类视网膜类器官研究中的应用及其在视网膜发育和疾病研究中的重要作用	scRNA-seq技术能够识别不同的细胞群体、揭示发育轨迹和视网膜疾病的分子特征，为视网膜神经发生、细胞多样性及退行性疾病的病理生理学提供了新见解	NA	探讨scRNA-seq在视网膜类器官研究中的应用及其对理解视网膜发育和疾病的贡献	人类视网膜类器官（ROs）	生物医学研究	视网膜退行性疾病	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	NA	单细胞RNA测序数据	NA
99	2025-05-27	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向肿瘤微环境中的MMP12抑制M2巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为MMP12的新型抑制剂，能够调节肿瘤微环境中的TAMs，为肝细胞癌治疗提供了新的靶向策略	研究主要基于小鼠模型和体外共培养系统，尚未在人体临床试验中验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其潜在靶点和调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	细胞热转移实验、小分子下拉实验、表面等离子体共振、单细胞RNA测序、TCGA数据分析	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
100	2025-05-27	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究揭示了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	发现麦冬皂苷C通过抑制DDX3X与NLRP3的相互作用来减少巨噬细胞焦亡，从而保护急性肺损伤	研究仅在小鼠模型和单细胞数据中进行，尚未进行人体临床试验	揭示麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型及脓毒症患者的单细胞数据