单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-08-11	Integrative multi-omics reveals a regulatory and exhausted T-cell landscape in CLL and identifies galectin-9 as an immunotherapy target 2025-Aug-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61822-x PMID:40775219	research paper	该研究通过整合多组学数据揭示了慢性淋巴细胞白血病（CLL）中T细胞的调控和耗竭状态，并鉴定出galectin-9作为免疫治疗靶点	首次在CLL患者和CLL小鼠模型中，通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和组织成像技术，全面分析了T细胞的耗竭状态，并发现galectin-9作为TIM3配体在免疫逃逸中的作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，尚未在更大规模的临床试验中验证galectin-9抑制的效果	探究CLL中T细胞耗竭的分子机制并寻找新的免疫治疗靶点	CLL患者的血液、骨髓和淋巴结中的T细胞，以及CLL小鼠模型	digital pathology	chronic lymphocytic leukemia	single-cell RNA sequencing, mass cytometry, tissue imaging	NA	omics data, imaging data	CLL患者和小鼠模型的T细胞样本
82	2025-08-11	Multi-omics data reveal that SAA1 + fibroblasts exacerbate periodontitis by regulating macrophage inflammation and chemotaxis 2025-Aug-07, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06925-1 PMID:40775345	research paper	该研究通过多组学技术揭示了SAA1+成纤维细胞在牙周炎中通过调节巨噬细胞炎症和趋化作用加剧疾病的机制	首次系统性地鉴定了SAA1+成纤维细胞亚群，并阐明了其在牙周炎微环境中促进巨噬细胞浸润和炎症反应的分子机制	研究主要基于小鼠模型，在人体组织中的验证仍需进一步开展	探究牙周炎微环境中关键细胞群间的相互作用网络，寻找治疗靶点	牙周组织中的SAA1+成纤维细胞和巨噬细胞	digital pathology	periodontitis	scRNA-seq, spatial transcriptomics, bulk transcriptome analysis	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomic data	65,979个牙周组织细胞
83	2025-08-11	scTail: precise polyadenylation site detection and its alternative usage analysis from reads 1 preserved 3' scRNA-seq data 2025-Aug-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03710-7 PMID:40775355	研究论文	介绍了一种名为scTail的计算方法，用于利用3'单细胞RNA测序数据的第一链读取来精确检测多聚腺苷酸化位点（PAS）并分析其替代使用情况	scTail方法能够利用常被忽略或修剪的第一链读取来精确检测PAS，并结合第二链读取量化其表达，从而实现对替代PAS使用的检测	NA	开发一种计算方法以精确检测多聚腺苷酸化位点并分析其替代使用情况	3'单细胞RNA测序数据的第一链和第二链读取	生物信息学	癌症	3' scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
84	2025-08-11	A comparative study of manifold learning methods for scRNA-seq with a trajectory-aware metric 2025-Aug-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14301-8 PMID:40775450	研究论文	比较四种降维方法在scRNA-seq数据上的表现，并引入一种新的评估指标TAES	引入了新的评估指标Trajectory-Aware Embedding Score (TAES)，综合考虑聚类准确性和发育轨迹的保持	仅使用了三个基准数据集，可能无法涵盖所有scRNA-seq数据的多样性	比较和评估scRNA-seq数据降维方法的性能	scRNA-seq数据	机器学习	NA	scRNA-seq	PCA, t-SNE, UMAP, Diffusion Maps	基因表达数据	三个基准数据集（PBMC3k, Pancreas, BAT）
85	2025-08-11	Integrated bulk and single cell sequencing with experimental validation identifies type 2 diabetes biomarkers 2025-Aug-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14915-y PMID:40775456	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据，结合实验验证，识别出2型糖尿病的生物标志物	结合LASSO和SVM-RFE算法筛选出SLC2A2作为2型糖尿病的候选生物标志物，并通过单细胞RNA测序和体内实验验证其表达水平	研究仅基于GSE76895数据集，样本来源和数量可能存在局限性	识别2型糖尿病的生物标志物并分析胰岛中免疫细胞浸润情况	2型糖尿病患者的胰岛样本与非糖尿病个体的胰岛样本	生物信息学	2型糖尿病	bulk测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), LASSO, SVM-RFE, CIBERSORT算法	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	GSE76895数据集中的胰岛样本（具体数量未明确说明）
86	2025-08-11	Multi-omics dissection of CPNE1 reveals its prognostic value and immune-regulatory function in liver cancer 2025-Aug-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03366-6 PMID:40775545	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了CPNE1在肝癌中的预后价值和免疫调节功能	首次提出SNHG6-hsa-miR-101-3p-CPNE1调控轴，并发现CPNE1通过MIF和PPIA-BSG信号通路影响肝癌免疫微环境	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	阐明CPNE1在肝癌中的作用及其与免疫微环境的关系	肝癌组织和免疫细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、生物信息学分析	NA	基因表达数据、单细胞数据、空间转录组数据	TCGA和GEO数据库中的肝癌样本数据
87	2025-08-11	Integrative multiomics analysis reveals the subtypes and key mechanisms of platinum resistance in gastric cancer: identification of KLF9 as a promising therapeutic target 2025-Aug-07, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06725-7 PMID:40775648	研究论文	通过整合多组学分析揭示了胃癌铂类耐药性的亚型和关键机制，并鉴定KLF9作为潜在治疗靶点	首次使用SNF算法结合多组学数据对胃癌铂类耐药性进行分子亚型分类，并发现KLF9在耐药性中的关键作用	研究样本量有限，且需要更多实验验证KLF9的临床应用价值	揭示胃癌铂类耐药的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胃腺癌(STAD)患者	数字病理学	胃癌	多组学分析、单细胞分析、空间转录组学、机器学习	SNF算法、机器学习预测模型	基因表达数据、甲基化数据、体细胞突变数据	胃腺癌患者样本(具体数量未明确说明)
88	2025-08-11	Comparative single-cell lineage tracing identifies distinct adipocyte precursor dynamics in skin and inguinal fat 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.07.004 PMID:40744015	研究论文	通过单细胞RNA测序谱系追踪技术，比较皮肤和腹股沟脂肪中的脂肪前体细胞动态，揭示其不同的分化潜能和调控机制	发现了一类未表征的未成熟前脂肪细胞群体，并揭示了脂肪前体细胞的不同分化潜能，挑战了传统的逐步分化模型	研究主要聚焦于皮肤和腹股沟脂肪组织，可能无法完全代表其他脂肪组织的动态	探究脂肪前体细胞在不同脂肪组织中的动态和调控机制	皮肤和腹股沟脂肪组织中的脂肪前体细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序谱系追踪	NA	RNA测序数据	NA
89	2025-08-11	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	research paper	该研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正反馈循环加剧炎症	研究主要基于小鼠模型，人类疾病相关性需进一步验证	阐明2型皮肤炎症的细胞调控机制	MC903和oxazolone诱导的小鼠皮炎模型	免疫学	特应性皮炎	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	约430,000个细胞
90	2025-08-11	IgG autoantibodies in bullous pemphigoid induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes 2025-Aug-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62495-2 PMID:40769980	研究论文	本研究探讨了大疱性类天疱疮（BP）中IgG自身抗体对角质形成细胞的直接作用及其在疾病病理中的贡献	揭示了角质形成细胞在BP中通过MyD88依赖性途径产生的促炎症和蛋白水解反应，以及这一反应在系统性炎症中的作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类患者中进行直接验证	阐明BP中自身抗体对角质形成细胞的影响及其在疾病发展中的作用	大疱性类天疱疮患者和角质形成细胞	免疫学	大疱性类天疱疮	多重免疫测定、RNA-seq、空间转录组学、scRNA-seq	Krt14特异性Myd88敲除小鼠模型	基因表达数据	BP患者来源的IgG处理的原代角质形成细胞和患病皮肤样本
91	2025-08-11	Fibro-NPC: a pathogenic subtype identified at single-cell resolution with secreted SFRP4 as a biomarker in intervertebral disc degeneration 2025-Aug-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06798-4 PMID:40770348	研究论文	通过单细胞测序技术识别了椎间盘退变中的致病亚型Fibro-NPC，并发现SFRP4作为其生物标志物	首次在单细胞水平上鉴定出椎间盘退变中的致病亚型Fibro-NPC，并确定SFRP4为其核心致病蛋白	样本量较小（仅5个退变椎间盘），且未进行大规模临床验证	探究椎间盘退变的分子机制并寻找诊断治疗靶点	退变椎间盘组织中的髓核细胞（NPCs）	数字病理	脊柱退行性疾病	单细胞测序, 质谱分析, WGCNA, 机器学习	CellChat算法	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	5个退变椎间盘组织样本
92	2025-08-11	Mitochondrial subtypes in renal ischemia reperfusion injury guide delayed graft function and Long-Term graft prediction 2025-Aug-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14595-8 PMID:40770395	研究论文	本研究通过RNA-seq和微阵列数据分析，识别了肾脏缺血再灌注损伤(IRI)中的线粒体相关基因(DE-MGs)，并建立了预测移植肾功能延迟恢复(DGF)和长期移植存活的有效模型	首次基于线粒体相关基因建立了预测DGF和长期移植存活的模型，并揭示了肥大细胞在肾脏移植中的关键作用	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列	开发预测肾脏移植术后并发症的生物标志物模型	肾脏移植患者的缺血再灌注损伤样本	生物信息学	肾脏疾病	RNA-seq, 微阵列, scRNA-seq	机器学习模型	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集
93	2025-08-11	Meta_B cells: a computationally identified candidate immunosuppressive driver of gastric cancer metastasis revealed by single-cell analysis and machine learning 2025-Aug-06, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03356-8 PMID:40770460	research paper	通过单细胞分析和机器学习识别出一种名为Meta_B细胞的候选免疫抑制驱动因子，该细胞与胃癌转移相关	首次计算识别出Meta_B细胞这一新的B细胞亚群，并揭示了其在胃癌转移中的潜在免疫抑制作用和BTLA-TNFRSF14通路激活机制	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证Meta_B细胞的功能机制	探究胃癌转移微环境中B细胞亚群的作用机制并开发预后预测工具	胃癌单细胞RNA-seq数据(来自GEO数据库GSE163558)和TCGA-STAD队列的批量RNA-seq数据	digital pathology	gastric cancer	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, hdWGCNA, LASSO-Cox回归, GSEA, Monocle2, CellChat	机器学习模型(10基因预后模型)	RNA-seq数据	来自GSE163558和TCGA-STAD队列的数据集(具体样本数未明确说明)
94	2025-08-11	Interpretable and integrative analysis of single-cell multiomics with scMKL 2025-Aug-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08533-7 PMID:40770488	研究论文	介绍了一种名为scMKL的创新方法，用于单细胞多组学数据的可解释和综合分析	scMKL结合了复杂模型的预测能力和线性方法的可解释性，能够从单细胞多组学数据中提供可操作的见解	NA	提高单细胞多组学数据整合分析的预测能力和可解释性	健康细胞和癌细胞群体	生物信息学	乳腺癌、淋巴癌、前列腺癌、肺癌	单细胞RNA测序、ATAC测序、10x Multiome	Multiple Kernel Learning (MKL)	单细胞多组学数据	NA
95	2025-08-11	Identification of cell-type-specific, transcriptionally active transposable elements using long-read RNA-sequencing data-based comprehensive annotation 2025-Aug-06, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00048-1 PMID:40770674	研究论文	本研究利用长读长RNA测序数据构建了一个全面的转座子衍生转录本注释，用于识别细胞类型特异性的转录活性转座子	首次基于大量人类长读长RNA测序数据构建了转录组水平的转座子注释，能够以位点特异性方式检测转座子衍生转录本	研究主要依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有细胞类型和组织	开发一个全面的转座子衍生转录本注释工具，用于研究细胞类型特异性转录活性转座子	人类21个器官和71种细胞系的长读长RNA测序数据	基因组学	NA	长读长RNA测序(LR RNA-seq), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	2596个公开的人类长读长RNA测序数据集
96	2025-08-11	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Aug-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62593-1 PMID:40764306	研究论文	介绍了一个名为Thor的综合平台，用于细胞级别的空间转录组学和组织学图像分析	Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效结合基因表达和细胞形态	未提及具体样本量的限制或数据类型的局限性	开发一个能够整合空间转录组学和组织学图像分析的平台	空间转录组学数据和组织学图像	数字病理学	心力衰竭、乳腺癌	空间转录组学技术（ISH、MERFISH、Xenium、Stereo-seq）	抗收缩马尔可夫扩散方法	基因表达数据、图像数据	NA
97	2025-08-11	Role of T cell exhaustion and tissue-resident memory T cells in the expression and prognosis of colorectal cancer 2025-Aug-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-14409-x PMID:40764738	研究论文	探讨T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌表达和预后中的作用	首次通过单细胞测序数据分析了结直肠癌患者T细胞亚型的免疫景观，并揭示了Tex和pf-Trm细胞在不同临床阶段的功能变化	研究主要基于单细胞测序和流式细胞术数据，未涉及体内功能验证实验	阐明T细胞耗竭和组织驻留记忆T细胞在结直肠癌发展和预后中的作用	结直肠癌患者的T细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序, 流式细胞术	NA	单细胞测序数据, 流式细胞术数据, TCGA数据库	结直肠癌患者临床队列
98	2025-08-11	Epithelial characteristics of ovarian clear cell carcinoma at single-cell resolution 2025-Aug-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08617-4 PMID:40764744	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，建立了卵巢透明细胞癌(OCCC)的转录组图谱，并分析了恶性上皮细胞的特性	首次在单细胞分辨率下描绘了OCCC的恶性上皮细胞特征，并鉴定了173个与OCCC相关的候选因子及6个关键转录因子	样本量相对有限，且主要关注转录组层面的变化，未涉及蛋白质组或表观遗传学的深入分析	探究卵巢透明细胞癌中恶性上皮细胞的分子特征及其在癌症发生和复发中的作用	正常卵巢组织、卵巢子宫内膜异位症组织、原发性OCCC组织和复发性OCCC组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，包含多种卵巢组织类型
99	2025-08-11	Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis 2025-Aug-05, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.08.001 PMID:40769313	研究论文	本研究探讨了FTO介导的m6A去甲基化在面部浸润性脂肪瘤病（FIL）中的作用机制及其通过SLC7A11/GSH/SIRT6轴调控脂肪生成的分子途径	首次揭示了FTO通过m6A依赖性抑制SLC7A11，破坏氧化还原平衡并调控SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程以促进脂肪生成的机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索FIL的分子机制并寻找潜在治疗靶点	面部浸润性脂肪瘤病（FIL）的脂肪组织和脂肪干细胞及前体细胞（ASPCs）	分子生物学	面部浸润性脂肪瘤病	Western blotting, qPCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序, MeRIP-seq, RIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测, ATAC-seq, ChIP-qPCR	异种移植模型, AAV8介导的SLC7A11过表达模型	分子生物学数据, 表观遗传学数据	未明确说明样本数量
100	2025-08-11	Single-cell RNA-sequencing as a potential approach for studying intratumor heterogeneity in pleural mesothelioma 2025-Aug-05, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108679 PMID:40782703	research paper	该研究旨在利用单细胞RNA测序技术研究胸膜间皮瘤的肿瘤内异质性	使用单细胞RNA测序技术对多部位肿瘤样本进行肿瘤内异质性分析	研究样本为罕见且致死率高的胸膜间皮瘤，样本获取可能受限	探索胸膜间皮瘤治疗反应差的原因	胸膜间皮瘤的多部位肿瘤样本	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	NA