单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-10-01	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2025-Jun-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.05.004 PMID:40449485	研究论文	本研究通过筛选单克隆抗体库并分析Fc变体，揭示了抗体Fab和Fc区域在结核分枝杆菌限制中的协同作用机制	首次通过Fc变体分析证实Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的作用，并利用单细胞转录组学发现中性粒细胞早期激活是抗体介导限制的关键特征	研究主要在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化潜力仍需验证	探究抗体介导结核分枝杆菌限制的分子机制	结核分枝杆菌和特异性单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学、单克隆抗体筛选、Fc变体工程	NA	基因表达数据、体内感染实验数据	小鼠模型及单克隆抗体库
82	2025-10-01	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成500多个基因共表达网络，发现发育元模块在皮层发育过程中的动态细胞亚型特异性，并通过人类皮层嵌合体实验验证FEZF2和TSHZ3在深层神经元分化中的不同作用机制	研究主要关注人类皮层发育的特定阶段，可能未覆盖所有发育时期和脑区	探索人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类皮层发育和成年期的单细胞转录组数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞转录组测序，基因共表达网络分析，人类皮层嵌合体实验	基因共表达网络分析	单细胞转录组数据	发育期7个数据集，成年期16个数据集
83	2025-10-01	Unified integration of spatial transcriptomics across platforms 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646238 PMID:40236180	研究论文	提出名为L loki的新型框架，用于整合不同平台的空间转录组数据	无需共享基因面板即可整合基于成像的空间转录组数据，通过最优传输引导的特征传播和批量对齐实现跨平台整合	NA	解决跨平台空间转录组数据整合的挑战	小鼠脑组织样本和卵巢癌数据集	生物信息学	卵巢癌	空间转录组学、scRNA-seq、scGPT	scGPT、图神经网络	空间转录组数据	五个不同技术的小鼠脑样本和五个卵巢癌数据集
84	2025-10-01	Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002 PMID:40157359	研究论文	本研究揭示三阴性乳腺癌细胞通过释放含花生四烯酸的胞外囊泡重编程中性粒细胞，导致免疫抑制和治疗抵抗的机制	首次发现肿瘤细胞脂质积累通过花生四烯酸介导的中性粒细胞重编程促进免疫抑制，并提出通过阻断omega-6脂肪酸摄入或抑制脂肪酸延伸可逆转治疗抵抗	人类患者数据仅为相关性分析，需进一步验证机制	探究三阴性乳腺癌对免疫检查点阻断和化疗产生获得性抵抗的机制	三阴性乳腺癌细胞、中性粒细胞、肿瘤微环境	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、脂质组学分析	NA	基因表达数据、脂质组学数据、临床样本数据	未明确具体样本数量，包含实验模型和人类患者数据
85	2025-10-01	Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00321-x PMID:40025269	研究论文	本研究探讨了Annexin A1在重症急性胰腺炎中调节炎症免疫反应及减轻胰腺和胰腺外损伤的作用机制	首次系统揭示Anxa1在髓系细胞中的动态表达调控及其对胰腺和胰腺外器官损伤的保护作用，并验证了Anxa1衍生合成肽Ac2-26的治疗潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明Anxa1在重症急性胰腺炎炎症免疫反应中的调控机制	髓系细胞、胰腺组织及肺肝肾等胰腺外器官	免疫学与分子病理学	急性胰腺炎	流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析	动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	多种动物模型（具体数量未明确说明）
86	2025-10-01	Single-cell multi-omics analysis reveals the mechanism of action of a novel antioxidant polyphenol nanoparticle loaded with STAT3 agonist in mediating cardiomyocyte ferroptosis to ameliorate age-related heart failure 2025-Mar-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03317-x PMID:40158134	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析开发了一种装载STAT3激动剂的抗氧化多酚纳米颗粒，用于改善年龄相关性心力衰竭	首次结合单细胞多组学分析与纳米技术，开发新型STAT3激动剂纳米颗粒靶向心肌细胞铁死亡机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证	开发新型纳米颗粒疗法治疗年龄相关性心力衰竭	心肌细胞和老年心力衰竭小鼠模型	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、AUCell分析、GEO数据库分析	NA	基因表达数据、实验数据	老年心力衰竭小鼠模型及体外培养的心肌细胞
87	2025-10-01	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本研究揭示了人类记忆CD4+ T细胞如何识别结核分枝杆菌感染的巨噬细胞及其特异性免疫反应机制	首次通过TCR测序和单细胞转录组学证实了70%以上结核特异性T细胞克隆能识别感染巨噬细胞，并明确了其特征性效应功能	研究主要基于潜伏感染者的样本，未涉及活动性结核病患者	阐明CD4+ T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞的分子机制及其在结核病免疫保护中的作用	潜伏结核感染者的单核细胞源性巨噬细胞和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	TCR测序、单细胞转录组学	NA	基因组测序数据、转录组数据	来自潜伏结核感染者的免疫细胞样本
88	2025-10-01	Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1 PMID:39877088	研究论文	本研究系统比较了三种基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本中的性能表现	首次使用严格控制的实验系统评估商业空间转录组学平台，并采用像素级手动评估进行病理学意义的比较	研究仅针对肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，且样本量有限	评估不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异	福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本	空间转录组学	肺癌	空间转录组学(CosMx, MERFISH, Xenium), bulk RNA测序, 多重免疫荧光, GeoMx数字空间分析仪, H&E染色	NA	空间转录组数据, 图像数据, 测序数据	使用组织微阵列中的肺腺癌和胸膜间皮瘤连续5微米切片样本
89	2025-10-01	Identification of prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma based on the m6A RNA modification 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251370847 PMID:41013996	研究论文	本研究通过分析m6A RNA修饰识别肝细胞癌的预后生物标志物	基于m6A调节因子的转录谱识别了四种肝细胞癌分子亚型，并建立了稳健的风险预测模型	NA	识别肝细胞癌的预后生物标志物	肝细胞癌患者数据和肝癌细胞系（Huh7、Hep 3B、Hep G2）及正常肝细胞	生物信息学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR	风险模型	RNA测序数据、临床数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA-LIHC和ICGC-LIRI-JP数据库的样本及三种肝癌细胞系
90	2025-10-01	The Single-Cell Triaptosis Regulatory Pattern in the Immune Microenvironment of Keloids 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S536776 PMID:41024856	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据揭示了瘢痕疙瘩免疫微环境中三亡调节模式的作用机制	首次在瘢痕疙瘩中发现三亡调节模式对免疫细胞异质性的影响，并鉴定出关键基因ELMO2	NA	探究三亡在瘢痕疙瘩免疫微环境形成中的调控作用	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞和免疫细胞亚群	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基于汇总数据的孟德尔随机化、免疫荧光染色	NA	单细胞RNA测序数据	公共数据库单细胞RNA测序数据+自有瘢痕疙瘩单细胞RNA测序样本
91	2025-10-01	Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628390 PMID:39763763	研究论文	本研究系统比较了三种基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本中的性能表现	首次使用严格控制的实验系统评估商业空间转录组学平台性能，并引入像素级手动评估方法进行病理学意义的比较	研究仅针对肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，且样本数量有限	评估和比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异	福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本	空间转录组学	肺癌	空间转录组学、RNA测序、多重免疫荧光、数字空间分析仪、苏木精-伊红染色	NA	图像、转录组数据	使用组织芯片中的肺腺癌和胸膜间皮瘤连续切片样本
92	2025-10-01	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2024-Dec-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1 PMID:39711554	研究论文	本研究揭示了淋巴结淋巴管内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原长期存档的机制	首次定义了抗原存档LEC的独特转录程序，并证明该程序能预测不同疾病状态和物种的抗原存档能力	NA	探究淋巴管内皮细胞如何实现持久抗原存档及其独特转录特征	小鼠和人类淋巴结中的淋巴管内皮细胞及树突状细胞	生物信息学	传染病	单细胞测序、空间转录组学	机器学习	基因表达数据	多个时间点的淋巴结组织样本
93	2025-10-01	SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection 2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.23.609477 PMID:39229093	研究论文	提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应来聚类空间可变基因，以改进空间域检测	无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识，通过调整细胞类型混杂效应实现空间可变基因的准确聚类	未在摘要中明确说明	改进空间转录组学中的空间域检测准确性	空间可变基因(SVGs)	空间转录组学	NA	空间转录组学	SPACE框架	空间转录组数据	未在摘要中明确说明
94	2025-10-01	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	研究论文	开发了一个基于Web的多组学数据与明场组织学深度探索工具FUSION	首次将分子数据与组织病理学特征整合到单一工作空间，提供基于深度学习的空间组学数据分析工具	NA	开发用于空间组学数据与组织病理学整合分析的工具平台	健康与疾病组织样本的空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组测序	深度学习算法	全切片图像、分子数据	福尔马林固定石蜡包埋和冷冻制备的数据集
95	2025-10-01	Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis 2024-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032 PMID:38460791	研究论文	本研究揭示了内皮细胞POFUT1通过抑制纤维蛋白原合成来调控损伤诱导的肝纤维化的新机制	首次发现POFUT1通过NOTCH/HES1/STAT3信号通路抑制纤维蛋白原表达，并鉴定纤维蛋白原作为驱动肝纤维化的新型旁分泌信号	研究主要基于小鼠模型，临床相关性分析依赖于现有单细胞RNA测序数据集	探究肝窦内皮细胞表达的POFUT1在肝纤维化中的作用机制	内皮特异性Pofut1基因敲除小鼠、肝窦内皮细胞(LSECs)、肝星状细胞(HSCs)、肝硬化患者样本	分子病理学	肝纤维化/肝硬化	RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学分析、电子显微镜、免疫染色、RNA原位杂交	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像	内皮特异性Pofut1敲除小鼠模型，肝硬化患者和健康个体的肝单细胞RNA测序数据集
96	2025-10-01	Van Gogh-like 2 is essential for the architectural patterning of the mammalian biliary tree 2024-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.030 PMID:38460794	研究论文	本研究揭示了平面细胞极性蛋白VANGL2在哺乳动物胆道系统结构模式形成中的关键作用	首次发现VANGL2通过调控细胞间接触形成和肌动蛋白细胞骨架极化来协调胆管形态发生	生化信号与导管模式形成之间的具体联系机制仍需进一步阐明	阐明胆管板从简单上皮细胞片转化为复杂连接胆管系统的机制	小鼠胚胎肝脏、胆道上皮细胞、胆管器官样模型	发育生物学	肝胆疾病	单细胞RNA测序、遗传学工具、器官样模型	NA	基因表达数据、显微图像数据	胚胎小鼠肝脏样本
97	2025-10-01	Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data 2024-Mar, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-024-00804-y PMID:41020135	可重复性报告	本研究通过评估PENCIL监督学习框架在12个单细胞RNA测序数据集上的表现，提升其可重复性并开发了预测免疫治疗反应的细胞特征	修正了PENCIL对输入扰动的敏感性，结合基因集变异分析开发了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞特征CyTIR	发现原始PENCIL方法对输入扰动敏感，存在可重复性问题	评估PENCIL监督学习框架在识别表型相关细胞亚群方面的可重复性和可转移性	12个单细胞RNA测序数据集，涵盖四种不同表型	生物信息学	皮肤癌	单细胞RNA测序，基因集变异分析	监督学习框架PENCIL	单细胞RNA测序数据	12个单细胞RNA测序数据集
98	2025-10-01	Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness 2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.574997 PMID:38260455	研究论文	本研究通过表观基因组分析发现了一类新型机械敏感基因组增强子，这些增强子能够响应细胞外基质硬度调控基因表达	首次识别出专门响应机械微环境的基因组增强子类别——机械增强子，并证明通过表观遗传编辑可以重编程细胞对机械环境的响应	机械增强子在各种细胞类型和组织环境中的普遍性及具体作用机制仍需进一步研究	探索机械微环境如何通过表观遗传机制精确调控细胞转录和表型	细胞对细胞外基质硬度的响应机制	表观遗传学	NA	全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选	NA	基因组表观遗传数据、单细胞转录组数据	NA
99	2025-10-01	Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers 2024, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2024.1434617 PMID:39376916	研究论文	利用单细胞转录组数据识别三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群	首次通过整合单细胞RNA测序数据系统鉴定犬三阴性乳腺癌中的免疫调节亚群	基于已发表数据集进行二次分析，样本量有限（30只犬）	鉴定和表征三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制细胞亚群	犬三阴性乳腺癌细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	30只犬的6组数据集
100	2025-10-01	Rapid and signal crowdedness-robust in situ sequencing through hybrid block coding 2023-11-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2309227120 PMID:37963245	研究论文	提出一种结合混合区块编码和分子稀释策略的新型原位测序方法SPRINTseq，用于快速高分辨率的空间转录组分析	开发了混合区块编码和分子稀释策略，解决了现有方法在分辨率、灵敏度或速度方面的限制	NA	开发快速且对信号拥挤具有鲁棒性的原位测序技术，以探索细胞和亚细胞水平的转录分布	小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞，使用108个基因panel	空间转录组学	阿尔茨海默病	原位测序，下一代靶向测序	NA	转录组数据，空间分布数据	4个小鼠大脑冠状切片中的453,843个细胞，恢复超过1.42亿个转录本